公元314年十一月，周玘的儿子周勰记着父亲痛恨北方士人的遗言，利用吴人的怨气，阴谋作乱。他派吴兴功曹徐馥假装得到叔父丞相从事中郎周札的命令，去纠集徒众，前往讨伐王导和刁协。江东的豪杰都欣然归附他们，前东吴皇帝孙皓的族人孙弼也在广德起兵响应。
公元315年春正月，徐馥杀了吴兴太守袁琇，得到部众数千人，打算推举周札为领袖。周札听说后大惊失色，急忙告知义兴太守孔侃。周勰知道周札毫无造反的打算，便不敢闹事。徐馥的党徒害怕了，于是进攻并杀了徐馥；孙弼也死了。周札的儿子周续也聚众响应徐馥，在江东掌权的左丞相司马睿和臣僚商议发兵讨伐他们。王导说：“如今发兵太少则不足以平定他们，发兵太多则根基空虚。周续的堂弟黄门侍郎周莚，忠诚果敢而且很有谋略，请派周莚独自前往，足以诛杀周续。”司马睿听从了他的建议。于是周莚昼夜兼行，来到义兴郡府。他将要进去时，在府门外遇见周续，便跟他说：“准备和你一道去拜谒孔府君，好好理论理论。”周续不肯进去，周莚硬拉着他的手逼他一块进去。坐定后，周莚跟孔侃说：“府君为何请贼人入座？”周续衣中经常放着尖刀，即刻操刀威逼周莚，周莚叱令义兴郡传武教头吴曾格杀了周续。周莚还打算杀死周勰，周札不让，委罪给周勰的堂兄周邵而把他杀了。周莚不回家探省母亲，便长驱离去，他母亲狼狈地出来追赶他但没赶上。司马睿于是任命周札为吴兴太守，周莚为太子右卫率。因为周氏在东吴是豪门望族，所以司马睿也不穷究，像往常那样安抚周勰。
公元316年十二月，司马睿得悉西京长安陷落，亲自率军露宿野外，还穿上甲胄，然后向四方移送檄文，定期会合北伐。他又因为水运军粮误期，于十二月十二，将督运令史淳于伯处斩。行刑的刽子手把刀在柱子上擦，结果刀上的鲜血往上面逆流，直到离柱子末端二丈多时才开始流下，观看的人都知道这是由于淳于伯的冤屈引起的。丞相司直刘隗上言道：“古人处理刑狱时必定要用五种办法（就是辞听、色听、气听、耳听、目听）观察当事人的心理活动，还让三公九卿去征求民意。有些人虽然明了民政，却不敢断狱。因为人死不能复生，受了刑伤后也无法弥补，所以开明的帝王都不舍得用刑。当年曹参在齐为相，不干扰商市和监狱。自从中原大乱以来，我们的刑法过于严峻，滥杀无度，有时意见相同和不同的都被惩治，刑罚失去公允。近来督运令史淳于伯被处斩时他的鲜血竟然沿着柱子往上逆流，直到离柱子末端只有二丈三尺时，才又开始下流了四尺五寸。百姓喧哗，观看的人都觉得他很冤枉。淳于伯的亲生儿子淳于忠上诉喊冤，说淳于伯前往监督水运，去了两个月，事情办完后就回来，并没怎么延误。即使说他接受贿赂或让人替他免费干活，罪也不至于死。况且他是给卫戍军队运粮，而不是给远征军，所以指责他误了出征日期的说法，是没道理的。过去的四年里头，粮草供给，水陆运输，凡是有关这方面的事情，都有过延误的时候，而从来不以耽误出征定罪，到了淳于伯，却为何单独对他这样？逼供与拷打之下，有什么供词得不到？被关押的人惧怕疼痛，只好承认了。理曹是国家负责典狱的官员，却让淳于忠等人喊冤叫屈。我认为从事中郎周筵、法曹参军刘胤、僚属李匡幸运地承蒙特殊的恩宠，都是负责司法的大员，本应当想着如何诚心诚意地奉行为政之道，秉公执法，慎重刑杀，使得百姓不遭受冤枉，人们也不因此上诉。而现在竟然让淳于伯像当年东海孝妇周青那么冤枉，冤魂在幽都痛哭，幽灵在黄泉抱恨，嚎啕的程度超过当年齐国杞梁的妻子，鲜血逆流的现象比杞梁妻哭崩城墙还严重。