新疆古称西域，汉武帝反击匈奴后，西汉置西域都护府，将该地正式纳入汉朝版图，成为中国统一的多民族国家的重要组成部分。在漫长的历史岁月中，每逢中原王朝衰弱之时，西北地区便往往出现少数民族乘机而起建立的割据政权。清初，厄鲁特蒙古曾在伊犁地区建立准噶尔政权，并强极一时，历噶尔丹、策妄阿喇布坦、噶尔丹策零各汗，长期与清朝对峙。乾隆十年（1745年）以后，准噶尔政权陷入内乱，乾隆帝抓住有利时机，将其一举荡平，统一了新疆地区。面对这一辽阔广大的地区，乾隆以其最高统治权威，又发出了大兴屯田的号角。
战乱后的新疆，给屯田提供了有利的条件，但也产生了许多不利因素。最有利的是自然条件好，新疆中部横亘着天山山脉，把全疆自然划分成南北两部分，今天俗称北疆和南疆，清时一般又称天山以北为北路，天山以南为南路。北疆地区沙漠较少，草场茂盛，土肥地沃，适宜耕牧。厄鲁特蒙古四部中，辉特部游牧于雅尔（今新疆塔城附近），杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河流域，和硕特部游牧于乌鲁木齐，准噶尔部游牧于伊犁，四部共有二十万户，六十多万人。准噶尔政权割据新疆时，从天山南部迁移数千户维吾尔人在伊犁附近地区种地交粮，因此北疆地区农牧业蓬勃发展，成为支撑准噶尔政权的物质保证。乾隆十年，噶尔丹策零逝世，准噶尔政权长期内乱，大批牧民为逃避战乱，纷纷投降清朝。尤其十八年（1753年），和硕特部台吉三车凌等人来降，次年辉特部台吉阿睦尔撒纳、杜尔伯特部台吉讷默库等率二万余人投降清朝，给乾隆决策用兵准噶尔以可乘之机。
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乾隆用兵准噶尔时，曾决定在其地仍设四汗，“众建之而分其力”。当准噶尔汗达瓦齐未被清军俘获时，乾隆就提出封阿睦尔撒纳等人分别为四部汗，“朕视准噶尔众台吉与喀尔喀诸部落无异，凡事俱一体办理。四卫拉特台吉亦应照喀尔喀，每部落设立盟长、副将军各一员”《清高宗实录》，卷490，3页。，由清政府设驻扎大臣管理四部事务。阿睦尔撒纳图谋当四部总汗未遂，发动反清叛乱，乾隆仍坚持设四汗的计划，宣布噶勒藏多尔济为绰啰斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗，表示待平定阿睦尔撒纳之后仍按四部体制管理。但后来辉特汗巴雅尔、绰啰斯汗噶勒藏多尔济先后参与叛乱，清定北将军班第、定西将军策楞，参赞大臣鄂容安、玉保，副都统和起、唐喀禄，领队大臣满福等重要将领战死，其中不少将领是被叛军以投降为名诱杀的。乾隆据此认为厄鲁特蒙古不可信任，放纵清军大开杀戒，和硕特汗沙克都尔曼济就是在这种猜疑情况下被清军误杀的。长城以北号称塞外，从来没有天花，而清军平叛过程中，天山北部流行天花。厄鲁特牧民大量出痘而死，或因避痘外迁，或避乱外逃，造成当地人口锐减。清人魏源说：“计数十万户中，出痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克者十之三，率歼于大兵者十之三，除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编成佐领昂吉，此外数千里间，无瓦喇一毡帐。”魏源的说法基本反映了人口下降的情况，但有些事实要予以澄清：1.清军入伊犁之前若干年，北疆牧区厄鲁特四部因争夺汗位，互相残杀，人口实际已处于大量下降阶段；2.乾隆继位之后，厄鲁特蒙古不断地内逃，历史上此类记载甚多；3.有些厄鲁特牧民被清政府迁移内蒙古地区居住，像杜尔伯特三车凌部，达什达瓦部就是如此，这种减少和战乱死亡不可同日而语。
乾隆在新疆实行屯田，就是为了解决人口锐减问题而采取的必要措施。清统一新疆以后，北疆成为国防最前哨，恰巧又和最富侵略心的沙俄为邻。沙俄一贯积极支援准噶尔政权分裂祖国的活动，甚至收留阿睦尔撒纳，因其出痘身亡才将尸体交给清政府。对于沙俄的居心乾隆是非常清楚的，只有派重兵守卫以伊犁为中心的北疆地区，才能有效地阻止沙俄对中国领土的蚕食。北疆人口稀少，给大批驻兵带来很大困难，军粮没有保证，其他后勤支援更谈不上，就是从新疆最近的甘肃省调拨粮食，运至伊犁也有数千里之遥。长途运输，民力艰难不说，甘肃地瘠民贫，本省经常仰赖陜西粮食，实际上是无粮可调。若从内地供应，财政负担势必激增，清政府与准噶尔对峙近七十年，每年在西北地区耗掉了大量军费，乾隆下决心解决准噶尔问题，正在于一劳永逸，彻底摆脱军费负担。既不能增加财政负担，又要巩固西北国防，在他看来，舍屯田别无出路。
新疆北部的屯田，乾隆以前就已有之。“新疆屯田，始康熙之季，察罕诺尔地驻兵，因于苏勒厄图、喀喇乌苏诸处创屯种，令土默特兵千，每旗一台吉，遣监视大臣一人。而哈密、巴里坤、都尔博勒及西吉木、布隆吉尔等，咸议立屯，命傅尔丹、苏尔德、梁世勋分职其事。”《清史稿?食货一》，卷120。那时的屯田，仅是清政府解决军粮不足的辅助手段。乾隆二十三年（1758年），清军平定阿睦尔撒纳的战争接近尾声，大批绿旗兵退出战场成为闲员。当时清军粮食不足，杂以羊只供应，很多羊死于驱赶途中。乾隆想到不能让这些脱离战斗的绿旗兵坐耗军粮，就命令驻守巴里坤的参赞大臣永贵率领绿旗兵，“广为垦种，以裕军食”。永贵组织绿旗兵在乌鲁木齐、辟展、托克三、哈喇沙尔、罗克伦、昌吉等处开荒种地。据永贵报告，当年参加种地的士兵三千六百名，开荒二万九千三百亩，秋收得粮三万五千八百石，为往年三倍以上《清高宗实录》，卷559，19页。。乌鲁木齐周围地区类似的屯田兵最多时有一万三千四百名。乾隆认为这些屯田兵“多系闲住，不妨暂令乘时布种”，仍是作为解决军食的临时手段。将屯田作为保卫边防、开发新疆的主要措施是在清政府平定回部之后开始的。
