《歌剧魅影》的故事发生在法国的巴黎歌剧院。这个歌剧院，因为它的复杂结构和长久的历史，本身就充满了神秘的气氛。该剧院有2531个门，7593把钥匙，六英里长的地下暗道，整个歌剧院占地三公顷，有七层之高。而且，更惊人的是，在歌剧院的最地层，有一个容量130663.55立方尺、深6公尺的蓄水池。
序幕
1911年，巴黎歌剧院滨临倒闭，在歌剧院的拍卖会上，各类的拍卖人，购买人，鉴定人聚集在一起。七十岁的Raoul也坐在轮椅上，购买了一张旧海报和一个音乐盒。这时拍卖人展示了一座巨大的水晶玻璃吊灯，他向大家解释说，这就是当年歌剧魅影的传说中的那个吊灯。一道闪光，把在座的人们带回了五十年前，当巴黎歌剧院还在它的顶盛时期，当Phantom的传说还是事实的时候。
第一幕
在歌剧《Hannibal》的排练中，两位新来的剧团经理，Firmin和Andre在来到剧院观看。剧团的台柱，女高音Carlotta正在唱歌的时候，突然一个沙袋从舞台顶上落下，只差一点点就可能砸死她。在演员们的惊呼之中，伴唱的姑娘们尖叫起来“是Phantom干的”。Carlotta 又惊又气，拂袖下场，拒绝再唱。剧团芭蕾舞教练Giry太太站出来，对两位经理说明，希望他们能够保持本剧院多年的传统，每次演出的时候，把5号包厢空出来，因为那是Phantom的，而且，每个月给Phantom的2万法郎也希望他们继续。如果不满足这些要求的话，剧院就会像今天这样，事故不断。
Carlotta的脾气不好，很难劝说，经理们一筹莫展。Giry太太的女儿Meg向经理们建议由她的朋友Christine Daae来唱，因为身为伴舞Christine虽然只有十六岁，但是她最近跟从一位神秘音乐教师，唱得很好。
《Hannibal》的公演时，包箱里坐的子爵Raoul，也是歌剧院新的股东，发现剧里的女主角就是Christine，他年幼时的好朋友。演出结束以后，Raoul到后台见Christine并邀请她同进晚餐。Christine见到久别的好友虽然很高兴，但是她拒绝了Raoul的邀请，因为她的音乐教师，“音乐天使”，对她十分严格。Raoul离开后，Christine对镜卸妆的时候赫然发现Phantom从镜子里面显现出来。Christine被他牵引着，穿过镜子，仿佛走进了另一个世界。他们走下一层又一层的楼梯，坐船穿过歌剧院地下水池，最后来到Phantom所住的秘室。秘室的四周布满高大的烛台，里面的布置精制而高贵，但是既陈旧又破烂。在Phantom的钢琴声里，Christine的音乐课开始了。
从第一次见到Christine时起，Phantom就知道她是他一直在寻找的歌手。只有Christine才能把他所写的歌发挥得淋漓尽致，从那时起，他就在努力的教习Christine，希望有一天她能成为最优秀的女高音，唱他所写的歌。
练习之后，Christine 疲倦得睡到第二日一早。她醒来的时候，发现 Phantom 正在钢琴前练习，她走上去揭下 Phantom 的面具，露出里面被毁容的脸，Phantom大怒，他迅速把面具检起来重新戴在脸上。
虽然对Christine的举动很失望，但Phantom还是把她送回到地面上来。不久新的剧目《Il Muto》又准备彩排，当剧院的经理们，Raoul，Giry太太和Carlotta在一起商量彩排的时候，Phantom送来纸条，要求让 Christine唱主角。Carlotta当然不允许，经理们也不想得罪她。于是彩排开始了，由Carlotta做主角，Christine扮演配角。在公演的时候，演了一半的时候，Phantom使Carlotta哑了嗓子，剧团经理在仓促之间让Christine换Carlotta，为了给 Christine时间换衣服，经理们插了一段芭蕾舞。可是芭蕾舞刚开始，剧团里的打杂 Buquet的尸体从舞台顶端吊了下来，一片惊呼声中，舞台上下乱成一团。
Christine 和Raoul趁乱跑上屋顶，在那里，Raoul向Christine保证他要帮助和爱护Christine，希望她不要再被Phantom的魅影所折磨。两人相偎相依的时候，Phantom出现在一侧。他深爱着Christine，Christine和Raoul的互相表白让他撕心裂肺。他觉得 Christine背叛了他。