因此有造成过早出现严霜的人（古代占象的人认为是臣下专权妄行诛罚的征兆），还有夜哭的鬼。有人还在大白天看到淳于伯，就像当年齐襄公看到公子彭生成了野猪一样。刑杀失去公允，则灾害和妖异会一齐出现，古来今往都是一样的。这些事情都是周筵等人不胜任他们的司法职责引起的，请将他们全部免官。”于是右将军王导等人上疏，辞职引咎。司马睿说：“政法刑法失去中允，都是我不够明察引起的。我将尽早表示惭愧畏惧，多多听从忠告，来弥补这些过失。你们因此而请求退位，却哪里是我所希望的！”因此没有一人为这丢官。
刘隗秉性刚直，当时很多名士都被他弹劾，但司马睿都宽容了他们，因此这些人都很怨恨刘隗。那时建康尉（相当于南京卫戍司令）招收护军士兵，但却被丞相府的将领给弄走了。刘隗便因此上奏要求罢免护军将军戴渊的官职。司马睿世子司马绍的文学王籍之在为叔婶服丧期间结婚，刘隗也为这事上奏批评，结果司马睿下令说：“《诗经》有关婚丧的论述，就是为了尚未结婚的男女青年，指的就是现在这种情况。但这事就算了。从今以后，应该预防类似的事再发生。”东阁祭酒颜含在为叔父服丧期间嫁女儿，刘隗又上奏责备。庐江太守梁龛在解除为他妻子服丧的前一天，请客吃饭，还雇乐伎奏乐，丞相长史周顗等三十多人都去了。刘隗上奏说：“为嫡妻和长子服丧，都得住在守丧的屋子里。所以周景王当年守了三年的丧期，丧期结束后就举行盛宴，即使这样《春秋》还讽讥他。何况梁龛只是一个匹夫，居然还晚上盛宴，早上跟没事一样，对服丧这么重要的事如此怠慢。应当严肃丧纪的礼法，所以我请求免去梁龛的官职，削去他的侯爵。周顗等人明知梁龛有丧在身，却去赴宴，违反了礼法，应该各自取消一个月的俸禄，以严肃礼法。”司马睿听从了他的建议。
丞相行参军宋挺原来是扬州刺史刘陶的门人，刘陶死后，宋挺娶了刘陶的爱妾为小老婆。建兴中年（313年左右），宋挺又偷盗了官布六百多匹，本来应当明正刑法受到处斩弃市的死刑，但运气好正遇上大赦。后来奋武将军阮抗聘请他为长史。刘隗弹劾奏道：“宋挺蔑视他去世的主人而占有了他的妻室，有悖主仆的大义，还伤了人伦的秩序，本应当将他流放到边远地方去对付蛮夷。我请求将宋挺除名，禁锢终身。而奋武将军兼泰山太守阮抗却把他请为长史。阮抗有经纬文武的才干，朝廷将东部边境托付给他，本来应当任用忠良，亲近仁贤；他反而寻求任用有如此贪赃污行的小人。所以我请求罢免阮抗的官职，下狱问罪。”司马睿批准了奏折，而宋挺也正好病死了。刘隗又上奏道：“符旨称：宋挺已经丧亡，就不再追贬了。但我天性愚蠢，不知道这样做的意义何在。昔日郑人子家的棺木，汉明帝还因为追记他的功绩而将之迁葬。经史流传和褒贬，无不追述到先世几百年前，并非只是当前这么短短一段时间。这样也可以制定法则传给后世，不会因为一死之后就没了善恶的区别。我请求司法部门像先前决定的那样将宋挺除名为民，将他的妾送回原来的家室，让恶人的行为远近都知道。”司马睿听从了他的建议。
王敦的兄长南中郎将王含，仗着自己宗族的显赫地位，骄傲专横，聘请了参佐以及地方官吏二十多人，而且大部分人都没有真才实学。刘隗上奏弹劾王含，文辞非常刻薄辛辣，事情虽然被司马睿压下了，然而王氏因此非常忌恨刘隗。
司马睿接着任命邵续为冀州刺史。邵续的女婿广平人刘遐在黄河和济水之间聚集了地方抵抗力量，司马睿便任命刘遐为平原内史。那时在临安发现一个玉册，在江宁又找到一枚白玉麒麟的神玺，上面有 “长寿万年”的铭文，太阳又出现重晕，人们都认为这是中兴的征兆。
