显庆三年即公元658年这年，爱州刺史褚遂良病逝。
雍州司士许祎和中书令来济关系良好，而侍御史张伦和李义府有怨，吏部尚书唐临因此上奏让许祎出任江南道巡察使，张伦出任剑南道巡察使。当时李义府虽在朝外任普州刺史，武皇后经常保护他，并觉得唐临带着私人恩怨选授官员。
显庆四年即公元659年春二月十八（乙丑），朝廷因此免了唐临的官职。
二月二十八（乙亥），唐高宗李治亲自策试应试举人，总共九百人，但只有郭待封和张九龄等五人名居上第。唐高宗下令让他们在弘文馆待诏，随时等候任用。
三月，朝廷任命左骁卫大将军郕国公契苾何力前往辽东攻城略地。三月初五（壬午），西突厥的兴昔亡可汗在双河和真珠叶护开战，阵斩真珠叶护。
夏四月初九（丙辰，《旧唐书》作三天后的己未），朝廷任命太子太傅、尚书左仆射、燕国公于志宁为太子太师、同中书门下三品。四月十八（乙丑），朝廷让黄门侍郎许圉师参知政事。
武皇后因为太尉赵公长孙无忌接受了丰厚的赏赐却不肯帮助自己，因此非常怨恨他。当商议废黜王皇后时，于志宁保持中立，没有发言，武皇后因此对他也有意见。许敬宗屡次用利害关系劝说长孙无忌，而长孙无忌总是当面批评他，许敬宗所以也怨恨他。武皇后立了之后，长孙无忌内心很不自安，武皇后也让许敬宗找机会陷害他。
刚好洛阳人李奉节告发太子洗马韦季方和监察御史李巢结党营私的事，唐高宗下敕令让许敬宗和大理卿辛茂将立案调查。许敬宗抓得很紧，马季方被迫自杀未遂。许敬宗因此诬告说，马季方想和长孙无忌构陷忠臣和近戚，然后让长孙无忌独揽大权，伺机谋反。现在事情泄露，因此他要自杀。唐高宗吃惊地说：“真有这事？舅父被小人离间，稍微有点猜疑是可能的，何至于造反！”许敬宗说：“臣自始至终一直认真调查，他的反状早己暴露。陛下如果还有怀疑，恐怕并非社稷之福。”唐高宗流着泪说：“这是朕的家门不幸，亲戚间屡有异志野心。往年高阳公主与房遗爱谋反，今天元舅又这样，让朕惭见天下之人。这事如果属实，该怎么办？”许敬宗说：“房遗爱不过一个乳臭未干的小儿，与一个女子谋反，能成什么气候！但长孙无忌和先帝一道夺取天下，全国人都佩服他的智慧；身为宰相三十年，天下人也都畏惧他的威严。如果一旦他发动政变，陛下将派谁去抵挡？今天幸赖宗庙的神灵，皇天的疾恶，因为一件小事的调查，而揭发了一大奸臣。这实在是天下庆幸。臣私下担心长孙无忌要知道了马季方自杀，会因为境况窘迫而加快他的阴谋，到时他卷起袖子一声高呼，同恶共济的人云集在他的麾下，那将成为宗庙的巨大忧患。臣见过当年宇文化及的父亲宇文述得到隋炀帝的宠幸，还和他结成姻亲，将朝政委托给他。宇文述去世后，宇文化及又负责禁兵，终于一天夜里在江都犯上作乱，先杀了不肯依附自己的人。臣的家室也遭此祸难。于是大臣苏威和裴矩之流，也都舞蹈臣服，唯宇文化及的马首是瞻，还怕来不及。到天亮时隋室就被推翻了。前面的教训为时不远，还希望陛下尽快下决心！”唐高宗命令许敬宗更加认真地进一步调查。
