贞观十七年即公元643年二月二十八（戊申），唐太宗命令画师在凌烟阁墙上画出功臣赵公长孙无忌等二十四人的图像。三月初六（丙辰），唐太宗下诏派兵部尚书李勣等人率军到齐州讨伐皇五子齐王李祐。三月初十（庚申）夜里，齐府兵曹杜行敏等人拿下李祐，齐州的叛乱很快就得以平息。
当初，太子李承乾喜好声色和畋猎，所作所为非常奢侈靡烂。他怕唐太宗知道，便经常对东宫臣属宣扬忠孝之道，有时甚至痛哭流泪。然而一旦回到宫中，就马上和一群小人相互猥亵亲狎。东宫臣属中有人想劝谏的，太子总会先揣摩他的来意，然后客气地迎拜，正容危坐，引咎自责，言辞诚恳，让想来进谏的臣属拜答不暇。因此东宫里的秘密，外人全不知道，所以当时的舆论最初都称赞他贤惠。
太子让人制作了一只八尺铜炉和六隔大鼎，并招募逃亡的奴仆去盗窃民间的牛马，然后亲自参与烹煮，和自己宠幸的厮役一块吃掉。他又喜好模仿突厥语及其服饰，还挑选身边长得像突厥人的五个随从组成一个部落，留着长辫，穿上羊皮衣去牧羊。他还制作了五狼头旗以及其他幡旗，设置了一座穹庐，太子自己坐在中间，杀羊烹煮，然后抽出佩刀割羊肉吃。他还跟身边的人说：“我试着装作可汗死了，你们可以仿效他们的丧礼为我服丧。”于是装作僵硬地躺在地上，身边小人们全都号哭，骑马绕着他的“尸体”，然后靠近他的身子，用刀划自己的脸（古代匈奴等异族遇大忧大丧时以此表示悲戚）。一阵子后，太子一跃而起，说：“一旦有了天下，我将率领几万骑兵到金城西面围猎，然后散开头发变成突厥人，委身于思摩可汗。如果能当个设（突厥的大将称号），也不比其他人差了。”
左庶子于志宁和右庶子孔颖达多次劝谏太子。唐太宗嘉奖他们的忠诚，赐给他俩金银丝帛，想以此激励太子，并提拔于志宁为詹事。于志宁和接替他的左庶子张玄素多次上书恳切劝谏，太子很烦他们，居然暗中派人去杀他俩，但未遂。
皇弟汉王李元昌行为经常违法，唐太宗多次谴责他，因此他心存怨恨。太子和他关系密切，早晚总是和他一同游玩。他们经常分成左右两队，太子和李元昌各领其一，身披毛毡当作甲胄，手操竹子当作兵器，布下阵容，大呼小叫地相互交战，对刺甚至流血，作为娱乐。有不认真打闹的，居然被吊在树上抽打，以至有人死去。太子还说：“假使我今天当了天子，明天就马上在苑中设置万人营，和汉王分别统领，观看他们相互厮杀，这难道不好玩吗！”又说：“我要成为天子，就要极情纵欲。有胆敢进谏的马上杀了。只要杀他个几百人，其他人自然就不作声了。”
魏王李泰多才多艺，得到唐太宗的宠爱。他见到太子有脚病，暗中便有夺嫡的想法。他礼贤下士，追求声誉。唐太宗起初命令黄门侍郎韦挺负责李泰魏王府的事务，后来又命令工部尚书杜楚客代替他。他俩于是为李泰联结朝廷大臣。杜楚客有时身上带着金子去贿赂权贵，趁机宣扬魏王的聪明才智，说他应当成为嗣君。不少文武大臣，也想趁机投靠，私下成为李泰的朋党。太子怕了，派人装作李泰府上的典签，呈上密封奏事，历数李泰的罪恶。唐太宗下敕令捉捕这些诬告者，但没有捉获。
太子私自到太常寺乐童称心那里，和他同吃同住。道士秦英和韦灵符有些歪门左道，因此得到太子的宠幸。唐太宗听说后，勃然大怒，令人逮捕并杀了称心等人，为此连坐而被处死的有好几人。唐太宗还严厉责备了太子。太子以为是李泰告发的，因此对他更加仇恨。他思念称心不已，还在东宫中专门搞了个房间，立了称心的画像，朝夕奠祭，还在画像前来回徘徊，伤心流泪。他又在东宫苑中修建了他的坟墓，私自追赠他官爵和树立石碑。
