隋文帝开皇九年即公元589年正月，隋朝大将贺若弼和韩擒虎率领的大军占领南陈京师建康，活捉了陈后主陈叔宝。隋上柱国杨素和秦王杨俊同时也率军平定了长江上游的荆州和湘州一带，接着通过和平手段平定了岭南和广州，基本实现了中国的统一。隋文帝杨坚接着任命杨俊为扬州总管，同时让晋王杨广回到并州。
晋王杨广杀了南陈的五个佞臣（施文庆、沈客卿、阳慧朗、徐析、暨慧景）时，还不知道都官尚书孔范、散骑常侍王瑳和王仪、御史中丞沈瓘的罪行，所以他们免于一死。当被带到长安后，他们的罪行被揭露了。四月二十六（己未，通鉴作乙未为误），隋文帝将他们的罪行公布于众，然后把他们发配到边远地方，好向吴越一带的百姓谢罪。王瑳刻薄贪婪，卑鄙无耻，忌妒和陷害有才能的大臣；王仪总在陈后主面前花言巧语，极尽谄媚之能事，还曾献上两个女儿，想得到陈后主的亲昵；沈瓘则阴险残忍，苛刻冷酷，一开口总是阿谀奉承的话，所以和孔范一道被治罪。
隋文帝赐给陈叔宝的东西非常丰厚，还多次引见他，班次相当于三品官员。每次举行朝廷大宴时，他怕引起陈叔宝的伤心，都不奏江南的音乐。后来负责监看陈叔宝的人上奏：“陈叔宝说，‘因为没有官秩职位，所以每次参加朝廷集会，都不很方便。希望得到一个官号。’”隋文帝叹道：“陈叔宝真是毫无心肝！”监看的人又说：“陈叔宝经常醉酒，很少有清醒的时候。”隋文帝问：“他能喝多少酒？”监看的人答道：“和他的子弟每天可喝一石。”隋文帝大吃一惊，便让他节制一点，后来想了想，又说：“还是随便他吧。不然怎么过日子！”隋文帝因为陈氏的子弟很多，担心他们在京城胡作非为，便将他们安排到边远的州里去，给他们田产维生，过年时还赐给他们衣服，让他们安然度日。
隋文帝下诏任命原南陈尚书令江总为上开府仪同三司，任命仆射袁宪、骠骑萧摩诃、领军任忠并为开府仪同三司，任命吏部尚书吴兴人姚察为秘书丞。隋文帝称赞袁宪很有操守，并下诏宣布他是江南大臣的表率，并任命他为昌州刺史。他又听说南陈散骑常侍袁元友多次向陈叔宝直言进谏，便擢用他担任主爵侍郎。隋文帝跟群臣说：“刚刚平定陈国时，我后悔没有杀了任蛮奴（即任忠）。接受人家的荣禄，而且朝廷对他寄托了那么大的希望，他却不能横尸疆场，献身徇国。还说什么无能为力。这和弘演的纳肝（春秋时狄人突然攻打卫国，杀了卫懿公，尽食其肉，独舍其肝。卫大夫弘演为他收尸，发现只有一只肝尚完好，居然拨刀剖开自己的肚子，手取卫懿公的肝纳入腹中。从者只好把弘演的尸体当作懿公的棺材，草草掩埋。）相去何止十万八千里！”
隋文帝见到原南陈水军都督周罗，慰问并劝谕了他，还答应给他富贵荣华。周罗流泪答道：“臣承蒙陈氏的厚遇，本朝沦亡，自己却没有什么气节可以记载。今天得免于死，已是陛下的恩赐了，哪里还敢期望什么富贵荣华！”贺若弼跟周罗说：“听说你在郢州和汉江地区带兵时，就知道我们能攻下扬州。王师后来顺利渡过长江，果然就像你所预料的那样。”周罗说：“如果我得到和贺若公周旋的机会，胜负还未可预测。”不久，隋文帝也拜他为上仪同三司。早先，陈将羊翔前来投降。在伐陈战争中，隋朝让他担任向导。后来他官至上开府仪同三司，班次在周罗之上。韩擒虎在朝堂跟周罗开玩笑说：“将军不知随机应变，结果现在却站在羊翔之下，能不感到惭愧吗！”周罗说：“当年在江南，很早就听说过将军的名声，以为将军是很有气节的天下名人。今天说的话，实在让我深感失望。”韩擒虎听了后，面有愧色。
隋文帝责备南陈的君臣时，只有陈叔文面上现出欣喜和得意的样子。后来他又上表自我陈诉说：“臣当时在巴州，已经先向贵朝表示了投诚的意愿。还希望陛下知道这一内情，不要把臣当作他们一般看待！”隋文帝虽然嫌他不忠，然而还想怀柔和安抚江南的人心，便也封陈叔文为开府仪同三司，任命他为宜州刺史。
当初，南陈散骑常侍韦鼎出使北周，遇见当时还只是北周大臣的杨坚，感到非常惊异。他跟杨坚说：“明公一定会大富大贵。那时全国统一，天下一家，老夫也将称臣于明公。”到了至德初年（583），韦鼎任太府卿时，他把家里的田宅全都卖了。大匠卿毛彪问他什么原因，韦鼎说：“江东的王气到这里算完了！我和你都将被安葬在长安。”当隋朝灭陈后，隋文帝召韦鼎担任上仪同三司。韦鼎是韦睿的孙子。
