公元328年五月，陶侃率领大军抵达寻阳。谣传都以为陶侃要杀庾亮以谢天下；庾亮十分恐惧，便采纳了温峤的建议，亲自前往陶侃那里拜谢。陶侃大吃一惊，急忙止住他道：“庾元规怎么能来拜陶士行！”庾亮引咎自责，风度举止大方可观。陶侃不觉释然，便和他开玩笑道：“听说君侯修筑石头用以比拟老子，今日怎么反倒开始求人来了！”当即和他谈宴终日，然后与庾亮和温峤一同率军直奔建康。勤王的武装士卒有四万人，旌旗连绵七百馀里，钲鼓之声，震于远近。
苏峻听说西方兵起，便采用了参军贾宁的计策，从姑孰进驻石头，分兵抗拒陶侃等人。
五月下旬，苏峻逼迫晋成帝迁移到石头。司徒王导据理力争，但苏峻不肯改变主意。晋成帝哭着登上御驾，宫中男女无不痛哭流泪。当时天下大雨，道路泥泞，刘超和钟雅步行侍奉在晋成帝左右。苏峻给他俩马匹，但他们不肯乘坐，表情悲哀慷慨。苏峻听说后十分厌恶，然而不敢贸然杀害他们。苏峻让自己的亲信许方等人填补司马督和殿中监等职务，外面托口是宿卫，内里其实为了防御刘超等人。苏峻用仓库作为晋成帝的行宫，每天都来到晋成帝面前大放厥词。刘超、钟雅与右光禄大夫荀崧、金紫光禄大夫华恒、尚书荀邃、侍中丁潭侍奉在边上，始终不离晋成帝身侧。当时闹饥馑，大米很贵，苏峻送米给他们，刘超等人一无所受。他们朝夕侍奉在晋成帝身边，非常谦恭地尽到臣子的责任。虽然身居幽厄之中，刘超依然为年幼的晋成帝施行启蒙教育，授给他《孝经》和《论语》等课程。
苏峻让左光禄大夫陆晔看守京都的留台事务，逼迫附近的居民，尽数聚居在后苑；又派部将匡术守卫苑城。
尚书左丞孔坦从建康投奔陶侃，陶侃任命他为长史。
当初，苏峻派尚书张闿全权监督东军，司徒王导密令以太后的名义诏谕三吴将吏，让他们兴起义兵来救天子。会稽内史王舒任命庾冰为奋武将军，让他带兵一万，西渡浙江。于是吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟、前义兴太守顾从等人都举兵响应。虞潭的母亲孙氏跟虞谭说：“你应当舍生取义，不要因为我年老而拖累！”并让所有的家僮从军，同时还变卖自己的首饰作为军资。蔡谟认为庾冰应当恢复旧任，便把自己的吴郡让给庾冰。
苏峻听说东方兵起，急忙派遣部将管商、张健、弘徽等人去抵御。虞潭等人和他们作战，互有胜负，未能得前。
陶侃和温峤的军队驻扎在茄子浦。温峤认为南方的士兵熟习水性，而苏峻的士兵则精于步骑，便命令将士道：“有上岸者死！”适逢苏峻送万斛大米给祖约，祖约派遣司马桓抚等人去迎取。当时毛宝率领一千人作为温峤的前锋。他告诉自己的部众道：“兵法说：'将在外军令有所不从'。我等岂能明明看到贼寇可击，而不上岸攻击他们！”便擅自带兵前往袭击桓抚，全部缴获这批大米，还斩获数以万计的敌兵。祖约军队由此断粮而饥乏。温峤因此上表任命毛宝为庐江太守。
陶侃上表任命王舒监督浙东军事，虞潭监督浙西军事，郗鉴负责扬州八郡的军事，并命令王舒、虞潭都接受郗鉴的节度。郗鉴率领部众渡过长江，与陶侃等人在茄子浦会合。雍州刺史魏该也带兵和他们会合。可惜在苏峻之乱平定前，魏该因重病回去，不久即死在路上，安葬在武陵。他的侄子魏雄接着统领了他的部众。
六月中旬，陶侃等人的舟师直指石头，抵达蔡洲；陶侃进驻查浦，温峤进驻沙门浦。苏峻登上烽火楼，望见对方的军队如此盛大，面有惧色，于是跟左右随从说：“我本来就知道温峤能服众。”
