奧巴馬在競選時曾經保證，關閉關塔納摩監獄是他任期內的首要任務之一。當時的說法是，關塔納摩已經成為布什總統任期內濫用反恐侵犯人權的象征。人權組織一直呼籲新總統關閉這一特殊法庭，將嫌疑犯轉到普通法庭。
奧巴馬兌現了他的競選承諾，在宣誓就職後僅僅幾個小時，就做出一個重大決定，命令關塔納摩特殊法庭的檢察官將所有正在進行中的審判程序停止下來，暫時凍結120天。就職後的第2天也就是1月22日，奧巴馬經簽署政令，一年之內關閉關塔納摩監獄。
關閉關塔納摩監獄並意味著將恐怖嫌犯放生，但要繼續關押他們就得有相應的法律讓美國政府能延長拘留。於是，奧巴馬提出了一項針對恐怖嫌疑人的法律提案，依法可以將嫌疑長時間的關押在美國境內並完全可以在美國政府的控制之內，直至面對法律指控，或是無罪自由離開。
奧巴馬認為，關閉關塔納摩監獄是必要的，對構成安全威脅的人進行漫長的拘留也是必要的。
但是現在，一年關閉的期限已到，奧巴馬政府未能實施政令，也沒有提供關閉監獄的時間表。官方最新的說法是，在關塔納摩監獄的囚犯中，有35人將被送往美國聯邦法庭或軍事法庭接受審判，約110人可以立即或最終移交給他們所持國籍的國家，另有大約50人須繼續羈押。這批須繼續羈押的大約50名囚犯不能釋放，因為他們太危險了，但由於證據不足，美國也無法對他們提起訴訟。
奧巴馬原計劃中的在關閉關塔納摩監獄時把將部分犯人轉移至美國本土接受審判的計劃遭到國會強烈反對，民調也顯示約三分之二美國人也反對關閉關塔那摩監獄並把囚犯轉移至美國本土。關閉關塔納摩監獄在短時間內已經是沒有可能，面對輿論的質疑，奧巴馬只能想法自吞苦果。
關塔納摩監獄未如期關閉，皆因反恐的形勢，特別是也門基地組織的『崛起』，而聖誕炸機未遂案，讓美國反恐形勢再度嚴峻成為事實。國家安全，當然要比關閉關塔納摩監獄以及什么人權之類的更重要。關塔納摩監獄的關與閉並不能從根本上決定反恐的成敗，但卻是維護美國自身安全的一個必要選項.。關塔納摩監獄告訴我們，國家利益才是至高無上的。
