作为一位科学打假人士，方舟子强调理性、事实和科学的原则。他的许多观点源于对科学思维和逻辑的崇尚。这种背景，让他非常注重政治家在政策制定上的科学依据，以及对科学事实的尊重。
川普在任期间对气候变化的否定、反对疫苗政策和疫情处理上的种种争议，使方舟子感到川普的领导方式与科学背道而驰。川普曾公开表示不相信气候变化，并多次抨击气候变化科学家，认为气候变化是“骗局”或者“自然现象”。这一立场引发了大量科学界人士的反对，因为气候变化问题是全球科学家广泛认同的事实和严重问题。方舟子作为长期宣传科学理性的人，自然不可能对这种违背科学常识的言论和政策无动于衷。
此外，川普在应对新冠疫情上的表现也遭到了方舟子的强烈批评。川普在疫情初期，淡化病毒的严重性，推行无科学依据的治疗方案（如氯喹），还曾声称可以通过“注射消毒剂”来治疗病毒。这些言论和举动不仅让全球医学界感到震惊，也让方舟子进一步坚决反对川普的当选，认为他无视科学的态度对公众健康构成了威胁。
从这个角度来看，方舟子的反对有其客观的基础。他认为川普的言行和政策与科学不符，尤其是在应对气候变化和新冠疫情时严重违反科学原则，给美国和世界带来了实质性的危害。因此，方舟子的反对，可以被视为基于科学理性分析，而非单纯的个人成见。
方舟子不仅反对川普的政策，还多次公开批评他的个人品质。方舟子曾指出，川普经常发表不负责任的言论，且言行自相矛盾，缺乏作为领导者应有的诚信和智慧。
川普在竞选和执政期间，屡次涉及种族主义、性别歧视以及其他形式的争议性言论。无论是“让美国再次伟大”的口号背后的排外主义倾向，还是公开嘲笑残疾记者，抑或是在关于移民的政策上，采用强硬和不人道的手段，都让人感到他的领导风格缺乏基本的道德准则。方舟子一向崇尚自由主义和人文主义的价值观，认为领导者应该体现出对所有公民的尊重和包容。因此，川普的这些行为和言论令方舟子对其非常反感。
方舟子特别指出，川普的自大与虚伪使其无法成为合格的领导者。川普在许多公开场合自吹自擂，不断强调自己的成就，甚至在疫情期间自称“天才”，这些言行与方舟子一贯强调的诚实和谦逊的品质形成强烈对比。可以说，方舟子在批评川普时，不仅是在从政治和政策角度出发，更多的是对川普个性与领导能力的整体质疑。
然而，值得思考的是，方舟子是否在此问题上融入了个人成见。作为科普作家，方舟子有时在与他人交锋时会表现出某种“打假斗士”的极端倾向，也曾因其对某些问题的强硬立场引发争议。川普的极端和不拘一格的性格，某种程度上引发了方舟子的极端反感。方舟子作为一位打假斗士，常常以强硬的态度对待自己认定为错误的人和事。这种极端态度可能让他的批评显得过于情绪化，特别是在涉及川普这种争议性极大的政治人物时。
比如，方舟子在批评川普时，常常使用一些尖锐甚至带有贬义的词汇，譬如“骗子”、“无耻”等。这些词汇在某种程度上，反映了他对川普的强烈厌恶，而不仅仅是理性分析川普的政策。批评者可能认为，方舟子的言辞有时过于偏激，缺乏应有的客观性，一定程度上影响了他作为一名科普作家的公信力。
另外，方舟子对川普的反感，也可能与他对美国政治制度的某种失望有关。方舟子被迫离开中国后，长期居住在美国，对美国的政治文化，有较为深入的了解。他可能认为，川普的当选标志着美国政治的某种退化，尤其是反智主义的抬头，这与方舟子本人一贯强调的知识和理性格格不入。这种情绪化的反应，可能掺杂了他对整个政治环境的不满，而不仅仅是对川普个人的反对。
总的来说，方舟子对川普的反对态度，既有理性分析的成分，也可能夹杂了一些个人成见。从科学理性的角度看，川普在气候变化、疫情应对、疫苗政策等重大问题上的表现，确实违背了科学常识，方舟子作为科学倡导者，有理由坚决反对。然而，在批评川普个人特质和道德品质时，方舟子的一些言辞显得过于情绪化，在旗帜鲜明地“反川普”时，既有责任感，也夹杂了个人感情，超出了理性批评的范畴。