第二天，许敬宗再次上奏说：“昨夜马季方已承认和长孙无忌一同谋反。臣又问他说：‘长孙无忌是国家的至亲，累朝受到宠信，位居重任。他哪里来的这么大仇恨要造反？’马季方答道：‘韩瑗曾跟长孙无忌说：“柳奭和褚遂良曾劝明公立梁王为太子。如今梁王被废，主上也对明公有所怀疑，所以把高履行贬出朝外。”自此之后长孙无忌就担忧恐惧，渐渐开始为自己盘算。后来见到长孙祥又被贬到朝外，韩瑗也获罪，他便日夜和我们几个策划谋反。’臣验证了许多证词，全都和他说的符合。请陛下下诏依法收捕长孙无忌。”唐高宗又哭着说：“舅舅如果真的这样，朕也决不忍心杀他。如果杀了，天下人将把朕看作什么样的人！后世也将如何议论朕！”许敬宗说：“薄昭是汉文帝的舅舅。汉文帝从代国过来即位，薄昭也有功劳。他犯的罪也只是杀人而已，但汉文帝还是让百官穿上素服，哭着杀了他。至今天下人还将汉文帝当作一位明君。今天长孙无忌忘了两朝的大恩，阴谋倾覆社稷，他的罪行和薄昭不可同日而语。幸好他的奸险阴谋自己暴露，篡逆的党徒已经服法，陛下为何还一再犹疑，不能及早决定！古人说过：‘当断不断，反受其乱。’安危之机，间不容发。长孙无忌是今日的奸雄，王莽和司马懿那样的人物。陛下稍再耽搁，臣恐怕事变马上就会在身边发生，那时将后悔莫及！”唐高宗觉得有理，最终也没有直接盘问长孙无忌。
四月二十一（戊辰，《旧唐书》作戊戌，但四月没有戊戌），唐高宗下诏免去长孙无忌太尉的职位，削去他的封邑，贬他为挂名的扬州都督，送到黔州安置，按照准一品的待遇供给。长孙祥是长孙无忌堂兄的儿子，在此前由工部尚书被贬为荆州长史，所以许敬宗以此诬告长孙无忌。
许敬宗又上奏：“长孙无忌阴谋篡逆，是由褚遂良、柳奭、韩瑗煽动造成的。柳奭还暗中和宫掖人员勾结，阴谋暗下鸩毒。于志宁也投靠长孙无忌。”于是朝廷下诏追削褚遂良的官爵，将柳奭和韩瑗官场除名。并罢免了太子太师、同中书门下三品、燕国公于志宁的官职（《旧唐书》作丙戌，但四月没有丙戌）。朝廷派使者去征发沿途的官兵护送长孙无忌前往黔州。长孙无忌的儿子秘书监驸马都尉长孙冲等人也都被除名，并被流放到岭南。褚遂良的儿子褚彦甫和褚彦冲被流放到爱州，但在路上被杀了。益州长史高履行经过累次降职后被贬为洪州都督。
五月二十（丙申），兵部尚书任雅相和度支尚书卢承庆一同参知政事。卢承庆是卢思道的孙子。
凉州刺史赵持满力气很大，善于射箭，喜好任侠。他的姨母是韩瑗妻子，他的舅舅是驸马都尉长孙铨，长孙无忌的族弟。长孙铨受到长孙无忌的株连，也被流放巂州。许敬宗担心赵持满因此出事，便诬陷他和长孙无忌一同谋反，用驿马将他召到京师，关进监狱。经过严刑审讯拷打，赵持满一口咬定没有参与，还说：“身可杀，狱辞不可更改！”廷尉官吏拿他毫无办法，只好代他写了供辞结案，上奏朝廷。五月二十一（戊戌），赵持满被处斩，暴尸在城西，亲戚们都不敢去看视。友人王方翼叹道：“栾布哭彭越，是为义；文王葬枯骨，是因仁。下属不失义，主上不失仁，这不是很好吗！”于是收葬了赵持满。唐高宗得知后，也不怪罪他。王方翼是被废的前王皇后的隔代堂兄。长孙铨被流放到所在地，当地县令迎合武皇后党羽的旨意用棍杖打杀了他。