庾亮派遣督护王彰出击苏峻的党羽张曜，反被他所败。庾亮送节杖给陶侃谢罪，陶侃答道：“古人允许三败，君侯现在才有二败。况且当今事急，不应该计算次数。”庾亮的司马陈郡人殷融前往陶侃处拜谢说：“这次失败是庾将军的责任，出战并非王彰等所决定的。”比及王彰战败回来后，跟陶侃说：“出战是我自作主张，庾将军不知道。”陶侃笑道：“前些日子是殷融为君子，王彰为小人；今天是王彰为君子，殷融为小人。”
当初，宣城内史桓彝听说京城失守，慷慨流泪，带兵进驻泾县。当时很多州郡都派使者去投降苏峻，桓彝的长史裨惠又劝他暂且和苏峻通使，以缓解杀身之祸。桓彝说：“我深受国家厚恩，义在致死，怎能忍受耻辱与逆臣通使！实在不行，也是命中注定。”桓彝于是派遣将军俞纵守卫兰石。苏峻派部将韩晃攻打他。俞纵即将战败时，左右随从劝俞纵退军。俞纵说：“我受桓侯的厚恩，当以死相报。我不负桓侯，犹如桓侯不负国家一样。”因而力战而死。
韩晃进军攻打桓彝，桓彝固守了很长时间，势孤力屈。韩晃派人劝他说：“桓彝如果投降，我将会以优礼对待他。”将士多劝桓彝诈降，然后再考虑今后的举措。桓彝不肯，辞气壮烈，志节不挠。六月，城陷，桓彝被韩晃杀害，时年五十三岁。桓彝的各个儿子全都流亡，宣城人纪世和率领义人故旧将桓彝安葬了。当初，桓彝与郭璞关系密切，曾叫郭璞为他占筮。卦做成后，郭璞亲手将它毁坏。桓彝问他什么原因。郭璞说：“你的卦和我的一样。大丈夫遇上这样的非命，又有什么办法！”后来果然应了这卦。桓彝有五个儿子：桓温、桓云、桓豁、桓秘、桓冲。苏峻之乱平定后，朝廷追赠桓彝为廷尉。俞纵也因为死于节义，被追赠为兴古太守。此是后话。
再说各路勤王军队刚抵达石头时，都想和苏峻决战。陶侃说：“贼众势头正盛，我们暂时难与他们争锋。应当假以岁月，然后用计谋攻破他们。”因为屡次出战均无功而返，监军部将李根便请求修筑白石堡垒，陶侃答应了。于是王师连夜修筑堡垒，到拂晓修成了。
王师听到苏峻军队戒严的号角声，各路将领都害怕他们前来进攻。陶侃的长史孔坦说：“大家不用担心。如果苏峻来进攻你们的军营，必须趁东北风急的时候，那样我们的水军就无法过来相救。今天天清风静，贼兵必定不会过来。他们之所以戒严鸣号，一定是派遣军队出得江乘，去掠夺京口以东的地方而已。”后来果然如此。
陶侃接着派庾亮带二千人守白石。苏峻率领步骑一万多人四面攻打，但因为堡垒坚固，无法攻克。
当时吴国内史庾冰放弃了吴郡，前去投奔在会稽的扬州刺史王舒。王舒于是发檄文通告所属各县，任命吴王师傅虞斐为军司，御史中丞谢藻代行龙骧将军、监督前锋征讨的军事，率领部众一万人，和庾冰一道渡过浙江。前义兴太守顾众和护军参军顾飏等人也都兴起义军响应王舒。王舒暂时任命顾众为扬威将军、监督吴中的军事，顾飏监督晋陵的军事，在御亭修筑堡垒。苏峻听说王舒等人起兵，便宣布赦免庾亮的各个弟弟，想以此取悦东方的义军。王舒率领部众进驻会稽郡的西江，作为庾冰和谢藻的后继。庾冰和顾飏等人派遣前锋进据无锡，遇到苏峻部将张健等带领的几千人，于是双方交战，结果义军大败，逃回到御亭，却又自相惊扰，搞得庾冰和顾飏等不得不退到钱唐，谢藻则坚守嘉兴。苏峻军队于是进入吴郡，烧了官府房舍，劫掠各个县城，所经过的地方留下一片废墟。王舒因为部队轻率冒进以致大败，便以军令斩了二军的前锋主将，同时免去庾冰和顾飏的督护头衔，以白衣暂行职责。王舒又改派顾众去监督吴郡晋陵的军队，进驻章埭。
吴兴太守虞潭率领所部讨伐张健，驻扎在乌苞亭，但并不敢进军。当时暴雨大水，苏峻部将管商乘船从旁边出兵，袭击虞潭和顾众。虞潭等人大败逃走。虞潭还保吴兴，顾众则退守钱唐。王舒改派将军陈孺率领精锐一千人增援卫戍海浦，在那里修筑堡垒。有人劝王舒应当退到京都去，让谢藻守卫西陵，靠海建立栅栏营寨。王舒不听，留下谢藻守钱唐，让顾众和顾飏守紫壁。于是苏峻的军队转去进攻吴兴，虞潭的各路军队再次退却。