开发新疆：大兴屯田
新疆北部的屯田，是乾隆亲自规划并且倾注了全副精力搞起来的。二十三年（1758年）四月，乾隆就强调指出：“惟明岁驻兵屯田，最关紧要。虽乌鲁木齐等处现在耕种，而伊犁尚属荒闲，倘被布鲁特等侵占，又须经理。朕意于伊犁等处驻扎索伦兵及健锐营兵两三千名，合之绿旗屯田兵丁，声威自壮。”《清高宗实录》，卷560，7页。乾隆曾计划召定边右副将军兆惠到北京详细布置屯田事，后来因兆惠负责指挥进剿霍集占叛乱，改由陜甘总督黄廷桂主持此事。黄廷桂打算由东起巴里坤、西至伊犁，七处地方同时修筑城堡，派遣兵丁，开展屯田。黄廷桂为此要求供给种子七八千石，农具五六千副，驼马一万五千只。军机处接到黄廷桂的报告后，认为根据国家财力，一时无法凑齐如此庞大数量的农具和驼马供给屯田士兵。乾隆反对黄廷桂的主张，认为黄廷桂表面上雷厉风行，实质上是脱离实际空想。不久，黄廷桂又提出大量招募维吾尔族人屯田的办法，参赞大臣舒赫德也提出于伊犁派满洲、索伦兵四千，绿旗兵四千前往驻防，派维吾尔人三千户屯田的办法，都被乾隆否定。乾隆的方针是“伊犁屯田应由近及远”，若是一下子聚集满汉兵丁及维吾尔人逾万，是无法妥善安置的。他具体说道：“至于屯田伊始，或派兵五百名防守，回人（指维吾尔族）五百户耕作，计所获之粮，足敷食用，再议开扩。”《清高宗实录》，卷599，44页。他的办法是尽量不依靠国家财政，由屯田自身积累逐步扩大规模。
伊犁地处西陲，其屯田最受乾隆重视。二十四年（1759年）冬天，命令办事大臣阿桂从阿克苏率兵五百名、回人三百户赴伊犁开始试种。他指示阿桂，“伊犁向为准夷腹地，故穑事颇修。今归我版图，若不驻兵屯田，则相近之哈萨克、布鲁特等乘机游牧，又烦驱逐”，着重强调屯田驻兵是巩固国防建设的大事。他还告诫阿桂，一定要抓好屯田，不可茍且塞责，存早想京师之念。阿桂率领五百士兵和三百回户，在伊犁河南岸海努克地方安营扎寨，开始了历史性的事业。
尽管乾隆帝把新疆屯田视为造福于子孙后代之举，但此举并非是清政府全体成员的共识，朝野内外分歧较大。二十五年（1760年），乾隆进行廷试时，新科进士的条奏中有人就说“古之屯田为劳民”的不同看法，变相地指责伊犁屯田与西汉轮台屯田同样劳民伤财。乾隆抓住这个机会宣传新疆屯田的深远用意，他说，现在伊犁屯田，完全是依靠维吾尔人种地，维吾尔人本以种地为业，准噶尔部控制新疆时就是如此。伊犁地区原有大面积耕地，清政府统一新疆后，令维吾尔人照旧种地，“不过是还其所固有，而驻防大臣等循行劝垦，亦惟用其人以垦其地。曾有一内地百姓抑之负耒而往者乎”。可见根本不存在劳民的问题。乾隆针对遣犯种地一事解释说，这些罪犯都是恶贯满盈、本该处死之人，现在让他们前往新疆种地，“以减死之人而予以谋生之路，伊等即不得谓之民，又安得谓之劳也”。他特别强调新疆屯田，不单单为守土军队解决粮食问题，“国家生齿繁庶，即自乾隆元年至今二十五年之间，滋生民数，岁不下亿万，而提封止有此数，余利颇艰。且古北口外一带，往代皆号岩疆，不敢尺寸逾越。我朝四十八部子弟臣仆，视同一家，沿边内地民人前往种植，成家室而长子孙，其利甚溥。设从而禁之，是厉民矣。今乌鲁木齐、辟展各处，知屯政方兴，客民已源源前往贸易，茆檐土锉，各成聚落。将来阡陌日增，树艺日广，则甘肃等处无业贫民前赴营生耕作，污莱辟而就食多，于国家牧民本图，大有裨益”。他最后表示：“今办理屯种，亦只因地制宜之举。而无识者又疑劳民，朕实不解，且付之不必解，而天下后世自有公论耳。”《清高宗实录》，卷612，19～22页。今天人们来看待这件事，不能完全否定乾隆是从维护大清统治的目的出发，也不能说在大西北屯田不需要人力物力，但是新疆的确从此得到进一步的开发，有利于当地的社会进步，应肯定这是乾隆做出的历史性功绩。
开发新疆：屯田的分布
皇帝和臣下发生争论，而且皇帝又有理，结果必是他胜利无疑。乾隆如此看重屯田，其他人当然只得退避三舍，不再反对，所以在他的直接参与之下，北疆多年沉睡的大地人欢马叫，呈现出一派生机，到处都掀起了开垦土地的热潮，并且收到了很好的效果。
伊犁地区
伊犁位于北疆最西部，乾隆二十三年（1758年），当清军还在进行平定回部的战斗时，乾隆已开始筹划伊犁屯田了。乾隆的指示很具体：“从前伊犁地亩，皆回人耕种，今俟回部平定，即将回人酌量迁移，与绿旗兵参杂。额敏和卓系回部望族，应同将军大臣等管束屯田兵丁，俟耕作娴习，主客相安，再回吐鲁番，方为有益。”《清高宗实录》，卷560，25～26页。乾隆想得很细致，伊犁距内地极远，与南疆却甚近，调发维吾尔族种地需费用极少。额敏和卓忠于清政府，由他来管理维吾尔人可减少民族矛盾，加上绿旗兵一起耕作，增加了稳定性。因为乾隆的重视，伊犁屯田成效最大，有兵屯、回屯、犯屯、民屯四种形式。
