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文革初，《人民日报》发表社论，号召"横扫一切牛鬼蛇神"。那只是报纸的宣传话语，一种形象化的口号。"清理阶级队伍"才是正式的文化革命的官方语言。文革中真正恐怖的时期不是红卫兵高喊"红色恐怖万岁"抄家、破四旧，打死"狗崽子"的文革初期，而是六八年中共中央指挥下的"清理阶级队伍"。（简称"清阶"或"清队"）这是毛泽东亲自领导、周恩来协助进行的文革中的一个重要阶段。
打倒刘邓後，收回"民意"牌
共产党的宪法倒写明了，人民有集会、结社、出版的自由。但那是做做样子的，中共执政十七年，从来没实行过。
到了一九六六年，为了扳倒其党内的敌人刘少奇、邓小平，借助红卫兵和学生运动，才有限度地给了人民一点写在宪法上的自由，给了人民一点集会、结社的自由。他允许人民成立组织，许可民间出版刊物。那并不是为了实施宪法，还政于民，而是为夺权而实施的权宜之计。
尽管对人民的控制只放松了那么一点点而已，全国性的报刊、广播、电台还是共产党垄着，毛泽东也看到了允许人民结社成立组织的後果。对人民的控制只能放松一时，言论出版自由绝不能长期实行。只要打政敌的目的一达到，他就要把给人民的那一点自由收回去。所以，到了一九六七年一月，毛泽东对打倒刘少奇、邓小平的"资产阶级司令部"已经有了十分把握，"民意"这张牌，他就要收回了。他开始转移斗争矛头。
一月二日，毛泽东指示：开展全国全面的阶级斗争，重点是北京、上海、天津、东北。一月三十日，他在一份关于阶级斗争情况的报告上写了个批示："党、政军民学、工厂、农村、商业内部，都混入了少数反革命分子，右派分子，变节分子。此次运动中这些人大部自己跳出来，是大好事。应由革命群众认真查明，彻底批判，然後分别轻重，酌情处理。"
这是文革中的一个重要的转折点。他没提"当权派"，而只讲"反革命分子，右派分子，变节分子"。而且他所谓的"运动中这些人大部自己跳出来"，点明了不是指共产党干部、当权派，而是在文化革命中的积极分子。
从那之後，一般老百姓、普通人不再安全了，运动的矛头就要对准他们了。
一月夺权，各地造反派把权夺到手里，以为可以掌权了。殊不知毛泽东另有安排，请军队出来把权接过去。他设想的是：支持群众组织夺权，但不让群众组织掌权。全国实行军事管制。各级军队领导人不费吹灰之力就将造反派苦斗了半年才到手的大印收走了。
二月实行军事管制後，全国大肆"镇压反革命"，抓捕造反派，也就是毛泽东所说的"运动中自己跳出来"的积极分子。
六月，毛泽东派其警卫部队和身边的工作人员到北京新华印刷厂、针织总厂等几家工厂，实行军事管制。"军管会"执掌权力後即开展所谓"对敌斗争"。新华印刷厂军管会进厂不到两个月，就揪出了十个"反革命分子"。所以总结出了"发动群众开展对敌斗争的经验"，说："对那些恶毒攻击伟大领袖毛主席和林副主席、恶毒攻击中央文革、反对无产阶级司令部的现行反革命分子，一旦发现，就狠狠打击，毫不留情。"此外，斗争的另一个主要对象就是所谓"国民党反动派的残渣馀孽"。一九六八年五月，姚文元将新华印刷厂军管会的文章送毛泽东批阅时，用了"清理阶级队伍"这个名词。毛泽东批示："建议此件批发全国。……在我看过的同类材料中，此件是写得最好的。"从此"清理阶级队伍"即在全国展开。
"清阶"是文革一个主要部分
