尼西亚会议以后，基督教理论有了统一。不符合这些信条的，就成了异端邪说。但是神学的谈论和分歧并没有结束。耶稣是全人，又是全神，三位一体。但是耶稣自己也称“My Father is greater than I"。亚历山大的亚流(Arius)认为父和子是不一样的，只有父是永恒，子服从父。亚他那修(Athanasius)则认为父子同质。这样亚流派成了异端，被流放。亚流派借此将福音传到罗马帝国的北部蛮夷之地：哥特人，法兰克人等等。374年，亚流派的米兰主教死了，会众想要一位正统的主教，教会内的亚流派与尼西正统信仰的信徒相争，要选出未来的主教。安波罗修(Ambrose)一位米兰的巡抚，受到高等教育的律师去协调教会，一天安波罗修听完双方的争论，发言。突然一位小女孩高喊：“让安波罗修作主教！”声音象天使般，会众以为是出于神的声音，两派齐声唱和："阿们！”欢呼拥立他为主教。但是安波罗修还没有受洗，于是在教皇主持下，安波罗修受洗，并成为米兰大主教。他的讲道深受会众欢迎，后来成为教父的教父。并被基督教封为四大博士教父之一。伟大的教父圣奥古斯丁(Augustine)就是听了安波罗修的讲道在米兰信主的，他的三一神论成为基督教教义。
380年罗马皇帝狄奥多西一世(东部皇帝)与格拉提安(西部皇帝)共同颁布了〈帖撒罗尼迦敕令〉，宣布三位一体的基督教为正统，并为罗马帝国国教。停止所有偶像敬拜的宗教，基督教成为唯一合法的宗教。五大教区形成：即罗马，君士坦丁堡，耶路撒冷，安提阿，和亚历山大(迦太基)。基督教影响的范围逐渐扩及帝国全境，包括巴勒斯坦、叙利亚、小亚细亚、波斯、马其顿、希腊、意大利、西西里、高卢、埃及、北非、比利时、荷兰、不列颠等地。整个帝的疆界南边以撒哈拉沙漠为界，西边是大西洋，北边是莱茵河与多瑙河，东边是幼发拉底河。
匈奴人(Hun)受到中国汉人的驱赶往西跑，威胁到哥特人(日耳曼民族)。哥特人就越過多瑙河，侵入羅馬帝國。410年西哥特人在阿拉利（Alaric）的领导下攻入罗马城，首善之都竟遭蛮族蹂躏。奥古斯丁在震惊中，完成他伟大的著作「上帝之城」，向异教徒发出控诉。继哥特族之后，汪达尔人在455年也越过地中海掠夺罗马城，教皇利奥一世（Leo I）出面求情，得以免于浩劫。蛮族攻陷了罗马帝国的西部各省，包括义大利、西班牙、北非、荷兰、高卢、不列颠等地。西罗马帝国亡于476年，然而教会仍得保全，许多蛮族原来信亚流派的基督教，放下教理的不同，大家看到十字架就都低头了。东哥特德族、西哥特德族、汪达尔族、伦巴特族、法兰克族，都纷纷加入正统基督教。法兰克王克洛维因受其妻的感召，也归入基督教。基督教因着不同的神学立场，先后出现了孟他努派、诺瓦天派(Novatians)、多纳徒派(Donatism)、神格唯一派、亚流派(Arianism)、湼斯多留派(Nestorius)、优提克斯派等流派。