回屯（即维吾尔人之屯）。二十四年（1759年）冬，办事大臣阿桂从阿克苏带领三百户维吾尔族农民来到伊犁，他们是最早的屯田生产者。三百户人在土地肥沃的海努克地方播种，当年就获得大丰收。阿桂报告说，以播种量计算，上地获二十倍，中地获十倍，保守估计可获粮食二万四千石，除种地者自用外，还可供上千人来年麦熟前食用。有了粮食，阿桂提出扩大回屯规模，要求增派七百户，达到一千户。阿桂说，叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、乌什等城，有原先就在伊犁种地、后随霍集占逃回去的两三千人，“今闻开设屯田，愿来效力者甚多”《清高宗实录》，卷634，13页。。但是上述各城伯克以钱粮缺额为藉口，阻碍他们来伊犁种地。阿桂建议取消各城户口钱粮定额，以争取伯克们的支援。乾隆批示“伊犁再增回人千余，生齿更觉繁盛，亦于伊犁生计有益”，赞成此举。二十六年秋，伊犁回屯再次大丰收，收获小麦为播种量二十倍以上，青稞高达四十倍以上，平均每人收谷四十石，半数充做军粮。阿桂决定：“嗣后人给籽种一石五斗，以交粮十六石为率。”《清高宗实录》，卷650，20页。从二十七年至三十二年，清政府陆续从乌什、哈密、叶尔羌、和阗、吐鲁番等处调入伊犁地区六千户维吾尔农民，分布伊犁河南岸海努克与北岸固勒扎周围，编成九屯。每户交粮十六石，每年共交粮九万六千石，乾隆末年，伊犁将军保宁因当地维吾尔人生齿日繁，增垦土地，加征粮食四千石，总数达十万石。二十五年，清政府任命额敏和卓的儿子茂萨为伊犁阿奇木伯克，管理种地农民。三十一年，又任命茂萨弟鄂罗木管理。后来，定阿奇木伯克为专职，阶三品，总理回屯，下设十五人为属员。
绿旗兵屯田，简称兵屯。兵屯是与回屯同时开始的。二十五年春，有一百绿旗兵和维吾尔农民一起播种，秋天丰收后，阿桂请增派九百人。第二年，清政府将辟展屯田士兵调入伊犁，他们共种地八千亩，收获大小麦、青稞共二万七千一百石。伊犁兵屯产粮最多，据阿桂说，乌鲁木齐兵一人年获粮约十四石，雅尔仅十一石，伊犁可达二十七石，一人所获，可供八人食用。至三十四年，清政府陆续从内地增调屯田兵二千五百人，五年换班，以五百人操练，两千人种地。伊犁将军伊勒图规定，屯田兵每人种地获粮达二十八分以上，屯田官员议叙，士兵赏给两个月盐菜银两；十八分以上，士兵赏给一个月盐菜银，官员议叙。四十三年，屯田兵改成携带家属长期驻守，定额三千人，五百人训练，二千五百人种地，共分为二十五屯，每屯百人。每人种地二十亩，百名士兵共种地两千亩，领籽种一百一十石，收获十八分者交粮一千八百石，二十八分者交粮二千八百石。四十七年，伊勒图因伊犁粮食连年丰收，仓储粮食达五十万石以上，将屯田兵减去一千名，一半训练，一半种地。
伊犁地区还有犯人参加种地，称做“犯屯”。民人种地谓“民屯”，无论人数、规模都比较小。伊犁驻军每年用粮十六万石，其中回屯交纳十万石，兵屯交六万石以上，“视仓储多寡，随时增减屯种”《钦定新疆识略》，卷6，《兵屯》。，做到自给有余。乾隆末，伊犁贮粮经常在三十万石以上。
乌鲁木齐地区
乌鲁木齐位于北疆中部，气候条件适宜农耕，土壤肥沃，水源充足，以乌鲁木齐为中心，包括周围的昌吉、阜康、玛纳斯、呼图壁等地，屯务蔚然可观。该地区兵屯、民屯先后兴起，犯屯也占相当比重。
兵屯由盛而衰。杜尔伯特蒙古游牧乌鲁木齐时，就在当地开垦出不少地亩，乾隆在平叛时，要求绿旗兵耕种那些荒弃的土地，“省馈饷而丰积贮”。二十三年，派往乌鲁木齐的屯田兵多达上万人，乾隆指示：“此次屯田，如有情愿携带家口者，即准其带往，伊等即有家口，则分地垦种各安生业”，鼓励绿旗兵在该地安家落户。然而新疆初定，人心不稳，并无多少人携眷前往，不久设防中心西移伊犁，绿旗兵大量被裁撤。次年，据管理屯田事务的护军统领努三报告，“乌鲁木齐新旧屯田兵一千名，旧兵除差遣外，实屯田兵六百七十四名，种地一万五千一百余亩，收麦黍一万二千二百四十石。新兵二百名，种地一千五百余亩，收粮二千二百四十余石”《清高宗实录》，卷598，23页。。乾隆陆续把从南疆撤回的绿旗兵派往乌鲁木齐，让他们开垦昌吉、罗克伦、玛纳斯等处耕地，使乌鲁木齐屯田兵达到三千五百人。乌鲁木齐兵屯收获量虽不如伊犁多，但兵皆耕田，出现“售卖乏人”的情况。该处屯田官安泰奏请减少屯田兵数，乾隆坚决反对，认为如果这样做，“则现在垦熟地亩，坐致荒废前功，甚属可惜，将来或酌令兵丁家口陆续迁往，开垦就食，或令腹地愿往无业流民量为迁移。则垦辟愈广，内地即可稍减食指之繁，而该处粮石亦不致陈积，自属一举两得”《清高宗实录》，卷642，11页。。
开发新疆：屯田的分布
民屯蒸蒸日上。为解决乌鲁木齐兵屯地荒和内地流民无地可种的问题，乾隆命令陜甘总督杨应琚招募内地流民前往乌鲁木齐种地，是为民屯。二十六年（1761年）秋天，杨应琚从甘肃省安西、肃州、高台等处共招募贫民四百户，携眷前赴乌鲁木齐屯种。次年，杨应琚又从张掖、山丹、东乐等县招民二百户、男妇大小七百八十余口。《清高宗实录》，卷653，7页。二十九年，甘肃大旱，乾隆再次提出移民乌鲁木齐：“年来新疆屯政屡丰，如乌鲁木齐粮贮甚为饶裕，且其地泉甘土沃，并无旱潦之虞。如令该省接壤居民，量其道里远近，迁移新屯各处，则腹地资生即广，而边地旷土愈开。”这一年，杨应琚从肃州、张掖、敦煌县共招民七百零八户前往乌鲁木齐。移居的民户，都由政府提供车辆，派专人护送到乌鲁木齐。三十年，杨应琚又于肃州招民八百户、高台县四百户，“现饬道员，在瑚图毕、宁边城、昌吉、罗克伦等处，查明余地，给与车辆口粮，送往安插”《清高宗实录》，卷742，4页。。据移民王世昌等讲，到达乌鲁木齐后，“所有农器籽种及种地马匹，俱系官办”《清高宗实录》，卷725，17页。。他们来到这里有房住，有粮吃，有地种，遂安心从事生产，“伐木采煤，养育鸡豚，渐成村落，与内地无异”。到乾隆末年，乌鲁木齐地区民屯，共开垦土地五十多万亩。这些民屯无任何军事意义，是开发新疆的最有效途径。
