武德九年即公元626年六月初四（庚申），李世民带领秦王府部属在皇宫玄武门发动政变，杀了太子李建成和齐王李元吉。
当时，唐高祖李渊正在海池泛舟。李世民让尉迟敬德到那里宿卫，尉迟敬德身披铠甲，手持长矛，直接来到唐高祖所在的地方。唐高祖大吃一惊，问道：“今天作乱的都是谁啊？你来这里干嘛？”尉迟敬德答道：“秦王因为太子和齐王作乱，带兵把他们都杀了。他担心因此惊动陛下，所以派臣前来宿卫。”唐高祖跟裴寂等人说：“没想到现在遇上这样的事，该怎么办？”萧瑀和陈叔达说：“建成和元吉本来就没有参与晋阳起兵的密谋，又没有征服天下的大功。他们嫉妒秦王功高望重，一同构织奸邪的阴谋。如今秦王已经讨伐并杀了他们。秦王功盖宇宙，率土归心，陛下如果立他为太子，将国事委托给他，那就什么事都没有了！”唐高祖说：“说得好！这其实也是我历来的心愿。”当时宫廷宿卫和秦王府的兵马还在与二宫的兵马作战不已，尉迟敬德请求唐高祖赐给他一道亲笔敕令，命令各个部队全都接受秦王的指挥。唐高祖答应了。天策府司马宇文士及于是从东上阁门出来宣读敕令，双方兵马这才安定了下来。唐高祖又派黄门侍郎裴矩到东宫去晓谕那里的将士，将他们都遣散回家。唐高祖接着召见了李世民，安抚他说：“近日以来，我几乎受到像曾子母亲听到儿子杀人那般的迷惑。”李世民跪下吮吸唐高祖的乳房，长久地号哭不停。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，以及李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度全被杀了（全都是幼儿），他们的后嗣也就断绝了。
当初，李建成曾答应李元吉，在正位之后，就立他为太弟。所以李元吉为他出了死力。李世民的部将们要把李建成和李元吉身边的一百多亲信都杀了，同时籍没他们的家室。但尉迟敬德一再争辩说：“罪恶仅在二凶，他们已经伏诛。如果再株连到他们的党羽，这并非求得安稳的办法！”李世民这才作罢。当天，唐高祖下诏大赦天下，说凶逆的罪责，仅限于李建成和李元吉，其他的党羽一律不予过问。他府里的僧尼年男女道士也都依旧不变。国家的各项政务，全由秦王处理。朝廷同时恢复了佛教和道教的权益。
六月初五（辛酉），冯立和谢叔方都自己出来自首。薛万彻逃亡躲了起来，李世民屡次派人向他解释，他才回到京师。李世民说：“他们做的都是因为忠于自己的职守，所以是义士。”因此赦免了他们。
六月初七（癸亥），唐高祖立李世民为皇太子。他又下诏：“自今以后军国的所有政事，不论大小，全交给太子处决，然后再奏闻给朕。”
司马光评论说：立嫡以长，是礼仪的正统。然而唐高祖之所以得到天下，都是唐太宗的功劳。隐太子（即李建成）平庸拙劣，却位居其上。他感觉受到唐太宗的威胁，势必不能相容。假如唐高祖像周文王那么英明，隐太子像泰伯那么贤惠，唐太宗也像子臧那么守节，那么玄武门事变也不会发生！既然不是那样，唐太宗最初又想等到事情爆发后，再想法应付。如果真是那样，那么唐太宗也是迫不得已，就更可以理解了。但后来被部属逼迫，以致喋血禁门，杀害同胞，结果贻笑千古，实在太可惜了！一般说来，创业传给后代的君主，都是子孙追循的典范。后来唐中宗、明宗、肃宗、代宗的传继，难道不是从祖上的作为上找口实吗！
六月十二（戊辰），朝廷任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌和杜如晦为左庶子，高士廉和房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。朝廷还将齐王官府里的金银布帛以及其他珍宝都赐给尉迟敬德。
