小耿在一个国家级新型实验室工作，正主持一项重要的研究。国家的繁荣，除了经济腾飞，充分保障人民生活需要外，为了未来，还要积极开展诸如南极、太空、深海等领域的研究。小耿是专门为深海探索准备基础设施，比如高能高速高强潜水艇和潜水服。经过几十年，几代人努力，目前该研究已经进入最后测试阶段。恰在这时考古所透露了地铁工程发现了王恭厂案遗存线索，牵出了小耿久蓄胸中的心愿。
耿家的人每当成年，前辈一定会拿出耿直的《退思录》，追述家族历史。二十年前，小耿满十八岁时，也接受了这样的教育。那晚，听到的一切都让他内心极其激动，觉得那么神秘，不可思议，比《天方夜谭》更加传奇，几乎颠覆了他的知识系统，被深深刻在了头脑中。从那以后，他总想着有朝一日能够亲手解开谜团。在求知阶段，他的目标明确，都是朝着这个方向努力。他所从事的保密研究也跟个人的心愿暗合。那天听岳父一说，乐得差点忘形。及至与马主任、胡记者见面，仿佛似曾相识，而马、胡也有同样的感觉。胡记者说是缘分，马主任说是情投，他则觉得有一种说不出的亲切，似乎纠缠着某些莫名其妙的爱恨。
本来他已经制定了一套完整的实验计划，幸好还没有上报，这才有机会做了大幅修改。小耿郑重地把马主任和胡记者请到家中，和妻子一起做了一桌丰盛的晚餐。饭后，小耿打发妻子带着女儿出去散步，然后关上客厅门，稍微介绍了一点实验内容，坦白了存在着不可预知的危险性和高度的保密性，征询他们是否有参加的意愿。马主任奇怪为什么选中了两个看来毫不相干的人。小耿笑了：“难道你们不觉得我们有一种前世缘？”胡记者说：“是呀，真的有相识很久的感觉。”小耿说：“也许我们都曾生活在王恭厂案前后，那时都是熟人也未可知。”马主任点点头：“虽说骇人听闻，却也保不齐有这种可能。我只要听到或看到明末的事情，立刻入迷。”胡记者叫起来：“嗨，我也是这样！”小耿说：“这就是选中你们的原因之一。”二人不再犹豫，胡记者兴奋得脸通红：“一辈子干上一次真心想做的事，虽九死而不悔！值！”马主任掏出笔：“我可以当下就签生死文书。”小耿笑着说：“怎么都像荆轲似的，这是和平时期搞科研，不是从万千护卫中去刺秦王，哪有那么玄！”
经过几番激烈争论后，上级主管部门居然批准了小耿的计划，条件是马、胡二人必须首先办理调动手续，恪守保密规则，无论事成与否都要无条件接受严格的保护性措施，就地消化。事已至此，根本没有其他选择的可能。何况二人眼中满是开创本行业记录的眩目光彩，一点儿顾忌不到别的什么。对“就地消化”的含义，想也没想过。
报社对胡记者请辞议论纷纷，说她去做安全部秘遣的卧底，寻求强刺激，借此甩掉已经厌倦的男友等等，总编说，如果跳槽到一家更大的媒体单位，当然衷心祝福，然而去一个隐姓埋名的保密单位，这不是你的风格。再说，什么是“就地消化”，那就是人间蒸发呀！胡记者笑而不答，挥手祝报社蒸蒸日上，扬长而去。
考古所给马主任开了隆重的欢送会，老友、同事、学生动了感情，洒泪话别。马主任心中也有点难舍难分，强忍着举杯，把他称为今生最后一杯酒一饮而尽。众人不由生出一种不祥的感觉。
在新单位里，一开始很不习惯，尤其是胡记者抱怨了几次，这也不能问，那也不能碰，只能在规定区域活动，其他区域没有通行证，根本进不去。什么人权、民主、自由，在这里全无一点地位，一夜回到中世纪，让人欲哭无泪。
在训练期间，马主任和胡记者逐渐知道了一些任务的内情：使用小耿们研制的特殊潜水服和潜艇，进入一条地下通道，去探索一个未知的世界。
