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3、专心祈祷
祈祷时将上师或莲师与佛菩萨观想在自己前面，至诚地祈请让我们能早日证悟大圆满的智慧，以此作为祈祷目的是非常重要的。我们在上师三宝面前发起无比强烈的信心，以至于汗毛直竖、泪水横流，发愿今后唯有依止上师，希求得到上师的果位，除了上师三宝以外，不再寻找其它的依止处。就是要这样一心一意地祈祷。念诵时就按照《普贤上师言教》中的仪轨念：
记尊革热仁波切 至尊莲花生大士
切讷桑吉踏加戒 您乃诸佛之总体
特记辛辣得波花 普降大悲之加持
思坚拥戒滚戒簸 有情唯一之怙主
利荡龙秀漏酿张 自身受用识心胸
斗巴美巴切拉簸 毫无迟疑供养您
的内向切玛透瓦 自此未获菩提间
戒德累逆透漫根 善恶苦乐贵贱等
记尊亲波班炯亲 皆由至尊莲师知
然后一边祈请，一边精勤念诵莲师心咒：
嗡阿吽 班则格热班玛斯德吽
如果要从轮回中解脱，要解决生老病死的问题，我们必须有个依处。什么是我们的依止处呢？世俗人所看重的名誉、地位、财产，是我们的依处吗？碰到生老病死的问题时，这些显然都变得没有价值了。钱作为依处可靠吗？遇到世俗间的一般问题时，父母亲友有时是可以靠的，但面对生老病死时，他们就完全束手无策了，所以也不是我们最终的依处。工作单位和其它社会团体同样不能解决轮回的问题。我们唯一的依止处，就只有上师三宝，除此别无其它途径可助我们解脱。
念上师祈祷文时要边念边观想，那些非常虔诚的弟子们在接受上师灌顶时，都是双手合掌、热泪盈眶地念诵上师祈请文，这样的反应是因为他们对上师有强烈无比的信心。不然的话，仪轨照着念完了，却没有丝毫感受可言。所以要对上师由衷地发起强烈的信心，诚心诚意地祈祷上师，发誓从今以后只皈依上师三宝，并祈祷上师加持自己能早日证悟空性。许多修行人由于对上师有无与伦比的信心，他们终能轻轻松松地证悟空性，这样的例子有许多。
莲师心咒每念一百遍，就是念完一串珠子时，就再念祈祷文：“记尊革热仁波切……记尊亲波班炯亲”（见前面）如是念诵到所诵咒数的一半（如修一百万遍莲师心咒，诵到五十万）时，每念一百遍莲师心咒中间诵：
大拉瑞萨烟那美 我无其余希求处
达得地安涅莫昼 如今恶世浊时众
莫奏德爱大德香 沉于难忍苦沼中
的累救谢玛哈革热 愿救此苦大师尊
旺月革戒辛辣坚 赐予四灌加持者
斗巴布戒特记坚 赐予智证大悲者
这逆拥谢逆特坚 净除二障大力者
念时要专心一意地祈请上师莲花生大士，就这样尽力念诵莲师心咒和上师祈祷文，最后在上师座前接受灌顶。
灌顶时观想在上师眉间有一个像白色水晶般发光的“嗡”字，发出无量光芒融入自己头顶，同时观想清净所有杀盗淫等身业，也清净了气脉明点的脉障，得到宝瓶灌顶以及上师的身金刚的加持，获得化身果位的缘份。所谓脉障，就是因凡夫的脉没有打开，从而会产生很多贪瞋痴等恶念。脉一但打开，气脉明点就自在了，就能出现许多修证的功德，并成就金刚身等。但目前我们还不需要了解太多有关这方面的细节，因为这涉及到密宗正行的修法，我们只要心中如此观想就行了。
然后观想上师喉间有红色“阿”字放光融入自己喉间，清净所有语业，得到上师金刚语的加持，并获得报身果位的缘份；接着观想上师心间有蓝色“吽”字发光融入自己心间，清净以心所造的意业，并得到上师意金刚的加持，获得法身果位的缘份；然后再观想上师心间的吽字上又出现一个吽字，这第二个吽字以飞快的速度、像流星般融入自己心间，使自己得到上师身语意共同的加持，清净了身语意共同的业，也就是阿赖耶识上最细微的业障，并获得本体身果位的缘份与无上的智慧。此时静下来，观想上师的心与自己的心融为一体。
未证悟大圆满以前，两个人的心实际上是不可能变成一体的，我们只是如此观想而已。开悟后就有可能，因为上师的心不像我们的心那样尽是分别念，而是像佛一样已经觉悟的智慧。当我们开悟后，就可将心专注在上师的智慧中，此境界即无任何分别可言。犹如两杯水倒入一个碗中，只见一碗水而分不清各自杯中的水了。
同样的，在法界中、光明中或空性中，所有人的心都是一体的。但未开悟前无法达到这个境界，只可观想自己与上师的心融为一体，然后在这个境界中安静下来，心中不起任何杂念。如果前面加行修得好的话，就有可能在这个境界中找到真正上师的心，但通常是根基很好的人才有这种可能。一般人还是要继续听闻修持后面的修法，才可达到如此境界。
