解放军在金门之战中有数千人被俘，这些战俘的命运可谓是历经坎坷。战斗结束后，一些原来是从国民党军队俘虏过去的，特别是进军福建之后被俘虏的，便立即被补入金门的国民党军队，其他俘虏则被运到台湾，在内湖“新生营”里集中关押。1950年7月起，国民党军队将战俘中年龄较大、受过伤的党员干部和一些坚决要求返回大陆的战士分批遣返，先后于7月、10月和11月遣返三批，约600人。
这些遣返回大陆的战俘，战士立即复员，连以上干部集中在南京、杭州和福州由南京军区组织学习审查，先是形势教育、气节教育，再是自我交代被俘前后的表现，自我批判，然后是相互帮助，也就是相互揭发批判，最后由领导作结论，南京军区军法处根据个人情况进行处罚，几乎全被开除党籍、军籍，其中大部分人被判处2至15年不等的有期徒刑。这其中还有插曲，244团政治部主任孙树亮利用学习队副队长的身份，通过诬陷他人来洗脱自己，结果很多归来人员都被判处徒刑，连被国民党称为“最顽固分子”的251团副团长马绍堂也被判处5年徒刑，而孙树亮却没有受到任何惩处，这激起了归来人员的公愤，纷纷检举孙树亮的行为，结果孙树亮也被判处5年徒刑，这也是人性丑陋的一面。
在服刑期满后，也都回到原籍务农。这些人的原籍大都是贫困的革命老区（244团、246团、251团创建于山东老根据地，253团创建于苏北老根据地）。有的人在三年自然灾害时期病饿而死，有的在“文革”中被当作“叛徒”揪斗而死。
直到1983年9月15日，中央下发了《中办发字（1983）74号文》，对金门被俘归来人员进行复查处理，要求根据复查结果恢复党籍、团籍和军籍，改为复员军人，补发复员费，营级以上干部还享受了离休待遇。被判过刑的也大都撤消了原判，或改为免于刑事处分，恢复了党籍、军籍。
但是此时，不少归来人员已经去世，尚在人世的归来人员也都散布在原籍，加上一些具体经办人员工作并不认真，复查工作进展缓慢，有的直到90年代才得到落实。
而更令人难以相信的是，当时没有归来的被俘人员，在改革开放后以“台湾同胞”的身份回乡探亲，其中不乏经营有方而事业有成的，他们在家乡受到了当地领导的热情接待！这与坚决要求返回大陆的归来人员遭遇相比，简直是天壤之别！
而在众多战俘中，有两个人的遭遇最为传奇，第一人是28军84师251团2营6连卫生员胡清河，他在被俘后被编入金门的国民党18军118师，从被俘之后他就想方设法返回大陆，所以很早就开始准备，首先利用一切机会了解金门潮汐的规律，其次积极考虑漂浮器材准备，他经过仔细研究分析决定采用篮球球胆，而且为保证安全必须要两个球胆，同时严格保密不到有十足把握不轻举妄动。
1950年8月3日，轮到他负责保管连队的篮球，又恰好大潮，趁着开晚饭的混乱时刻，他隐蔽跑到海边，吹起球胆迅速下海，经过整整十二小时的漂游，终于在厦门东南部登上大陆，被担负海防的31军哨兵发现，这才回归成功！回到大陆后，胡清河先回到老部队，1955年5月复员回乡，在老家山东陵县边镇卫生所当医生，直到1980年8月退休。就是这样一位坚贞的战士，历经千辛万苦回归大陆后，被保卫部门足足审查了三个月，尽管没有查出任何变节行为，组织还是作出了如下结论：因对该同志被俘后的情况不十分清楚，暂保留原职级，留党察看，停止党内生活，待查明情况后再作处理。这留党察看处分一背就是30多年，“文革”期间，还被打成叛徒、特务、反革命，开除公职，备受凌辱，直到1985年落实有关政策时才恢复党籍。
第二人则是29军85师253团政委陈利华，据说他在被俘后身份没有暴露，也被补入国民党军队，化名陈开中，后来他考取国民党军队的军校（那时，教育不普及，军队中有文化的人不多，以陈在解放军中所学到的基本军事知识和学识，想来考取军校应是不成问题的），毕业后从少尉一直升至国防部保密局上校，并试图通过香港与大陆情报机关取得联系，1981年被同乡陈瑞林告发（陈瑞林一直利用这点向陈利华敲诈），陈利华随即被捕，在狱中才将自己的大陆原籍及家人的详细情况告诉在台湾的妻儿，1981年11月陈利华由蒋经国亲自下令以“匪谍罪”被处决。--改革开放以后，陈利华的儿子到广东老家探访，据见到陈的儿子的人云，相貌酷似其父。