王舒和虞潭等人多次和苏峻作战，却总是出师不利。孔坦劝陶侃说：“本来用不着召郗公前来，结果搞得东面战线非常被动。现在应当让他回到东线去。虽然晚了点，但总比将他留在这里强。”陶侃便命令郗鉴和后将军郭默回去占据京口，修筑大业、曲阿、庱亭三座堡垒好分散苏峻的兵力，同时让郭默守卫大业。
苏峻军队再次劫掠东迁、余杭、武康诸县。王舒派儿子王允之代行扬烈将军，与将军徐逊和陈孺以及扬烈司马朱焘，带领三千精锐轻骑在武康伏击苏峻的一支部队，出其不意地打败他们，斩首几百级。苏峻军队全都弃舟步行逃走。王允之缴获了他们的兵器，然后进兵前去帮助虞潭。这时韩晃已经攻破宣城，转入故鄣和长城一带。王允之派朱焘和何准等部将在鄱阳湖协助虞潭和韩晃展开水战。虞潭用强弩射击敌军，韩晃等不敌而退走，阵亡了一千多人，二千多人被俘。虞潭因此得以保住他的吴兴郡。当时临海和新安等山区县城起兵反叛响应苏峻，王舒分别派兵将他们全部镇压了。
祖约派遣祖涣和桓抚偷袭湓口。陶侃听说后，准备亲自出击。毛宝道：“义军依靠的是仁公，所以仁公不可轻动。敝将请求为仁公出讨反贼。”陶侃看着他跟坐在他帐前的客人们说：“这少年的话管用。”便派毛宝率军出击。先前，桓宣背弃了祖约后，往南进驻马头山，被祖焕和桓抚攻打，不得不求救于毛宝。毛宝的部众因为桓宣本是祖约的党羽，疑心有诈。桓宣又派儿子桓戎再次前来求救，毛宝即刻跟随桓戎前往。还没到达马头山时，祖涣的军队已经和桓宣的军队干上了。毛宝的援兵不但人少，孤军深入，而且兵器也很滥，因此被祖焕和桓抚打败。毛宝本人中了箭，箭矢贯穿他的髀骨，穿透马鞍。将士见主将受伤，军心开始涣散。毛宝让人踩蹋马鞍，自己用力把箭矢拔了出来，血流满靴。毛宝手里握着血箭，跟他的部众说：“祖贼若有能耐，应当将箭射穿我的喉咙。如今他的箭只不过射穿我的靴履，他们能不失败吗！”于是军心大振。毛宝披星戴月地连夜带着剩余的将士赶到一百多里之外自己战船停泊的港口。到那里后，毛宝先哭祭战亡将士，洗净自己的箭疮，连夜又赶回来救桓宣，激励士兵猛烈攻击祖涣和桓抚，结果把他们打败，救出了桓宣，和他一道回归温峤。毛宝接着又带兵进攻在东关的祖约军队，攻拔合肥。这时温峤召他回去，毛宝于是回到石头。
祖约的一些部将暗中和后赵通谋，答应作为他们的内应。于是后赵大将石聪和石堪渡过淮河，攻陷寿春。秋七月，祖约的部众全部崩溃，祖约自己逃到历阳。石聪等人虏走了寿春二万多户人家后回到后赵去了。
苏峻的心腹路永、匡术、贾宁听说祖约兵败，担心大事未必能成，便劝苏峻把司徒王导等朝廷大臣都杀了，再重新任命自己的亲信。但苏峻内心十分敬重王导，因此不肯这么做。路永等人因此对苏峻怀有二心，王导于是趁机让参军袁耽暗中引诱路永归顺朝廷，并密谋想带着晋成帝逃到东边的义军那里。然而苏峻的士兵对行宫把守得很严，王导的计谋无法实现。九月，王导携带着两个儿子和路永一道逃到白石。
陶侃和温峤等人与苏峻两军相持不决。苏峻分别派遣部将到处进攻掠夺，所到之处没人能够抵挡，因此京都周围人心惶惶。逃到陶侃的西军去的朝廷士大夫们都说：“苏峻既狡黠又有胆识，他的门徒也都十分骁勇，所向无敌。如果上天讨伐有罪的人，那么苏峻终究会灭亡。但要是仅仅以人事而言，除掉他的确不是件容易的事。”温峤起初听到这话很生气，愤怒地责问道：“诸位先生自己生性怯懦就算了，怎么还好意思赞誉贼寇！”待到累战不胜时，温峤也对苏峻感到棘手。