当初，太子洗马魏徵常劝太子李建成尽早除掉秦王。当李建成败后，李世民召来魏徵，跟他说：“你为何离间我们兄弟！”大家都为魏徵捏了把汗。然而魏徵举止自若，冷静地回答道：“先太子早要听从我的话，必然就没有今日的灾祸。”李世民历来敬重他的才干，改变了原来的态度，以礼相待，还聘他为詹事主簿。李世民也从巂州将王珪和韦挺召回，任命他俩为谏议大夫。
李世民命令将禁苑里的鹰犬全都放生，并取消全国各地的贡献，还鼓励朝廷百官自由陈述各自对治国的看法，然后精简并严肃政令。于是朝廷内外无不心悦诚服。
同时，朝廷任命屈突通为陕东道行台左仆身，镇守洛阳。
益州行台仆射窦轨与行台尚书韦云起和郭行方不和。韦云起的弟弟韦庆俭和他们的宗族多数人都忠于太子李建成。李建成死后，窦轨诬陷韦云起和李建成一同谋反，收捕并杀了韦云起。郭行方怕了，逃回到京师。窦轨带兵追赶，但没赶上。
同时，吐谷浑入寇岷州，突厥入寇陇州。六月十五（辛未），突厥又入寇渭州。朝廷派右卫大将军柴绍出兵抗击。
同时，朝廷废除益州大行台，设置大都督府取而代之。
六月十六（壬申），唐高祖下达亲笔手诏赐给裴寂等人，说：“朕应当加尊号为太上皇。”
六月二十五（辛巳），幽州大都督庐江王李瑗反叛，右领军将军王君廓杀了他，并将他的首级送到长安。李瑗是唐高祖堂兄的儿子。他父亲李哲曾任隋柱国和备身将军，追封济南王。李瑗在武德元年任信州总管，封庐江王。武德九年，经过累迁后他出任幽州大都督。当初，唐高祖因为李瑗懦弱胆怯，缺乏将帅才干，所以让王君廓辅佐他。王君廓原来是起义的豪杰，勇猛强悍，但也阴险狡诈。李瑗推心置腹地依赖他，还答应和他连姻。太子李建成要谋害秦王时，暗中和李瑗勾结。李建成死后，朝廷下诏派通事舍人崔敦礼乘坐加快驿站马车去召李瑗进京。李瑗心里很不自安，便和王君廓商议对策。王君廓想拿下李瑗作为自己的功劳，便劝他说：“大王如果进京，必定没有生还的道理。如今大王拥兵数万，为何要接受一个使者的召唤，就去自投罗网！”因而假惺惺地和他相对而泣。李瑗说：“我今天将命运交给王公，决定起兵了。”于是劫持了崔敦礼，向他了解京师的秘密。崔敦礼不屈不桡，李瑗就将他囚禁起来，同时派人乘驿马到各处征兵，并召燕州刺史王诜赶赴蓟城，和他商量大事。
兵曹参军王利涉劝李瑗道：“大王不奉诏而擅自发兵，这等于是造反。既然这样，就必须更改法度，随机应变，先安定民心。如今各州刺史有的不服从命令，大王一旦征不到兵，将如何自我保全？”李瑗问：“那该怎么办？”王利涉说：“山东这地方，先前都跟从窦建德。那里的酋豪首领，都曾是窦建德任命的官员，现在全被朝廷罢黜，退居匹夫庶民。这些人一心思乱，犹如旱苗盼望甘霖。大王应当派人去恢复他们原来的官职，让他们在当地招募兵马。各州如有不从，大王可以立即委任他们随便诛戮。这一计策如果能成，河北一带可以轻而易举地得以平定。然后大王可以分遣王诜北连突厥，经过太原，南临蒲、绛。大王自己可以率军直指洛阳，然后西入潼关。一旦两军合势，不过十天半月，天下就可平定了。”李瑗听从了，并将州府内外大事都托付给王君廓。王利涉又劝道：“王君廓是个反覆小人，大王不能将权柄交给他。应该尽早除掉他，让王诜取代。”李瑗迟疑而不能决定。王君廓知道后，就去见王诜。王诜正在沐浴，手里还握着散开的头发出来见他。王君廓当场亲手把他杀了，然后提着他的首级告诉部众们说：“李瑗与王诜一同谋反，扣押并囚禁了朝廷的敕使，擅自征兵。今天王诜已经伏诛，只剩下李瑗一人。他已经无能为力了。你们是宁可跟随李瑗遭到灭族的命运，还是要追随我去争取富贵？”大家都说：“我们愿意跟从王公讨贼。”王君廓于是率领他的麾下千余人，越过西城进入蓟城，而李瑗还没发觉。王君廓到监狱放出崔敦礼，李瑗才知道怎么回事。他急忙率领身边的几百随从穿戴盔甲出来，结果和王君廓在门外遭遇。王君廓跟李瑗的部众说：“李瑗反叛为逆，你们为何还要跟他赴汤蹈火！”李瑗的部众因此全都放下兵器溃散了，只剩下李瑗一人。他大骂王君廓道：“你这卑鄙小人，出卖了我。你也不会有好死的！”王君廓于是拿下李瑗，缢死了他。李瑗死时四十一岁，唐高祖将他开除出了宗室属籍。
