调露二年（也是永隆元年）即公元680年三月，裴行俭在黑山打败突厥，生擒了他们的酋长奉职。八月十五（丁巳）唐高宗李治将中书令兼检校鄯州都督李敬玄贬为衡州刺史。
太子李贤听到宫中有人私下议论，说自己是天后武则天姐姐韩国夫人所生，因此内心产生疑惧。明崇俨因为善于厌胜等巫术得到天后的信任，经常暗地里声称“太子不堪承继，英王长得很像太宗”之类的话，又说“相王的相貌最为尊贵”。天后曾命令北门学士撰写《少阳正范》以及《孝子传》赐给太子，又多次写信讥诮和责让他。太子越来越感到不安。
当明崇俨被强盗杀死后，朝廷没捉到凶手，天后便怀疑是太子指使人干的。太子比较喜好声色，与家奴赵道生等人亲昵猥亵，还赐给他很多金银丝帛。司议郎韦承庆上书劝谏，太子不听。天后指使人告发这事。唐高宗下诏让薛元超和裴炎与御史大夫高智周等人一道调查这事，结果他们在东宫的马坊搜到几百件黑甲胄，把它们当作造反的证据。赵道生又声称是太子指使他去杀了明崇俨。唐高宗平时很爱太子，所以一直犹豫着想原宥他。天后说：“作为儿子心怀逆谋，这是天地都不能容忍的。陛下应当大义灭亲，怎能赦免！”八月二十二（甲子），唐高宗将太子李贤废为庶人，并派右监门中郎将令狐智通等人护送李贤回京师，把他幽禁在另外的宫室，把他的党羽全都杀了，然后在天津桥南将搜出的甲胄全都烧毁了示众。韦承庆是韦思谦的儿子。
八月二十三（乙丑），唐高宗立左卫大将军兼雍州牧英王李哲为皇太子，改调露二年为永隆元年，大赦天下，让全国大酺欢宴三天。
太子洗马刘讷言经常撰写些《俳谐集》献给李贤。李贤被废黜后，朝廷在府里搜到了这些文集。唐高宗愤怒地说：“用《六经》教诲人还怕他不能被感化，却弄这些低级趣味的搞笑东西，算什么辅导！”于是将刘讷言流放到振州。
左卫将军高真行的儿子高政任太子典膳丞，也受到李贤案件的株连。唐高宗把他交给他父亲，让他自己训责高政。高政刚进门，高真行就用佩刀往他喉咙刺去，高真行的兄长户部侍郎高审行又刺了他的腹部，高真行兄长的儿子砍断了他的脑袋，丢弃在道上。唐高宗得知后，很不高兴，将高真行贬为睦州刺史，高审行贬为渝州刺史。高真行是高士廉的儿子。
左庶子兼中书门下三品张大安也被指控为阿附太子，被贬为普州刺史。其余的东宫僚属，唐高宗都赦免了他们的罪过，并让他们复位。左庶子薛元超等人都在朝廷上舞蹈谢恩，只有右庶子李义琰独自引咎哭泣，当时的舆论赞美他的行为。
九月，河南和河北各州发大水，朝廷派使者前去赈恤，官府还赐给淹死的人棺材下葬，同时赐给每个死者家庭七段布帛。
九月十二（甲申），朝廷改任中书侍郎兼同中书门下三品王德真为相王府长史，罢免了他参知政事的相位。
苏州刺史曹王李明和沂州刺史嗣蒋王李炜，都受到太子李贤的株连。冬十月初一（壬寅），李明被降封为零陵郡王，送到黔州安置；李炜被除名，送到道州安置。
十月初五（丙午），文成公主在吐蕃去世。十月初八（己酉），唐高宗御驾西返长安。
十一月初一（壬申），日食。这年，洛州闹饥荒，官府减价卖米，用以救济饥民。
永隆二年（也是开耀元年）即公元681年春正月，突厥入寇原、庆等州。正月初五（乙亥），朝廷派右卫将军李知十和王杲等人进驻泾、庆二州，分兵防备突厥。
正月初十（庚辰），唐高宗因为刚改立太子，在宣政殿宴请百官以及诰命夫人，并请九部歌伎以及散乐艺人自宣政门入宫。太常博士袁利贞上疏认为：“正寝（即帝王上朝的正殿）并非诰命妇人宴会的场所，路门（皇宫最里面的正门）也不是倡优进宫的地方。臣请求让诰命妇人在别殿饮宴，让九部歌伎自东西门入宫。也希望陛下取消散乐。”唐高宗于是命令改在麟德殿设宴。宴会那天，他赐给袁利贞一百段布帛。袁利贞是袁昂的曾孙。
袁利贞的族孙袁谊任苏州刺史。他自以为祖先自刘宋太尉袁淑以来，就尽忠帝室，而琅邪王氏虽然历代都担任朝台鼎柱大臣，但却总是辅佐历朝禅代的帝王，所以不屑和他们相比。袁谊曾说：“名门望族之所以尊贵的原因，是因为他们世代忠贞，才干和操行相继不绝。他们家靠出卖婚姻求得禄利，又怎算得上尊贵！”当时人们都赞同他的意见。
