方舟子攻击中医界标榜中医理论是现代科学。他引征了两个中医界的定义和中医研究院改名为中医科学院的事件，并将之解读为中医界标榜中医是现代科学的铁证。那么事实果然如此吗？先看他引用的两个定义：“中医学是富有中国文化特色的医学，属于生命科学范畴；是中华民族在长期医疗、生活实践中，积累总结而成的具有独特理论风格和丰富诊疗经验的医学体系。”[1]“中医学理论是由中医学的基本概念、基本原理以及中医学逻辑演绎程序从基本原理推导出来的科学结论，即科学规律而构成的，是以中国古代的唯物论和辩证法思想，即气一元论和阴阳五行学说为哲学基础，以整体观念为指导思想，以脏腑经络的生理病理为核心，以辨证论治为诊疗特点的独特的医学理论体系。”[2]第一个定义，使用“科学”的概念，显然是说中医学作为一种认识，是对人体的自然方面的真理性认识，是整个人类认识生命自然的真理性认识的组成部分之一，并且与之不相矛盾，并没有要标榜中医是现代自然科学，恰恰相反，它所标榜的是中医是独特的医学体系。第二个定义，使用“科学”的概念，意在强调中医理论在逻辑上是自洽的，也没有要标榜中医学是现代科学。两个定义都是从其广义意义上使用“科学”概念的，不知方舟子怎么就这点理解能力都没有。不必说，中医研究院改名中医科学研究院，也应当从前面两个定义的角度来理解，而不能理解为中医要标榜为现代科学。方舟子说中医不是科学的真正用意在于他要把中医从人类对自然的认识领域里踢出去，把中医归类到人文认识领域里来。但是，这种归类显然是错误的。
