清廷与郑成功的和谈由于双方条件南辕北辙而告破裂。之后，郑成功为了加强实力，做好迎战准备，采取了一系列措施。
1654年（顺治十一年，永历八年）冬，清漳州府城守门千总刘国轩，守备魏标派人来同郑成功接洽，表示愿意充当内应，献城投降。郑成功派大将洪旭，甘辉等带领军队于十二月初一日夜间进抵城下，刘国轩果然如约在城头接应，一举多得漳州。清新任漳州总兵张世耀，知府房星烨见大势已去，也只好跟着投降。郑成功在初四日亲自来到漳州，对刘国轩反正来归，深表嘉许，提升他为护卫后镇。接着在同月内派甘辉，赫文兴，林胜等将领率兵先后攻克同安，南安，惠安，安溪，永春，德化各县。之后又移师于次年正月攻克仙游县。至此，泉州府城已经处于郑军四面包围之中。
1655年（顺治十二年，永历九年）二月，郑成功议设六官并司务，及察言，承宣，审理等，分隶庶事，实际上是另立以自己为核心的小朝廷，这种做法与孙可望相同，只是郑成功的兵力和地盘远不如孙可望，因此他把所设官职名分定得稍低一点。
清廷在招抚郑成功失败后，决定再次动武，派郑亲王世子济度统领满，汉军南下福建。面对清方主力的迫近，郑成功扬长避短，主动放弃已经夺取的漳州，泉州两府属县，把兵力集中到海上。为了避免清军凭城固守和加强己方防务，郑成功下令拆毁漳州，泉州二府属邑的城墙和房屋，用所得砖石木料建造和加固金门，厦门等地的城垣和营房。在加强金门，厦门等岛屿防务的同时，郑成功分别派遣部将带领舟师北上浙江，南下广东，使得入闽清军主力陷入进战无能，后顾有忧的窘境。
北征的战役取得了很大的成果。甘辉，王秀奇统领的郑军收复了舟山群岛这一战略要地。
南下广东的郑军却出师不利。由黄廷，万礼统领苏茂，林胜等二十余镇将，兵丁六七万人在围困揭阳的战役中被清军先败后胜，不得已放弃南下征讨计划，返回厦门。
南征舟师回到厦门后，郑成功立即召集文武官员会议处理揭阳失败之罪。将大将苏茂斩首，并将首级传世军中。郑成功御将之道以严格著称，可是他性格过于刚强，有时失之偏颇。苏茂在揭阳战役中犯有轻敌寡谋之疏忽，但勇于进战，负伤突围，本应薄责示警，以观后效，但郑成功却直接将他斩首，显然过于苛刻。据史籍记载，郑成功斩首苏茂，乃是因为他获悉苏茂曾经帮助掩护施琅，使得施琅得以叛逃清方，郑成功因此对苏茂怀恨在心，必欲杀之，这次是借揭阳战败为由将他处斩的。苏茂被斩，引起郑成功部下诸多将领对苏茂的同情和议论纷纷，郑成功见诸将不服，就对苏茂厚加殓葬，养其妻孥，并且自作祭文说：“马谡非无功于蜀，然违三军之令，虽武侯不能为之改”云云。
郑成功斩杀苏茂之后又犯下另一个大错。他派出苏茂的族弟苏明和黄梧（也在揭阳之败后被处罚）镇守海澄县。海澄县阻山临海夙称天险，郑成功在这里动员大量人力修建了坚固的城墙，囤积了大量军械，粮食，使得海澄县成为进可以战，退可以守的大陆前进基地，同金门，厦门组成犄角之势。苏明因族兄苏茂被斩，心中对郑成功不满，黄梧更是因揭阳之败直接受到郑成功责罚，两人都对郑成功心怀二意，于是两人经过密谋，于1656年六月二十四日夜晚，带领部下官员八十余名，兵丁一千七百余名叛变，把海澄县献给了清方。（待续）