唐太宗对太子越来越不满意，太子也知道，因此动不动就几个月称病不来朝谒，还暗中豢养刺客纥干承基等人以及壮士百馀人，阴谋刺杀魏王李泰。
吏部尚书侯君集的女婿贺兰楚石任东宫千牛。太子知道侯君集心怀怨恨，便多次让贺兰楚石请侯君集来东宫，向他请教保护自己的办法。侯君集觉得太子暗弱卑劣，一旦登基就更容易对付，便趁机劝他反叛。他举着自己的手跟太子说：“这是双好手，应当被殿下使用。”又说：“魏王得到皇上的宠爱，恐怕殿下会有庶人杨勇（隋文帝的废太子）那样的灾祸。如果得到敕令召殿下入宫，应当秘密做好防备。”太子觉得很有道理，于是用重金贿赂侯君集以及左屯卫中郎将顿丘人李安俨，让他刺探唐太宗的心意，一有什么动静就向他报告。李安俨先前事奉隐太子李建成，隐太子失败时，李安俨为他力战。唐太宗因此认为他非常忠诚，所以对他十分亲信，让他负责宿卫。李安俨则把自己全都交给太子。
汉王李元昌也劝太子造反，还说：“近来见到皇上身边有个美人，很擅长弹琵琶。事情要是成了，还希望把那美人垂赐给我。”太子欣然应允。洋州刺史开化公赵节，是赵慈景的儿子，母亲是长广公主；驸马都尉杜荷，是杜如晦的儿子，娶了城阳公主。他二人都是太子的亲信，也参预了太子的密谋。凡是同谋的全都割破手臂，用棉帛拭血，然后烧成灰和酒喝下，发誓同生共死，阴谋带兵进入西宫。杜荷跟太子说：“天象有变，应当尽速发动事变，好顺应天象。殿下只要声称自己暴病身危，主上必定会亲自前来探视，那时我们就能趁机成事。”太子听说齐王李祐在齐州反叛，便跟纥干承基等人说：“我们东宫的西墙，离皇宫大内只不过二十步而已。和爱卿一道成就大事，岂不比齐王容易多了！”刚好遇上朝廷处理齐王反叛的事件，纥干承基受到株连，被关进大理寺监狱，罪当处死。
夏四月初一（庚辰），纥干承基在狱中变卦，告发太子谋反。唐太宗敕令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李勣与大理寺、中书省、门下省一道调查此事，结果谋反的证据确凿。唐太宗跟侍臣们说：“该如何处置承乾？”大臣们都不敢说什么，只有通事舍人来济进言说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，这是最好的办法！”唐太宗听从了他的建议。来济是来护儿的儿子。
四月初六（乙酉），唐太宗下诏将太子李承乾废为庶人，幽禁在右领军府。唐太宗想要赦免汉王李元昌的死罪，但群臣再三争辩反对，他只好赐他在家里自尽，然而原宥他的母亲和妻儿。侯君集、李安俨、赵节、杜荷等人全被处死。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德等人因为不能谏争，所以也被免为庶人。其余本当连坐的，唐太宗全都赦免了他们。詹事于志宁因为多次进谏，单独得到唐太宗的慰劳和勉励。唐太宗还任命纥干承基为川府折冲都尉，封平棘县公。
