公元328年九月下旬，苏峻在石头镇附近的白木陂带着很少一些骑兵冲击陶侃主帅阵容时马失前蹄，坠下马来，被追上来的陶侃士兵砍下了脑袋。于是苏峻的剩余部众大为溃败。苏峻司马任让等人共同拥立苏峻的弟弟苏逸为主，闭城自守。温峤于是建立行台即临时朝廷，向远近发出布告，同时创建行庙，广设坛场，祭告皇天后土和东晋祖宗的神灵，亲自朗读祝祷的词文，声音激扬，口气悲壮，泪流满面，以致三军将士都不敢仰视他。温峤还命令前朝廷官吏二千石以下的，尽数奔赴行台。于是非常多的官员纷纷来到，云集在他的麾下。
苏峻部将韩晃听说苏峻战死，急忙带兵飞驰来到石头。苏峻另两位部将管商和弘徽攻打庱亭的堡垒，被督护李闳和轻车长史滕含击败。管商败走后前往庾亮那里请降，他手下的部众则归到张健那里。
翌年即公元329春正月，光禄大夫陆晔和弟弟尚书左仆射陆玩前往游说占据苑城的苏峻党羽匡术。匡术觉得大势已去，便以苑城投降了陶侃的西军；朝廷百官因而都跑到那里去，共同推举陆晔负责宫城的军事。陆晔字士光，是吴郡吴县人。伯父陆喜曾担任东吴吏部尚书。陆晔少年时就有很好的声望，堂兄陆机经常称道他说：“我们的家族再不会缺少公卿了。”陆晔居丧时以至孝闻名。司马睿最初出镇江东时，聘请陆晔为祭酒，不久又升为振威将军和义兴太守，陆晔因为生病没有到任。他后来参预讨伐华轶有功，封为平望亭侯。后来又升迁为太子詹事。当时司马睿的侍中都是北方人士，而他觉得应当兼用南方人；因为陆晔以清贞著称，便拜他为侍中，后转为尚书和本郡大中正。比及晋明帝即位，陆晔又转成光禄勋，升迁太常，代纪瞻为尚书左仆射，领太子少傅，不久加金紫光禄大夫，代卞壸为领军将军。因为平定钱凤有功，陆晔进爵为江陵伯。晋明帝一病不起时，陆晔与王导、卞壸、庾亮、温峤、郗鉴一道接受顾命，辅佐年幼的皇太子，还进入宫殿带兵值班护卫。晋明帝遗诏称：“陆晔清操忠贞，历职显允，且其兄弟事君如父，忧国如家，岁寒不凋，体自门风。既委以六军，可录尚书事，加散骑常侍。”
再说陶侃当下命令毛宝守南城，邓岳守西城。苏逸出兵攻击苑城，匡术向温峤求救。江州别驾罗洞劝温峤说：“如今江水暴涨，不便前去相救。不如去进攻榻杭。榻杭的叛军如果失败，匡术之围自然就解了。”温峤觉得有理，便派兵去进攻苏逸驻扎在石头的军队。
右卫将军刘超和侍中钟雅与建康令管旆等人密谋带着晋成帝出建康城去投奔陶侃的西军。不幸事情泄露，苏逸派部将平原人任让带兵入宫收拿刘超和钟雅。年幼的晋成帝抱着他们不放，哭着说：“还我侍中，还我右卫！”任让夺下并把他们杀了。任让少年时行为毫无检点，太常华恒当时是本州的大中正，曾经严厉批评他的品行。比及任让成为苏峻部将，乘势诛杀了不少朝廷官员，但每次见到华恒却总是极为恭敬，不敢纵暴。比及钟雅和刘超被害时，苏逸也打算一块杀了华恒，幸亏任让尽心救卫，华恒才得免一死。
冠军将军赵胤派遣部将甘苗到历阳进攻祖约。正月中旬，祖约连夜带着左右数百人逃奔后赵，他的部将牵腾则率领部众出降。祖约投降后赵时，石勒让大臣王波责让他道：“你是到了穷途末路，才来归命。我的朝廷岂是逃犯的避风港？你的脸皮可真厚。”并把祖约写的前后讨伐石勒的檄文给他看，把他好好羞辱一番后才赦免了他。
苏逸、苏硕、韩晃合兵一道进攻京城，焚烧了太极东堂以及秘阁。毛宝登上城墙，亲手射杀了几十个敌兵。韩晃对着墙上的毛宝喊道：“使君以勇敢果断闻名，为何不出来和我们相斗？”毛宝答道：“使君以健将闻名，为何不进来和我们相斗？”韩晃笑着退了下去。
