1647年八，九月间泉州战役，郑成功以定国公郑鸿逵的助手身份参战。战败返回安平以后，他加强了自身力量的积聚，广泛招募文武人才。对前来投奔的各种人才礼敬有加，待如上宾，每遇到重大事情都征求他们的意见，逐渐形成了一个政治上参与决策，联络各地抗清势力和治理地方的文官幕僚班子。同时凭借他在隆武朝廷内的地位和其父郑芝龙的旧关系，招集兵将，不断扩大自己的军事实力。
郑成功的部将主要来自四个方面：其一是跟随他起兵的少数将领，如洪旭等人。其二是福建沿海应募而来的有志之士，如甘辉，蓝登等人。其三是跟随郑芝龙降清，拨归佟养甲，李成栋部下进攻两广，1648年李成栋反正后由粤返闽的将领，如施琅（施郎），洪习山，黄廷等。四是清方派驻东南沿海的少数仍怀故国之思的将领来归。郑成功对于这些不同出身和来历的将领基本能做到一视同仁，唯才是举。特别是在军事组织上做了精心的改编，有效防止了将领拥兵自雄，飞扬跋扈的局面。这都归功于他总结了弘光，隆武以来朝廷姑息养奸教训而采取的坚决措施。正是因为建立了极为严格的军事组织和纪律，郑成功才成为一位真正的统帅，而非徒有其名的盟主。
郑成功不仅在选拔和驾驭将领上著称于世，而且非常注重和善于练兵。他冷静地估计到己方所长是海战，然而要同优势清军作战，收复失地，必须训练骑兵和步兵。由于东南沿海缺少马匹，郑成功在组建骑兵时受到很大限制，这是他后来同清兵作战时常常失利的一个重要原因。郑成功的严格训练海上水师是人所共知的，厦门鼓浪屿上的日光岩就因他当年雄立山顶检阅舟师而传颂至今。但是，作为一位雄才大略的统帅，他知道要恢复失地必须凭借陆战，所以他组建了许多以陆战为主要任务的营，镇，“朝夕操练部伍阵法”。
郑成功的军事供应主要来自三个方面：其一是他继承了郑芝龙开创的海外贸易的垄断地位，充分利用自己在海上的优势，把内地的出口物质通过秘密渠道运往海外，取得巨额利润，这是他解决军费的主要办法。其次是在攻占地区征收粮饷。其三，福建泉州，漳州一带缺少粮食，要从附近省分运销供应，填补不足，其中相当一部分是从广东潮州，惠州地区转贩而来。郑成功曾经数次出兵潮州，目的就是搜刮粮食。
大致上，郑成功从1646年底开始组建自己的军队，到1648年才形成一支对清廷颇具威胁的力量。
1648年四月初十，郑成功攻下福建同安县。原先奉唐王朱聿粤入广州建立绍武政权的总兵林察从广东逃回，报告了广西，湖广等地拥立永历帝的消息。郑成功从此遥奉永历正朔。他派人携带表文乘船由海道前往广东，向永历朝廷报告自己在福建沿海抗清的情况，表示愿意在永历朝廷领导下东西配合，共谋复兴。（待续）
