抗日战争胜利后，对日本战犯的审判成为最重要的事情之一，不过由于历史原因，许多侵略中国的日本战犯已经回到日本国内，而占领日本的又是美国军队，远东国际军事法庭其实也是由美国人在主导，因此，国民政府需要制裁的战争罪犯就有三个组成部分：第一是在中国境内投降被扣押的战犯；第二是经过沟通从日本引渡回中国受审的战犯；第三是由设在东京的远东国际军事法庭直接审判的战犯。
日本战犯按罪行的程度分为三级，在东京进行审判的为甲级战犯（发动侵略战争的决策人物，日本帝国主义的上层），在国内审判的为乙级战犯（有直接责任的战争罪行，多为高级军官）和丙级战犯（违反人道的罪行，多为具体执行者）。
1945年11月，国民政府成立了“战争罪犯处理委员会”，1946年2月15日，在南京成立了“战犯军事法庭”，日本战犯根据投降和关押地点，分别在10个城市设立的军事法庭进行审判：南京、上海、北平、汉口、广州、沈阳、徐州、济南、太原、台北。最终由国民政府审判和判决的日本战犯有2435名，其中110名被判处死刑，包括将官6名、佐官4名、尉官21名，士兵44名，其他人员35名；208名被判处徒刑，其中无期徒刑41名。
被判处死刑的重要将领有：
谷寿夫：中将、第6师团长，南京大屠杀元凶，在南京执行枪决。
矶谷廉介：中将、第10师团长，关东军参谋长，香港总督，在南京执行枪决。
酒井隆：中将、“中国驻屯军”参谋长，第23军司令，在南京执行枪决。
田中久一：中将、第23军司令，香港总督，在广州执行枪决。
安藤利吉：大将，第21军司令，台湾总督，在上海监狱自杀。
近藤新八：中将，第130师团长，在广州被执行枪决。
其他执行死刑的多为在南京大屠杀中的参与者和各地宪兵队的罪犯。
在日本本土，盟军先后逮捕了东条英机、梅津美治郎、小矶国昭等118名甲级战犯嫌疑人，远东军事法庭开始审理前，各国检察官分别持有本国列出的甲级战犯名单，其中美国的名单上有30人，澳大利亚有100人，英国11人，而中国政府提交的名单是32人，最后其中的16人被起诉，被判处和执行绞刑的7人都与侵华有关：
东条英机（关东军宪兵司令、参谋长、蒙疆兵团司令）、土肥原贤二（大特务，第14师团长）、松井石根（华中派遣军司令，南京大屠杀元凶之一）、板垣征四郎（第5师团长）、武藤章（华中派遣军参谋长，南京大屠杀元凶之一）、木村兵太郎（驻山东第32师团长）、广田弘毅（1936年首相）。被判处无期徒刑的有：梅津美治郎（关东军总司令）、畑俊六（派遣军总司令）、南次郎（关东军司令）等。
新中国成立后，又审理了由苏联移交和在山西抓获的战犯嫌疑人1000多名，其中的45人被判处8年到20年不等的有期徒刑，至此中国对日本战犯的审理才宣告结束。
