在公元357年六月苻坚发动宫廷政变夺取前秦政权后不久，前燕王慕容俊于十一月从蓟城迁都到邺城。十二月，慕容俊正式入住邺宫，大赦。再次修造铜雀台。廷尉监常炜上奏道：“大燕虽然改朝换代，但至于朝廷的选拔制度，基本上还是因循魏晋的模式，只是未能以礼殓葬祖父或父亲的人不能在本朝为官这一点，似乎有待探讨。这又实在是王教的首要而不能更改的制度。然而礼仪制度贵在适时，应该因时制宜。所以汉高祖约法三章，秦人便和平归顺了。自从中州丧乱以来，连年战争，要不遇上城池陷落的失败，要不遇上全军覆没的灾祸。活埋整支部队，淹死大批士卒，也是常有的事。十家里头，有九家人不是孤儿就是寡孙。再加上三方对峙，父子身在异邦，互相的存亡吉凶，常常杳无音信。有的只好殓葬从简，有的只好将亲人掩葬异乡，像当年吴的季札把儿子埋在齐的嬴博之间那样。在这样的乱世，即使孝子粉身碎骨，贤孙肝肠痛断也无能为力。虽然可以用招魂虚葬来表达无比的思念之情，但礼仪里没有招葬的条文，而官文里也没有类似的规定。如果强行这一制度，那么这些没有殓葬祖父或父亲的，就像抱着琳琅而无处贡献，怀着英才而不能启齿，诚实叫人痛心。这样做恐怕不是明察举荐出身寒陋，务必启用世上所有珍贵人才的用人之道。吴起和二陈这样的人才，最终将无法展露他们的才干。汉高祖为何能够最终脱离平城之围的危难？郅支的首级又为何得以悬挂在汉关？请看看《戊辰诏书》，它的确荡清了瑕疵污秽，让天下更新，昭明新政。但不过五六年之间，很快又相互矛盾，看来不是办法，臣私下因此感到不安。”
慕容俊批道：“常炜是德高望重的硕儒，干练而且很懂刑法。朕阅览了他的陈述，认为很值得采纳。如今天下尚未安宁，丧乱也尚未终止，又正当搜罗选拔奇异人才的时候，不可能一定得德才兼备，所以可以暂且除去这条规定，等到天下大同后再作商议。”他又让昌黎和辽东二郡营造慕容廆的宗庙，让范阳和燕郡二郡营造慕容皝的宗庙，派护军将军平熙作为将作大匠，负责监造这两座宗庙。
同年底，秦王苻坚的平州刺史刘特率领五千户人家投降前燕。河间人李黑聚众一千多人，攻略州郡，杀了枣强县令卫颜。慕容俊的长乐太守傅颜出兵攻打并杀了卫颜。
常山郡有棵大树自己拔根而倒，根下发现有玉璧七十枚、圭石七十三块，光色精奇，有异于平常的玉石。慕容俊认为是岳神显灵，于是派遣尚书郎段勤用太宰礼仪去那里祭祀。
当初，冉闵称帝时，石虎的部将李历、张平、高昌等人共同率领所部向慕容俊称籓，同时派遣儿子作为人质到前燕来。他们后来又投降了东晋，继而又投降了前秦，每次都接受爵位，然后打算中立以自固。他们虽然不停地为前燕进贡以及派遣使节，然而并非十分真诚。上党人冯鸯自称东晋太守，后来又依附张平，张平便屡次替他说话，慕容俊因为张平的缘故，赦免了他的罪过，任命冯鸯为京兆太守。冯鸯后来再次反叛前燕。吕护和冯鸯也暗通东晋。张平占据新兴、雁门、西河、太原、上党、上郡等许多地盘，有三百多座壁垒，十多万户汉人和胡人，因而自己安置任命征镇官吏，与秦燕成为鼎足对峙之势。