巴里坤、穆垒地区
巴里坤和穆垒位于北疆东部，原是清军与准噶尔对峙的前线阵地，康熙末已有屯田，以绿旗兵为主。清定准噶尔，巴里坤成为内地，清军防线西移，兵屯日益削弱，犯屯和民屯相继兴起。
巴里坤犯屯。清政府对免于死刑的重犯，一般都遣送黑龙江给八旗官兵为奴。乾隆二十三年，因新疆平定，改派巴里坤给屯田绿旗兵为奴。第二年，乾隆决定让这些犯人屯田种地。他解释让犯人种地的目的是“以新辟之土疆，佐中原之耕凿，而又化凶顽之败类为务本之良民”《清高宗实录》，卷599，14页。。二十六年，清政府一次就遣送巴里坤四百八十名罪犯参加屯田。屯田不单纯是为了获得粮食，而是给这些罪犯开辟了一条改造自新的道路。清政府规定，参加屯田的罪犯，只要努力生产，重犯以五年为期，轻犯以三年为期，即可以释放为民。满洲旗人可以驻塔尔巴哈台为旗兵，汉军旗人可以加入绿营，民人编入当地户籍。三十一年，巴里坤有种地犯人二百五十名，人均种地二十二亩，因收成较好，清政府又从沙州挑选强壮犯人一百五十名前来种地。《清高宗实录》，卷775，27页。
巴里坤民屯。巴里坤地处东北部，气候相对比其他地方寒冷，兵屯与犯屯，每年合计种地仅一万四五千亩。民屯始于二十九年（1764年），地方官员注重水利建设，克服了气候不利的因素，使民屯发展了起来。二十九年五月，陜甘总督杨应琚从敦煌县招募民户六十余户，为民屯之始。在这些民人未到之前，杨应琚就开始解决水利问题。巴里坤北山一带，旧有水渠三道，杨应琚组织属员详细勘测后，于头道、二道渠尾部开渠两千丈，又用开渠之土建起村堡三座，一座周围一百丈，另两座六十丈。民户到来后，“因见有堡可居，有渠可灌，倍加欣喜”。商民（借商人力量招募的民户）接踵而至，前来认垦，当年垦地一万一千八百九十亩，次年又认垦四千余亩，“连前拨给安西民户承垦地共二万五六千亩”《清高宗实录》，卷739，18页。。当时商民认垦地位于水渠上游，安西民户承垦地在水渠下游，易因引水灌田产生纠纷。杨应琚命令废员陈文枢组织人力新凿大渠一道，把河水直接引至下游，分设二闸，控制水量，消除了上下游争水的矛盾。
穆垒（今新疆木垒）民屯。穆垒地处巴里坤和乌鲁木齐中间。三十年（1765年），巴里坤总兵德昌受命筹办穆垒屯田，德昌经实地勘查，认为穆垒可垦地八万亩，安插民户二千，准备每年招民二百户。军机处研究后，决定每年招民三百户，事先由绿旗兵种地贮粮供给前来民户，还为每户盖土屋两间。下年，陜甘总督吴达善确定穆垒移民办法，规定每年招徕民户编为一里，一里分成十甲，总共招三千户，设十里；每里设里长一人，每百户设渠长一人，乡约、保正各一人；户民认垦土地，由政府发给标准步弓丈地，以三十亩为准，村庄附近土地作为公用场圃。《清高宗实录》，卷775，25～26页。这是在乾隆同意下新疆最早设立的里甲机构，为后来建州县准备了条件。
塔尔巴哈台地区
塔尔巴哈台今天简称塔城，位于新疆最北部，与沙俄为邻。二十六年（1761年），参赞大臣阿桂即奏请“塔尔巴哈台与俄罗斯、哈萨克相近，应驻兵屯田”。阿桂请从伊犁派领队大臣率一千名绿旗兵前往驻扎，沿途设卡二十一所，选派侍卫分驻各哨卡，并迁移杜尔伯特、扎哈沁等部落前往游牧，以加强国防。乾隆因为财政原因，没有批准这一计划。直到二十八年，伊犁将军明瑞重提此事，清政府始于塔城驻兵屯田。三十三年，塔尔巴哈台参赞大臣巴尔品又建议于楚呼楚地方屯田，“以裕储积而备欠收”《清高宗实录》，卷820，21页。，清政府从乌鲁木齐调绿旗兵四百人前往种地。塔尔巴哈台因地处极北，故只有绿旗兵屯。
开发新疆：屯田三利
乾隆帝曾为新疆屯田作了一首诗，诗中写道：
汉代嘉充国，屯田充便始；
尔时实边防，多有戒心矣。
今日亦屯田，事乃异乎彼；
西域平定后，疆辟二万里。
地即无争战，土复甚丰美；
雪山引沟渠，水旱均足恃。
督臣欲招垦，条奏其事体；
甘肃地即瘠，新疆利堪指。《清高宗御制诗四集》，卷3，《陜甘总督文绶奏新疆屯田诗以志事》。
这几句诗，乾隆既说明清朝在新疆屯田与汉代从军事目的出发有不同，又提出在新疆屯田的方法和条件。的确，新疆北部屯田，清代也以解决军粮始，进而才大兴民屯，成为开发边疆的事业。总的来看，新疆屯田有三利：
首先，军粮问题得到了圆满的解决。新疆的地理位置，由东北而西南，先后与喀尔喀蒙古、甘肃、青海和西藏为邻。这些地方，除甘肃之外，均为少数民族居住区，农业比重很小。甘肃地方，多年供应清军，民力极其疲惫，平定准噶尔，该省人民虽除掉挽运之劳，而其本身粮食不能自给。清政府若从外省调拨粮食，须经河西走廊运送，路程几近上万里。那时新疆地区路程，从北疆巴里坤到南疆叶尔羌就有六千里。清政府即使财物充足，客观条件也不允许，乾隆深知新疆驻军粮食必须自力更生，唯有大兴屯田。那时的情况，可以说先种粮食后驻兵，或者说有多少粮食决定驻多少兵，所以，乾隆希望生产粮食愈多愈好，反对减少种地亩数。三十五年（1770年），伊犁将军伊勒图因当地粮食生产连年丰收，奏请停止由内地派往伊犁屯田士兵，结果被乾隆大加斥责。乾隆明确说：“新疆地方，开垦地亩以备积谷，甚属紧要。积谷虽多，不患无用，且多垦土地自必多需兵丁，即稍有费用亦属无几。今伊勒图如此奏请甚属烦琐，伊从前不致如此糊涂！”《清高宗实录》，卷873，14页。乾隆鼓励屯田多多益善，才促使天山北部屯田星罗棋布、四处开花。从东部的巴里坤到西边的伊犁，北至塔尔巴哈台，南抵库尔喀喇乌苏，从绿旗兵到维吾尔农民、汉族移民、遣犯、商人，都投入到垦荒的热潮中。结果北疆的粮食生产不仅大大满足清军设防之需，而且开始外调。三十七年，陜甘总督文绶因为新疆粮食充裕，商贩稀少，提出在乌鲁木齐、巴里坤、哈密等地区准许商民报监捐粮，就是向清政府交纳一定数量粮食获得监生资格。文绶计划于乌鲁木齐、巴里坤、哈密三地，各收监粮十万石；济木萨、奇台、穆垒、昌吉等处，各收监粮五万石，总计为五十万石。大量粮食储备除满足军事需要外，还为移民开发新疆准备了条件。