侯君集被捕时，贺兰楚石又到宫阙告发他的事情。唐太宗引见了侯君集，跟他说：“朕不想让刀笔小吏羞辱侯公，所以打算亲自审问。”侯君集最初不承认。朝廷让贺兰楚石详细陈述了事情的始末，又拿出他和纥干承乾往来的书信给他看。侯君集这才无言以对，服罪了。唐太宗跟群臣说：“以前国家尚未安宁，侯君集的确出了大力。朕不忍心将他依法处置，想向你们乞讨他的性命。你们能答应朕吗？”群臣争着进言说：“侯君集的罪，天地不容。请诛杀他以明大法。”唐太宗于是对侯君集说：“今天和侯公永诀了！从今以后，只能见到侯公的遗像了。”说着流下了眼泪。侯君集也惭愧地跪伏在地，最终被送到东市处斩。侯君集临刑时，面不改色，从容地跟监刑的将军说：“我侯君集蹉跎岁月，居然跌落到这一地步！然而我在陛下只是藩王时就跟从了他，为他征服了两个国家。现在乞求将军转告陛下，保全我一个儿子，好祭祀香火。”唐太宗因此原宥了他的妻儿，将他们发配岭南，然后籍没了他的家产，包括两个自幼只吃人乳而不吃其他食物的美人。
侯君集是豳州三水人。他生性喜欢娇揉做作，文过饰非，矜持自夸。他也摆弄弓矢，但武艺并不精湛，却以武勇自诩。李世民还是秦王时，聘他进入幕府，所以他多次跟从李世民出征，经过累迁官拜左虞侯和车骑将军，封全椒县子。他逐渐乘蒙恩遇，参预谋议。李世民诛杀李建成和李元吉时，侯君集出了最多计策。李世民即位成为唐太宗后，他升任左卫将军，因功进封潞国公，食邑一千户，不久又官拜右卫大将军。侯君集的事前面都已细说，这里就谈些没讲过的事。侯君集协助李靖征服了吐谷浑后，于贞观十一年（637），和长孙无忌等人都受到世袭的封赏，侯君集被任命为陈州刺史，改封陈国公，并于翌年官拜吏部尚书，进位光禄大夫。侯君集行伍出身，历来不学无术，到被重用后，才开始读书。他负责官员选拔，制定考核标准，出为将领，入参朝政，当时声誉良好。侯君集最大的功劳是率军消灭了高昌国，然而他在那里擅自籍没无辜富人的家产，又私自取走宝物，纵容部下竞相盗窃，因此回到京师被弹劾治罪，关进监狱。中书侍郎岑文本认为功臣大将不可轻加屈辱，因此上疏说：
“侯君集等人要么位居辅佐，要么职任爪牙，一同承蒙拔擢，承担将帅重任。然而他们不能正身奉法，报答陛下的大恩，举止不合情理，罪孽可谓深重，实在应当绳之以法，严肃朝纪。但高昌君主昏聩迷惘，人神共弃。然而在朝的议者，都觉得高昌地在遐荒，都想将他们置之度外。唯有陛下运用独到的英明，授予决胜的策略，侯君集等人奉行圣上的决策，因此得以按时平定贼寇。如果谈论事实，那都是陛下的功劳，但侯君集等人毕竟也有路途的辛苦，也许谈不上有多大功勋。然而陛下天德仁厚，总是归功于将帅。捷报一到，便降大恩，从征之人，皆沾雨露。当侯君集他们凯旋归来时，陛下还专门设宴款待，又在万国使臣面前，加以重赏。朝廷内外文武百官，对陛下及时行赏的做法无不欣然鼓舞。但不过十来天后，却把他们交付大理寺处置。虽然这是侯君集等人自投罗网，然而在朝的人士不清楚他们具体所犯何罪，臣担心海内民众会怀疑陛下只记得他们的过失，似乎忘了他们的功劳。臣虽只是下等才能，妄参近职，但既然有所见闻，就不敢默然不言。臣听说古代的人君，出师命将，只要克敌就获重赏，不克则受到严刑。所以奖赏有功的，即使他们有些贪残淫纵，也一定蒙受青紫的恩宠；惩罚战败的，即使他们十分勤躬洁己，也不免斧钺的诛杀。所以《周书》曾说：‘记人之功，忘人之过，宜为君者也。’当年汉朝的贰师将军李广利损失了五万的部队，花销了亿万的费用，经历四年的辛劳，只缴获骏马三十匹。虽然斩了宛王的首级，却贪婪而不爱惜士卒，罪恶甚多。但汉武帝为了他万里征伐的辛苦，不纠缠他的过失，最终仍然封李广利为海西侯，食邑八千户。又有，西汉校尉陈汤矫诏兴师，虽然杀了郅支的单于，然而陈汤历来贪盗，没收来的财物，很多都是违法取得，结果被司隶关进监狱。