毛泽东在一九六八年十月的中共八届十二中全会上说："这场文化大革命究竟能不能搞到底？我们讲，要搞到底。什么叫搞到底？这是一个问题。估计三年差不多。到明年夏季差不多了。到底，就是包括大批判、清理阶级队伍、整党、精兵简政、改革不合理的规章制度。""现在正搞大批判、清理阶级队伍。这件事一是要抓紧，（二是）要注意政策。……"於是中共八届十二中全会发布公报，说："必须继续在工厂、人民公社、机关、学校、一切企业事业单位、街道等各个方面，认真做好清理阶级队伍的工作，把躲在广大群众中的一小撮反革命分子挖出来。"此後"清阶"即成文革的主要内容。而文化革命起先的斗争目标"走资本主义道路的当权派"倒不是"清阶"的主要对象。
共产党所有的派系联合起来，对人民实行专政。毛泽东依靠的还是原来刘少奇和周恩来的党和政府机构的系统。他本身就是那个系统的一员，没有那个系统的正常运作，他在中南海一天也坐不住。
毛泽东依靠党组织和军队控制社会。一切都是旧的。唯一的新东西是"解放军毛泽东思想宣传队"和"工人阶级宣传队"。姚文元再次写文章替毛泽东阐述思想。文章说是《工人阶级必须领导一切》，其实是党领导一切。党又胜利了。工人只是点缀品。工人在"工人阶级宣传队"里是跑龙套的。进驻清华大学、北京大学的"军宣队"和"工宣队"的主要头目迟群、谢静宜都不是工人。各地的"军管会"、"军宣队"，以及由军人控制的各地"革委会"，才是这场"清阶"运动的直接领导者。
全国大清扫
文化革命的重点本来是揪"走资派"，但除非被冠以"叛徒"或"特务"，走资派却不是"清理阶级队伍"的主要目标。按毛泽东的说法，"清理阶级队伍要搞叛徒、特务、死不改悔的走资派、反革命分子、没有改造好的地、富、反、坏、右分子。"
一九六七年十二月，中共中央曾下达《关于城市（镇）街道无产阶级文化大革命的意见》，指明任务是："彻底批判党内最大的一小撮走资本主义道路当权派和他们在各省、市（镇）的代理人"，"揭露打击社会上没有改造好的地、富、反、坏、右分子，反动的资产阶级知识分子以及隐藏的各种敌特分子。"这已表明打击的重点实际还是传统的"阶级敌人"。"清阶"时各地被"清理"的对象不尽相同，但"地、富、反、坏、右"这五类分子是不可少的。他们是所谓"老运动员"，斗争这些人已不新鲜，新鲜的是各地因地制宜归纳的"ｘｘ类人"。被归於"ｘｘ类人"的五花八门，形形色色："反动资本家"、"政治骗子"、"国民党嫌疑"、"阶级异己分子"、"反动会道徒"……
文革中持续最久的运动
"清阶"持续一年多，是文革中持续最久的阶段。"清阶"使毛泽东批判的刘少奇一九六六年的"资产阶级反动路线"大为相形见绌。这一年是文革中死人最多的一年。除了战争年代和一九六○年毛泽东制造的大饥馑外，从没有这么多无辜的老百姓死于非命。在"清阶"中被整死的人数，远多于武斗和文革初的红色恐怖。譬如上海宝山县，文革初横扫一切牛鬼蛇神时非正常死亡为七十多人，而"全县清队中非正常死亡人数达三三四人。"
这是一场在中共中央统一指挥下的对人民大规模政治迫害。各地运动的成绩是按"挖出"各种"敌人"的数目衡量的，所以敌人们或是"反动资本家"，或是"政治骗子"，或是"国民党嫌疑"。有的叫"历史反革命"，有的叫"阶级异己分子"，有的叫"反动会道徒"，五花八门，形形色色。
掌权的军人是指挥者
