公元618年十一月底，李密借口前往山东招安他的部众，于十二月二十九（庚子）在桃林县反叛，但很快就被熊州行军总管盛彦师率兵镇压，一代豪杰李密也因此被杀。
隋右武卫大将军李景守卫北平，河间豪杰高开道包围了他，但一年多都无法攻克。辽西太守邓暠带兵去救，李景于是率领他的部众转移到柳城，但后来在将要回到幽州的路上被盗匪杀害。高开道于是占领了北平，进而攻陷渔阳郡。他有几千匹战马和近万部众，因而自称燕王，改元始兴，在渔阳建都。
怀戎县令设斋向僧侣施食，来了很多人。僧人高昙晟利用这一时机，带着五千僧人，拥着参加斋会的民众造反，杀了县令以及镇将，自称大乘皇帝，立尼姑静宣为邪输皇后，改元法轮。他还派使者去招抚高开道，立他为齐王。高开道于是率领部众五千人前往归附。几个月后，高开道袭击并杀了高昙晟，兼并了他的所有部众。
有个犯法但不够死罪的人，唐高祖特别下命杀了他。监察御史李素立谏道：“三尺厚的律法，王者和天下人都必须共同遵守。法律一旦动摇，人们将手足无措。陛下刚刚创立洪业，怎能丢弃律法！臣愧为法司，着实不敢奉诏。”唐高祖李渊听从了他的建言。从那以后，李素立得到唐高祖特别的宠信和恩遇，还命令有司部门授予他七品的清要官职。有司部门打算让他出任雍州司户，唐高祖说：“这官的确重要，但不算清贵。”有司又打算让他出任秘书郎，唐高祖又说：“这官清贵，但不够重要。”最后提拔他担任侍御史。李素立是李义深的曾孙。
唐高祖任命在宫廷跳舞的胡人安比奴为散骑侍郎。礼部尚书李纲谏道：“古时候乐工不能和士大夫同列。即使像子野和师襄（分别为春秋时晋国和鲁国的乐师）那样贤能的乐师，也都世代不更改他们的行业。只有高齐末年封曹妙达为王，封安马驹为开府，其他帝王都把这当作重要的借鉴。如今天下刚刚平定，建义的功臣尚未普遍行赏，高才的硕学也都埋没在乡野，陛下反而先提拔跳舞的胡人为五品大员，让他身带玉佩，行走在庙廊之上。这并不是为后世树立榜样的做法。”唐高祖不听，说：“我已经授予了，怎能追回任命？”
晚唐史学家陈岳评论说：“得到天命的君主发出的号令，都要为子孙着想。一旦不合常理，就可能成为祸端。如今高祖却说：‘已经授予，怎能追回’。如果授予的正确，当然可以；但授予的不对，为何不能追回！治国的道理，不能不以‘已经授予’为鉴戒！”
李轨的吏部尚书梁硕，很有智慧谋略，李轨经常依赖他作为谋主。梁硕见到许多胡人逐渐强盛，暗中便劝李轨对他们多加防范，因此和户部尚书安修仁有了矛盾。李轨的儿子李仲琰曾有事去见梁硕，但梁硕对他不够礼貌。李仲琰便和安修仁一道在李轨面前大讲梁硕的坏话，诬陷他谋反。李轨竟然用鸩酒毒杀了梁硕。有个胡人巫师跟李轨说：“上帝会派一位玉女自天而降。”李轨信了，征发民工修筑高台迎候玉女，耗费了很多钱财和劳役。河西一带闹饥荒，甚至出现人吃人现象。李轨拿出所有家财赈济穷人，但仍然不够。他打算开仓放粮，于是召群臣商议。曹珍等人都说：“国家以民为本，岂能因为舍不得仓库的粮食而看着百姓饿死！”谢统师等人都是原来隋朝的官员，内心终究不服李轨，因此暗中和那帮胡人结为朋党，排挤李轨的故旧，趁机大讲曹珍的坏话，说：“感到饥饿的百姓自然是本身羸弱，勇敢强壮的人终究不会这样。国家的仓粮是用来以防万一的，怎能随便散发去喂养那些羸弱的人！仆射只想收买人心罢了，不为国家考虑，并非是个忠臣。”李轨觉得有理。因此士大夫和平民开始对他抱怨离心。
唐高祖武德二年即公元619年正月初二（壬寅），王世充将隋朝的显官名士都收罗到自己的太尉府当官，也包括杜淹和戴胄。戴胄是安阳人。隋将军王隆带领屯卫将军张镇周和都水少监苏世长等人，率领山南的兵马刚回到东都。王世充专擅朝政，事无大小，全要送交太尉府决断；台省监署等重要部门，全都寂然，无事可做。王世充在府门外立了三道牌子：一是寻求有文学才识，胜任时务的人才；二是寻求有武勇智略，能够冲锋陷阵的武将；三是寻求受到冤屈埋没，怀才不遇的隐士。于是上书有所建议的每天都有几百人，王世充全数引见，还亲自省览他们的建言，对他们加以殷勤慰问晓喻。所以人人都很兴奋，以为对自己言听计从，然而最终也都没施行。甚至士卒和小厮这样的下等人，王世充也都好言相慰，其实并没给他们任何恩惠。