四月二十九（壬戌），隋文帝下诏说：“如今天下统一，百姓安居乐业，所以太平时期的律法，可以广为实行。凡是我国的臣民，都应当洁身养德，家家自我修养，人人克制邪念。军队虽然可以建立威严，但不能不加以收敛。刑罚虽然可以帮助教化，但不能任意专行。所以从今以后，除了禁卫皇宫部省各个重地，以及镇守全国各个重要藩镇的军队之外，其他的部队以及军备器械，都应当予以取消。如今道路平坦，各地都安然无事，所以军人的子弟，都可以开始学习经史。民间还遗留的兵甲，都必须予以销毁。现在正式颁告天下，让百姓清楚地知道朕的意愿。”
贺若弼撰写了一部他伐陈的策略，上呈给隋文帝，并把它命名为《御授平陈七策》。隋文帝故意不看，还说：“贺若公如果要播扬我的名声，而我却不求名。贺若公应该把它放在自家的家传里。”贺若弼位高望重，几个兄弟同时被封为郡公，出任刺史或列将；他家里的奇珍异玩，不可胜数；光身穿锦罗绸缎的婢女小妾就有几百，当时人们都觉得他的家族异常荣耀。
后来突厥使者来上朝，隋文帝问他说：“你们听说江南有陈国天子吗？”突厥使者答道：“听说过。”隋文帝于是让身边侍从把突厥使者带到韩擒虎面前说：“这位就是我们捉到的陈国天子。”韩擒虎面容严厉地看着他，突厥使者惶恐得不行，甚至不敢抬头看他。
左卫将军庞晃等人在隋文帝面前讲高熲的坏话。隋文帝非常愤怒，把他们全都废黜了，反而对高熲更加亲密和信任。他趁机跟高熲说：“独孤公，你就像是一面镜子，每次经过打磨后，总是更加皎然明亮。”当初，高熲的父亲高宾是独孤信的僚佐，独孤信赐他姓独孤氏，所以隋文帝经常称呼他为独孤，而不用他的真名。
乐安公元谐，生性豪侠，很有气概。他少年时和隋文帝是同学，非常友爱。隋文帝即位后，他历任显赫的要职。元谐喜好排挤和诋毁旁人，所以无法得到周围人们的好感。他和上柱国王谊关系密切。王谊被杀后，隋文帝稍微开始疏远了他，多少对他也有些猜忌。有人告发元谐和他隔代堂弟上开府仪同三司元滂、临泽侯田鸾、上仪同三司祈绪等人谋反，因此他们都被送到有司部门立案审查。有司部门经过调查后，上奏说：“元谐密谋让祈绪率领党项（少数民族西羌族的一支）的兵马去切断通往巴、蜀的道路。又有，元谐曾在和元滂同时谒见皇上时，私下跟元滂说：‘我才是主人，殿上的那人其实是贼。’便趁机让元滂观察皇上的气象。元滂说：‘他头顶的云气好像是蹲着的狗和跑动的鹿，不如我们头上福德双至的云气。’”隋文帝勃然大怒，于是将元谐、元滂、田鸾、祈绪全都杀了。
闰四月十七（己卯），隋文帝任命吏部尚书苏威为右仆射，并于六月初四（乙丑）任命荆州总管杨素为纳言。这期间，朝野大臣们都建议隋文帝应该去封禅，七月十五（丙午），隋文帝下诏说：“岂能仅仅因为命令一位将军，去除掉一个小国，就要到处宣扬，便以为天下太平了。用菲薄的仁德去封禅名山，用虚妄的言辞去祭告上帝，并非是朕愿意听到的言论。从今以后，所有谈及封禅的话，都应当立即禁绝！”
左卫大将军广平王杨雄，身份特别尊贵，也特别得到的宠幸。他和高熲、虞庆则、苏威一道被称作四贵。杨雄宽宏大量，礼贤下士，朝野大臣都对他瞩目相看，非常倾慕。隋文帝嫉妒他深得人心，暗中对他十分猜忌，所以不想让他掌管军权。八月初二（壬戌），他任命杨雄为司空，实际上夺了他的兵权。杨雄失去了具体职务后，便闭门不再接待宾客。
隋文帝刚即位时，柱国沛公郑译曾请求朝廷修订朝会和祭祀时用的雅乐。于是隋文帝下诏让太常卿牛弘、国子祭酒辛彦之、博士何妥等人商议这事，但多年都得不到解决。郑译上言说：“古乐有十二律，旋相为宫（即宫音可在十二律中循环往复）。每律各用七声（即宫、商、角、徵、羽、变宫、变徵）。后世没人通晓其中的奥妙。”郑译因为龟兹人苏祗婆擅长琵琶，才根据他的演奏方法，推演出十二均和八十四调，用以校对太乐的演奏，结果发现现行的太乐音阶都不对。郑译又在七音之外另外增加了一声，称为应声，并写成新演奏法宣示给朝廷。他又和邳公苏威的世子苏夔讨论累黍定律（古代以黍粒为计量基准。累黍定律指的是按一定方式排列黍粒以定分、寸、尺以及音律律管的长度）。