其次，屯田促进了新疆的农业开发，推动了民治机构的建立。清代新疆东西七千余里，南北六千余里，周两万余里，清统一新疆之后，乾隆就提出移民开发的政策。二十五年，乾隆主张迁移“甘肃等处无业贫民前赴营生耕作”，认为这样既有利于开发新疆，又可以缓和内地人口矛盾，可以一举两利。他多次指示陜甘总督杨应琚招募甘肃民人到新疆种地。三十六年初，乾隆得知甘肃省连年受旱灾之苦，从乾隆二十三年至三十五年，共欠仓粮四百零四万石，折色银一百三十二万两时，作为最高统治者，他不能不考虑“似此日累月多，势将何所底止，是旧逋固不可不及时清厘，致令积疲不振”。但他更注意到“边陲生计艰难，尤当急为筹画以裕久长”，使甘肃灾区人民改善困境。乾隆认为，新疆统一以后，大兴屯田已成乐土，“商民辐辏，风景不殊内地”，但没有出现内地民人踊跃前往的局面，是因为他们缺乏对新疆开发情况的具体了解，所以裹足不前。他要求地方官员设法劝导甘肃民人出嘉峪关种地，“将来关外生聚滋蕃，兼可酌添郡县，而此等待食之民向外多移一人，即少耗内地一日之粟，可使盖藏渐裕，化瘠为腴”《清高宗实录》，卷877，9页。。半年后，甘肃又遇大旱，到处都是流民，乾隆拨银二百万两、粮二十万石赈济灾民，并指示陜甘总督明山，令其设法劝谕流民赴新疆种地，“使共知边外谋生之实利，自必熙攘趋赴，不特目前之嗷嗷者，不至漂泊无依；即将来或遇欠收，而瘠土贫民，亦可免坐守困乏，实为筹备边氓生计之长策”。甘肃民人不断进入新疆，为加强对他们的管理，清政府逐渐设立起民治机构。三十八年（1773年）起，清政府在巴里坤设镇西府，乌鲁木齐设迪化直隶州，其他地方分别设阜康、昌吉、绥来、宜禾、奇台等县。这些州县机构都设在北疆，是屯田制的进一步发展。
最后，屯田增进了各民族之间的团结。新疆北部原为厄鲁特四部游牧地，东部吐鲁番、哈密地区的维吾尔人因避战乱于雍正五年（1727年）内迁到甘肃瓜州，伊犁种地几千户维吾尔人也随霍集占逃回南疆。清政府消灭准噶尔政权后，北疆仅存少数投降的厄鲁特牧民。乾隆确立屯田开发方针，绿旗兵起了屯田先遣队的作用。他们垦荒积谷，伐木造屋，为其他民人准备生产和生活物资，许多人后来携眷驻守，成为土著居民，与后来移居新疆的汉民构成汉族主体居民。迁移内地的维吾尔族重归吐鲁番、哈密旧地，逃到南疆的维吾尔族又回到伊犁种地，这两部分人构成后来维吾尔人的主体。早年被准噶尔压迫出走伏尔加河的土尔扈特部于乾隆三十六年（1771年）返回祖国，被清政府安置在北疆游牧，分东西南北四路，共十旗。原准噶尔首领舍楞率领的牧民安置在科布多附近，与留居原地的牧民构成蒙古民族的主体。汉族、维吾尔族和蒙古族是当时北疆的三大民族，他们非常珍惜和平安定局面，团结互助，互通有无，成为繁荣北疆经济的主要劳动者。
对新疆的管辖：南疆之治
新疆的南部，与北疆地理环境不同，塔里木盆地中部有面积达32万多平方公里的塔克拉玛干大沙漠，浩瀚无垠的戈壁滩气候干燥，寸草皆无。唯一令人庆幸的是周围高大的雪山流淌着常年不断的雪水，维吾尔人就在塔里木盆地周围开垦出片片绿洲，从事农业生产。因维吾尔人善于种地，准噶尔政权控制南疆时，将当地维吾尔人首领玛罕木特押往伊犁，又迁移数千居民同往，令其种地输粮。伊犁地区的农业开发，维吾尔人有创业之功。
清军尚未结束平定霍集占的叛乱时，乾隆就已经提出对南疆地区实行“因俗而治”的方针。他说：“回部与伊犁不同，伊犁入我版图，控制辽阔，不得不驻兵弹压，至回部平定后，不过拣选头目，统辖城堡，统归伊犁军营节制。”《清高宗实录》，卷570，26页。清政府对南疆实行因俗而治，是其客观条件决定的。南疆周围绝大部分地区与哈萨克、爱乌罕（即阿富汗）、巴达克山等部相邻，这些部落慑于清军兵威，纷纷向清朝纳贡称臣，外境没有强邻压迫。清军在平叛过程中，和阗头人霍集斯、阿克苏头人颇拉特等维吾尔族首领先后归附清朝，仅库车和叶尔羌两城战事激烈，其他地区均不战而降。这种情况使南疆地区原有的行政组织基本上保存下来，可以为清朝利用，因俗而治。
维吾尔人的行政机构。乾隆二十四年（1759年），定边将军兆惠指挥清军攻下叶尔羌、喀什噶尔两城后，向乾隆报告了当地的行政机构情况。据他说：“查回部头目，曰阿奇木，总理一城；曰伊沙罕，协办阿奇木事；曰商伯克，管理租赋；曰哈子，管理刑名；曰密喇布，管理水利；曰讷克布，管理匠役；曰帕察沙布，查拏贼盗；曰茂特色布，承办经教；曰本特斡里，管理田宅；曰都管，管理馆驿；曰巴济格尔，管理税课；曰阿尔布巴，派差催课；曰市珲，协办都管事；曰巴克迈塔尔，专管园林；曰明伯克，其职如千总。”《清高宗实录》，卷593，12页。由此可知，南疆各城自阿奇木伯克以下，有一套比较完整的行政系统。大小伯克及其属吏占有大量土地，役使维吾尔人民种地交租，他们还利用南疆地处丝绸之路孔道的便利，向来往商人征税。南疆地区还自行铸造货币，即“普尔钱”，通行各地。