公元358年二月，燕司徒上庸王慕容评讨伐冯鸳，但攻不下来。慕容俊接着派遣大将慕舆根带兵协助慕容评攻打冯鸯。慕舆根想立即猛攻，慕容评道：“冯鸯壁垒坚固，不如缓一缓。”慕舆根道：“我不同意。司徒来到城下已经有个把月了，尚未和他们交锋。贼众以为国家的军力不过如此，因而更加团结坚守，心存侥幸万一。如今我的大军刚来，正是大好形势，贼众必然恐惧，都有离异之心，到底该怎么办还拿不定主意。趁他们这种状态对之猛攻，不可能拿他不下。”于是便立即发动猛攻。冯鸯及其党羽果然互相猜忌，结果冯鸯逃到野王去依附吕护，他的党羽则全部投降了。
慕容俊接着让慕容评去并州攻打张平，司空阳骛去东燕攻打高昌，乐安王慕容臧去濮城攻打李历。阳骛在黎阳（今河南浚县）进攻高昌的别将，但没有攻下。但是其他部队都胜利了。李历战败，逃到荥阳去，高昌也跑到邵陵去，他们的部众全都投降了。并州的一百多壁垒也都投降了前燕，慕容俊任命右仆射悦绾为并州刺史，让他安抚当地的百姓。张平的部将诸葛骧、苏象、乔庶、石贤等人也带着他们的一百三十八座壁垒投降了前燕。慕容俊全部恢复了他们的官爵，让他们成为前燕的将领。张平带了三千多人逃到平阳，再次请求投降前燕。
冬十月，东晋泰山太守诸葛攸进攻前燕的东郡，大军进入了武阳（今河北易县东南）。慕容俊派大司马慕容恪统领阳骛和慕容臧带兵反击，结果诸葛攸败走，退回泰山。慕容恪乘胜渡过黄河，占领不少河南地带，在那里分别安置地方官吏。
慕容俊打算往秦晋一带扩张，便在十二月，命令各个州郡落实户口，每户留下一个男丁，其馀尽数征服兵役，打算把军队增加到一百五十万，准备来春大举集中，然后进临洛阳，亲自节度三路大军。武邑人刘贵上奏，极力陈诉说现在“百姓凋弊，发兵非法，必然会导致土崩之变。” 同时还举出时政不便于大举出兵的十三个因素。慕容俊觉得有理，便把他的奏章交付公卿广泛讨论，接着采纳了刘贵的很多建议，把兵役改成每五个男丁里抽三个，同时宽限发兵的日期，定期来冬在邺都集中。
那时前燕兵员调发频繁，朝廷内外各个部门互派使者，道路阻塞，给郡县带来很大负担。太尉兼中书监封弈请求“从现在起除非军期紧急的，一律不得派遣使者。一般的兵赋征发事宜都责成州郡负责，朝廷内部各个部司先前派在外面的都应当回来。”慕容俊答应了这一请求。
前燕泰山太守贾坚驻军在山茌，荀羡带兵攻击他。贾坚手下的将士才七百多人，荀羡的兵力是他的十倍。贾坚将要出战，部将们都说：“我军人少，明公不如坚守城池。”贾坚道：“坚守也守不住，不如出战。”于是带兵出战。贾坚勇猛异常，身先士卒，杀了荀羡的一千多士兵，然后再退入城中。
荀羡继续攻城，贾坚叹道：“我自从结发以来，志在建立功名，然而每次都遇上厄运，这难道不是天命！与其屈辱而生，不如守节而死。”便跟部下将士说道：“今日境况危急困苦，看来没有什么解救的办法了。你们可以各自逃命去吧，我将慷慨赴死。”将士全都哭着道：“府君不出走，我们又岂能怕死出逃。”便扶贾坚上马。贾坚道：“我如果想逃走，必然不会让你们跟我出战。今天我打算为你们和敌军决一死战，如果势不能支，你们可以赶快离去，千万别管我！”于是开门直接出战。
