鲁监国朱以海自舟山失守以后南下福建厦门。当时他手下兵将还留有不少，郑成功把鲁监国的兵败来会，看成是建立自己独霸东南沿海局面的良机。郑成功自从起兵以来基本上是按照其父郑芝龙的老路子走，就是以闽海为根据地，对浙江以北，广东以西沿海武装不管是属明还是属清，一概视为异己力量，千方百计加以兼并。
鲁监国政权既然已经失去了自己的基地，漂泊无所，粮饷无源，客观上形成投奔郑成功的态势。这样，在鲁监国的文官武将中就出现了分化，有的转入郑成功部下，如闵安侯周瑞等人；有的则以寓客自居；定西侯张名振和监军张煌言就始终只愿意同郑成功保持同盟关系。这在双方关系中实际存在着隔阂乃至于疑惧。郑成功意图要把张名振变成郑军部将，但以恢复明朝为己任的张名振不愿屈从郑氏。正是在这种微妙的情况下，张名振，张煌言决定率军北上，凭借自己的实力（原鲁监国的军队）开辟抗清斗争的新局面。
1653年（顺治十年，永历七年）八月，张名振和监军张煌言带领五六百艘战船向北进发，来到长江口的崇明一带沙洲。崇明城中清军兵力有限，不敢出战，被围困长达八个月。张部明军以崇明和沙洲为基地，为发起长江战役做准备。到次年，（1654年，顺治十一年，永历八年），张名振军三次进入长江作战，发动了有名的“三入长江”之战役。
张名振统帅的南明鲁监国军队乘舟三次进入长江，第一次进抵镇江，瓜州，第二次进至仪征，第三次直逼南京，在一年多时间里积极活动于长江下游和入海口。清方这时还没有建立起一支像样的水师，长江下游驻防兵力又很少，只好沿江戒严，重点保卫江南重镇江宁（南京）。实际上双方之间看似剑拔弩张但并没有发生太大的战斗。张名振发动的三入长江战役，实际上既没有攻城掠地，也避免同清方派出的援军正面交锋。一年之内，三次进入内河，一次比一次深入，又三次主动撤退，而且始终不离开长江入海口，这里隐藏的战略意图是想联络东西复明势力，同时并举。
张名振军的三次长江战役是由内地反清复明人士联络东西，会师长江，恢复大江南北计划的一个组成部分。参与谋划此项计划的有原弘光朝礼部尚书钱谦益，鲁监国所封仁武伯姚志卓等一批复明志士。姚志卓在1653年十一月从贵州带回永历朝廷和实权人物孙可望的大批文书，一个多月后，张名振，张煌言等人率领海师大举入江，三次进至京口，迫近南京，时间之长，活动之频繁，都同等待上游明军主力沿江东下密切相关。溯流而上的张名振军实际上是应诏而来的偏师，战略意图是“接济秦藩（秦王孙可望）”由湖北，湖南东下的主力。只是由于“上游师未至”，张名振军徘徊终年，三度接应均无功而返。
钱谦益，姚志卓等人审时度势，规划提出长江战役的计划。他们不仅主动担负起联络东西两方面的南明军队和内地反清义士的责任，还以出资，出力等方式亲自参加了这一重大的军事行动。而发动长江战役，夺取江南为基业，并不是钱谦益等内地少数复明志士一厢情愿的幻想；张名振，张煌言率部全力以赴，表明他们认为这个方案切实可行；西南的孙可望做出了相应的决策，证明他也欣赏和支持这个战略部署。清廷一些官员也看到了潜在的危机，如有清廷官员大声疾呼：“江南为皇上财赋之区。江南安，天下皆安；江南危，天下皆危。”那么，这一关系全局的重大军事行动为什么会半途而废了呢？（待续）