采用伯克制度，是因俗而治的基本内容。南疆地区经济是依赖绿洲农业生存的，维吾尔族在片片绿洲上筑城居住，西汉时西域有三十六国，东汉有五十五国，皆指城数而言。各城城主就是兆惠所讲的阿奇木伯克。乾隆与大臣们经过慎重考虑，决定实行阿奇木伯克制，作为清政府在南疆的地方机构。南疆共三十一城设立阿奇木伯克，因城市规模大小不一，清政府把它们分为三等：叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏、和阗为四大城；乌什、英噶萨尔（即英吉沙尔）、库车、辟展为四中城；沙雅尔、赛里木、拜城、库尔勒、玉古尔、牌祖阿巴特、塔什巴里克、哈喇哈什、克勒底雅、玉陇哈什、齐尔拉、塔克、阿斯腾阿拉图什、阿喇古、玉斯腾阿喇图什、英额奇盘、巴尔楚克、沙尔呼勒、鲁克察克、托克三、喀喇和卓、洋赫、克勒品为二十三小城，“俱给与阿奇木伯克图记。其大城图记分寸视内地佐领，中小等城以次递减”《清高宗实录》，卷642，32页。。阿奇木伯克由三品至五品不等，他们已不再是自行其是的城主，而是听命于清政府的地方官员。
减轻赋税，改善维吾尔人生活。准噶尔政权控制南疆时，向各城横征暴敛，定额每年征收钱六万七千腾格（一腾格相当于一两银子），粮食四万零八百九十八帕特玛（一帕特玛合四石五斗），棉花一千六百四十三察喇克（一察喇克合十斤），红花三百六十五察喇克。克色克、绰克巴什人、商贾牧羊人等，每年要交钱四万六千腾格，商人还有金铜税——边界贸易维吾尔人，征税十分之一；外来贸易之人，征税二十分之一。由于税收过重，怨声载道，每年都不可能按数征收。清定南疆后，将赋税大减，以争取人心，规定每年征粮四千帕特玛，还不到旧额十分之一；征银六千腾格，同样不足过去的十分之一。因北疆驻军需用棉织品，棉花、红花照旧征收外，“其余零星杂税，概行蠲免”《清高宗实录》，卷593，13页。。通过税制改革，减轻了广大维吾尔人民的负担，有利于地方经济的发展，又使清朝的统治受到拥护。清政府还废除了南疆各城使用的普尔钱，在当地铸造“乾隆通宝”，统一了货币。
清政府在南疆设参赞大臣、帮办大臣、办事大臣、领队大臣等官分驻各城，加强管理，还规定各城阿奇木伯克轮班入觐汇报政情。乾隆能讲维吾尔语，在接见各城伯克时，可以直接了解情况。一次，清政府任命总理南疆事务的吐鲁番郡王额敏和卓来京，向乾隆报告说，喀什噶尔城阿奇木伯克噶岱默特“人甚平常，且勒取属人财物”等事。乾隆马上叫舒赫德、福森布、苏尔德等人调查此事，结果是噶岱默特根本没有勒索财物事，而且受人拥戴，“喀什噶尔回人咸云感谢噶岱默特”。这件事是额敏和卓有意陷害，以泄一己私愤。额敏和卓因积极参加清政府平定霍集占叛乱而受清政府信任，委以管理南疆事务大权，乾隆由此认识到对任何官员都不能偏听偏信，“回人互相倾陷，是其积习”。当时不仅额敏和卓这样做，不少来京觐见乾隆的伯克都诬陷他人，乾隆对额敏和卓予以免职处分，让他回到吐鲁番“安居静养”。对其他伯克们，“俱降旨训谕，嗣后各当痛加悛改”《清高宗实录》，卷900，5页。。各城阿奇木伯克经常借征税之机加赋于民，又大肆造谣，把责任推到驻扎大臣身上。办事大臣永贵主张采取没收牲畜财物办法给予制裁，乾隆不同意，“办理回部事务，宜因其性情风俗而利导之”《清高宗实录》，卷648，18页。。他强调的是只要不危及清朝在当地的统治，就睁一只眼闭一只眼，依靠伯克们治理地方，不多加干涉。
对新疆的管辖：乌什起义及善后处理
乌什起义是由于该城阿奇木伯克阿卜都拉及清派驻大臣素诚残暴压迫维吾尔群众引起的。阿卜都拉是哈密郡王玉素布弟，从清军平霍集占有功，受命为乌什阿奇木伯克，为南疆六大伯克之一（其他为叶尔羌伯克鄂对，喀什噶尔伯克色提巴尔第，库车伯克鄂斯满，和阗伯克汉咱尔巴，阿克苏伯克达墨特），位居三品。《清史稿?职官四》，卷117。阿卜都拉性情残暴，对乌什人民经常鞭责凌辱，并且多方勒索财物。他还从哈密带来部分随从作为心腹，这些随从假借其势作威作福。据起义发生后被清军俘虏的额伊敏说：“驻扎大臣等从前派出屯田回人前往伊犁，所购马匹牲只及采买官粮，均未给价。又将瘦羊四百只，每只令回人交价四两，此项银两俱系哈密回人侵蚀。”《清高宗实录》，卷731，10页。清政府派驻乌什的办事大臣、副都统素诚，非但不能约束阿卜都拉及其随从的暴行，还与其他办事人员任意奸淫妇女、科派群众，终于导致了起义的发生。
运送沙枣树事件是这次起义的导火线。根据伊犁将军明瑞的报告：素诚征调人力往济木得地方运送沙枣树时，“将伊子派出押运，沿途行李，俱令回人背负，以致所派之人甚多，并将小伯克赖和木图拉亦行派出。而赖和木图拉之妻，从前又曾被素诚留宿，因此蓄有嫌怨，遂至作乱”《清高宗实录》，卷733，17页。。二月十四日夜，赖和木图拉率领二百四十名维吾尔群众举行起义，攻打乌什城衙署。素诚和阿卜都拉闻讯后跑到附近的山上，被起义群众包围，素诚自杀，阿卜都拉投降了起义军。清政府派驻阿克苏的办事大臣、副都统卞塔海闻讯后率五百清兵赶往乌什，当地群众还开城迎接清军，卞塔海不问青红皂白，命令见人就开枪，“至第三日用炮攻打城门，回人始行出拒”。乌人起义本来是一次突发事件，素诚已死，如果卞塔海再行安抚，本可迅速结案，但卞塔海却把事态扩大，使参加起义的群众迅速增加到两千多人，占领了乌什城，并派出使者到安集延、霍罕等处求援兵。伊犁将军明瑞接到卞塔海请求增援的报告后，火速派纳世通、观音保等人率清军前往乌什，并准备亲自前去指挥。纳世通没把起义群众放在眼里，“恐明瑞与伊分功”，阻止明瑞率兵来援，结果反被起义群众击退。乾隆对乌什人民被迫起义的肇事官员深恶痛绝。