隋马军总管独孤武都得到王世充的宠信。他堂弟司隶大夫独孤机与虞部郎杨恭慎、前勃海郡主簿孙师孝、步兵总管刘孝元、李俭、崔孝仁等人密谋去招引唐兵，便让崔孝仁去劝独孤武都说：“王公装作一副可亲的儿女之态，想取悦愚蠢的下人，而他自己卑鄙狭隘，贪婪残忍，根本不顾亲朋故旧。这样岂能成就大业！根据图谶，天命应归李氏，大家全都知道。唐人在晋阳起兵，占有关内，军队没遇到什么抵抗，英雄豪杰也都景仰他们，纷纷归附。况且李渊对人坦诚，重用善人，勉励功臣，而且不念旧恶。他占据如此优势，争夺天下，谁能和他匹敌！我们托身在这不是地方的场所，只能坐待夷灭。如今任管公（唐朝总管任瑰）的兵马近在新安，他又是我的故人。如果派人走间道去召他前来，让他夜里率军直抵城下，我们一道充当内应，开门迎纳，事情一定成功。”独孤武都答应了。然而事情泄漏，王世充把他们全杀了。杨恭慎是杨达的儿子。
正月初三（癸卯），唐高祖命令秦王李世民出镇长春宫。
宇文化及攻打隋魏州总管元宝藏，四十天里无法攻克。魏徵代表唐朝前往劝降。正月初七（丁未），元宝藏在魏州归降唐朝。
正月十八（戊午），唐淮安王李神通到魏县攻打宇文化及，宇文化及抵挡不住，只好往东逃到聊城。李神通于是攻拔魏县，杀死和俘虏了二千多人，然后带兵追击宇文化及，将他包围在聊城。
正月二十四（甲子），唐高祖任命陈叔达为纳言。
正月二十六（丙寅），李密任命的伊州刺史张善相投降唐朝。
朱粲有部众二十万，在汉水和淮水之间劫掠，迁徒无常，经常攻破州县，那里储存的粮食还没吃完，他们就又跑到别处去了。在离开之前，他们总要把剩下的粮食和财产全都烧光，又从不屯田耕种，因此那一带饿死的百姓堆积如山。朱粲无处可抢，军中缺乏粮食，只好让士卒将妇人和婴儿煮了吃，说：“肉的鲜美没有超过人肉的了。只要其他国家还有人，还怕什么饿肚皮！”隋著作佐郎陆从典和通事舍人颜愍楚被贬谪在南阳，朱粲最初还聘他们为宾客，后来因为缺乏粮食，居然把他们全家都煮了吃掉。颜愍楚是颜之推的儿子。他又强迫各个城堡将瘦弱的士兵送去充当军粮，因此各个城堡相继背叛了他。
淮安土豪杨士林和田瓒起兵攻打朱粲，各州全都起兵响应。朱粲和他们在淮源开战，结果大败，只好带领残余部众数千人逃奔菊潭。杨士林家世代都是蛮人酋长，隋末时他曾担任鹰扬府校尉，后来杀了郡官，占据了淮安郡。赶走朱粲后，他于正月二十九（已巳）率领汉东四郡，派人到信州向唐朝总管庐江王李瑗请降。唐高祖下诏任命他为显州道行台。杨士林任命田瓒为长史。
当初，王世充杀了元文都和卢楚后，担心人心不服，便曲意事奉皇泰主杨侗，礼数十分谦虚恭敬。他又请求成为刘太后的养子，尊太后为圣感皇太后。后来他逐渐变得十分骄横。有一次杨侗曾在禁中赐给他食物，王世充回家后大吐，便怀疑被下毒，从那时起就不再上朝谒见。杨侗知道他终究不会甘当人臣，又没法制服他，只好从内库里取来彩色布料，大量制作幡花；又拿出各种服饰器玩，让僧侣们施散给穷人，想为自己求福。王世充派他的党徒张绩和董浚守住章善和显福两道宫门，宫内所有东西，分毫都不让出宫。这月，王世充让人献大印和宝剑，又声称黄河水变清了，想以此向大家炫耀，作为自已得到了符瑞的征兆。
唐高祖派金紫光禄大夫武功人靳孝谟去安抚边境的郡县，但被割据陕北称帝的梁师都捉获。靳孝谟破口大骂，梁师都一怒之下把他杀了。二月，唐高祖下诏追赠他为武昌县公，谥名为忠。
这时，唐朝开始制定租、庸、调的法则，每个男丁每年交租粮二石，绢布二匹，绵絮三两。除此之外，不许官府横征暴敛。
二月十六（丙戌），唐高祖下诏：“当官的宗室成员位在同列的其他官员之上，没有当官的宗室成员可以免除徭役。并要求每州设置一个宗师，专门负责宗室事务，将宗室成员和其他平民区别对待。”