公元317年春正月，汉兵往东入侵弘农（今河南灵宝东北），太守宋哲逃到江东来。二月二十八，宋哲来到建康，自称受到晋愍帝的诏令，让丞相琅邪王司马睿统摄万机。他宣读晋愍帝的诏书：“遭受厄运困顿，皇纲不振。朕以浅薄的仁德，继承了皇位，却不能得到上天的保佑，建立中兴的事业，致使凶恶的胡贼，胆敢带领犬羊之师，逼迫京都。朕如今被围困在这孤立无助的穷城长安里，忧虑万端，恐怕崩溃的日子就在不久。现在请爱卿将朕的指诏交给丞相，详细转达朕的意思，让他统摄万机，及时重新收复旧都，修复山陵宗庙，洗雪晋室的奇耻大辱。”
三月，琅邪王身穿素服，来到郊外，举哀三天。于是西阳王司马羕和大臣们共同请求司马睿称尊号，但他不肯。司马羕等人不断地再三请求，司马睿慨然流泪地说：“我是个罪人，只有赴汤蹈火，死于节义，去洗雪天下的奇耻大辱，或许还能免除对不起社稷的死刑。我本来只是琅邪王，实在无法接受诸位贤卿的见逼！”便呼唤自己的私奴，命令他们备驾准备回到藩国去。司马羕等人只好请求按照魏晋以前的先例，请司马睿称晋王；司马睿这才答应。三月初八，司马睿即晋王位，大赦，只有那些杀害祖父祖母和父母的，以及刘聪和石勒，不在大赦的范例。司马睿属下的参军都被提升为奉车都尉，府上的掾属也提拔为驸马都尉，行参军舍人则被提拔为骑都尉。司马睿聘有掾属一百多人，当时人们把他们称作“百六掾”。司马睿因此安置了百官，在建康设立宗庙社稷，接着改元建武。当时各处地方大员都争着送上符瑞，司马睿说：“我辜负了四海的职责，还不能反省罪过，有什么征祥的？”
有司请求司马睿确立太子。司马睿喜爱次子宣城公司马裒，便想立他，跟王导说：“立太子应当以德为主。”王导说：“世子和宣城都有俊朗的美誉，但世子年长。”司马睿这才取消了这一念头。四月初，司马睿立世子司马绍为王太子；封司马裒为琅邪王；仍然叫司马裒负责青、徐、兖三州的军事，出镇广陵。司马睿又任命司马羕为太保，封前谯王司马逊的儿子司马承为谯王。司马逊是司马懿弟弟的儿子。又任命征南大将军王敦为大将军兼江州牧；扬州刺史王导为骠骑将军负责朝廷内外军事、领中书监负责尚书事务。又任命丞相左长史刁协为尚书左仆射，右长史周顗为吏部尚书，军谘祭酒贺循为中书令，右司马戴渊和王邃为尚书，司直刘隗为御史中丞，行参军刘超为中书舍人，参军事孔愉长兼中书郎。王敦辞去州牧的职位，王导因为王敦统领六州的军队，便也辞去军事都督的职位，贺循则因年老有病辞去中书令，司马睿都批准了，转任贺循为太常。那时正在中原大乱之后，江东的临时朝廷刚创立不久，而刁协长期在西晋朝廷为官，对朝廷事务非常熟悉，贺循则是当世的大儒，明了熟习礼学，所以凡是有疑难的提议，都依赖他俩解决。
坚持在北方抗战的刘琨和鲜卑部落领袖段匹磾互相歃血同盟，发誓要拥戴晋室。不久，刘琨传送檄文通告汉人夷人，并派遣左长史兼右司马温峤，和段匹磾派遣的左长史荣邵，一道奉表和结盟文书前往建康向司马睿劝进。