乌什起义发生后，南疆各城人民群众纷纷准备响应，但被各城维吾尔族上层人物所破坏瓦解。据载，起义发生时，叶尔羌城阿奇木伯克鄂对的妻子叶依木和儿子鄂斯满在库车得知，便用了五天五夜赶回叶尔羌，大摆酒席，把准备响应起义的小伯克诸阿浑、爱曼等召到公署，晓以利害，又让歌女劝酒把他们灌醉。叶依木还暗中派人收缴了这些人的武器，把马匹驱赶到百里之外，“人心始定”。鄂对的儿子鄂斯满率库车城维吾尔士兵增援乌什，城中一些群众打算乘虚而起，伯克阿那雅尔率亲信群集清驻库车大臣公署周围严密防范。阿克苏伯克达墨特正值轮班入觐北京，行走至肃州时听到乌什起义的消息，策马七昼夜返回阿克苏，“城中乃不敢动”魏源：《圣武记》，卷4，《乾隆新疆后事记》。。假如不是这些维吾尔族上层人物站在清政府一边，其后果是无法设想的。
伊犁将军明瑞三月初到达乌什，陆续调集新疆各地军队上万人会集乌什合围起义群众。明瑞向乾隆报告卞塔海擅自下令开枪激变，纳世通平素殴打伯克、行围骚扰诸劣迹。乾隆下令将卞塔海、纳世通二人于军前正法，以安抚维吾尔族人心。六月份，清军在攻城中射死了起义领袖赖和木图拉，城中又缺乏粮食，起义群众试图突围都没有成功。八月十五日，清军耗费半年时间，才攻下乌什城。
此次乌什起义的发生，伊犁将军明瑞错误地把素诚个人不法激变归结到政治制度上，建议取消大臣驻扎制度，结果受到乾隆的严厉斥责。乾隆认为，清政府自平定霍集占叛乱后，在南疆驻兵，各城设办事大臣已成定制，“一旦忽尔改易，殊非国体”。乾隆反问明瑞：若将各城驻扎大臣裁撤，“补授阿奇木伯克，谁为拣选保举?而阿奇木等或妄自尊大，不奉伊犁约束，又将如何办理耶”《清高宗实录》，卷734，10页。？乾隆主张，对南疆的管理只能加强，不能削弱，派驻大臣不法，只要严治其罪，后任自会小心。根据乾隆的多次指示，明瑞与尚书阿桂、吐鲁番郡王额敏和卓等人反覆研究，制定了《回部善后事宜》，对清政府在南疆的管理体制进行了若干改革。
1.限制阿奇木伯克权力。南疆各城旧制，“以阿奇木伯克总办事务”，日久权重，任用私人，与承办具体事务的小伯克产生矛盾。乌什起义与素诚有关，更与阿奇木伯克阿卜都拉任用私人有关。现改为以后承办各种事件，阿奇木伯克先与承办之小伯克商量，由小伯克提出具体方案后，再与伊什罕伯克（即副城主）会商。阿奇木伯克若照旧揽权独办，允许向驻扎大臣控告。此条规定使阿奇木伯克的权力受到限制，相应提高了驻扎大臣的权利。
2.取消陋规。清政府在南疆征赋税本来极轻，但从前准噶尔政权有格讷坦税一项，以备办差使用，每年各城派四五千腾格不等，系临时征派，且无定额。清政府统一新疆后，向各城派差均发给口粮羊只，驻扎大臣由政府发给养廉银，因此决定彻底取消这项陋规。以后预选富户拨给若干土地，每户一二年内轮办差务一次。
3.平均赋役负担。准噶尔政权控制南疆时，每年派哈刺罕一人、和卓一人编制各城户口赋役清册，据此征收赋役。清统一新疆后，此事完全依靠阿奇木伯克办理，“渐生隐匿贿脱之弊”。现规定以后每隔一年派政府官员查核户口赋役情况，若有轻重不均，将阿奇木伯克治罪。
4.整顿选举。南疆各城属官出缺，阿奇木伯克并不秉公补用，经常任命自己的子弟亲戚。现在规定以后由伊什罕、噶匝纳齐、商伯克共同保举。阿奇木伯克亲戚子弟，一律回避。
5.减少颜齐人数。颜齐是伯克随从，有一定额数，从中等人户中挑选。伯克专门挑选富裕人家做随从，而将其应纳赋税摊入穷户，伯克等从中侵蚀，颜齐又乘机挟制伯克骚扰百姓。现规定以后由阿奇木伯克按定数挑派，额外挑派一概革除。
6.确定赋役额数。维吾尔群众每年应办赋役，从前一律由伯克指派，并不提前通知，“每致放富差贫”，即富人免差，穷人重收。现规定将应办赋役定额，令办事大臣以印文公布，如有不遵守定额滥征者，允许维吾尔群众控告。
7.整顿贸易。清政府统一新疆后，内地商人来南疆贸易的人数逐渐增多，与维吾尔人混居在一起，时有摩擦。现令内地商人赴驻兵处贸易，由各城大臣稽查，不准与维吾尔人杂居。
8.规定礼仪。南疆各城驻扎大臣与阿奇木伯克的关系，一向很不明确，清派驻的办事大臣逞胜利之威，妄自尊大，对大小伯克们颐指气使，视同奴仆。现规定阿奇木、伊什罕伯克见办事大臣“照总管、副总管例”，其余小伯克均照官兵例，明确了办事大臣的主权地位，阿奇木伯克是其属官。《清高宗实录》，卷746，12～15页。
以上八条是《回部善后事宜》的主要内容。从中可以看到，乾隆对南疆的“因俗而治”暴露出许多问题，基本上是依赖各城阿奇木伯克，对原来的社会问题根本没有触动。以阿奇木伯克为代表的维吾尔地主阶级倚仗清政府赋予的权力，横征暴敛，加上办事大臣腐败，是造成乌什起义的主要原因。乌什起义发生后，乾隆对“因俗而治”的政策进行了改革，以限制阿奇木伯克权力为中心，剔除了许多弊端，明确了驻各城办事大臣和阿奇木伯克的统属关系，加强了对南疆地区的管辖。这次改革使当地矛盾得到缓和，维吾尔人民群众的生活多少有些改善。直到鸦片战争，南疆地区始终处于安宁稳定的环境，说明《回部善后事宜》是有积极作用的。
对新疆的管辖：布防和巡边
新疆地处边陲，清朝在新疆虽然取得了平定天山南北各种分裂势力的胜利，实现了统一的管辖，但在维护统治方面，不能不依靠一定的武力。这既是从镇压当地可能出现的反抗出发，又是考虑防止来自外境的侵犯。