派往凉州的唐鸿胪少卿张俟德来到凉州。李轨召集群臣在宫廷上商议道：“唐的天子是我的堂兄，如今已经在京邑正式即位。同姓不好相互争夺天下，所以我想去掉帝号，接受他的封爵。你们觉得行吗？”曹珍说：“隋朝失去他的鹿，天下人共同角逐，称王称帝，何止一人！唐人在关中称帝，陛下在河西称帝，固然互不相妨。况且陛下已成为天子，何必要自我贬黜！如果一定要以小事大，那么请求陛下依照当年萧詧事奉西魏（西梁在555年左右成为西魏的附庸）那样。”李轨听从了他。二月二十八（戊戌），李轨派尚书左丞邓晓入见唐高祖，送上书信，自称“皇从弟大凉皇帝臣轨”，而不接受唐朝授予的官爵。唐高祖很生气，扣留了邓晓，于是开始商议兴师讨伐西凉的事。
当初、隋炀帝亲自出征吐谷浑，吐谷浑可汗伏允带着几千人骑马投奔党项。隋炀帝接着立伏允可汗送来当人质的儿子伏顺为可汗，让他统领剩余部众。但伏顺最终没能成功，只好又回来了。刚好遇上中原大乱，伏允可汗重新收复了他的故地。唐高祖受禅后，伏顺从江都回到长安。唐高祖派使者和伏允可汗连和，让他出击李轨，并答应将伏顺归还给他。伏允很高兴，便起兵攻打李轨，还多次派使者入朝上贡，并请求归还伏顺。唐高祖于是送伏顺回吐谷浑。
闰二月，朱粲派使者前来请降，唐高祖下诏封朱粲为楚王，听任他安置官属，根据自己的方便行事。
宇文化及用珍宝奇货去引诱海边的各部盗贼，贼帅王薄率领部众跟从他，和他共同守卫聊城。
窦建德跟他的部将们说：“我是隋朝百姓，隋朝是我的君主。如今宇文化及是个弑杀君主的叛逆，所以是我的仇敌。我不能不去讨伐他！”于是带兵直趋聊城。
淮安王李神通攻打聊城，宇文化及粮食耗尽，只好请降，但李神通不肯。安抚副使崔世幹劝李神通答应他，李神通说：“将士们风餐露宿了这么长时间，现在贼兵食尽计穷，早晚就可以攻克。我要攻取他显示国威，并且用他们的金玉布帛来犒劳将士。如果接受了他的投降，将用什么来作为军赏！”崔世幹说；“现在窦建德正在赶来，如果宇文化及还没有平定，我们将内外受敌，我军必败。兵法说，不攻而下之，为功甚易。大王何必为了贪图他们的玉帛而不肯受降！”李神通勃然大怒，将崔世幹囚禁在军中。后来宇文士及的部从从济北运送粮草过来，宇文化及的势力又振作了起来，因此继续拒战。李神通督促兵马攻城，贝州刺史赵君德身先士卒，亲自攀上矮墙，首先登上城墙。李神通妒嫉他得了首功，居然鸣金收兵，不再继续作战。赵君德叫骂不绝地下了城墙，因此聊城没被攻克。窦建德的大军也来了，李神通只好撤走。
窦建德和宇文化及在城外连续作战，击溃了他，宇文化及只好重新退保聊城。窦建德纵兵四面急攻，王薄开门迎纳了他。窦建德率军入城，生擒了宇文化及。他先去拜谒隋萧皇后，口口声声总是称臣，还穿戴丧服为隋炀帝哭丧，极尽哀礼。他收缴了传国玺以及御驾的卤簿仪仗，安抚保存了隋朝百官，然后逮捕了逆党宇文智及、杨士览、元武达、许弘仁、孟景，并招隋朝百官，当着他们的面，将这些人处斩，还在军门之外枭首。他用槛车载着宇文化及和他两个儿子宇文承基和宇文承趾到襄国，在那里将他们处斩。宇文化及临死前，只说了句：“不负复王！”意思是，没白当了皇帝，来世还得称王。
窦建德每次战胜或攻克城池时，总是将所得的资财，全数分给将士，自己分文不取。他也不吃肉，经常吃蔬菜和粗米饭。他的妻子曹氏也不穿精美的丝织品，用的婢女侍妾，也就十来人。打败宇文化及后，窦建德得到隋朝的几千宫女，他立即将她们都遣散了。他任命隋黄门侍郎裴矩为左仆射，掌管选拔官员的事务。他还任命兵部侍郎崔君肃为侍中，少府令何稠为工部尚书，右司郎中柳调为左丞，虞世南为黄门侍郎，欧阳询为太常卿。欧阳询是欧阳纥的儿子。其余隋朝的官员也都随才授职，委以政事。凡是不愿留下的，要想到关中或东都的窦建德也都听任他们，甚至还给他资粮盘缠，派兵护送出境。隋朝御林骁果还有近万人，也全都遣散，随便他们要去哪里。他又和王世充结好，派使者带着表疏去谒见隋皇泰主杨侗，杨侗接着封他为夏王。窦建德是群盗出身，虽然建立了朝廷，却没有什么华丽的宫廷修饰和规章制度。于是裴矩为他制定了朝廷的礼仪和律令。窦建德非常高兴，总是向他谘询请教有关章典礼仪的事。
要想知道窦建德后来的情况，请看下篇的文章。
