明朝初年定都南京，到永乐年间迁都北京。迁都之后南京作为留都一直保留六部，都察院等与北京相对应的中央机构。北京的六部等衙门是实际掌握权力的中央权力机构；南京各衙门多为虚衔，但任职官员地位不低于北京的相对应衙门官员。在留都掌握实权的是南京参赞机务兵部尚书，南京守备太监和提督南京军务勋臣。
北京朝廷覆亡崇祯帝上吊自缢的消息，四月中旬传到南京，作为留都的南京成了明朝残留半壁江山的政治中心。对于留都衙门来说，立君成为当务之急。由于崇祯的三个儿子都被大顺军捕获，没有直系皇位继承人，只能在藩王中挑选继大位者。当时可被推举的藩王有福王朱由菘，惠王朱常润，桂王朱常瀛，还有潞王朱常淓等人。南京留都衙门的大臣，太监以及拥兵自重的武将们在拥立哪一位藩王继大位的问题上从各自利益出发展开了勾心斗角的斗争。当时，由伦理和所处地方而论，福王朱由菘是继大位最适合者，但他的继位遭到了钱谦益为代表的东林-复社人士的反对和阻挠。原因是当初东林党人曾经成功阻挠明神宗和郑贵妃立朱由菘的父亲朱常洵为太子的图谋，他们担心一旦朱由菘登基大位，重翻旧案，秋后算账，使得他们被清算。东林党人因此以“立贤”为借口，积极运作，图谋迎立关系较为疏远的潞王朱常淓。身为兵部尚书的实权人物史可法首鼠两端，一方面他是东林党人左光斗的得意门生，对于拥戴福王朱由菘继统心存疑虑，另一方面他又担心舍亲立疏拥戴潞王朱常淓会引起更大的政治风波。经过反复思量，他与凤阳总督马士英商量决定迎立桂王朱常瀛。但马士英忽然得到消息，守备凤阳太监卢九德联合武将高杰，黄得功，刘良佐决定拥立福王朱由菘。高杰，黄得功，刘良佐三武将积极参与拥立是为了攘取“定策之功”，借以增强自己在政治上的地位。马士英本是高，黄，刘三武将的上司，他眼见手下大将投向福王朱由菘，就放弃了与史可法所做的迎立桂王的约定，抓住时机赶紧向福王朱由菘表示效忠。当时，史可法还不知道马士英已经改换门庭，给马士英写信历数朱由菘“贪，淫，酗酒，不孝，虐下，不读书，干预有司”等“罪状”，说明福王不适于继承大统，而马士英已然改变立场，拥立福王，史可法的“声讨信”等于对即将即位的皇帝大不敬，留下了致命把柄在马士英手里。马士英以凤阳总督和三镇名义致书南京守备太监宣布拥立福王朱由菘。四月末，福王继统成为定局。
福王继统，马士英及时改换门庭，成为拥立福王的定策第一文臣。为了取得在即将建立的南明朝廷首席大学士职位，他抓住史可法为迎立桂王而列举福王七罪状的来信作为把柄，又针对东林党人拥立潞王之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由菘直抵浦口，以武力震慑东林党人，使之乖乖就范，放弃拥立潞王。史可法作为南京最高文臣知道自己犯下大错，攻击福王的信件攥在马士英手里，白纸黑字无从抵赖，只能满腹悔恨默默跟随福王朱由菘由浦口坐船前往南京就任监国。史可法作为一度拥有决策大权的文臣，在拥立问题上犹豫不决首鼠两端，没有断然决定拥立福王，致使朱由菘转而求助于太监武将，从此大权旁落，可谓咎由自取。
4月29日，福王朱由菘在史可法马士英等人陪同下乘船抵达南京城外燕子矶，南京官绅前往朝见。5月1日，朱由菘登岸，拜谒孝陵后进城。3日，朱由菘在南京就任监国。任命史可法为东阁大学士兼礼部尚书，马士英加东阁大学士，兵部尚书，仍任凤阳总督。争夺朝廷权力的斗争从首辅开始。兵部尚书史可法原本应该成为当然的首席大学士，但他在定策问题上被马士英出卖，失去了朱由菘的信任。朱由菘与马士英有默契，决定召马士英入阁辅政。史可法知道自己指斥福王的把柄攥在马士英手里，马士英以定策首功备受朱由菘信赖和器重，被召入阁辅政。史可法遂自行放逐，申请离开南京督师淮阳，5月12日，朱由菘批准史可法出任督师。
5月15日，朱由菘正式即位称帝，改明年为弘光元年。第二天，马士英入阁主持政务兼任兵部尚书。史可法于18日辞别朝廷，二十日渡江前往淮阳督师。这样福王朱由菘监国仅仅半个月之后，史可法即被排挤出了朝廷中枢权力机构。（待续）