裴行俭大军回来后，突厥的阿史那伏念重新自立为可汗，与阿史德温傅连兵为寇。正月二十三（癸巳），朝廷任命礼部尚书裴行俭为定襄道大总管，任命右武卫将军曹怀舜和幽州都督李文暕为副手，带兵讨伐他们。
正月二十九（己亥），朝廷下诏免去雍、岐、华、同四州百姓两年的地税，遭受水灾的河南和河北地区一年的地税。唐高宗下诏给雍州长史李义玄说：“朕思量着让风气回归淳朴，用朴素为天下人示范。近来听说游手好闲的这类人极多，农时一旦不顺，便会导致饥馑。那些奇异多彩的绫罗绸缎，以及印花的衣裙，很消耗劳力，累坏了女工。天后跟朕的位子相匹，也经常只穿七破间裙（七个褶皱的裙子）。难道是因为她不知道有更靡丽的服饰吗？只是她要遵守节俭的原则罢了。高官穿的紫服赤衣，乡闾平民公然服用。还有那些商贾富人，越礼厚葬他们的亲戚。爱卿应当严加管理，千万不要让这样的事再发生。”
二月，武天后上表请求赦免杞王李上金和鄱阳王李素节的罪过。于是唐高宗任命李上金为沔州刺史，李素节为岳州刺史，但仍然不让他们来上朝。二月初七（丙午），皇太子亲自出席祭拜先师的释奠礼仪。
三月二十二（辛卯），朝廷让左仆射兼同三品刘仁轨兼任太子少傅，其他职位不变；又任命侍中郝处俊为太子少保，罢免了他参加政事的相位。
少府监裴匪舒，善于营利。他上奏将皇家苑中的马粪卖给农民，每年收到二十万贯钱。唐高宗为此征求刘仁轨的意见，刘仁轨说：“利润的确丰厚，但恐怕后代人会说唐家卖马粪，名声不太好听。”朝廷于是取消了这事。裴匪舒又为唐高宗修建镜殿。镜殿建成后，唐高宗和刘仁轨前往观看时，刘仁轨惊慌地匆忙跑下殿去。唐高宗问他怎么回事，刘仁轨答道：“天无二日，土无二王。适才看到四壁有好几个天子，感到非常不吉祥！”唐高宗连忙下令把镜子都除掉。
曹怀舜和裨将窦义昭率领前锋出击突厥。有人告诉他们说：“阿史那伏念和阿史德温傅都在黑沙，身边才二十个骑兵不到。我们可以径直前往袭击他们。”曹怀舜等人信以为真，便将老弱士兵留在瓠芦泊，率领精锐轻骑倍道兼行。但到了黑沙后，什么都没看到，反而搞得人马疲顿，他们只好带兵回来。
刚好薛延陀部落想往西去谒见阿史那伏念，路上遇到曹怀舜的军队，因而请求归降。曹怀舜等人带兵缓缓归来，到了长城北面时，遇到阿史德温傅。经过一场小战，双方各自退去。到了横水，唐军和阿史那伏念大军遭遇。曹怀舜和窦义昭与李文暕以及裨将刘敬同四军组成一个方阵，且战且退。经过一天后，阿史那伏念利用风向出击，结果唐军一片惊扰慌乱，曹怀舜等人弃军逃走，唐军因此大败，阵亡的不可胜数。曹怀舜等人召集散兵游勇，收罗了金银丝帛去贿赂阿史那伏念，和他签订了和约，并杀牛为盟。阿史那伏念往北离去，曹怀舜等人才得以归来。
夏五月十八（丙戌），曹怀舜因此被判刑，免去死罪，流放岭南。
五月二十一（己丑），河源道经略大使黑齿常之带兵在良非川出击并打败吐蕃的论赞婆，缴获了他们的粮食和牲畜后凯旋而归。黑齿常之在军队七年，吐蕃人非常怕他，不敢侵犯边境。
六月十五（壬子），已故江王李元祥的男孩李晫因为违犯名教，在大理寺后园被处斩。李元祥是唐高祖李渊的二十子。
当初，武天后的母亲太原王妃去世时，天后请求让她女儿太平公主担任女官（女道士），为母亲祈求福祉。当吐蕃请求和亲时，希望娶太平公主。唐高宗专门为她立了座太平观，让太平公主成为观主，用这理由谢绝了吐蕃。到这时，唐高宗开始挑选了光禄卿汾阴人薛曜的儿子薛绍，准备把公主嫁给他。薛绍的母亲是唐太宗女儿城阳公主。
秋七月，公主嫁给薛氏。从兴安门南直到宣阳坊西，一路上都是迎亲的火炬，路旁的槐树大多被烤死了。薛绍的兄长薛顗因为公主得到父母极大的宠爱，深为担忧，便去征求族祖户部郎中薛克构的意见。薛克构说：“皇帝的外甥娶公主，皇家以前就有类似的事。只要你行为恭敬谨慎，有什么害处！然而谚语说：‘娶妇得公主，无事取官府。’的确也让人害怕。”朝廷还为公主出嫁赦免京城在押囚犯。
