1，生理
（1）生物学和西方医学的生理
生理，指生物机体的生命活动和各个器官的机能。
西方医学将这个生物学词汇引用到现代医学中，并拓展到病理、心理等领域。在汉字文化圈，日本人在生物学和医学领域率先使用这个生物学和医学词汇，并传播到中国。
（2）中国和中医的生理
中国自古就有“生理”一词，但意义不同。
生理，指生命机理，生长繁殖之理，养生之理。这里并没有具体谈到与人体器官或系统之间的关联，因为中国几千年来，没有器官、解剖等词组（这些词组可能源自日本）。中国的生理一词，还有很多其它含义，与人体无关。
此外，中医藏象学分为心系统，肝系统，脾系统，肺系统，肾系统。只讲关联，不讲机能或功能（这些词组可能源自日本）。
2，机理
（1）现代的机理
机理是指为实现某一特定功能，一定的系统结构中各要素的内在工作方式以及诸要素在一定环境条件下相互联系、相互作用的运行规则和原理。
目前对机理有两种解释：一是机理指为实现某一特定功能，一定的系统结构中各要素的内在工作方式以及诸要素在一定环境下相互联系、相互作用的运行规则和原理；二是指事物变化的理由和道理，从机理的概念分析，机理包括形成要素和形成要素之间的关系两个方面。
另外还有两个词组：机制和原理。
机制是一种体制或称体系，是框架下形成的整体；“机制”由有机体喻指一般事物，重在事物内部各部分的机理即相互关系。机理只是一个理念，由相关数据及事实构成，作为机制组成的一部分。原理，即普遍的或基本的规律。
以上这些与整体事物变化或相关的词汇（包括要素、规则、原理、机制等），可能源自日本。
（2）中国古代的“机理”是什么？
“机理”，事物变化的道理。但更多的是“机缘”一词。因为事物变化，必定相互关联。
所以，我们在研究中要通过分析上下文，确定这些词组是现代意义，还是中国古代的意义。
