在长达30年的岁月中，毛泽东与彭德怀怀直是帅与将的关系，两人之间的合作是主流，毛对彭的倚重程度也是众所周知的。然而由于革命斗争的曲折复杂，个人的主见以及性格上的差异，毛泽东在一系列历史事件中，对彭德怀产生过一些嫌隙和误会。事隔四十多年，冷静地回顾当年这段是非恩怨，客观地说，毛泽东在有些方面，确实误解以至冤枉了彭德怀。
(一)
由一代绿林好汉成长为红军将领的袁文才、王佐，于1930年2月 23日被湘赣边界特委以策划“军事阴谋”的罪名错杀。导致这一悲剧的原因是多方面的，既有中共“六大”决议案“左”倾盲动思想的作祟，也与边界特委和袁王在党内权力之争、个人恩怨等问题上的冲突有关。当时，袁王部队有近800人枪，战斗力与红五军不相上下。鉴于此，边界特委深知不借助其他军事力量是无法应对袁王队伍的。因此，特委书记朱昌偕与常委王怀，连夜骑马赶到红五军驻地，把酣睡中的彭德怀叫醒，焦急地讲到：袁文才勾结反动民团，背叛革命，边界党有一网打尽的危险，必须抢先动手诛除袁王，请求红五军出手协助。
彭德怀听后甚为吃惊，陈述了袁王不致于叛变革命的理由。朱、王以种种“事实”加以佐证，言辞恳切，后竟泣声陈词。这时，彭德怀不能不考虑了，因为按党内的隶属关系，红五军应受边界特委节制，于是未加深思，同意派第四、五纵队随朱、王出发。与此同时，边界特委伪造了红四军前委书记毛泽东给袁文才的信，将袁王及其部属骗来，诱捕杀害。
远在赣南的毛泽东听说袁王被杀，感到十分震惊，井冈山是他和发扬光大德等人历经千辛万苦，好不容易建立的第一个农村革命根据地。袁文才、王佐对这块红色区域的营建，有着不可抹杀的功劳。毛泽东自然联系到了彭德怀，认为如果没有红五军的介入，边界特委是想杀而杀不了袁王的。彭德怀不但没有采取有力的措施制止这场错误行动，反而派兵参与，太不应该。因此，毛泽东把袁王被杀的主要责任记在彭德怀身上，觉得彭坏了革命的大事。
客观地讲，彭德怀对袁王的被杀，应当负有重要的参与责任。但整个事件有着错综复杂的原因，边界特委这些人与袁王已经矛盾日深，到了必欲除之而后快的程度，即使红五军不出兵参与，他们也要另想办法的。问题是向来行事果断的彭德怀，出于“挽救危局”的本意，一时考虑不深，卷入其中，引起严得后果，这是他始料不及及的。
(二)
1932年春，红三军团、红一军团等部队，在赣南地方武装的配合下，自2月上旬起向赣州城发起围攻。经过40天的苦战，4次爆破强攻，均不能得手。最终援敌罗卓英师开入城中，守敌深夜从两处坑道出击，袭占了红军部分阵地。红军不得不退出战斗，撤到赣县的江口休整。
攻打赣州，实际上是贯彻王明“左”倾路线夺取中心城市，实现一省至数省首先胜利的军事冒险主义的结果，也是已经搬到赣南苏区的临时中央着手于阵地战、堡垒战、街巷战的一次演习。
以毛泽东历来的战略观点和用兵韬略，对攻打赣州当然是持反对意见的。但在有关会议上，多数与会者表示坚决执行临时中央的指示，主张打赣州。
临时中央否定毛泽东的意见，还有另外一个重要原因，即开始排挤毛泽东在中央苏区对红军的正确领导。而在事实上，从赣州会议起，毛泽东就开始大权旁落了。
既然毛泽东反对打赣州，而结果打了亦是以红军的失利告终，他就有责怪的理由了。毛泽东明白赣州的久攻不克，主要责任在于临时中央，但对执行命令担任攻赣前敌总指挥的彭德怀，依然有“王明进攻路线急先锋”之嫌。
作为中革军委任命的攻打赣州的总指挥，彭德怀必须执行命令，竭尽全力地指挥作战。在攻城战斗的战术指挥上，彭德怀固然有一定的缺陷和错误，但这与思想上甘愿充当“左”倾冒险主义的“急先锋”，是有本质差别的，而并非后来对他所定论的“自动跳出来指挥打赣州”。