六月二十六（壬午），朝廷任命王君廓为左领军大将军兼幽州都督，把李瑗家里的女人都赐给他。崔敦礼是崔仲方的孙子。
六月二十九（乙酉），朝廷废除了天策府。
秋七月初三（己丑），柴绍在秦州打败突厥，阵斩特勒一人，杀死敌兵一千多人。
同时，朝廷任命原秦王府护军秦叔宝为左卫大将军，又任命程知节为右武卫大将军，尉迟敬德为右武候大将军。
七月初六（壬辰），朝廷任命高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为左仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。次日，朝廷又任命宇文士及为中书令，封德彝为右仆射；还任命前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。长孙安业是长孙无忌的兄长；李客师是李靖的弟弟。
太子李建成和齐王李元吉的很多党羽散亡在民间。虽然朝廷下了赦令，但他们心里仍然很不自安。其中有些心存侥幸的人争着告发同伙想邀功取赏。谏议大夫王珪把这事启奏给太子李世民。七月初十（丙申，通鉴作丙子，疑有误），太子下令：“六月四日以前卷进东宫和齐王案件的，和六月十七日以前卷入李瑗案件的，都不许互相告发。违反这规定的人将反被治罪。”
七月十一（丁酉），朝廷派谏议大夫魏徵到崤山以东地区宣旨慰问，并允许他见机全权从事。魏徵来到磁州，遇上那里的州县禁锢并即将送交前太子的护身千牛李志安和齐王护军李思行前往京师。魏徵说：“我接受使命那天，前东宫和齐王府的下属都已被赦免，不予追问。今天又要把李思行等人押送到京师，那样谁能不自我怀疑！朝廷虽然派了使者来招抚，但还有谁会相信！我不能因为怕自己犯了嫌疑，而不考虑国家的利益。况且既然承蒙太子把我当作国士看待，我怎敢不以国士去报答他！”于是当场将他俩都放了。太子李世民听说后，非常高兴。
右卫率府铠曹参军唐临出任万泉丞。县里有狱囚十来人。正好遇上春雨，唐临将他们都放回去，让他们抓紧季节回家耕种，等忙完农事后定期回来。唐临是唐令则弟弟的儿子。
八月初一（丙辰），突厥派使者来请求和好。八月初七（壬戌），吐谷浑也派使者来请和。
八月初八（癸亥），唐高祖下制传位给太子。太子坚决推辞，但唐高祖没有答应。八月初九（甲子），太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，成为著名的唐太宗，并宣布大赦天下，还让关内以及蒲、芮、虞、泰、陕、鼎六州免除两年的租调，其他地方则免除一年。
唐太宗下诏：“宫女人数太多，她们幽闭的生活着实可怜。应当在精简之后，放她们出宫，各自回到亲戚那里，让她们随意嫁人。”
当初，稽胡酋长刘仚成率众投降梁师都，但梁师都听信谗言，居然杀了他，于是他的部众猜疑恐惧，很多人都来投降唐朝。梁师都的势力逐渐衰弱，便向突厥称臣，并为他们出谋画策，不断鼓动他们入寇中原。于是颉利和突利二可汗合兵十多万，入寇泾州，一直进发到武功。京师为此戒严。