荀羡的兵马从四面八方围将上来，贾坚立马在护城河桥上，左右开弓，东晋士兵纷纷应弦而倒。荀羡的人数众多，不少士兵跑到城壕里把桥墩砍倒，贾坚连人带马跌到城壕里，结果被东晋士兵生擒，山茌也接着陷落。荀羡问贾坚道：“将军的父亲和祖上世代都是晋臣，为何背叛本宗而不肯投？”贾坚道：“晋自己放弃了中华，并非我背叛它。百姓既然失去了君主，为了生存只好谁强就依附谁。既然已经侍奉了他人，怎么可以半途改节！我尊重新来的君王，自己立身为本，已经历了赵燕两代，未尝改变过初衷，使君何必匆匆逼我投降呢！”荀羡继续责备他，贾坚怒道：“你这个小人，做我的儿女还嫌小，居然想驾驭乃公！”荀羡大怒，把他绑了放在外头淋雨，一连数日，贾坚终于悲愤而死。
前燕青州刺史慕容尘派部将悦明去救泰山，结果荀羡大败，前燕收复了山茌。慕容俊任命贾坚儿子贾活为任城太守。
慕容垂妻子是段氏酋长段末柸的女儿，她生了儿子慕容令和慕容宝。段氏才高性烈，自以为出身高贵，不尊重皇后可足浑氏，所以可足浑氏很恨她。慕容俊历来不喜欢慕容垂，便指使宦官诬告段氏和慕容垂的谋臣高弼是蛊惑人心的巫婆和巫师，想以此来搞臭慕容垂。慕容俊逮捕了段氏和高弼，把他们下到大长秋和廷尉那里进行拷问。段氏和高弼坚贞不屈，拒不认罪。他们受刑时间长了，慕容垂十分怜惜，便私下让人跟段氏说：“人生总要一死，如何忍受得了如此酷刑！不如屈服算了。”段氏叹道：“我岂是怕死！但如果自诬而屈服于这凶恶的逆贼，我上有辱于祖宗，下连累了大王，所以不愿这么做！”因此即使在酷刑下，段氏的辩答却更加明确，慕容垂因此得以免祸，而段氏竟然死在狱中。慕容俊把慕容垂支出朝廷，任命他为平州刺史，出镇辽东。慕容垂娶了段氏妹妹为继室，但可足浑氏把她给废黜了，硬把自己的妹妹长安君嫁给慕容垂。慕容垂很不高兴，于是可足浑氏更加嫌恶他。
公元359年春二月，慕容俊在京城的显贤里建立小学用以教育宗室子弟。他又封儿子慕容泓为济北王，慕容冲为中山王。
慕容俊在蒲池宴请群臣，当谈到前太子慕容晔时，怅然流泪道：“昔日魏武帝追思痛惜曹冲，孙权悼念孙登不已，孤经常以为这二位君主只不过因为太爱儿子而称奇他们，其实两个儿子并没有什么太高雅的地方。但自从景先（慕容晔的字）去世后，孤鬓发半白，方始知道这二位君主的感慨并非没有原因。爱卿们觉得景先怎么样？孤今日悼念他，对将来会有什么影响吗？”司徒左长史李绩答道：“献怀太子在东宫时，臣担任中庶子，对太子的志向学业，胆敢不了解！太子有八样大德，而从未见到什么缺点。”慕容俊道：“爱卿说的也有点过头，但不妨谈谈。”李绩言道：“至孝自天，性与道合，这是其一。聪敏慧悟，机思若流，这是其二。沉毅好断，理诣无幽，这是其三。疾谀亮物，雅悦直言，这是其四。好学爱贤，不耻下问，这是其五。英姿迈古，艺业超时，这是其六。虚襟恭让，尊师重道，这是其七。轻财好施，勤恤民隐，这是其八。”慕容俊哭着说道：“爱卿的赞誉虽然有点过头，但如果我这儿子要还健在，孤则死而无忧。孤既然不能追踪唐尧虞舜，以天下为公，将帝位禅让给有德之人，但也应当模仿三王，认真负责地世代传授。景茂年幼，器艺尚未成形，爱卿觉得他怎么样？”当时太子慕容暐（字景茂）侍奉在身边，李绩直言答道：“皇太子天资聪慧，虽然年才八岁，但已经颇有见识。然而还有两个缺点尚未改正，那就是过于喜爱游猎和丝竹音乐，这就是他还不够的地方。”慕容俊转向慕容暐，看着他说道：“伯阳的话，是金石良言，有医药的好处，你应当引以为诫！”慕容暐嘴上不说什么，但心里很不高兴。