(三)
遵义会议开过后，红军依然面临十分严峻的军事局势。为要摆脱强已八倍之敌军的围追堵截，已经接替“三人团”行使军事指挥权的毛泽东，竭尽平生智慧，调度红军四渡赤水，终于跳出十几万敌军的重重包围。
然而，不是所有的红军指挥员都能理解毛泽东指挥红军四渡赤水的良苦用意以及战略意义的，有的红军指挥员抱怨这几乎令人眼花缭乱的跳跃式战略，给部队的精力造成了极大的损耗。第一军团军团长林彪，就怀有强烈的埋怨情绪，他接通了红三军团的电话，对彭德怀说道：“这样的指挥真叫人担忧，再这样下去是要垮台的呀。还是你出来指挥，我们服从你。”彭德怀没有把林彪的话当真，只当成是怨怒情绪言下的戏言，便在电话里回道：“你别乱扯消淡。”林彪放下电话后，兀自生了很久的闷气。他找来纸墨，提笔给中央军委写了封信，信的大意是要求把战场指挥权交给彭德怀，部队迅速北进与四方面军会合。
毛泽东意识到事情到了非同小可的地步，决计召开会议公开讨论此事。
1935年5月12日，在会理城郊一个叫铁厂的小村庄，中央政治局召开扩大会议。
毛泽东开门见山地提出问题，端出了林彪的信，然后就自已的得意之作“四渡赤水”，作了酣畅淋漓的战略阐述，最后把批评之矢射在林彪的身上。
其实，毛泽东的斥责之言还有另外一层意思；这封信不是你林彪能想到要写的，你只不过“是个娃娃”，还不是彭德怀在背后捣鼓你。
坐在会场上的彭德怀，哪能想到毛泽东有这样的想法呢？
风波虽然过去，然而毛泽东对这件事一直记挂在心，其后曾经四次提及。而一直自恃“心中无鬼”的彭德怀，却一点也没有介意。直到1959年在庐山会议上，当毛泽东重提此事时，彭德怀才提出了申辩，让林彪证明了自已的清白。
(四)
彭德怀发动和指挥“百团大战”，是在我抗日根据地日见缩小，八路军给养十分困难的情形下组织进行的。当时日军已停止正面进攻，将兵力重点移到华北，对我敌后根据地进行“三光”扫荡，使华北根据地的形势极为严峻。可是，日军深入我根据地后，兵力分散，交通线空虚，部分城镇的守备力量薄弱，又形成了对我有利的战机。这些都是促使彭组织这次战役的原因。
“百团大战”持继了3个半月，进行了大小战斗1800多次，共毙伤日军20600余人，缴获各种枪支6000余，拔除日伤据点2900多个。日寇华北派遣军总部不得不发表公报承认“损失巨大”。
任何事情都有利有弊。随着时间的推移，由“百团大战”引起的一些不利因素，就渐渐显露出来。战役暴露了我八路军的实力，使日军从华东、华中增调几个师团，加强了对华北抗日根据地的进攻，并实行疯狂的报复。再则我方军民在战役中的损失也不可小觑。
毛泽东的考虑显然更高一筹，他不但看到了上述的几个不利方面，还特别注意到一点，就是百团大战的计划虽呈报中央军委，但未等中央军委批准，就提早十多天发起行动。这在毛泽东的心目中，就有一个组织原则的严峻问题。
毛泽东在这一时期的对日作战战略，依然是以“独立自主山地游击战”为主，也不排除“有利条件下的运动战”，这与他注重保存我军实力，立于不败之地的思想是一致的。以几近倾其家底的兵力，投入这么大规模的运动战，这是毛泽东很不希望的。
毛泽东后来深深地意识到：如果彭德怀不那么性急，再傲上半年左右的时间，或等到日军兵力更为分散时，举行这个百团大战，其战果、意义将大得多，我方的损失则要小得多。毛泽东不由对彭德怀发动这一战役的动机，发生了某种怀疑，认为彭意在树立、抬高自已的威望。
(五)