执掌各省、市党、政、军大权的军人是这场运动的指挥者。几乎每个省、市都是他们在主持这种大规模迫害运动。他们控制了"新生的"革委会，接过红卫兵的"红色恐怖"口号，改成"刮红色台风"："十二级台风"、"二十四级台风"。他们经过权力斗争的洗礼，以巩固权力为第一要务。他们需要靠"红色台风"产生威慑力量，压制曾经对自己的权力有过威胁的反对派，恫吓可能更反对派走的普通老百姓，借以巩固政权。
譬如大庆油田自一九六七年三月起实行军管，革委会成立时由陆军第十六军副军长诸传禹担任主任。六八年初开始"清阶"，"自杀、打死人的现象不断发生，并逐渐增多，一至四月份自杀十五人，五至六月份自杀三十六人，打死七人。""支左"的军队干部把天津市塘沽碱面厂的八个工程师定为特务，施加种种酷刑，结果八位工程师全部打死。
辽宁省新金县武装部副政委王立龙是个"活学活用毛主席著作"的标兵。一九六八年四月，他带了两名助手到下面公社去寻找阶级斗争的新情况。当他一听说有个大队党支部书记同一个姑娘许连荣有染时，马上断定"这就是新形势下的阶级斗争！"是敌人向共产党干部施行了美人计。因为许连荣长得比较漂亮，而且"家庭有问题"。其实许家的唯一"问题"是许的哥哥在中学念书时，曾被诬蔑参加"反动组织"判过三年管制。
在"革命样板戏"《白毛女》中，杨白劳被逼按指印，回家对女儿无法交待而自杀。而实际并无被逼按指印的事，这个戏是当年延安的文化人编出来的。而今的真实故事是，许连荣被严刑拷打，被打得死去活来不得不"招供"，"按指印"後被放回家。当天晚上，许氏一家，老夫妇、两个儿子及三个女儿，七口人一起上吊死。
事後，人们看到他家墙上写了两个大字："屈死"。许连荣腰间别着一份遗书，要求对她的尸体进行检查。检验结果是：她还是个处女。
一九六八年，甘肃省革委会主任、兰州军区政委冼恒汉提出要在农村"刮十二级台风"，"用无产阶级专政的办法办农业"。如何办？
㈠利用民兵举办"劳改班"。譬如庆阳地区关押了七千多人，施用酷刑几十种。
㈡以"大干社会主义"为名，不论炎夏寒冬，强迫农民每天干活十几个小时。
㈢在"专政"的口号下，农村干部打人骂人罚人成风。有的地委书记、县委书记甚至扬言"打出了高产就受奖励"、"学大寨还不死几个人！"
後来国务院和中国社会科学院赴甘肃联合调查，写了一个报告，说："普遍侵犯农民人身权利的县，在甘肃不会少于二十个！""估计全省直接被迫害致死的农民不少于万人，冤案如山。"
江西大屠杀
江西掌权的革命委员会主任军人程世清。该省的口号是"三查"：查叛徒、查特务、查现行反革命。"群众办案、群众定性、群众判刑。"所谓"群众"，当然就是在各基层单位掌了权的人。程世清说："杀死一个阶级敌人，就节省了我们一颗子弹。"
武宁县黄沙大队已在"三查"中用酷刑打死了三个人。大队负责人到县里去听了"燃起三查万把火"的报告後，回去传达"上头说了，打死个把反革命分子，还节约几颗子弹。"武宁县的"三查"，有个特殊的刑罚，割耳朵。"耳朵割下来往地上一丢，狗就衔着跑了。"回到大队，他马上召开大会，将早已斗争、拷打过几十次的"反共救国军"小队会计郑家树祖父是地主，父亲曾在国民党时期做过乡长揪去斗争，由他的弟弟动手，割了他的右耳。郑昏倒後，被人抬回家。大队派人对他下了通令："明夜到大队交待问题，再不交待，命都不留你。"为寻活路，他不得不出逃，隐姓埋名流浪了十一年。
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