特殊遭际使得这位晚清的一代名臣多了一些与众不同的烙印。道光二十年，对沈葆桢来说，可谓喜忧参半。斯年，他和老师林昌彝同榜中举，和表妹林普晴喜结连理；同样在斯年，第一次鸦片战争爆发，舅舅林则徐被革职查办，泱泱中华从此进入半殖民地时代。个人的荣辱与国家的前途命运相比，孰轻孰重，年轻的沈葆桢心中是有一杆秤的。也许正是因了这个特殊遭际，使得这位晚清的一代名臣，多了一些与众不同的烙印。
咸丰六年，沈葆桢出任广信(今上饶)知府。八月，石达开麾下将领杨辅清率众万余进入江西，连克数城，对广信形成合围之势。当时，沈葆桢陪同工部右侍郎廉兆伦外出征办军粮军饷，城里的400守军也逃得不见踪影，只剩下知县、参将、千总和沈夫人林普晴等。
危急关头，林普晴发威了，你欺负我老公不在家呀！要你好看。她一边鼓舞百姓守城，一边火速派人向父亲以前的旧部、浙江提督饶廷选求援。第二天沈葆桢赶回广信，不久援兵也至，他们采取了攻其不备、袭扰辎重的战术，七战七捷，打得杨辅清晕头转向，灰溜溜地率领残部撤退了。经此一役，沈葆桢名扬天下。杨辅清打不赢沈葆桢，石达开亲自来又怎样呢？
次年三月，石达开果然兵临广信城下。高手过招，所谓两强相遇勇者胜，沈葆桢凭的正是硬骨头精神，他和饶廷选率守军顽强抵抗，双方激战数日，石达开终于认输，转身去了浙江。
与大多数谈洋色变的清政府官员不同的是，沈葆桢维护中华道统及国家主权的意识非常坚定。同治元年，他出任江西巡抚，曾遇到一桩教案，当地民众与法国传教士之间的冲突已然白热化，教会的店铺和房屋不断被捣毁。沈葆桢得知此事后高兴地说：“夷人逞志于我久矣，不虞吾民之藉手以报之。”迫于朝廷压力，他妥善解决了此案，将赔偿金从七万压到一万七，拒绝道歉，并强调：“以中国之心思通外国之技巧，可也；以外国之习气变中国之性情，不可也。”
主持福州船政局期间，他提出“购置者权操于人，何如制造者权操诸己”的主权观。在自制的第一艘轮船“万年清”号下水前，法国监工达士博和法国领事巴士栋百般要挟让法国人来引港，但沈葆桢皆不为所折。他说：“引港是中国政府的主权，这个权不能让给外国政府。”由于他的坚持，才保住马尾的“港口权”。在他心中，师夷长技只是手段；制夷，才是终极目的。
沈葆桢在抵御日本侵略台湾时深感“民心可用”，内忧不足虑，上奏说：“今日情形迥非昔比，似宜明饬镇道，如民间受其荼毒，立须声罪致讨，官民同命，草木皆兵”，那么，东洋人再怎么居心叵测，我们也不怕，亦可使“全台屹若长城”。
沈葆桢能够快速地被提拔，曾国藩的举荐是主要原因。那么，对于曾国藩的举荐之恩，他是如何报答的呢？说起来很有意思：忘了。
从同治元年五月开始围攻天京，到同治三年七月城破，历时两年多，朝廷没花一两银子，军饷都来自江南数省的协饷。那一时期，曾国藩的权力大得没边了，江、浙、赣、皖等省的财政收入全部归他调用，但是，他从江西却从来没拿到一分钱，为什么？沈葆桢就是不给，留着自己办团练、恢复民生。
九江道台筹集三万两银子准备送往前线，沈葆桢知道后立马下令运回南昌，若违令，必撤职。道台左右为难，于是各给一半。沈葆桢不干，逼着这位倒霉蛋儿去曾国藩大营讨回了一万五千两。进了嘴的银子又得吐出来，气得曾国藩手下的参谋将军们纷纷大骂沈葆桢“忘恩负义”。
沈葆桢仕途三十余年，平乱、保台、造船、建设南洋舰队，官儿做得越来越大，经手的银子也越来越多，晚年几乎大部分精力都花在了筹款上。但是，他个人及家庭的经济状况又怎样呢？用他自己的话说，“惟穷不可耐耳”。这种难以想象的廉洁，在所谓“同治中兴”的几位名臣中，他是唯一，没有第二个。
家里雇不起下人，媳妇儿只好自己下厨房。人家林普晴可是林则徐的女儿，名门闺秀啊！于是，他写信安慰：“我目下无能接济，家中事全仗卿极力扶持。现在为景所迫，不能以求人为耻……”后来大儿子说要买个房子住，他又不同意，回信让其“安分些”，并说：“我貂褂霉烂，尚不敢另做，亦无白锋毛外褂，官亲、家人皆以为耻。无论在江西及京中旧债未清，力所不及。”
沈葆桢死后，代理布政使桂嵩庆驰奏朝廷：“殁日，布被旧衣，一如寒素，宦囊萧索，不名一钱。”江苏巡抚吴之炳也奏曰：“奉身清俭，一如寒素……僚属相顾叹息，市井乡曲之民有下泪者……”