慕容俊梦见已故后赵主石虎咬自己的手臂，便派人去发掘石虎的坟墓，然而却发现他的尸体并不在墓里。慕容俊于是悬赏百金求取石虎的尸体。邺城里有位叫李菟的女子知道尸体的下落，报告了朝廷，于是慕容俊在东明观下挖掘得到了石虎的尸体，僵硬但并不腐烂。慕容俊用脚蹋着尸体骂道：“死胡鬼，居然敢来吓唬生天子！”接着数落了他残暴的罪行，将石虎鞭尸后投进漳水。尸体倚靠在桥墩上并不流走，后来就沉在桥墩下。后来前秦灭了前燕，前秦丞相王猛为这事杀了李菟，然后收起石虎的尸体将之礼葬了。
公元359年五月，先前逃到邵陵的高昌不能抵御前燕的进攻，在秋七月又从白马逃到荥阳。
东晋泰山太守诸葛攸再次率领水陆二万大军进攻前燕，从石门进发，驻军在河渚。诸葛攸部将匡超进据嵪敖，萧馆进据新栅。诸葛悠又派督护徐冏率领水军三千在黄河上上下泛舟，为东西两军制造声势。前燕上庸王慕容评和长乐太守傅颜率领步骑五万和诸葛攸在东阿大战，结果诸葛攸大败。塞北贺兰和涉勒等七国迫于前燕的军威，都投降了。
冬十月，东晋朝廷派西中郎将谢万在下蔡驻军，北中郎将郗昙在高平驻军，准备出击前燕。谢万率领大军进入涡颍一带，声援洛阳，郗昙却因病退守彭城。谢万以为燕兵十分强盛，所以郗昙才退兵，便也跟着撤军，兵众于是不战而溃，谢万弄得单身狼狈而归。东晋朝廷下诏废谢万为庶人，把郗昙降号称建武将军。于是许昌、颍川、谯、沛各个城池相继被前燕占领。
十二月，慕容俊生了重病，跟大司马太原王慕容恪说：“孤这病生的心力交瘁，看样子不行了。除了太短命外，孤没有什么遗恨！但是二寇尚未除灭，而景茂年幼，孤担心他不堪这多难之秋的大任。孤打算追循古代的宋宣公，将社稷交给你，怎么样？”慕容恪道：“太子虽然年幼，然而天纵聪圣，必定能够外胜残敌，内安朝政，成为大治的明主。臣算什么人，胆敢干预正统！”慕容俊怒道：“我们兄弟之间，何必要虚伪地掩饰你内心的想法！”慕容恪道：“陛下如果以为臣能够承担天下的大任，却为什么不相信臣能够辅佐少主！”慕容俊大喜道：“你能够成为周公，孤还有什么好担忧的！李绩清方忠亮，你应当重用他。”便召吴王慕容垂回到邺都。
那时前燕从各个郡国招募来的兵马都集中在邺城，因此盗贼很多，每夜都有抢劫事件，清晨以前黄昏以后路上看不到行人。于是慕容恪宽免平常的赋税，设置宵禁等类似的戒严措施，告发贼盗的人赐官为奉车都尉，于是捕获并诛杀了贼首木谷和等一百多人，邺都总算安定了下来。
公元360年春正月，慕容俊抱病在邺都大阅兵马，想让慕容恪和阳骛率领这支大军进行统一战争。但他最终还是一病不起，便把慕容恪、阳骛以及慕容评和领军将军慕舆根等人召来接受遗诏辅政。慕容俊不久便去世了，死时四十二岁，在位十一年。
慕容俊秉性高雅，喜好文学书籍，从即位直到执政末年，讲论不倦。在理政的百忙之中，还经常抽出时间和侍臣讨论错综复杂的仁义道理，并著述了四十多篇文章。他性格严肃持重，谨慎威仪，从未穿着非帝王服饰临朝，即使闲居或赴宴时，也从无懈怠的神色。
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