温峤字太真，是晋司徒温羡弟弟的儿子，他父亲温憺曾担任过河东太守。温峤生性聪敏，既有见识又有胆量，博学能文，少年时就以孝悌在家乡和宗族里知名。他风仪秀整，善于谈论，看见的人都喜欢他。温峤十七岁那年，州郡召聘，他都不去就任。后来司隶任命他为都官从事。散骑常侍庾敳很有名望，但比较贪婪，喜欢聚敛财富，温峤上奏举报他，导致整个京都振动。温峤后来又被推举为秀才和灼然。当时的平北大将军刘琨妻子是温峤的堂婶。刘琨非常礼遇温峤，聘请他为参军。待到刘琨迁任大将军时，任命温峤为从事中郎兼上党太守，加建威将军，监督前锋军事。温峤带兵和石勒交战，屡有战功。刘琨升迁司空后，任命温峤为右司马。那时并州荒芜残破，到处都是寇盗，石勒和刘聪又在这一带横行霸道。温峤作为刘琨的谋主，刘琨对他十分依赖。
温峤临行前，刘琨嘱咐他说：“昔日班彪知道刘氏可以复兴，马援知道汉光武帝可以辅佐。今日晋的皇运虽然衰败，但天命未改。我志在黄河以北建立大功，让你在江南得到美誉。你愿意前往吗？”温峤说：“我虽然没有管仲和张良的才干，然而明公却有齐桓公和晋文公的志向。要建立匡合天下的大功，我岂敢推辞使命。”
六月，温峤等人来到建康。司马睿在朝堂引见了他。温峤详细地陈述了刘琨的忠诚以及他决心效命的节气，并趁机谈到当下社稷无主，天下的人心都寄托在司马睿身上，说得慷慨激扬。于是举朝大臣对温峤无不刮目相看，司马睿对他十分器重喜爱。王导、周顗、庾亮等人都喜爱温峤的才华，争着和他交往。当时江东的政权创立不久，朝政律法都很不健全，温峤有点担忧。待到见到王导并和他交谈后，温峤高兴地说道；“江左自有管夷吾，我还有什么好忧虑！”于是多次请求返回并州复命，但司马睿不同意。
那时，太尉兼豫州牧荀组、冀州刺史邵续、刚归降司马睿的青州刺史曹嶷、宁州刺史王逊、东夷校尉崔毖等人全都上表劝进，司马睿坚持不肯。六月底当温峤来到建康后，呈上了司空兼并州刺史广武侯刘琨率领幽州刺史兼左贤王渤海公段匹磾，领护乌丸校尉兼镇北将军刘翰，单于广宁公段辰，辽西公段眷，冀州刺史祝阿子劭续，青州刺史广饶侯曹嶷，兗州刺史定襄侯刘演，东夷校尉崔毖，鲜卑大都督慕容廆等一百八十人联名上书的劝进表。刘琨在表上说：
“臣听说上天造就万民，为他们树立君主，这样好上对天地，下管黎民。圣明的帝王就是这样为政的。他们知道天地不可以缺乏祭祀，所以不得已而屈身侍奉；他们知道黎民不可以没有君主，所以不得已而君临其上。社稷遇到艰难时，则靠宗室藩王帮助扭转乾坤；郊庙可能被更替时，也得靠宗室哲人帮助延续香火。所以振兴我们影响深远的文化，保持皇运千秋万代，从三皇五帝以来，无不这样。高祖宣皇帝（司马懿）创立基业，世祖武皇帝（司马炎）因此一统天下，三叶重光（指司马懿，司马师，司马昭），四圣继轨（指晋武帝，晋惠帝，晋怀帝，晋愍帝），给万民带来的恩惠可以和有虞氏相比，国运超过周朝。但自从元康以来，不断经历了艰难困苦；永嘉的时候，情况越来越糟，以致京都失守，先帝流落胡人之手，国家危急，摇摇欲坠。然而依赖先帝们的仁德和宗庙的神灵，秦王嗣立，即皇帝位。愍帝天生钦明聪哲，虽然年幼，却优良气质彰明昭著，名声初振。太宰帮他摄政，百官为他辅佐，于是四海都盼望着中兴的美谈，百姓都怀着复苏的希望。然而没想到上天竟然不思反悔，灾难接踵而至，国难未已，贼寇的危害很快又来了。逆胡刘曜，纵兵侵掠西都长安，胆敢放肆犬羊之师，陵虐天子的城邑。臣奉表派遣使者前来转告，西朝已经于去年十一月陷落，主上遭到幽禁劫持，再次陷身在胡虏的庭院里，国家的神器也流离他所，再次蒙受耻辱。臣总是阅览历史书籍，也知道历朝历代的大事。今天极端的厄运，真是古今以来从未有过的。只要是天子的臣民，有血有肉的人们，谁会不痛心疾首，悲戚流泪。何况臣等三代承蒙恩宠，位居鼎司，听说这一事件后万分震恐，灵魂出窍，又惊愕又惋惜，六神无主，在边远的地区为皇上举哀，上下泣血。
