清同治三年（1864），中亚细亚的安集延（浩罕）国派将军阿古柏入侵我国新疆，攻占南路八城，不久又占领了北路的乌鲁木齐和伊犁地区，并于同治六年悍然宣布成立“哲德沙尔汗国”。1870年，为了达到永远占领新疆的目的，阿古柏又公然开始在新疆各地征收地税，命令汉回人民一律遵照安集延人的风俗， “光顶圆领”，剪去发辫，改变服装，意味着新疆已是安集延国领地。此时，沙俄也开始插手新疆事物，1871年7月上旬，俄军越过边境，侵占了伊犁九城地区，“设官置戊，开路通商，晓示伊犁永归俄辖”，并对清政府谎称“代为收复，权宜派兵驻守”。
恰在此时日本入侵我国台湾，西北边疆和东南海疆同时告急，引发了清庭一场海防与塞防之争。以李鸿章为代表的海防派坚决主张放弃新疆；以左宗棠为代表的塞防派坚决主张收复新疆。当时，朝廷上下大都支持李鸿章的观点，只有大学士文祥和湖南巡抚王文韶二人支持左宗棠的主张，堪称少数派。而慈禧最终钦断裁决时却采纳了左宗棠的建议，使左宗棠得以率兵西征，两年以内收复新疆失地，并正式在新疆建省，保持了祖国领土的完整，有效的防御了沙俄的侵略和扩张。那么，慈禧为什么支持左宗棠等少数派收复新疆呢？
首先是左宗棠的理由更充分，认为，对于国家的安危，“东则海防，西则塞防，二者并重”，不得偏废其一。他的万言奏章现在读来仍十分过瘾。以下摘录几段白话译文：
1、“新疆的面积很大．占全国土地面积的六分之一，非常重要。依我说，凡是祖国的领土，一寸土地也不能轻意让给外国人，不要说这六分之一的广大肥田沃土了。”
2、“有人说人家有洋枪洋饱，咱们打不过人家。我以为只要整军精武，严明纪律，精求枪炮，发扬敢打敢拼的传统．必然可以转弱为强．打败这两个劳师远征的敌人。”
3、“新疆与西北各省，乃是华夏整体中的一个组成部分，是不可分割的。一个人失去了四肢，他还能好好地生活么?也许李少荃（鸿章）不要四肢还可以活着……”（李鸿章曾比喻新疆是四肢，丧失了于元气无伤，而海防是心腹，丧失了会死。）
4、 “李少荃说‘新疆各城自乾隆年间始归版图，。这种说法实在是数典忘祖！早在周、秦、汉、唐时代．已有西北，并有了隶属关系。纵观历朝各代，每当国家衰亡时，总是最先丢失西北，为了保住东南，结果导致全民族的灾难。因此，只有保住西北，才可控制东南；光想保住东南，不但保不住东南，势必最后连西北都失掉。”
5、“由于清高宗乾隆皇帝平定了西北叛乱，削平了准噶尔部，兼定了回部，并且开新疆，立军府第一系列措施之后，才使关内一百多年来‘无烽燧之警’，老百性过着安稳日子。这么巨大的功勋伟绩，李少荃却视而不见，不知是何居心?”
6、 “新疆一百六十多万平方公里的土地，到处是土肥泉甘，物产殷阜，绝不是李少荃所说的‘数千里之旷地’。历朝历代，每当国家衰弱时刻，总会有一些目光短浅的人提出要放弃新疆这块宝地。当年乾隆皇帝出兵时，也有人反对，说是得不偿失，说什么，取之虽不劳，而守之或太费’。那时龚自珍曾痛斥这些人是‘浅见愚识 ’，是一些‘下里鄙生’，……”
第二、慈禧对“祖制”是再清楚不过了，清王朝本身以少数民族入主中原，吸取了明朝不注意周边少数民族因而亡国的教训，一直非常注意在蒙古、新疆、西藏等地搞怀柔、羁愫政策。新疆不稳会导致其他地区的连锁反应。何况这时台湾危机已经解决。于是1875年6 月，慈禧任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，同时以沈葆桢、李鸿章分别督办南、北洋防务。左宗棠争取到了用兵新疆的权力，终于1876年率六万征西大军浩浩荡荡地开向新疆。