六月二十一（丁卯），朝廷下诏将《氏族志》改为《姓氏录》。
当初，唐太宗命令高士廉等人修撰《氏族志》。当时的舆论觉得该书对姓氏等级的升降和去取十分公允恰当。到这时，许敬宗等人因为该书没有叙述武氏的名望，便上奏请求修改。唐高宗于是命令礼部郎中礼志约等人分类进行升降，以皇后的家族为第一等，其馀则全部根据在唐朝出任的官品高低为标准，共分为九等。于是因军功官至五品的原来士卒，也都跻身进入士流。当时人们称这些人为“勋格”。
许敬宗议定封禅的礼仪，并于六月二十三（己巳）上奏说：“请以高祖和太宗一同配享昊天上帝，以太穆和文德二皇后一同配享皇地祇。”唐高宗准奏。
秋七月，朝廷命令御史前往高州追回长孙恩，到象州追回柳奭，到振州追回韩瑗，并用枷锁将他们押送回京师，还命令州县查抄他们的家产。长孙恩是长孙无忌的族弟。
七月十四（己丑），唐高宗因干旱避免在正殿上朝。七月十七（壬辰），他亲自审理囚犯。
七月二十七（壬寅），唐高宗命令李世勣、许敬宗、辛茂将与任雅相和卢承庆共同复查长孙无忌的案件。许敬宗又派中书舍人袁公瑜等人前往黔州，再次调查长孙无忌的谋反罪状，要他一到那里就逼长孙无忌自缢。朝廷还下诏将柳奭和韩瑗就地斩决。使者在象州处斩了柳奭。韩瑗已经死了，使者验明事实后回去了。
韩瑗是雍州三原人。他祖父韩绍曾任隋朝太仆少卿，父亲韩仲良在唐高祖武德初年曾任大理少卿，受诏和郎楚之等人负责制定律令。韩仲良曾跟唐高祖说：“周代的法律，条目多达三千。秦朝立法以来，条目约为五百。如果往远依据周代的制度，会更加繁杂紊乱。况且官吏如果至公无私，自然会奉公守法。如果他们真要徇私，哪里会顾得上刑名？臣请求崇尚宽简，满足人们对公允惟新的期望。”唐高祖觉得有理，于是采用了《开皇律》颁布实行，时论都觉得十分便利。贞观中年，韩仲良位至刑部尚书、秦州都督府长史、颍川县公。韩瑗少年时就有节操，十分博学，很有吏治的才干。贞观中年，他累迁升至兵部侍郎，并世袭了父亲颍川公的爵位。永徽三年（652），他官拜黄门侍郎。永徽四年，他和中书侍郎来济一道任同中书门下三品，监修国史。永徽五年，他加授银青光禄大夫，并于翌年升迁侍中，同年兼任太子宾客。当时唐高宗打算废黜王皇后，韩瑗哭着谏道：“皇后是陛下还是藩王时先帝所定，今天毫无过失，而陛下却要废黜。四海人士，谁会不因此吃惊惶恐？况且国家屡有废立，不是长久的办法。希望陛下为了社稷大计，不要认为臣愚蠢，而不采纳明察臣的建言。”唐高宗不听。次日，韩瑗又谏，悲痛哭泣不能自已。唐高宗非常愤怒，催促禁卫将他带出去。韩瑗的事前面都已细说，就不赘述了。韩瑗死在振州任上时五十四岁。
朝廷还籍没了长孙无忌和韩瑗等三家，他们的近亲也全被流放到岭南当奴婢。常州刺史长孙祥被指控和长孙无忌通信，被判处绞刑。长孙恩则被流放到檀州。
八月初七（壬子），朝廷将普州刺史李义府召回兼任吏部尚书、同中书门下三品。李义府成为权贵之后，自称家门本来出自赵郡，和赵郡的诸李大姓沾亲带故。于是无赖之徒仗恃他的权势，下拜跪伏认他为兄长或叔父的很多。给事中李崇德当初和他同谱，但当李义府被贬为普州刺史后，他又将自己从他的族谱里除去了。李义府得知后感到厌恶，当他恢复为相后，让人诬陷他，并构织罪名，将李崇德下狱，逼他自杀。