当时人们认为，长期以来都没有精通音律的学者，所以不是郑译和苏夔一时可以确定的。隋文帝历来对学问不感兴趣，而牛弘不懂得音律，何妥又觉得自己是资历很深的名儒，怎么现在变得反而不如郑译他们，便想破坏他们的事情。于是他们各自提出自己的意见，否定十二律和旋相为宫以及七调的主张。他们竞相提出异议，各立朋党。有人还要他们各自制造乐理，等到造成后，选择其中最好的加以实施。何妥担心一旦乐理制成后，好坏优劣一下就明朗了，所以请隋文帝让人演奏音乐，先试试看。他预先跟隋文帝说：“黄钟的声音象征着人君的仁德。”当演奏黄钟的音调时，隋文帝说：“这声音滔滔和雅，很合我的心意。”何妥因此奏请，只用黄钟作为宫音，不用借助其余的音律。隋文帝很高兴，听从了他的建议。
当时有个叫万宝常的乐工，对钟律非常精通。郑译等人将黄钟的音律调成后，让乐师前来演奏。隋文帝召万宝常前来，征求他的意见。万宝常说：“这是亡国之音。”隋文帝很不高兴。万宝常请求用水尺作为音律，来调乐器的音调，随文帝同意了。万宝常制作了各种乐器，用它们演奏出来的音声都比郑译的音调低上二律。经他增加或淘汰的乐器，不可胜数。用他的乐器演奏的音乐十分雅淡，不被当时的人们喜欢，太常寺里擅长音乐的人多数都诋毁他的音乐。苏夔尤其嫉妒万宝常。当时苏夔的父亲苏威正在朝廷当权，所以在有关音乐方面都附和他儿子的观点，而强调万宝常的短处。所以万宝常制订的音乐最终受到苏威的压制，没被采用。
当隋文帝灭陈后，缴获了很多刘宋和南齐的旧乐器，以及江南的乐工，随文帝让他们当庭演奏，因而叹道：“这才是华夏的正声。”于是将五音调为五夏、二舞、登歌、房内等十四调，在接待来宾和祭祀时使用。隋文帝还下诏，让太常寺设置清商署掌管雅乐。
当时天下统一，各个朝代的乐器和其他器物都集中在乐府。牛弘上奏说：“中国的传统旧音多数都在江南。先前征服荆州后得到了梁乐，现在平定了蒋州（即南陈）又得到了陈乐。这些历代相承的音乐符合古代的传统，所以臣请陛下对它们加以修订，作为正式的雅乐。魏朝的音乐以及周朝所用的，杂有边疆外族的音调，都不能使用，也请陛下命令全部停止。”冬十二月，隋文帝下诏，让牛弘与许善心和姚察，以及通直郎虞世基参与制定雅乐。虞世基是虞荔的儿子。
十二月十一（己巳），隋文帝任命黄州总管周法尚为永州总管，前去安抚岭南地区，并派给他黄州的士兵三千五百人，作为他帐内的亲兵。南陈桂州刺史钱季卿等人都前往周法尚那里请降。南陈定州刺史吕子廓，占据山洞，不肯受命。周法尚率军出击并杀了他。
同时，隋文帝任命驾部侍郎狄道人辛公义为岷州刺史。岷州的习俗特别害怕瘟疫，一人得了瘟疫，全家都要避开，结果大多病人都死了。辛公义命令把病人都抬到自己的听事厅上。盛暑的日子里，有时病人多达数百，厅里和走廊都挤满了病人。辛公义把自己的床铺设在厅上，日夜和病人相处，还用自己的俸禄购买医药，亲自去看望慰问病人。病人痊愈后，他把他们的亲戚叫来劝告解释说：“死生有命，哪里就那么容易感染！如果那么容易就感染上了，我不早就死了？”大家无不感到惭愧，然后拜谢而去。后来人们生病时，都争着要到辛公义那里去，而他们的亲戚则再三挽留，于是互相慈爱的风气开始流行，旧的习俗逐渐改变。辛公义后来升任牟州刺史。他下车伊始，先到州里的监狱中露天而坐，亲自审问犯人。十几天里，他把案件全都处理完毕，该放的放，然后才回听事厅受领新的案子。事情都是当场解决。如果一时办不了的，或者嫌疑犯必需被关押的，辛公义总是睡在听事厅上，直到处理完案件才回家。有人劝他道：“公事总得有个过程，使君何必把自己搞得这么辛苦！”辛公义说：“刺史缺乏仁德，不能让百姓没有诉讼纠纷，又怎能把人关在狱里，自己回家睡大觉？”罪人听说后，无不服法认罪。以后百姓有什么纠纷，乡闾父老总是急忙劝阻他们说：“这样的小事，怎么忍心去麻烦使君！”卷入纠纷的人多数都尽量忍让，不再动不动就诉诸诉讼。
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