八月二十一（丙子），唐太宗立妃子长孙氏为皇后。皇后少年时就喜好读书，做事必定要遵循礼法。李世民还是秦王时，与太子李建成和齐王李元吉有矛盾。长孙氏事奉唐高祖，和后宫妃嫔处得很好，弥补了很多欠缺，算得上李世民的贤内助。当她正位为中宫娘娘后，总是提倡节俭，中宫的服饰和御用够用就行。唐太宗非常看重她，曾和她讨论赏罚事宜。长孙后谢辞道：“‘牝鸡之晨，唯家之索（典故出处《尚书·牧誓》，意思是妇女干政，国家败亡）’。臣妾是个妇人，怎敢豫闻政事！”唐太宗再三要求，长孙氏最终还是一句话都不说。
八月二十四（己卯），突厥进寇高陵。两天后，泾州道行军总管尉迟敬德和突厥在泾阳决战，击溃了他们，还俘获了他们的俟斤阿史德乌没啜，杀死了一千多突厥兵。
八月二十八（癸未），颉利可汗进军到渭水便桥的北面，并派他的心腹执失思力入朝谒见，想趁机观察唐朝的虚实。执失思力极力宣称“颉利与突利二可汗带兵百万，马上就要到了。”唐太宗谴责他道：“我和你的可汗当面结盟和亲，还赠送了金银布帛，前后加起来，不可胜计。你的可汗自己违背了盟约，带兵深入，难道不感到愧对我朝！你虽是戎狄，但毕竟也有人心，怎能将我们的大恩大德全都忘了，还自夸什么强盛！我今天先把你杀了再说！”执失思力怕了，请求饶命。萧瑀和封德彝也请求礼送他回去。唐太宗说：“我今天要是谴返了他，胡虏会以为我怕他们，就会更加放肆前来侵凌。”于是将执失思力关在门下省。
唐太宗亲自出了玄武门，与高士廉和房玄龄等六人骑马径直来到渭水上，跟颉利可汗隔水对话，指责他违背了盟约。突厥人大吃一惊，纷纷下马围绕着下拜。不久各路唐军相继来到，旌甲漫山遍野。颉利可汗见到执失思力没有回来，而唐太宗又挺身轻出，军容十分强盛，感到有点害怕。唐太宗指挥诸军，让他们稍微退下，布成阵势，自己单独留下和颉利可汗对话。萧瑀觉得唐太宗过于轻敌，叩住他的马头再三劝谏。唐太宗说：“我的筹谋早已成熟，不是爱卿所能了解的。突厥人之所以胆敢倾国而来，直抵京郊，是因为我国发生内难，朕又刚刚即位，就以为我不能抗御他们。我如果向他们示弱，闭门拒守，胡虏必然会纵兵大掠，那时就很难控制了。所以朕轻骑独出，表示根本不把他们放在眼里。同时朕又炫耀军容，让将士做出必战的决心。我们这么做，完全出乎胡虏的意料之外，打乱了他们原来的算盘。胡虏既然深入我国境内，必然有所顾虑，所以我们要和他们开战，一定能够取胜；要和他们和谈，则一定能加强我们的筹码。制服突厥，在此一举。你们就等着看结果吧！”当天，颉利可汗果然派人来请求和好，唐太宗也下诏答应了。他当天就回宫。八月三十（乙酉），唐太宗又来到城西，杀了白马，和颉利可汗在便桥上结盟构和。突厥兵马随后就撤走了。
萧瑀请教唐太宗道：“突厥尚未请和时，将领们争着请求出战，而陛下不答应。臣等对陛下的做法也有疑虑。后来胡虏不战自退，陛下使用的到底是什么计策？”唐太宗答道：“我观察了，突厥的部众虽多，但军纪不整。他们君臣的目的就是索取贿赂而已，当他们前来请和时，只有可汗留在渭水西岸，其他达官贵人都过来拜谒于我。我如果将他们灌醉后绑了，然后趁机袭击他们的部众，那将犹如摧枯拉朽。我又命令长孙无忌和李靖在豳州埋伏大军等待他们。胡虏如果逃亡回去，伏兵在他们前头截击，我率领大军紧跟其后，击溃他们将易如反掌。之所以不战，是因为我刚刚即位，国家尚未安定，百姓也尚未富足，况且我们也必须用宁静加以安抚。一旦和胡虏开战，损失将会非常严重。胡虏结怨加深之后，必然因为害怕而加强军备，那么我们就什么便宜都没得到。所以我们卷甲息戈，用金银布帛引诱他们。他们既然得到了想要的东西，理当自己退走。这样他们就不免骄傲怠惰，不再防备。我们就可以逐渐增强兵力，寻找机会，到时一举歼灭他们。将欲取之，必先与之。就是这个意思。爱卿现在知道了吧？”萧瑀下拜了两次，叹道：“陛下的远见卓识，远非臣能所及。”
要想知道唐太宗后来的情况，请看下篇的文章。