温峤的军队断了粮，想向陶侃借贷。陶侃很生气地说：“使君先前说，不担心没有良将以及粮食，只要得到老仆我作为盟主就行了。如今打了这么多场战役，总是败绩，良将又在哪里？荆州和胡（前赵）蜀（成汉）二虏接壤，应当时刻防备他们。如果继续缺乏军粮，老仆便打算西归，以后再考虑怎么办。慢慢消灭贼寇，为时也不晚。”温峤说：“出师胜利关键在人和，这是自古以来的经验。光武帝在昆阳的胜利，曹公当年攻拔官渡，以寡敌众，那都是因为仗义的缘故。苏峻和祖约两个小人，罪恶滔天，还担心他们不灭！苏峻骤然取胜就骄傲得很，自以为天下无敌。如今我们向他挑战，可以一鼓作气把他拿下。仁公怎么能丢下即将成功的事业，做此半途而废的设想！况且天子被幽禁威逼，社稷危殆，这正是四海臣子肝脑涂地为国效力的时候。我等与仁公一同深受国恩，事情如果成了，那么君臣共同享受福祚。如果失败，也应当以一死以谢先帝。今天的情势，义无反顾，譬如骑虎，怎么能中途下来呢！仁公如果违背众人的意愿独自返回，那么人心必然沮丧；而一旦人心沮丧，那么一定要败事。到那时，义旗将会指向仁公。”
毛宝跟温峤说：“下官能留住陶公。”便前往游说陶侃道：“仁公本来应当在芜湖坐镇，作为南北的声援。现在既然已经下来了，看这情势暂时是不好回去。况且军政有进无退，这不但是因为仁公是三军的表率，必须向大家表示必死的决心；也是因为退也没有可据之处了，最终只能走向灭亡。以前杜弢不是不强盛，仁公终竟还是把他给灭了。为何现在轮到苏峻，就独独不能攻破他呢！贼寇也一样怕死，并非个个都勇健得不行。仁公可试着给末将一些兵马，让我上岸去截断贼寇的粮草。如果末将不能办成这件事，然后仁公再离去，人心也就没有什么遗恨。”陶侃觉得有理，便加给毛宝督护的头衔，派他去了。竟陵太守李阳也劝说陶侃道：“如今大事如果不济，仁公即使还有谷粟，也不会有心情食用！”陶侃于是分出大米五万石，用来犒饷温峤的军队。毛宝果然出兵，烧了苏峻在句容和湖孰的军粮积蓄，造成苏峻军队缺乏粮食。陶侃因此留了下来，不再提离去的事了。
苏峻部将张健和韩晃等人猛攻大业。郭默的军垒中缺水，士兵不得不饮用粪汁。郭默非常担心，自己暗中突围出营，留下士兵守卫大业。郗鉴在京口，部下将士听说这事都大惊失色。参军曹纳说：“大业是京口的屏障，一旦不守，则贼兵马上就会来到，势不可当。明公请率军回到广陵，以待后举。”郗鉴召开大会，当着所有僚佐的面指责曹纳道：“我受先帝顾孤的重任，即使捐躯九泉，也不足报答皇恩。如今强寇就在眼前，人心惶惶，先生作为我的心腹参佐，居然想出这么不堪的主意，将用什么来作为三军的表率！”恨恨地要把他处斩，过了好久才释放了他。
陶侃准备派兵救大业，殷融的兄长长史殷羡劝道：“我军不熟习步战。如果去救大业而不能打胜，则大事去矣。不如率领水军猛攻石头，则大业之围自解。”陶侃听从了他的建议。
九月下旬，陶侃亲自监督水军直奔石头。温峤与庾亮和赵胤率领步兵一万人从白石南下，向苏峻挑战。苏峻率领八千人出战，同时派他儿子苏硕及其部将匡孝分兵先去攻打赵胤的军队，并把他击败。
苏峻正在犒劳他的将士，乘着酒醉望见赵胤败走，豪迈地说：“匡孝能破贼，我难道还不如他吗！”因而丢下他的部众，亲自率领几个骑兵北上，突入陶侃的阵容。但陶侃阵容严整，苏峻一时不得攻入，便回头直奔白木陂，却不幸马失前蹄。陶侃部将彭世和李千等人又向他投掷长矛，结果苏峻坠下马来，被追上来的陶侃士兵砍下了脑袋。陶侃士兵割下他的皮肉，烧了他的骨头，三军高呼万岁。可怜苏峻一员能征惯战的猛将，却这样因为轻敌而冤枉地死去。
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