分析清代治学脉络，源头是两位著名大学家：黄宗羲和顾炎武。因为从顺治到康熙的二十年中，清初没有涌现出新政下的学者，这两位学术精深广博大学家成就于明末，而影响至民国。笔者在下文将试着理清这两条治学脉络的特点和传承情况。
黄宗羲学识渊博，大凡天文、历算、音律、经史百家，释道、农工等无不深究。治学以捍卫“阳明心学”自任，力主诚意慎独之说。黄宗羲也精通天文历法，他用推算日食的方法和阎若璩等人考证古文《梅颐尚书》为伪作震动当时学界。他还对照《国语 (书)国语》，认为古文《尚书 汤诰》是后人“误袭周制以为《汤诰》”。并得结论“今因推日食于昭十七年六月”（鲁昭公十七年夏六月甲戌朔日），“可见《夏书》本文不同孔书、左氏而非伪也，则不能不致疑于古文矣”。黄宗羲依靠历算方法对“武王克殷”的确切年代加以研究，写有《历代甲子考》。他重新推算了孔子的确切生辰日期，并论证了周正建子和周历改月。
黄宗羲是“民本主义”的开拓者，他提倡仕途要“为天下，非为君也。为万民，非为一姓也”。这和他亲历明末清兴动荡时代不无关系，说他是中国自由民主的启蒙者也不为过。黄宗羲有两位学生后成为清代著名大学者，全祖望和章学诚皆以史学出名，后来形成“浙东学派”，它的地域在浙江钱塘江以东地区，整个学派体系庞杂著作繁多，其重要学术取向是“经世致用”。章学诚的学术成就是《文史通义》，后道光年间成书编入《四库全书》史部史评类，《文史通义》是因为校雠《汉书 艺文志》而起，为了要“辨章学术、考镜源流。”章学诚认为六经是古代实际政治社会发展的记录，并不是“载道之书”。这种见解根本推翻了“守六经以言道”的传统观念，给九十年后的民国时代出现国故整理与疑古风气提供了理论基础。这就是“六经皆史”的原意，他同时还指出，单纯的编纂和考证不算是史学，史学得有个人见解和成系统的观念。日本近代汉学体系深受“浙东学派”影响，胡适年轻时读到内藤湖南所著《章实斋先生年谱》深受刺激，“第一位为章学诚编年的竟是日本学者。”全祖望虽英年早逝但著作等身，阮元的评价简洁恰当“尝谓经学、史才、词科三者得一足传，而祖望兼之，其《经史问答》实足以继古贤启后学，与顾炎武《日知录》相增。”
清代“乾嘉学派”规模远大于“浙东学派”，它的治学源头是大学者顾炎武。和黄宗羲不同，顾炎武反对宋明理学空谈“心、理、性、命”，他认为信奉程朱理学“百余年以来之为学者，往往言心言性，而茫乎不得其解也。”顾炎武提倡“经世致用”的实际学问和实证研究，他说“形而上者谓之道，形而下者谓之器，非器则道无所寓”，因而提出以“朴学”代替“理学”。他提倡“多学而识，博学于文”，“行己有耻”，“自一身以至于天下国家，皆学之事也”。顾炎武开一代新学风，提出“君子为学，以明道也，以救世也。徒以诗文而已，所谓雕虫篆刻，亦何益哉？”这就是清代学者不大着力于诗歌文学而专攻朴学的治学思想，顾炎武学识渊博但被后人继承的还是他的经学研究，顾炎武提出“经学即理学”他认为研究儒家思想不能只限于阐述义理，而首先把经典考据清楚再阐述义理，这样一个客观研究经典之学风和方法正是清考据学发端，后来分出很多门类，音韵学，地理学，金石学，训诂学等。