八月初十（乙卯），长孙氏和柳氏家族受到长孙无忌和柳奭案件株连而被贬降的有十三人。高履行被贬为永州刺史。于志宁被贬为荣州刺史，于氏家族被贬降的有九人。自那以后，朝廷政权全归中宫（即武后）。
九月，朝廷下诏在原石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、北拔汗那、悒怛、疏勒、硃驹半等国设置州县官府，共一百二十七个。
冬十月初二（丙午，《旧唐书》作初一乙巳），太子加元服，朝廷大赦天下；还给五品以上子孙为父祖后（即职位比祖父或父亲低的）的官员加勋官一级，让百姓欢宴三天。
当初，唐太宗疾恨崤山以东士人以门第自我矜持，在婚姻上多方勒索资财，便命令修撰《氏族志》，例行将他们下降一等。王妃和驸马也都从功臣家族里选取，而不考虑崤山以东的望族。而魏征、房玄龄、李世勣等家门都经常和皇家通婚，总是侍奉在帝王身边，所以旧望不减；有时一姓之中，又分成某房某眷，地位高下悬殊。李义府为他的儿子向这些望族求婚不成，因此怀恨在心，所以以先帝旨意的名义，劝唐高宗矫正这一弊端。十月十七（壬戌），朝廷下诏，规定北魏的陇西人李宝、太原人王琼、荥阳人郑温、范阳人卢子迁、卢浑、卢辅、清河人崔宗伯、崔元孙、前燕的博陵人崔懿、西晋的赵郡人李楷等人的子孙，不许只在这些家族间通婚；并规定天下人嫁女儿接受财礼的数目，也不能接受陪嫁的财物。然而望族仍然被时俗崇尚，终究不法禁止。他们有的偷偷用车马载着女儿送到夫家，有的女儿即使年老也不嫁人，终究不肯和非望族的异姓通婚。其中不少族谱衰落，被亲戚看不起的人家，往往反而自称是被禁婚的人家，以次更增加了他们的身价。
闰十月初四（戊寅），唐高宗离开京师，并命令太子李弘监国。太子思念父亲不已，唐高宗得知后，急忙召他来到行宫。闰十月初七（辛巳），唐高宗下诏对御驾经过并提供餐宿的地方免除今岁租赋的一半，还赐给当地八十岁以上老人氈衾和粟帛。闰十月二十四（戊戌），唐高宗的御驾抵达东都。
十一月初三（丙午），唐高宗任命许圉师为散骑常侍、检校（代理）侍中。
十一月十五（戊午），侍中兼左庶子辛茂将去世。
突厥的思结部落俟斤都曼率领疏勒、硃俱波、谒般陀三国反叛，打败邻国于阗。十一月二十（癸亥），朝廷任命左骁卫大将军邢国公苏定方为神丘道总管，刘伯英为昆夷道总管，并以苏定方为安抚大使，率军前往讨伐叛乱。
同时，朝廷任命卢承庆为同中书门下三品。
这期间，右领军中郎将薛仁贵等人和高丽大将温沙门在横山开战，并打败了他。
再说苏定方率军抵达业叶水，都曼据保马头川。苏定方挑选精锐步兵一万人和骑兵三千人飞驰前往袭击，一日一夜行军三百里，次日一早就来到马头川城下。都曼大吃一惊。匆忙在城外应战，结果战败，只好退保他的城池。日暮时分，其他各路唐军相继来到，包围了他。都曼怕了，只好出降。
要想知道唐高宗后来的情况，请看下篇文章。