二月初，勤王的各路大军开始进攻石头。建成长史滕含攻击并打败了苏逸。苏硕率领几百骁勇将士，渡过准河作战，但被温峤的部队打败，苏硕自己也战死了。韩晃等人大为恐惧，只好率领部众到曲阿投奔张健。因为石头的城门狭隘，士兵不能一道出去，于是便互相践踏，死者上万。陶侃的西军生擒了苏逸，将他斩首。滕含的部将曹据抱着晋成帝跑到温峤的船上，群臣见到晋成帝，全都顿首号泣请罪。温峤于是杀了投靠苏峻的西阳王司马羕，以及他两个儿子司马播和司马充，以及孙崧和彭城王司马雄。陶侃与任让有旧日交情，想为他请求免死。晋成帝说：“他是杀害我侍中和右卫的人，不能赦免。”便杀了他。司徒王导来到石头，叫人去取自己的节杖，陶侃笑道：“苏武的节杖似乎不如这根节杖。”王导面有惭色。接着东晋大赦天下。
张健怀疑弘徽等人对自己有二心，便把他们都杀了，然后率领舟师从延陵准备进入吴兴。二月中旬，陶侃任命扬烈将军王允之负责吴郡、义兴、晋陵三郡的征讨军事。王允之带兵和张健作战，把他彻底打败，俘获了男女一万多人。张健再次与韩晃和马雄等人南下，王允之紧追其后，直到长塘湖，再次打败他们。韩晃等人轻军往西跑到故鄣，郗鉴派将军李闳追击，在平陵山赶上他们，并把他们全杀了。于是苏峻之乱，在陶侃和温峤等人的经年苦战后完全平定了。
那时宫阙都被烧成一片灰烬，朝廷只好以建平园为宫。温峤打算迁都到豫章，三吴的豪门则请求迁都到会稽，两种议论纷纭未决。司徒王导说：“建康是古时的金陵，从前就是帝王的故里。况且孙仲谋和刘玄德都曾经说过：‘建康，王者之宅’。古代的帝王，不因为丰盛或者俭朴而迁移都城。如果我们务本节用，何必担忧暂时的凋弊！如果不好好从事农耕，那么乐土也会成为废墟。而且北方的盗寇游魂，时刻在等待我们的空隙。我们一旦示弱，逃窜到蛮越地带，追求暂时的实惠，我担心这不是什么好主意。如今特别应当镇静，这样大家的情绪才会自然安定下来。”于是朝廷上下便不再提迁都的事。朝廷任命褚翜为丹杨尹。当时在兵荒马乱，京城大火之后，百姓和物资都十分凋残，褚翜召回散亡的人口，京邑于是慢慢开始安定。
王导又善于理财，虽然朝廷平日的费用没怎么增益，但是年终还有剩余。当时国家的库藏空竭，府库中只有几千端白绢布，也不好卖，所以朝廷的费用很成问题。王导很犯愁，便和朝廷的贤明大臣们一道用这些绢布制成单衣，士大夫们都高兴地穿上这些衣服，因此这些绢布一下子变得很值钱。王导便让人出卖这些绢布，每端居然可以卖到一金。王导的如此能干得到了普遍好评。
不久，朝廷将湘州并入荆州。
三月，朝廷评论平定苏峻的大功，任命陶侃为侍中兼太尉，封长沙郡公，除荆州之外，又让他负责交、广、宁三州的军事；任命郗鉴为侍中、司空、南昌县公；任命温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加散骑常侍、始安郡公；陆晔进爵为江陵公；其馀很多功臣也都赐爵侯、伯、子、男。卞壸及其两个儿子卞眕和卞盱、桓彝、刘超、钟雅、羊曼、陶瞻，全都追加赠谥。路永、匡术、贾宁，原来都是苏峻的党羽；但在苏峻失败之前，路永等人已背弃苏峻而归顺了朝廷，王导便打算赏他们官爵。温峤反对道：“路永等人都是苏峻的心腹，和他一道反叛，罪莫大焉。他们后来虽然改悟，但也不足以洗赎前头的罪恶。让他们保全了脑袋就算很幸运了，怎么还能给他们加官晋爵！”王导只好作罢。
王舒也因功封为彭泽县侯，但不久即死在任上，朝廷追赠他为车骑大将军、仪同三司。
陶侃因为江陵太偏远，便将他的总部迁移到巴陵。朝议想将温峤留在朝廷辅政，但温峤觉得王导是先帝所任命的，便坚决辞让，请求回到藩镇。温峤又觉得京邑过于荒残，资用不足，于是留下不少资蓄，安排了很多器用，然后很快回到自己的藩镇武昌。