陈利华，广东梅县人，1920年生，1935年参加革命，1940年参加新四军，文武双全，多才多艺，擅长写诗和散文，还会演戏。
金门之战还有一位回归大陆的，是福建同安县新店镇莲河村船工吴德成，他也随同解放军一起被俘，后寻机逃出，由于他是当地人，穿着口音都与当地人无异，而且与金门岛上的居民也有认识，因此国民党军队在岛上遇到他也不加盘查，直到1950年7月才在熟人的帮助下乘渔船出海，在接近双方分界线附近跳下海泅渡回大陆，由于几个月来衣食无着，营养不良体力不支，游了不多时间就难以支持，幸亏被大陆一渔船发现才获救。金门之战，规模并不大，只是师级规模，在解放战争众多的战役战斗中，完全是因为解放军遭到了最大的成建制损失才逐渐为人所知，但是其深远的影响，却远非普通的一场师级规模战斗可比。
正因为金门之战的惨重失利，加上几天以后（11月3日）的登步岛登陆作战失利，使解放军对登陆战的艰巨有了切肤了解，对计划中的台湾登陆备加小心谨慎，并向苏联请求派出海空军以志愿人员名义掩护进攻台湾的解放军，但斯大林不愿与美国发生直接对抗，所以只同意派出教员培训中国的海空军而不愿意直接派海空军参战。
1950年1月5日，杜鲁门代表美国政府发表《关于台湾问题的声明》，声明美国不干涉中国内政，确认联合国大会于1949年12月8日通过决议中所重申的对中国的原则：尊重中国领土完整，要求一切国家避免在中国领土内获得势力范围或建立外力控制的政权，或谋求特权，并称上述原则''''在目前局势下对台湾特别适用''''。声明还表示美国对台将采取''''三无二不''''政策，即美国对台湾或其他中国领土没有掠夺性的意图，美国目前无意在台湾获取特权或建立基地，美国亦无意使用中国武装力量干预现在局势，美国政府将不对在台湾的中国军队提供军事援助或军事上支持的意见。--这明确表明了美国对台湾的态度，使斯大林底气大增，促成苏联向中国派出空军部队（总数达到11个航空兵师），但是苏联强调派驻中国的空军只担负防空任务，不直接参与对台湾的作战。此时的国际形势，对于进攻台湾非常有利。
然而正是鉴于金门的惨痛教训，解放军积极加强海空力量建设，而再不像过去那样单靠陆军发起登陆作战，而海空军建设可不是一朝一夕的，需要长期的积累，而此时时间确是非常宝贵的。
1950年5月，解放军占领海南岛，下一个攻击目标直指舟山群岛和台湾。面对危急的形势，蒋介石果断决定放弃舟山群岛，于5月13日至16日将驻守舟山的国民党军12万人秘密全部撤回到台湾，这就使解放军在舟山群岛等台湾外围岛屿歼灭国民党军部分主力，减轻进攻台湾本岛压力的企图落空。
这样一来，台湾岛上增加了由海南岛撤回的7万残部和舟山群岛撤回的12万人及全部海空军，总兵力达到40万人。国民党还从日本招募了雇佣军五六千人，使台湾的防御力量进一步得到加强。而随着1950年4月中共台湾省工作委员会书记蔡孝乾被捕叛变，其领导下的1800多名党员和骨干被捕，中共在台湾的地下组织几乎被破坏殆尽（1952年4月25日重建的中共台湾地下党组织再遭破坏，主要领导人被捕，400余人被捕。）在解放战争期间建立下赫赫功劳的第二战线在台湾登陆中难以发挥配合作用。
而且当时解放军掌握的船只仅够装运4个加强师，数量还不足计划第一梯队的一半。因此，5月17日台湾登陆作战的总指挥粟裕建议将第一梯队由4个军增加为6个军，同时认为“攻台作战如无绝对把握，不仅不应轻易发起，而且宁愿再推迟一些时间”。 6月23日，三野前委再次向中央军委提议，请求从其他野战军抽调3至4个军，将原计划参战攻台的12个军增加到16个军以上。
