自殺！？當然不可能啦。經過一暑假漫長的等待，原來穆德和史卡利串通好來騙癌人等人，以等待及發現新證據。本季發展越來越精彩，史卡利被綁架時子宮被移除，但今年卻出現了她的小孩–艾蜜莉。今年製作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆，客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整齣X檔案為了配合電影的上映，加入了一些角色及內容，癌人的集團陰?#092;越來越明顯，穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現也對穆德與史卡利間的關係做出重大考驗。今年結束於癌人燒毀了X檔案位於地下室的辦公室。
英文名稱 單元編號 美國播出時間 中文名稱
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Unusual Suspects 5X01 11/16/97 驚爆點
Redux 5X02 11/02/97 追求真理（上）
Redux II 5X03 11/09/97 非笳胬恚ㄏ拢? Detour 5X04 11/23/97 人獸謎
Christmas Carol 5X05 12/07/97 孤寂之旅（上）
Post-Modern Prometheus 5X06 11/30/97 科學怪人
Emily 5X07 12/14/97 孤寂之旅（下）
Kitsunegari 5X08 01/04/98 獵狐計劃
Schizogeny 5X09 01/11/98 殺父真凶
Chinga 5X10 02/08/98 恐怖娃娃
Kill Switch 5X11 02/15/98 魔腦
Bad Blood 5X12 02/22/98 新版吸血鬼
Patient X 5X13 03/01/98 Ｘ病人（上）
The Red and The Black 5X14 03/08/98 Ｘ病人（下）
Travelers 5X15 03/29/98 旅人
Mind's Eye 5X16 04/19/98 心眼
All Souls 5X17 04/26/98 心靈告白
The Pine Bluff Variant 5X18 05/03/98 非常臥底
Folie A Deux 5X19 05/10/98 雙瘋
The End 5X20 05/17/98 神童
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