前面加行修得好的人，或对上师有强烈信心的人，虽然只是观想与上师的心合在一起，但由于心完全静下来了的缘故，就有可能看到上师的心，也就是自己心的本体。如同水面上的月影，水波荡漾时月影就被打散了；水面平静时就像一面镜子，能清晰地看到月亮的倒影。当心静如明镜般，没有杂念的扰乱，即可看到禅宗所谓的本来面目，或密宗讲的光明如来藏。用的名称可能不同，但都是一体的。前面加行修好了再去听后面正行的修法就不是很难了，如果基础没有做好，后面就会很难，甚至是不可能。
当心再度产生杂念时就起座，然后念：
南协才耶地续才 何时命终寿尽时
让囊鄂呀花瑞扬 自现妙拂吉祥刹
宗戒这波扬卡色 双运化身刹土中
月利多吉那救玛 身成金刚瑜伽母
萨才怄戒贡哦热 晶莹剔透光团中
杰内记尊巴炯荡 明观至尊莲花生
瑞美亲波桑吉得 无二无别正等觉
得荡洞波秋彻戒 空乐双运之神变
益西亲波肉巴累 广大智慧游舞中
卡色思坚玛利巴 三界有情一无余
真波得混大巴热 最胜引导胜商主
记尊班美哦拥索 祈祷莲师赐安慰
索瓦酿各戒内得 衷心挚诚而祈祷
卡匝策匝玛因诺 并非口头之言词
辛辣特戒隆内奏 祈赐智慧之加持
森敦哲巴匝德索 一切心愿自然成
最后观想莲花生大士心间发出红色温热的光，一接触到自己所观想的金刚瑜伽母心间，立即变成碗豆大小的光团，剎那间像火星般（如烧木材时发出的火花）融入莲师心口，然后就专注在这个境界当中，能维持多久就维持多久。
在这个时候也有可能会找到本来面目，这与禅宗所讲的本来面目是差不多的，只是证悟的方法不同而已。密宗能用的方法极其丰富，尤其在证悟上有许多诀窍性的东西，这是它的优点。密宗里的法器、面具、咒语等并非它的特长，而是能让我们飞快地回归到本来面目，回到真正的大自然，也就是回到未成为凡夫之前最原始的面目──原有基光明的助缘。
我们都是基光明中产生的一种现象，通过后来的修持，我们还可再回归到原来的光明中。光明没有因缘、脱离轮回与生老病死，是真正的大自然，外在的山河大地不能与其相提并论。所谓回归，是说我们未成凡夫之前是在光明中，由于某种因缘使我们变成如今缺点满身的凡夫，但通过佛的教导，穿越时空，我们还是可以重新回到本来面目，这就是密宗大圆满的证悟，也是禅宗讲的本来面目。净土宗则是念佛往生极乐世界，到极乐世界并非是去享福，而是在极乐世界见到阿弥陀佛时，在佛将手搁在头上的一剎那之间，就可产生禅定并达到回归本来面目的境界。
俗语说：条条大路通罗马。同样，生命的条条道路最终也是要回归到这里，这是我们生命的归宿，并非死亡之意，而是轮回于此结束。如果能在此境界中结束轮回，则表示我们所有的修法都已成功了。
轮回结束也并不意味着所有都不存在，仍然有心、有意识，但不再有贪瞋痴慢等烦恼。如同吃药治病只会消除病症，而不会毁灭身体或体内的器官一样。修行可消除贪瞋痴等烦恼，可灭除生老病死，但却不会消灭心的本性与我们的身体。我们仍然有身体，但那是像佛一样有三十二相、八十随好的身体，因为人的肉体也是佛的智慧显现。那时我们的工作就是要转法轮、度化众生。由于我执已经净除，不再需要为自己张罗什么，便可一心一意地度化众生，这才是修加行与大圆满的最终目的，也是我们将来唯一的事业。不论显密的佛教徒，最终都是要达到这个境界。所谓修五加行到后来回到本来面目就什么都没有了的观点，完全是错误的见解。
起座时念回向文：
给瓦的噫涅德达 我今速以此善根
花滚喇嘛哲杰内 成就怙主上师尊
昼瓦戒江玛利巴 令诸众生无一余
得叶萨拉故巴秀 悉皆安置于此地
莲师心咒的数量在书中也有要求，但这不算在五个加行中，是一个特别的修法。上师瑜伽的修法就讲到这里，细节处还是要看《普贤上师言教》等书，一般人没有很多机会听法或提问题，所以要将书本当作自己的上师。如果从开始的人身难得直到上师瑜伽的修法都能认真修持，我们的成佛之道也就是一片坦途了。
有人会提出质疑：连大圆满的正行都没讲，怎能成佛呢？这在《普贤上师言教》中明确地讲过，上师瑜伽虽说名称是加行，但正行的修法中没有比上师瑜伽更重要的了。如果前面的加行修得好的话，在修上师瑜伽的过程中是有可能开悟的。如果在修上师瑜伽期间发生意外，无法完成其它修法的话，修到一定层次的人绝对可以往生到莲师剎土，然后在莲师剎土中再次接受密宗的灌顶与传法。在这个剎土中修行速度非常快，不像现在，短时内即可成就。修与不修、解脱与否，还是要看自己。佛也说过：“吾为汝说解脱道，当知解脱依自己。”如果没有佛和善知识，我们不会知道解脱的方法，一旦方法清楚了，就全要靠自己。希望大家都能开始起修才好。
