以往对人类免疫的研究显示，生命早期暴露于微生物（细菌等）对于成人后个体过敏和自身免疫性疾病（例如：花粉症，哮喘和炎症性肠道疾病等）的易感性是一种重要的决定因素。这种幼年时与细菌接触建立免疫力的概念被称为“卫生假说”。医务人员提出的“卫生假说”解释了全球性城市环境中的过敏和自身免疫性疾病增长的现象。也有人提出“卫生假说”解释了在社会和环境暴露方面已经发生了改变，诸如在生命早期阶段过早使用抗生素等现象。然而，迄今为止这一假说无论在生物学研究领域中，或者假说机理基础研究都没有得到直接的证明。
最近的一项研究对“卫生假说”的机理提供了支持证据。研究人员检查了在缺乏细菌或其他微生物环境中生活小鼠（“无菌小鼠”）的免疫系统，并将其与生活在微生物正常存在环境中小鼠的免疫系统加以比较。研究发现，无菌小鼠的肺部和结肠有类似哮喘和结肠炎的炎性反应状态。这种炎性状态是由一类不变性自然杀伤T淋巴细胞（invariant natural killer T iNKT)过度激活所引起的。而这些iNKT细胞已被确定与小鼠和人类的上述疾病的发病有关。研究发现 在无菌小鼠的结肠固有层和肺组织有iNKT细胞浸润和累积，导致结肠炎和过敏性哮喘发病率增加。
研究人员发现，当无菌小鼠生命第一周内暴露于微生物，而不是在成年后暴露于这些微生物，能导致其免疫系统的正常化，能够预防疾病的发生。此外，如“卫生假说”所预测的：生命早期暴露于微生物所提供这种免疫保护作用是长期存在的。
这些研究显示，微生物在生命或出生早期，对于建立恰当的免疫体系是至关重要的因素。目前发现的这种潜在的免疫机制，将允许科学家可能找出和确定那些对保护成人后免于过敏和自身免疫性疾病具有重要作用的微生物因素。 （Science March 2012）
