新教虽然有很多派别,但在教义方面有三个共同原则,即因信称义、信徒人人都可成为祭司和《圣经》具有最高权威,这三大原则和天主教是针锋相对的。首先,新教救法论的核心,主张得救是"本乎恩也因着信"。基督教认为人都是有罪的,不能自救,唯一的救法是借上帝之子基督将救恩赐给世人,因此拯救的根源来自上帝的恩典,这是基督教各教派都承认的。至于如何得到这种恩典,天主教主张除了信仰外,还要凭借圣事,通过教阶制的神职人员才能将救恩颁赐给信徒。在新教看来,这是把圣事作为上帝和人之间的一种"交易",不仅违背《圣经》的教训,而且带来许多弊端。新教认为得救的真谛在于相信和接受耶稣基督为主,凭借信心,通过圣灵的工作,使信徒和耶稣成为一体。由于这种神秘的结合,基督的救赎就在信徒身上实现。新教认为行善是应该的,但这是重生得救得表现,而不是一种功德,本身没有使人得救的效能。其次,新教冲淡了神职人员和一般信徒之间的差别,认为既然只凭信心即可得救,那么信徒人人均可成为祭司,,无须神职人员作为神人之间的中介。此外,信徒还可以互相代祷,每个信徒都有在宗教生活中彼此照顾相助的权力和义务,都有传播福音的天职。第三,天主教虽然不否认《圣经》的权威性,但把《圣经》的解释权归于教会,实际上把有关宗教信仰的一切问题的最高权威集中在天主教会和教皇身上。新教则主张惟有《圣经》才是最高权威,每个信徒都可以借圣灵的引导直接从《圣经》领悟上帝的启示和真理。新教一般虽接受最初几次公会议关于三一论和基督论等的教义和有关的信经,也认为教父遗训有指导作用,值得尊重,但认为不能把它们和《圣经》同等看待。当然新教更不受后来天主教历次公会议的决议和教会法规的约束。宗教改革后,新教将《圣经》译为各民族语言,并致力于《圣经》的传播和注释工作。但新教各派对《圣经》的解释却不尽相同。在新教内部,对《圣经》作为最高权威的理解,也长期存在着争论。