在另一次的《Il Muto》演出中，Christine扮演主角，在表演结束演员上台谢幕的时候，Phantom出现在舞台上方的水晶玻璃吊灯上，他摇动了吊灯，在众人的震惊之中，硕大的吊灯从天而降。
第二幕
吊灯事件后整整六个月，歌剧院都没有Phantom的消息。第二慕的开场，正是歌剧院举行的盛大舞会。Christine和Raoul已经订婚了，但是他们的订婚消息并没有公开，Christine的订婚戒指也一直被她偷偷挂在项链上面。
舞会中间，Phantom突然再次出现了，这一次，他打扮成红色死神，并且交个剧院经理他呕心沥血所编写的剧本，《Don Juan Triumphant》（译为《唐徨》）。一开始，经理们不同意演出这个离奇而且怪异的剧本。但是Raoul提议他们可以先排练，再设计下圈套捕捉Phantom。几经商量，他们的计策逐渐成型，但是要用Christine做诱饵。
演出前夕，Christine到她父亲的坟前拜祭。Phantom从墓碑后面闪出，要求Christine跟他一起走。Christine被Phantom迷惑，但是Raoul赶到墓地，点醒Christine并把她带回。
《Don Juan Triumphant》的首场演出时，整个巴黎歌剧院布满了警察和看守，都满心期待着抓到Phantom。在最后一段压轴歌曲里，Phantom扮成男主角，直接与Christine对唱。之后，他甩脱了警察的包围，再一次挟带着Christine来到歌剧院底下，穿过水池，来到他藏身的地方。Raoul 追到Christine的化妆室，找不到暗门。Giry太太是Phantom的传信人，但是她觉得Raoul和Christine是真心相爱，于是她指 Raoul打开镜子后面的暗门，Raoul一路追到了秘室。
但是Phantom看到Raoul走近，他放下铁条闸门，把Raoul锁在门外，他告诉Christine，如果她肯他走，他就会放Raoul一命，如果 Christine不同意，那么他就杀了Raoul。Raoul要Phantom杀了自己来释放Christine，他向Christine道歉，因为他不能再继续履行他的诺言，保护Christine一生。Christine悲痛拒绝，她没有想到Phantom是如此自私残忍。她可怜Phantom，如果他的一生不是如此悲惨，他就会发现，他其实不需要这么做才能得到他想要得东西的。这时警察们追着Raoul也来到密室外面。Phantom忽然转念，决定放这一对年轻的恋人离开，因为他明白Christine永远不会爱他，他的一番苦心也永远不会有结果。他打开秘室的闸门，警察一拥而进，可是一阵烟雾过后，Phantom所坐的椅子上只留下一只面具，人却消失得无影无踪了。
从此，巴黎歌剧院就再也没有关于歌剧魅影的传说了。
Phantom of the Opera的曲目
第一幕
1. Prologue-The Stage of the Paris Opera, 1911
2. Hannibal
3. Think of Me
4. Angel of Music
5. Little Lotte
6. The Mirror
7. The Phantom of the Opera
8. The Music of the Night
9. I Remember / Stranger than you Dreamt it
10. Magical Lasso
11. Notes/Prima Donna
12. Poor Fool, He Makes Me Laugh
13. Why Have You Brought Me Here?/Raoul, I've been there
14. All I Ask of You
15. I Gave You My Music
第二幕
1. Masquerade
2. Notes II
3. Don Juan Rehearsal
4. Wishing you were Somehow here again
5. Wandering Child ... /Bravo, Monsieur ...
6. Don Juan performance
7. Point of No Return
8. Down once more/Track down this Murdere
/>/>/>/>
/>/>/>/>
/>/>/>/>
/>/>
/>/>
/>/>
/>/>
