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本来新疆是中国民族成份，人种和文化传承最繁杂的地域。当时居住在这些地方的人民，并没有一个单一族群的认同。考虑到这个地区的各个绿州城市之间的距离相当遥远，可以说是百里不同音，千里不同俗，因此民族复杂程度，堪与中国的另外一个省份—云南相比。
那个时候的人民谈到自己，多用地方来说明，比如说俺是和田人、叶城人、喀什人等等。甚至外面的穆斯林信众，都不把这些地方的人民当作一个民族。当然在这些地方的各族人民，大部分是操突厥语系的各种语言，也有部分是伊朗语系，比如说塔吉克语等等。
而其中的一些民族，则和大家很不相同，比如说现在俺们非常熟悉的刀郎人，还有牛鲁盖人、瓦罕人等等。在很多地方还保留着前穆斯林文化的痕迹，比如说伊朗的拜火教等等。
因此整个新疆，大概是两种经济和文化传承。一个就是北疆和库尔勒地区的游牧文明，可以说是蒙古游牧文明的延伸。另一个就是南疆塔里木盆地边缘和东疆吐鲁番盆地的绿州农业文明。这里的主要文明传承，是伊朗-突厥系，除了农业耕种之外，还包括贸易和手工业。
从清朝政府的管制眼光来看，当时的主要外部威胁，一个是逐渐坐大的浩罕，一个是慢慢向东边蚕食的沙俄。因此清朝驻军的主要方向，是在北疆，尤其是伊犁地区。这里有差不多十万人的军队，除了主力满族和汉族的旗兵营之外，还有锡伯营、索伦营、察哈尔营，和收复的准葛尔营、回归的土尔扈特营、达斡尔营等等。
东疆则因为这里的人民和中国内地的交往深厚，比较放心，只有少量的驻军。
而清朝政府对南疆的看法，则认为这里被三面大山—葱岭、天山和昆仑山，一面大漠所包围，因此无论在政治和军事上，都翻不了天。再加上内部的威胁考虑，农耕民族总是比游牧民族要老实，因此对南疆的管制，就是在喀什设立参赞，然后在北方的要害地乌什驻扎了军队，以及在南部三城喀什、英吉沙和叶儿羌也有些换防的小部队，总数大概不到6千人。
在行政管理上面，南疆是靠清朝政府任命的当地贵族官僚伯克来管理。这些伯克大概是3品或者4品官员，可以说娴熟的满语和汉语，穿着打扮和内地的官员一致，而且同样要每个月去拜孔庙。这些官员也是同样采取了非世袭的外地任职制度，和哈密和吐鲁番的王爷世袭完全不同。
正是对南疆的忽略，清朝政府甚至连南疆使用的货币都和东疆与北疆不同。在北疆和东疆，主要是使用全国统一的银子和在伊犁生产的铜币。但是在南疆，则用了不同的叫做蒲尔，俗称红钱的纯红铜币，由阿克苏出产。
但是当年新疆的贸易对中国不那么重要，并不等于新疆对中亚的各个国家不重要。在当时，南疆，尤其是叶儿羌城，扮演的一个非常重要的中转站角色，就是俄罗斯和印度之间的贸易。因此，在南疆到处充斥了来自于中亚国家和印度南亚诸国的商人，其中势力最强大的就是浩罕国的商人。
当年在南疆的伊斯兰民众，主要是信奉苏菲派中的纳格什班迪耶教团。因此其统治阶层，被称为和卓家族，是教团的第五代首领麦赫杜姆阿扎姆的后裔。而阿扎姆又是据称是伊斯兰教创始人穆罕默德的女儿法蒂玛的第19代后裔。
但是在和卓家族之中，又因为教派纷争，分化为白山派和黑山派两个派别。白山派的地盘大概是东边几城，就是从库车、阿克苏、乌什和喀什的东北部分。而黑山派的地盘，大概是南边几城，就是喀什的西南部、叶城、英吉沙和和田。
当清军平定准葛尔之后，被准葛尔软禁的属于白山派的大小和卓兄弟被放回，然后很快开始反叛，但遭到清军平定。其中大和卓波罗尼都的4子萨姆萨克逃到浩罕，后来和他的儿子们一起，在浩罕的支持下，多次杀回南疆，准备复辟。
因此清朝在南疆的经济政策，主要是提供驻军的粮饷，但是在贸易政策上，变成了笼络浩罕的工具，对外来商人采取免税的优惠态度，导致了浩罕人在南疆的势力坐大，并且很多本地商人，假装成外商得到优惠。这套政策，颇像中国今天的优惠外商投资法规，害得不少国人戴上假外资的面具。
浩罕人在南疆的势力很大，人数最高的时候，居然有11万人之众。而且在外商团体中间，推选了商目一职，来管理所有商业业务。而这个职位，通常为浩罕人出任。
那么这个浩罕人出身的商目，结合了当地商人的强势团体，基本上担当了两个角色：一个是为浩罕政府干涉南疆，尤其是喀什的事务，起一个工具作用。另一个就是作为中间渠道，为浩罕的逃亡和卓家族及其跟随者，和南疆本地的支持势力，保持联系。
如果看一下今天的中国，外商的地位受到优待，加上这些外商团体的中方合伙人，也称为买办，已经形成了颇为强大的势力。而象谷歌那样的外资企业，同样扮演的当年浩罕商人团体的角色，就是成为海外反政府势力和内部支持者的聚会平台，同时也担当了外国政府的外交工具，作为干涉中国内部事务的基地。
因此当清政府对时局采取应付的态度，又没有足够的兵力面对外来的威胁，那么被外部势力在南疆频频出手，就是意料中之事了。
当时浩罕自己一方面努力扩张，企图吃掉布哈拉，一方面尽量把各地散居的哈萨克族、乌兹别克族、柯尔克孜族等等，予以控制以收税，一方面希望用武力威慑，来勒索对俄罗斯-印度贸易的控制权。
因此当浩罕的无理要求，除了治外法权之外，主要是拥有在中国领土上，对外国人的征税权，就是说浩罕政府有权征收那些其他中亚国家，以及南亚诸国的商人们在中国土地上经商的税收，被清政府拒绝之后，浩罕就开始支持流亡海外的叛乱者回来翻盘。
浩罕的野心造成的后果，就是1826年的张格尔叛乱和1930年浩罕的入侵， 以及后来1847年、1857年的叛乱。最大的一次，是1865年阿古柏的入侵，导致了左宗棠的远征。
清朝其实在1775年开始，慢慢衰落，已经无力处理浩罕的挑战。最后还是崛起后的俄罗斯帝国，在1864年到1876年，最后攻灭了浩罕，并开始把影响力施加于北疆地区。