“乾隆二十五年，始议于新疆设兵驻守。”《清史稿?兵志一》，卷130。阿克苏办事大臣阿桂率满洲、索伦骑兵五百人，绿旗兵百人，维吾尔人三百户，至伊犁搜捕玛哈沁，招抚厄鲁特牧民，筑城屯垦，为新疆设兵驻防之始。据阿桂向乾隆报告，当时伊犁只有满洲、索伦、察哈尔兵八百人。那时乌鲁木齐、巴里坤虽有屯田绿旗兵近万人，主要任务是生产粮食，为清政府调兵布防准备物质基础。二十七年（1762年）以后，军粮问题得到解决，乾隆开始在新疆进行大规模的军事布防。
设立伊犁将军。天山虽然把新疆分成南北两部分，但南疆“由乌什、阿克苏逾冰岭赴伊犁者为捷道”。乾隆二十七年，清军机大臣因为“回部与伊犁相通”，“伊犁当勘定之初，为新疆总汇”《清高宗实录》，卷673，13页。，提出设立伊犁将军，作为清政府在新疆的最高军政长官，得到乾隆批准。明瑞被任命为首任伊犁将军，全称为“总统伊犁等处将军”，其职权是“节制南北两路，统辖外夷部落，操阅营伍，广辟屯田”。乾隆明文规定，凡乌鲁木齐、巴里坤，所有满洲、索伦、察哈尔、绿旗兵由伊犁将军总统调遣；南疆地区与伊犁相通，自叶尔羌、喀什噶尔，包括哈密地区的驻兵也归伊犁将军兼管，其地方事务仍由各处驻扎大臣照旧办理。从此，确立起以伊犁将军为中心的新疆驻防体制。伊犁将军下设参赞大臣二人，由爱隆阿、伊勒图担任，协助管理伊犁事务。纳世通授参赞大臣，驻喀什噶尔，总理南疆各路驻军。绰克托授参赞大臣，驻塔尔巴哈台。三十七年（1772年），设乌鲁木齐参赞大臣，由索诺木策棱担任，次年升为乌鲁木齐都统。从设官来看，驻防重点在北疆。
增兵新疆，携眷驻防。二十七年，乾隆谕军机大臣：前因准噶尔未平，凉州、庄浪等处为西陲冲要，故将西安驻防满洲、蒙古、汉军数千名移往驻防，现在统一新疆，巴里坤以西已成内地，凉州、庄浪均在甘肃，更无驻兵的必要。他说：“伊犁建造城堡，设立将军，驻防屯田，与其三年一次派兵更番戍守，何如即以凉、庄兵丁携眷迁移较为省便?”从而做出了调八旗兵携眷驻防的决策。乾隆还提出，不仅凉州、庄浪二处可裁兵，内地京口、杭州等处也可减少兵额，现在正办理汉军出旗为民一事，可将凉州、京口、杭州等处汉军出旗所空兵额，“拣选索伦、察哈尔余丁派往伊犁驻防，庶粮饷不致虚糜，而伊等得以及时效用，差操得所，为国家增一劲旅”《清高宗实录》，卷677，15～16页。。
从二十八年（1763年）开始，根据乾隆的指示开始了大规模布防新疆的调兵行动。这一年，凉州、庄浪驻防八旗兵三千二百人全部携带家属移驻伊犁，同年索伦兵一千人、察哈尔蒙古兵一千名也被派往伊犁。清政府对开往伊犁的八旗兵丁，每三丁给车一辆，每户给装运杂物的大车一辆。二十九年，乾隆又下令从承德地区调满蒙八旗兵一千人，从盛京地区调锡伯兵一千人，一律携眷驻防伊犁。乾隆指示伊犁将军明瑞：“索伦、察哈尔兵丁令其照常游牧，即满洲兵丁亦不宜常居城市，仍令其兼以游牧为事，即可撙节薪刍，伊等亦不忘本业。”《清高宗实录》，卷678，6页。他要驻守伊犁的八旗兵通过参加生产劳动，培养吃苦耐劳习惯，以保持精于骑射的传统。三十三年，驻守乌鲁木齐地区的三千六百名绿旗兵改为携眷驻防。三十六年（1771年）乾隆再次大规模增兵新疆，乌鲁木齐驻防满洲八旗兵三千，巴里坤驻满洲八旗兵两千，塔尔巴哈台原有兵额一千人增至两千人。《清高宗实录》，卷896，7页。至此，大体完成了对新疆的驻兵设防。据《新疆识略》记载：
新疆满洲、绿营官兵分布南北两路，有驻防、换防之分。驻防者携眷之兵，永远驻守，惟伊犁及乌鲁木齐、古城、巴里坤满洲绿营为然，土鲁番满兵亦如之。其北路之塔尔巴哈台满兵，则自伊犁调拨。南路之英吉沙尔、叶尔羌、乌什、阿克苏满兵，则自乌鲁木齐、古城、巴里坤调拨。绿营兵则自陜甘各营调拨，皆轮班更替，非常驻者也。伊犁地处西陲，将军镇守，故驻有满洲、蒙古八旗兵，有绿营屯兵，有锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特兵，约束严明，所以靖边圉而资控驭。惠远城满营自乾隆二十九年至三十一年由热河、凉州、庄浪移驻。惠宁城满营始自乾隆三十五年至三十六年由西安移驻。锡伯营自乾隆三十年由盛京移驻。索伦营始自乾隆二十九年由张家口移驻。厄鲁特营有自乾隆二十九年由热河移驻者为达什达瓦厄鲁特。此外绿营兵则自乾隆二十五年由陜甘两省陆续换防，至四十三年始改为携眷永远驻防。《钦定新疆识略》，卷7，1～2页，《营务》。
乾隆执政时，新疆共设官一千四百员，驻军一万九千人，岁需饷银六十八万两，粮食十三万五千石。清政府每年向新疆调拨饷银六十一万两，粮食则全部就地解决。新疆驻兵数仅次于首都和东北地区，为全国第三（指八旗驻防兵）。
乾隆规划新疆驻防，不少朝野人士以为使清政府背上了一个大包袱，实际并没有增加多少开支。乾隆二十六年（1761年）公布了新疆军费开支情况。当年清军在天山南北地区共驻马步兵一万九千人，其中马兵三千一百一十名，步兵一万三千三百七十四名，台站兵二千六百二十三名。驻军所需粮食料豆八万二千八百余石，统由屯田供应，大臣养廉、官兵盐菜银岁需三十三万多两。清政府从南疆叶尔羌等城征收腾格钱合银五万八千余两外，每年从内地调入新疆二十七万五千两白银，相比从前清政府西北驻军费用大为减少。清政府统一新疆后，陜甘兵额裁员十分之一，加上裁减马匹、撤销西宁卡伦台站、哈密防兵，共节省银六十六万余两，除补新疆驻军之外，仍有余额三十九万两。根据这一统计数字，乾隆的结论是：“视未用兵之前，不但绝无所增，实可减用三分之二。其屯垦自给之粮，即不可以靡运费，且将来耕种日开，所入倍当充裕，又不在此时约计之内。”《平定准噶尔方略?续编》，卷15，1926年12月丙寅。若同与准噶尔政权用兵打仗相比较，则其节省不知是多少倍。