粉碎高岗、饶漱石集团的反党分裂活动，是建国后党内第一次严肃的政治斗争。1952年调到中央任国家计委主席的高岗和时任中央组织部长的饶漱石，权欲熏心，对中央给予如此之高的安排仍不满足。出于资产阶级个人野心的急剧膨胀，他们四处煽风点火，造谣生事，大肆攻击刘少奇、周恩来。他还反对党内设立总书记，主张多设几个副主席，并有目的地进行拉拢活动，为能当上党中央副主席铺平道路。
高饶的反党活动引起了中央的高度注意，1953年 12月24日，中央政治局召开会议，批评高饶的反党阴谋活动。毛泽东在会议上讲道：“北京有两个司令部，一个是以我为首的司令部，就是刮阳风，烧阳火；一个是以别人为司令的司令部，就职是刮阴风，烧阴火，一股地下水。”这一讲话指出了高岗反党阴谋活动的严重性，向高岗提出了严重警告。但是，高岗、饶漱石执迷不悟，高岗还以自杀(未遂)与党对抗。
高岗、饶漱石的反党分裂活动，按说彭德怀是不沾边的。然而在党内一些领导同志的眼里，特别是在毛泽东看来，彭德怀应该算“另一个司令部”的人。这是因为，彭德怀与高岗在一段时间的确关系较好，那是抗美援朝的缘故。当时彭是中国人民志愿军总司令，高在东北主持工作，前线的后勤供应及许多事情牵涉到东北。高岗对朝鲜前线的各方面支援非常尽力，亲自去过两次朝鲜，这让彭德怀对他怀有好感。彭德怀在与高岗的接触中，确在一些公开场合议论过一些中央领导同志的是非，而耿直的彭德怀，还没有意识到被高岗利用了。
高饶的反党活动有所暴露后，彭德怀仍无察觉，直到七届四中全会的前夕，他才感觉到情况严重。彭德怀本打算向中央报告与高岗接触的情况，没想到被繁忙的事务一拖，就捱到了七届四中全会闭幕。到这时候，不但成了马后炮，还被毛泽东看成另外一种性质的举动。
(六)
毛泽东对彭德怀历史上的多次误会，最大的事件莫过于1959年庐山会议期间，对彭德怀“意见书”的突然光火。
所谓的“意见书”，是彭德怀于19959年7月13日写给毛泽东的信。彭德怀在给这封后来被称作“万言书”的信件中，既总结了大跃进的成绩，又客观而尖锐地指出了存在的问题及产生问题的根源，以及如何总结其中的经验教训等。
令彭德怀无论如何没有想到的是：7月16日下午，在会议上，他看到自已的信被印成文件，毛泽东在信的首页加上一行醒目的大字标题——《彭德怀同志的意见书》，并加批语：“印发各同志参考。”彭德怀的情绪立即坠入空谷：“我写给主席个人的信，怎么成了‘意见书’？怎么还要专门讨论呢？”一种不祥之兆攫住了他。随后在西北小组的会议上，彭德怀要求收回这封私人信件。
然而，开弓没有回头箭。这封洋洋万言的“意见书”，就象被点燃的柴草堆，形成了烧得彭德怀焦头烂额的“烈火”。
在7月27日的会议上，情绪激动的毛泽东，以一种高亢洪亮的语音。配以有力的手势，讲道：“……我晓得你彭德怀从延安整风以来就不服气，憋了那么久，这次就发到庐山上来了。好家伙，简直要把汉阳峰推下去！你我共事30年，你是三分合作七分不合作。有意见为什么不在郑州会议上提出来？不在成都会议上提出来？庐山会议快结束了，怕是没有了机会，是不是？所以，就下了战书。你骂了20天，指名道姓，喋喋不休，还要怎么样了？”
失去了控制的彭德怀不由“嚯”地站起来，不顾一切地拉大嗓吼道：“在延安，我操了我40天娘，我操你20天的娘还不行？”
“哦，你要操娘？”毛泽东的声音反而小了，保持着一种固有的镇静。他把手里的大半截香烟用力戳灭在烟灰缸里，将嘴唇抿得很紧，在场众人的心黯然沉下去……
其后的情形是，会议延长，斗争升级。林彪、康生、陈伯达、柯庆施等人纷纷跳将出来，翻出许多历史旧帐。彭德怀悲惨的晚年政治命运，从此开始……