陈汤于是上疏说：‘臣和将士们共同出讨郅支，幸好擒灭了他们。如今司隶将臣关押立案，等于是为郅支人报仇。’汉元帝赦免了他的罪过，封他为关内侯，还赐给黄金百斤。再有，晋龙骧将军王濬有平吴的大功，而王浑等人却指控他违诏，不接受节度，手下军人擅自抢得孙皓的宝物，还烧了孙皓的宫殿和船只。王濬上表说：‘今年平吴，诚为大庆，于臣之身，更为咎累。’晋武帝赦免了他，不予追问，还拜他为辅国大将军，封襄阳侯，赐绢万匹。近代的隋新义郡公韩擒虎，在平陈之日，放纵士卒强暴陈叔宝的后宫，而隋文帝也不问罪，虽没为他进爵，但照样拜韩擒虎为上柱国，赐他八千段布帛。由此看来，作为将帅的大臣，清廉谨慎的少，贪婪放纵的多，所以黄石公的《军势》有这样的话：‘使智，使勇，使贪，使愚。故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死。’因此臣知道从前的圣人莫不取人之长，弃人之短，正是这一缘故。臣又听说，‘夫天地之道，以覆载为先；帝王之德，以含弘为美。’以区区汉武帝以及历代诸帝，都还能宽宥像李广利这样的将领，何况陛下这样的天纵神武，振宏图以平定海内，怎会单独去这样处罚功臣，而不像古人那样行事！还希望圣上的胸怀，有自已的斟酌。臣今天之所以如此奏闻，并非胆敢为侯君集等人徇私，只是希望也许萤火虫的微光，会为日月增辉。倘若陛下降下雨露之泽，收回雷电之威，记住他们的微小功劳，忘记他们的巨大过失，让侯君集重新登上朝列，继续受到驱驰，那么他们即使并非清贞之臣，还仍是贪愚之将。这样一来，即使稍微委屈了律法，却更加显示陛下的仁德。侯君集等人的过失，虽然承蒙原宥，却更加彰明，足以让立功的人士，因此都得到诫勉；让负罪的将领，由此都得到改正。”
唐太宗阅览奏折后，释放了侯君集。侯君集自以为在西域为国立了大功，却遭到贬斥，所以总是怏怏不乐，为此还挑拨被外派出任洛州都督的张亮反叛，结果被张亮告发，但唐太宗赦免了他，待他如初，还把他列入凌烟阁二十四功臣之一。侯君集参与太子的谋反后，担心事情泄露，心里很不自安，经常半夜突然惊起，长久叹息。他妻子感到奇怪，问他道：“你是朝廷大臣，为何总是这样？一定有什么原因。如果做了什么对不起国家的事情，应当前去自首，也许能保住性命。”但侯君集不能采用。
当初，唐太宗让李靖教侯君集兵法，侯君集却跟唐太宗说：“李靖将要造反。”唐太宗问他怎么知道的，侯君集答道：“李靖光教臣兵法的粗略，而把其中的精华藏匿起来。所以臣知道。”唐太宗以此询问李靖，李靖答道：“这只能说明侯君集想造反罢了。如今中原已定，臣教他的，足以制服四夷。然而侯君集执意要学会臣所有的兵法，不是要造反而是什么！”江夏王李道宗曾私下跟唐太宗说：“侯君集志大才疏，仗着自己微小的功劳自命不凡，不甘心位居房玄龄和李靖之下，虽然担任吏部尚书，还觉得不满意。以臣看来，他的内心一定想作乱。”唐太宗说：“就侯君集的才器而言，当什么都行！朕不是爱惜重位，只是就顺序还没轮到他罢了。爱卿岂能随便猜测，妄生疑惑！”当侯君集谋反伏诛时，唐太宗才向李道宗致歉道：“果然正像爱卿预言的那样。”
李安俨的父亲那时已九十多岁。唐太宗怜悯他，赐给奴婢奉养他。
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