老年丧子的朱元璋此后性情变得更加残暴，毅然决然拿下蓝玉后处死，并灭其三族，文武官吏受株连而死者两万余人。随后，接二连三拿下周德兴、傅友德、王弼、冯胜等众人，甚至连佛界的宗泐这等手无缚鸡之力僧人也被牵连进去，险些被处以极刑。至洪武二十八年（1395年），朱元璋已然将皇权神柄上的刺全部剔除干净。
虽说诛杀了蓝玉，但燕王朱棣一点儿也高兴不起来。
就在太子朱标刚刚过世不久，朱棣就开始对太子之位想入非非了。他此时早已忘记了道衍的预言，或者说他不愿意认同那个令他不快的预言，他不顾后果地派人到南京去活动。朱元璋也的确有意将皇位传给他，但众臣不干。那些有着根深蒂固封建思想的臣子们，一向以为父位子袭，朱标虽然去了，但他有儿子，应该将太子之位传给朱标的儿子，而不是兄弟，甚至争论到后来，一些人又亮出朱标的负子图给朱元璋看，致使朱元璋又老眼纵横了一把，最后决定立皇太孙而不是皇太子。
至此，燕王朱棣和道衍彻底一心一意了。他开始憎恨皇室所有成员，因为他觉得他们无一不是他登上皇位的障碍，而他的贸然进取行动又过早地暴露了他觊觎皇位的企图，使他变得极其被动，所以他此时不但高兴不起来，相反，还有些担惊受怕，生怕自己成为下一个蓝玉，或者是皇太孙当政后的刺。
朱棣又开始蛰伏，事事唯唯诺诺，唯命是从，但在他这谨慎小心的蛰伏期内，却始终没放过任何发展自己、打击政敌的机会。
洪武二十八年（1395年）秋，朱元璋过生日，诸皇子为了讨取他欢心，都挖空心思寻觅珍奇瑰宝孝敬朱元璋，独独朱棣只送给朱元璋几株嘉禾。所谓嘉禾，是指硕果累累的谷穗，而寓意对贺寿而言更妙，嘉贺。这是朱棣在请教了道衍之后，运用老虎狗原理，煞费苦心琢磨出的点子意图出奇制胜。一来，天皇贵胄们所送的无非都是些奇珍异宝，可再怎么好也好不过皇宫的珍宝吧？所以只能是锦上添花，而且，天花乱坠下来，既让人有眩晕感，又无差别感，好坏都差不多；二来，朱元璋出身贫寒，小时候缺吃少穿，喝一碗菠菜豆腐米粥都视若珍珠翡翠白玉汤，因此，必对粮食比对任何其它东西都珍惜。
果然，朱元璋一见大喜，但当时他面对诸王送来的价值连城宝物，不好大赞朱棣那不名一文的嘉禾，怕人背后议论他穷苦出身没见过世面，只好暂时搁置一旁，以后再补赏。
于是，来年的洪武二十九年（1396年）春，朱元璋下诏独令燕王朱棣领兵去大宁卫（内蒙古宁城）以北扫荡北元残余。这是一场毫无悬念的战争，因为实力对比太悬殊，征伐的目的就是让燕王再立战功，使其地位居于诸王之上。因此，这次征剿朱元璋根本没让包括晋王在内的其他藩王参与。
果然，朱棣不负所望地大败元军，生擒北元大将索林帖木耳。他不仅牢牢地稳固住了朱元璋的宠信，还借指挥军旅之便大大收了一把军心。
他在北地大漠中行军时，和将士们一起风餐露宿，同甘共苦。某日，天寒地冻，北风呼啸，朱棣因为率领一支轻骑奔袭元军，中途歇息时没有军帐御寒，亲兵便为他燃起篝火取暖。这时，散落在周围不远处的士兵看到火光，情不自禁跑过来烤火，亲兵厉声喝止他们上前。朱棣见此情景，朗声道：“大家都是本王的勇士，休要拦阻他们。本王身披裘皮大衣尚且耐不住寒冷，何况他们呢！本王恨不能把大家全部聚拢来一起共暖啊！”
说者激昂，听者感激涕零。
还有一次，朱棣见一病卒倒卧路旁呻吟，无人理会，便用自己的马驮起病卒，他则牵马步行，内官狗儿不忍，力请朱棣骑他的马，并劝道：“殿下乃万金之躯，不可自轻也！”
朱棣慨然一笑，说：“人皆父母所生，都有血有肉，他伤病不能行动，那是他尽力效忠于本王所致，我岂能不加体恤？你献马给我，我已知你的一片忠心，但你也是肉身，打仗还指望你跨马横刀去冲锋陷阵，不可无马所骑！本王之所以能战无不胜，完全是仰仗着你们的奋勇拼杀，我敢不尽力爱护你们吗？”
此事一传开，又使燕军上下一片感激。
最让燕军将士感动的、也是最令大家折服的一件事是朱棣借刀杀了司谷。原来，掌管燕军钱粮的司谷刘通克扣士兵的粮饷，众兵士敢怒不敢言。这件事很快传入朱棣的耳朵里，他想：曹操曾借管粮官之首安定军心，尽管并不是管粮官之错，错在曹操本人，如今刘通这厮自己铸成大错，我正好拿来再立军威！
于是朱棣下令，从遭受克扣的兵士中选出三十人，与刘通持刀相搏。他和其他将士们像观看古罗马斗士竞技那样观看他们的以众搏单比拼。结果，一招之内刘通便被三十把钢刀剁成了肉酱，大大发泄了大伙的怨气。
就在朱棣上得朱元璋的欢心、下受将士们的爱戴时，他并没有忘记他的心腹大患晋王朱?，他派人暗暗在朱?的饮食中下了一种慢性毒药，致使朱?于洪武三十一年（1398年）三月病故。当然，这是秘而不宣的事情，正史里查不出，最终便成为无稽之谈。
道衍在大庆寿寺，一晃又是几度花开花落，他非常感叹人生的白驹过隙，就连在寺中设摊卜卦的金忠，也已在此十五个春秋，渐渐失去了当年的朝气。
这天，燕王府内官三宝求见道衍。随着时间的推移，燕王和道衍的接触渐渐公开化了，对外则声称燕王一心礼佛，拜道衍为僧师，因此，礼佛内官三宝便常常来往于庆寿寺和燕王府之间。
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