文章：Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
连接：https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
文章附属资料和图连接：https://www.pnas.org/content/suppl/2020/04/08/2004999117.DCSupplemental
图一：
附图四：
重叠后（差半个圆）的图一和附图四：
图一和附图四都是进化树，注重点不同。作者收集了所有公布的SARS-CoV-2基因测序资料，大约253个例。但是有的很短，大部分是完整的。作者的注重在T29095C节点，然后根据其他突变划分成三个组A，B和C，见图一。
如果你头晕，我简单介绍一下。每一个小圆点代表一株病毒，如果有同样基因序列的病毒株越多，圆点就越大。同样，如果在T29095C节点是相同的，但带有其他突变，那就是分支出来一个小圆，每发现一个突变就增加一小节。线越长代表基因序列差别越大。比如蝙蝠的基因文库是在远远的右下角。
附图四代表每一周测序结果，代表病毒在时间上的衍变，其实更说明问题。比如，第一周石正丽的团队测了很多（灰色的小点），病毒基因序列变化很大，但很多都没有继续保留，后期测序结果就都集中在一个大圆上了。附图四更容易看懂，时间顺序上，第一周就出现了B（大圆和小圆，见附图四），然后到第四第五周才出现A和C（散发）。所以实际上，所有病毒株都是来自中国，或中国到东南亚某国，然后传遍了全世界。
那么为什么作者将图一放重点呢？因为是PNAS文章，没有一点理论人家也不好意思发表。所以作者搞出三个A，B，C家族来。
但是我觉得有一点收获是：现在不是西方国家在控诉中国的数据造假吗？中国的数据当然有不真实的一面（有隐瞒的动机），比如被找出无症状带病毒者部分，也有遗漏的部分（如武汉的死亡率可能因为来不及诊断被压低了）。但是，病毒传入欧美时，毒性变大了，表现在第五第六周（浅红色和紫色圆点）又出现大量变异。因此，在欧洲大部和美国，病毒株的传播能力更强大，死亡率也更高。这可以解释中国的感染者数和死亡率都不是那么高的原因。