天后因为薛顗的妻子萧氏和薛顗弟弟薛绪的妻子成氏都不是贵族出身，想让他们休了妻子，还说：“我女儿岂能和农家女子成为妯娌！”有人说：“萧氏是萧瑀（初唐名臣）的侄孙，皇室以前的姻亲。”天后这才作罢。
夏州群牧使安元寿上奏说：“自从调露元年九月以来，丧失了十八万多匹马，负责放牧的吏卒被胡虏杀害或劫掠的也有八百多人。”
这期间，薛延陀的达浑等五州四万多帐篷民众前来归降。
七月二十七（甲午），左仆射兼太子少傅、同中书门下三品刘仁轨一再请求解除仆射的职位。唐高宗答应了。
闰七月十一（丁未），朝廷任命黄门侍郎裴炎为侍中，黄门侍郎崔知温和中书侍郎薛元超为守中书令。
唐高宗征召田游岩为太子洗马，但他在东宫对太子无所规劝裨益。右卫副率蒋俨写信责备他说：“足下有着巢父和许由般的节操，又遇上可以傲视唐尧虞舜的圣主，声望出于寰宇，名气流传海内。主上屈尊万乘之躯，申展三顾之荣，像对待商山四皓那样接待足下，用对待平辈礼仪那样看顾足下，为的只是足下能够辅导储君，让他逐渐养成美德而已。皇太子正当盛年，圣道尚未周全。我以一般的才干，还当庭谏诤。足下受到陛下调护太子的重托，正是应当进言的时候，然而却唯唯诺诺，什么话都不说，悠哉无事地度过年岁。如果足下像伯夷和叔齐那样不吃周粟，我也不敢多言！但是足下的俸禄已惠及亲人，却用什么来报答皇上的恩典？我的想法或许不够通达，谨以此信引发足下的意见。”田游岩最终无言以对。
闰七月二十四（庚申），唐高宗因为服用丹药，命令太子李显监国。
闰七月三十（丙寅），雍州刮大风，造成秋收严重损失，米价暴涨。
再说裴行俭驻扎在代州的陉口，对突厥人使用了很多反间计，于是阿史那伏念与阿史德温傅逐渐开始互相猜疑。阿史那伏念当时将妻儿和辎重留在金牙山，自己带领轻骑去袭击曹怀舜。这月，裴行俭派裨将何迦密从通漠道出发，程务挺从石地道出发，去袭击他们。阿史那伏念和曹怀舜签订了和约后回来，到了金牙山时，发现失去了妻儿和辎重，多数士卒也都生病了；阿史那伏念只好带兵往北退到细沙。裴行俭又派副总管刘敬同和程务挺等人率领单于府的兵马追踪他们。阿史那伏念请求捉拿阿史德温傅赎罪，但还犹豫不决。他又自恃路途遥远，唐兵一定不能过来，就不再设防。刘敬同等人率军过来时，阿史那伏念处境狼狈，又不能整顿他的部众，就只好捉了阿史德温傅，从小路前往裴行俭那里投降。唐军的侦察候骑来报告说，前方尘埃漫天而起，将士无不震惊恐惧。裴行俭说：“这是阿史那伏念捉了阿史德温傅，前来归降，并非其他寇盗。然而受降犹如应敌，所以不能不认真防备。”于是命令严加防备，然后只派一名使者前往迎接慰劳。没多久，阿史那伏念果然带着酋长们，绑缚着阿史德温傅到军门请罪。裴行俭接着平定了突厥残余党羽，带着阿史那伏念和阿史德温傅回归京师。
八月初一（丁卯），河南和河北发大水，许州一带遭受水灾的灾民都前往江淮以南讨饭。八月二十一（丁亥），户部尚书崔知悌去世。八月二十五（辛卯），朝廷将交州改为安南都护府。
九月初一（丙申），彗星出现在天市，尾长五尺。
九月二十七（壬戌），裴行俭等人献上定襄的战俘。九月三十（乙丑），朝廷将永隆二年改为开耀元年，并特别赦免了定襄军士以及参与出征突厥的将士和应募人员的租赋。冬十月初一（丙寅），日食。同一天，朝廷将阿史那伏念和阿史德温傅等五十四人在都市斩首。
当初，裴行俭答应阿史那伏念不会被处死，他才答应投降。裴炎妒忌裴行俭的功劳，上奏说：“阿史那伏念他们被副将张虔勖和程务挺所逼，回纥等部落又从漠北南向紧逼他们，处境异常窘迫，这才投降而已。”朝廷因此把他杀了。裴行俭叹道：“当年王浑和王濬争功，古今都为此感到可耻。只怕杀降之后，没人再肯前来投降了。”因而称病不出。
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