一世纪过后，产生了革利免(Clemens Romanus,羅馬人，>),伊格那丟(Ignatius,安提阿人，>)，帕皮亞(Papias，希拉波立人)，坡旅甲(Polycarp，士每拿人)等使徒教父，他们的作品差一点被选进新约(比如革利免一书)。进入第二世纪，耶稣的十二门徒，圣徒保罗等相继去世，但是耶稣没有再来，按说这对盼望和等待耶稣再来的信众是个最大的打击。但是这并没有影响基督教的发展。相反，基督教在罗马帝国各地开花结果，这可能是信耶稣确实能改变一个人的生命有关，所以也就不在乎耶稣什么时候再来。正如后来成型的新约马太福音24: 36 - 44 所说的“但那日子、那時辰，沒有人知道，連天上的使者也不知道，子也不知道，惟獨父知道 …”。这时基督教面临一个最大的问题就是什么才是真正的耶稣教导，耶稣的门徒和使徒都死了，谁说的是标准。当有人传福音，另外一些人听后认为不对时，就会说：不对，这不是基督教，No, this is not Christian,our message is Orthodoxy。二世纪出现许多基督教教理，诺斯底主义(Gnosticism,二元论。灵和肉一个纯洁，一个邪恶，不能融于一身。耶稣是神，不可能是肉身的人)，孟他努(Montanism,早期灵恩派，因没见耶稣再次来临，夸大耶稣的圣灵作用)，马吉安主义(Marcionism,耶稣和旧约的神不是一个神)。这些被打成异教(Heresies),诺斯底和孟他努圣经里提到，不再多述。这里说说马吉安，马吉安可谓出生豪门，信耶稣后把全部家产奉献教会，加入教会后对教会不满，提出极端二元论，耶稣是神是灵，不是犹太人的弥赛亚，善恶不能同身的，他极端痛恨犹太人把上帝耶稣杀了。后来教会把他打成异端，开除教会。离开教会后，他和他的追随者继续传福音，编成最有早的新约圣经，由于他痛恨犹太人，所以他的新约版本里只有路加福音，保罗十封书信。这个版本极大刺激和启发了当时的教会，让教会感到一本新约圣经应该成为传福音的标准。更令人叫绝的是当时的教会，因为把马吉安打成异教徒，开除教会，教会如数归还马吉安的钱财(相当现在的亿万富豪，现代教会能做到吗？)，马吉安才有可能继续开创自己的教会。马吉安派教会挣扎了几百年，五世纪才慢慢消失。397年大公教会关闭新约圣经，收录共27篇。其中包含路加福音，保罗十三封书信等。