两天后6月25日，朝鲜战争爆发，美国总统杜鲁门立即召开紧急会议，讨论朝鲜局势。会议上，国防部长约翰逊不谈朝鲜战局，却大谈台湾的重要战略地位，参谋长联席会议主席布雷德利上将甚至表示，军方认为台湾比朝鲜更重要！因为''''在朝鲜的进攻可能是一次佯动，目的是转移我们对共产党进攻台湾的注意''''。随后，国务卿艾奇逊提出将第七舰队调往台湾海峡以阻止大陆进攻台湾，同时也阻止国民党从台湾反攻大陆。于是，6月27日杜鲁门发表声明''''命令美国第七舰队阻止对台湾之任何攻击''''。根据这一命令，6月29日美国海军第七舰队的2艘巡洋舰、6艘驱逐舰和1艘运输舰从日本佐世保基地驶入台湾海峡。8月4日，美国空军第十三航空队也进驻台湾。接着，美国政府根据美国国会1949年通过的共同防务援助法，主动与台湾当局以换文形式签订了所谓《台美联防协定》。
国际形势和台湾海峡的急剧变化，迫使毛泽东不得不暂时中止进攻台湾的计划。6月30日，周恩来向海军司令员萧劲光不无遗憾地传达了中央的意见：''''形势的变化给我们打台湾增添了麻烦，因为有美国在台湾挡着。但也有好处，因为我们自己还没有准备好。现在我们军队的打算是：陆军继续复员，加强海、空军建设，打台湾的时间往后推延。''''
8月8日，主持华东局工作的陈毅向毛泽东和中央军委建议1951年不发起对台湾的进攻，获得中央军委的批准，接着中央军委解除了三野第9兵团进攻台湾、第10兵团进攻金门的任务。进攻台湾问题由此被长期搁置起来。
朝鲜停战后，1954年12月，美国又与台湾签订《美台共同防御条约》，将台湾置于美国的保护之下。
因此，纵观台湾问题的发展由来，金门之战的失利确实是缓攻台湾的重要因素之一。
而金门由于距离大陆只有1万米左右，成为台海两岸最直接的交流与对话特殊平台，1958年开始的炮打金门，更是反映出了双方微妙的政治斗争，金门也从一个几乎无人知晓的荒蛮小岛成为冷战期间的热点之一。
附表内容
一、解放军参战部队序列：
第10兵团 叶飞
金门战斗前线指挥部 第28军副军长肖锋
82师 师长钟贤文
244团 团长兼政委邢永生
246团 团长孙云秀（第3营、第1营2连及全团抽调的战斗骨干上岛）
84师251团 团长刘天祥 政委田志春
29军85师253团 团长徐博 政委陈利华
二、解放军参战部队团级干部：
244团；
团长兼政委邢永生，伤重被俘，
参谋长朱斐然，伤重被俘，
政治部主任孙树亮，被俘，1950年10月被遣返大陆，后被判处5年有期徒刑。
246团：
团长孙云秀，自尽。
副团长兼参谋长刘汉斌，阵亡。
251团：
团长刘天祥，伤重被俘，
政委田志春，被俘，
副团长马绍堂，被俘，1950年10月被遣返大陆，后被判处5年有期徒刑。
参谋长郝越三，阵亡，
政治部主任王学元，阵亡。
253团：
团长徐博，隐藏近90天后被俘，
政委陈利华，下落不明，据说后进入国军，官至上校，身份暴露后被枪决。
参谋长王剑秋，被俘。
共计13名团职干部，阵亡3人，自尽1人，被俘7人，失踪1人。其中2人被遣返回大陆。
参战部队还有37名营职干部，阵亡7人，自尽2人，被俘6人，失踪2人。其中6人被遣返回大陆。
三、国军参战部队序列：
第二十二兵团：司令官李良荣（10月26日前前线总指挥）
第25军 军长沈向奎（负责金门西部防御）
第201师 师长郑果（金门西北部海岸防御）
第601团 团长雷开煊（古宁头海岸）
第602团 团长傅伊仁（湖尾乡海岸）
第45师（驻防金门东北，未参战）
第十二兵团：司令官胡琏（10月26日午后前线总指挥）
第18军 军长高魁元
第11师 师长刘鼎汉（金门东部防御，未参战）
第31团团长陈以惠（沿金门北部海岸向西反击）
第118师师长李树兰（指挥观音亭山、湖尾、安歧等战斗）
第352团 团长唐俊贤（安歧战斗）
第353团 团长杨书田（湖尾、林厝战斗）
第354团团长林书桥（观音亭山、西山、安歧战斗）
第19军 军长刘云翰
第13师 师长吴垂昆（金门县城防御）
第14师 师长罗锡寿（古宁头战斗）
第40团（战斗结束才登岛，未参战）
第41团 团长廖先鸿（埔头、林厝战斗）
第42团 团长李光前（阵亡，埔头、林厝战斗）
第18师 师长尹俊（古宁头战斗）
第52团 团长孙竹筠（古宁头战斗）
第53团（在小金门岛登陆，未参战）
第54团 团长文立徽（古宁头战斗）