晋成帝离开石头时，庾亮谒见了晋成帝，磕头请罪，痛哭哽咽。晋成帝下诏让庾亮与大臣们一道上朝。次日，庾亮再次用淤泥涂在脸上，入宫谢罪，乞求自己的一幅骸骨，要带着家人躲到远离朝廷的山海关去。晋成帝派遣尚书和侍中拿着手诏慰喻他说：“这是社稷的灾难，并非舅舅的罪责。”庾亮上疏自陈道：“祖约和苏峻的叛乱，是因为臣的缘故引起的。即使杀了臣，也不足以谢罪七庙的神灵，杜塞四海的谴责。朝廷还有什么理由将臣和其他大臣相提并论，臣也还有什么颜面和其他大臣为伍！但愿陛下虽然垂怜宽宥了我，保全了我的头颈；但还是应当将臣遗弃朝外，让臣自生自灭。这样天下人就会大体知道遇事要慎重警戒的道理。”晋成帝下优诏驳回他的请求。庾亮又想遁逃到山海关去，偷偷地从暨阳门东出。朝廷下诏让有司部门没收了他的船只。庾亮于是请求外派到藩镇去将功赎罪，朝廷便任命他负责豫州以及扬州的江西和宣城的军事、豫州刺史，领宣城内史，镇守芜湖。
陶侃和温峤讨伐苏峻时，曾送檄文给各个郡镇，让他们带兵入援勤王。湘州刺史益阳侯卞敦拥兵不赴，又不肯供给西军的军粮，仅派遣督护带了几百人随大军东下而已，朝廷内外无不奇怪和惊叹。比及苏峻之乱平定之后，陶侃上奏指控卞敦阻碍军事行动，顾望而不赴国难，请求派槛车收拿卞敦交付廷尉处理。王导认为丧乱之后，应当多加宽宥，便调卞敦为安南将军兼广州刺史。卞敦称病不肯上任。朝廷便内征他为光禄大夫、领少府。卞敦因过于忧虑和惭愧，不久便去世了。朝廷追赠他原来的官职，还加他散骑常侍。
朝廷同时将高密王司马纮转为彭城王。
温峤在回到武昌的路上，经过牛渚矶。那里的水深不可测，世人都说那下面有很多怪物，温峤便毁了一支犀角，用它照明水下。须臾，只见水下像着火一般，有个奇形怪状的东西，又好像是个乘坐马车穿着赤衣的人。温峤当夜梦见那人跟自己说：“我与使君幽明道别，你为何要用犀角照我？”口气一派恶意。温峤先前就有牙病，到这时把牙拔了，造成感染，再遇上这件怪事，因而导致中风。抵达藩镇不到十天，就于四月中旬去世，死时才四十二岁。江州的士人和平民听说后，无不相顾而泣。
晋成帝十分悲伤，下诏书追赠温峤为侍中、大将军、持节、都督、刺史；赐钱一百万，布千匹，谥为始安忠武公，祠以太牢。
温峤安葬在豫章。朝廷打算为他在晋元明二帝的陵园北面修造一座大墓。太尉陶侃上表劝道：“故大将军温峤忠诚著于圣世，勋义感于人神，非臣笔墨所能称陈。他临终之际，写信和臣道别。臣将他的书信藏在一个竹箱里，时不时拿出省视。每次阅毕总是思念不已，未曾不经常半夜捶胸为他惋惜，白天吃不下饭。俗话说：‘人之云亡’，温峤实在当之无愧。臣现在谨将温峤的书信誊写一份上呈，还希望陛下亲自御省，感受他的情怀和宗旨。他临死都不忘忠诚，身没黄泉还依然追恨国家的耻辱，盼望着文武将臣共同努力，救济时局的艰难，使他身亡而有知，为此既抱恨又感恩。像温峤这样品德高尚的人，怎么会乐意陛下今日为他劳民伤财做这样的事？愿陛下仁慈开恩，停止迁移安葬，让温峤的棺柩没有再次遇到风波的危险，他的魂灵能够在后土安息。”朝廷下诏，同意陶侃的建议。
朝廷任命平南军司刘胤为江州刺史接替温峤。刘胤高升之后，越来越矜持傲慢，整天纵酒享乐，不恤政事，大肆积敛财货，从商贩那里得到百万钱财。当初，刘胤取代温峤时，朝廷内外多数大臣都认为所选非人。陶侃和郗鉴都觉得刘胤并非是能够独当一面的人才，但朝廷没有采纳他们的意见。有人跟王导的儿子王悦说：“现在我们刚刚经历一场大难，朝廷的纲纪十分松弛，从江陵到建康有三千余里，流散的难民数以万计，遍布在江州。江州是国家的南籓，又是要害的地方，而刘胤以他奢侈懒散的秉性，躺在床上处理政事，只怕即使没有外变，也必有内患。”王悦说：“我听说温平南曾经跟家父说，他连续做了几场恶梦，于是开始考虑接替自己的人选。不久便说可以使用刘胤。这其实是温平南的意思，而不是家父的。”当时朝廷府库空罄，百官都没有俸禄，靠的只是江州运漕的收入。而刘胤从来往的商贩那里赚了大笔钱财，以私废公。后来有司上奏免去刘胤的官职。诏书刚下达时，刘胤就被郭默杀害，死时四十九岁。这是后话。
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