“臣听说昏暗和明亮相继，否极泰来，天命不改，历数有归。要么历经多难以巩固邦国，要么遍尝忧患以启动圣明。所以当年齐国有无知的祸难，而公子小白最终成为五霸之首；晋国有丽姬的国难，而公子重耳最终成为诸侯的盟主。社稷不安，必将有人出来匡扶；百姓危绝，必将有人出来延续。陛下有着神明般的仁德和天生的圣姿，定能顺应天命，继承千载的皇运。近来世上出现的祥瑞现象，是上天给的中兴征兆，也是图谶显示的章典。自从京都沦陷以来，九州崩离，天下人无不犯愁，不知往哪里归宿。虽然夏朝时遇上夷羿，周朝时也碰见犬戎，而当今的险恶要远远超过当时。陛下平定江左，完全占有当年东吴的领土，以仁德降服民众，以刑法惩治反叛；用威严震摄不肯臣服的人们，仗大顺号令境内所有军民。教化的普及一旦展开，则四海归心；举义的风气既然通暢，则远近企盼。百官在朝堂上畅所欲言，百姓在家门下安居乐业。昔日少康的兴隆，《夏训》将他美谈；宣王的中兴，《周诗》把他歌咏。况且陛下的丰功感动皇天，陛下的清晖光照四海，苍生尽皆肃然起敬，无不欣然拥戴。男女言行一致，谁不愿意作为陛下的臣妾！而且陛下是宣皇帝（司马懿）的后裔，只有陛下才会让兆民归心，再没有其他人了。天降皇运于大晋，一定得让它有位君主，而主持大晋祭祀的，除非陛下还有谁！所以近无异言，远无异望，讴歌的人无不吟诵陛下的辉煌才能，犯事的人也无不思念陛下的仁德。真是天地交和，华夷人情允洽。世上出现一角兽和连理木这些吉祥征兆已有上百起。不论贫富贵贱，不谋而合意见一致的，动不动都有上万人。所以臣等人敢说是得到了天地的启示，代表四海百姓的意愿，冒死请求陛下上尊号。愿陛下保存舜禹那样至公的情怀，而不要像许由和巢父那样坚持归隐；以社稷为重，不以微不足道的个人名声为先；以百姓为忧，不以克己承让为事。这样则上可以安慰宗庙眷顾的情怀，下可以满足普天下民众仰首企盼的渴望。那么所谓‘生繁华于枯荑，育丰肌于朽骨’这样的奇迹就可以出现，祖先神祗也可以得以安宁，大家都会感到幸运。
“臣听说尊位不可以长久空虚，朝政也不可以长久荒废。空虚的每一天，尊位会一天天危险；荒废的每一旬，朝政会一旬旬混乱。现在正当天下大乱人人称王的厄运时候，狡猾的贼寇在那里等待机会趁隙而入，黎民百姓六神无主，不知归心何处，我们怎能荒废朝政而不体恤他们？陛下虽然还有所顾虑而徘徊犹豫，但这样怎么对得起宗庙？对得起百姓？当年晋惠公被秦兵俘虏，晋国震骇，但他们听从吕卻的计谋，想立太子圉即位，对外可以断绝敌人的要挟，对内可以增强军民保卫国境的斗志。所以有这么个说法：‘丧君有君，群臣辑睦，好我者劝，恶我者惧。’前事不忘，后事之师。陛下像日月那么光明，没有哪个阴暗的角落照不到；陛下的深谋远虑，全出自胸怀。但臣还是不得不以犬马忧国的情怀，希望及早看到通往国泰民安的道路，所以尽心坦诚地陈述了以上的请求，交给执事的大臣。臣等愧为地方大员，长久在僻远的外藩，没机会和其他大臣陪列在宫阙朝堂，亲眼目睹陛下登基的盛礼，只能在这里以踊跃的情怀，对着无边无际的南方望眼欲穿。”
刘琨的这封劝进表，虽然比不上诸葛亮的前后出师表，但也算是一篇千古妙文（原文请看晋书刘琨传）。要想知道司马睿是否答应即皇帝位，请看下篇文章。