至乾隆年间形成声势浩大的乾嘉学派里分有几个小派，比如较倾向于考订汉代古文经的吴派，代表人物是惠栋，惠栋学承顾炎武，主张治经学务必重视古音训诂从古文字入手，对汉儒易说搜辑钩稽而不遗余力，虽“凡古必真，凡汉必好”思想略显固执，但求古而不问是非风气成为吴派经学的重要思想特征。惠栋公开撑起汉学旗帜而对垒宋学，他认为：“汉有经师，宋无经师，汉儒浅而有本，宋儒深而无本，有师与无师之异，浅者勿轻疑，深者勿轻信，此后学之责。”著作有《古文尚书考》、《后汉书补注》、《九经古义》等。惠栋的治学格局虽不能算大，但其后来者中诞生了一位汉学大人物钱大昕，这位史学，语言学集大成者影响后三百年汉学奠基和发展。钱大昕撰《廿二史考异》一百卷，以顾炎武之历史考据方法，拾遗规过最享时誉。与赵翼《廿二史札记》、王鸣盛《十七史商榷》并称清代史学三著。钱大昕也是音韵学开宗定规人物，在之前研究古音者众多，但都只注重古韵，真正注意到古纽问题者当推钱大昕，所谓“古纽”即先秦两汉时期古汉语的声母。他提出古纽四个要点：“古无轻唇音”，“古无舌上音”，“古人多舌音”，“古影喻晓匣双声”。钱大昕还著有阅读笔记《十驾斋养新录》，民国史学家陈垣评论：“《日知录》在清代是第一流，但非第一，第一应推钱大昕《十驾斋养新录》。”可见此书的学术价值。
乾嘉学派的另一个小派为“皖派”，创始人是江永，后来皖派出现了一位集大成者戴震。戴震创立音韵学古音九类二十五部之说以及阴阳入对转的理论。此外他也精通训诂学。乾隆中叶，戴震倾注十年研究北魏郦道元《水经注》为其正本清源。晚年著《孟子字义疏证》质疑宋学，彻底否定程朱思想。戴震培养出如段玉裁，孔广森，王念孙等著名清代文字学家。梁启超称“故苟无戴震，则清学能否卓然而树立，盖未可知也”，皖派稍晚于吴派，并不特别尊崇汉儒，“主张反复求证，不主一家”。
“扬州学派”是集大成的学派。它略晚于吴派和皖派，而在前两个流派的学术基础上壮大起来。张舜徽著《清代扬州学记》概括得好：“无吴、皖之专精，则清学不能盛，无扬州之通学，则清学不能大。”扬州学派就是将吴皖两派的治学之风综合起来，在前辈学者建立起扎实的汉学构架上演绎，他们把辑佚，校勘，注释等方法综合利用还兼顾训诂和义理，代表人物是焦循，王念孙王引之父子，以及汪中和阮元等。焦循少年学算学，中年攻《易经》完成“易学三书”后晚年治《孟子》著成《孟子正义》。王念孙王引之父子在训诂学颇有成就，《清史稿》对清学训诂学传承描述全面：“初从休宁戴震受声音文字训诂，其于经，熟于汉学之门户，手编诗三百篇、九经、楚辞之韵，分古音为二十一部。于支、脂、之三部之分，段玉裁《六书韵表》亦见及此，其分至、祭、盍、辑为四部，则段书所未及也。念孙以段书先出，遂辍作。”可见由戴震至段玉裁至王念孙脉络清晰地奠定了“汉学训诂学”。
在乾嘉学派之外，以庄存与为代表的“常州派”和追求古文创作研究的立于方苞，成在姚鼐的“桐城派”亦有一定格局。姚鼐文章简洁清淡纡徐要渺，有宋欧阳修曾巩文风。他著编《古文辞类纂》被誉为是“文章正宗”、“阅此便知为文之门径”，广受学界重视。清代治学最后一位大师当属俞樾，著《古书疑义举例》是今人读懂古文的工具书。
晚清学者皮锡瑞曾概括清朝之汉学演变：“国朝经学凡三变。国初，汉学之萌芽，皆以宋学为根底，不分门户，各取所长，是为汉宋兼采之学。乾隆以后，许郑之学大明，治宋学者已鲜，说经皆主实证，不空谈义理，是为专门汉学。嘉道以后，又由许郑之学，导源而上，易宗虞氏以求孟义；书宗伏生、欧阳、夏侯；诗宗鲁、齐、韩三家；春秋宗公、毂二传。汉十四博士今文说，自魏晋沦亡千余年，至今日而复明。实能述伏、董之遗文，寻武、宣之绝轨，是为西汉今文之学。
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