武汉新病毒的科研进展 2

武汉新病毒的扩散牵动着海外华人的心。连我们的文学城也被戏称传染了新型肺炎。

我们关心包括毒源、宿主、传染能力、传播速度、如何防御和治疗等等。

科学家也同样关心，这里回顾一下在这几天里有什么科研新进展。

一、

传染病的传播和草原或森林的火灾扩散相似，都有数学模型，可以用计算机进行模拟。数学模型有简单的，也有复杂的。所涉及的数学包括常微分方程、偏微分方程、网络动力学和分形（fractal）等。

厦门大学公共卫生学院陈田木等六人在“生物预印本网站”（biorxiv.org）发表了“模拟武汉新型冠状病毒传播的数学模型”的文章，DOI: 10.1101/2020.01.19.911669。

作者提出可以用 Reservoir-People 传播（传染）网络模型（RP模型）计算出基本繁殖数（R0），以评估新病毒的传播能力，见下图。

图中的第一行是病毒源，假定是蝙蝠，分为四个部分：易受感染的蝙蝠（SB），暴露的蝙蝠（EB），受感染的蝙蝠（IB）和已康复的蝙蝠（RB）。

第二行是中间宿主，也分为四个部分：易受感染的宿主（SH），暴露的宿主（EH），受感染的宿主（IH）和已康复的宿主（RH）。

第三行是传染地-海鲜市场。

第四行是人群，分为五个部分：易感人群（SP），暴露人群（EP），有症状感染者（IP），无症状感染者（AP）和康复者/死亡者（RP）。

文章给出了这14部分的微分方程。

可惜我没看到大家最关心的用此模型算出的数字。

二、

目前除复旦大学上传到美国国立卫生研究院网站上以外，到写稿时为止还有25个病毒基因序列已上传到德国的gisaid.org网站上，供专业人员下载研究。其中包括浙江疾控中心2例、中科院武汉病毒所5例、中国疾控中心病毒所3例、北京协和医学院5例、湖北疾控中心1例、广东疾控中心6例；此外还有泰国2例、日本1例。

香港城市大学董宁等人的“基因组和蛋白质结构建模分析描述2019-nCoV的起源和传染性”，DOI: 10.1101/2020.01.20.913368

文章的文摘部分说：新病毒是蝙蝠样病毒的新型，并且在基因上与人类SARS冠状病毒的距离相当远（genetically fairly distant）。对这种新病毒的刺突（S）蛋白的结构分析表明，其S蛋白仅与人细胞上的ACE2受体弱结合，而人SARS冠状病毒对ACE2受体表现出强烈的亲和力。这些发现表明，这种新病毒在人与人之间不易传播，并且理论上不应该引起严重的人类感染。

诶呀妈呀，不易传播？还是读者自己下载看看吧，如果你想接着看的话。在网上输入文章题目后面的DOI号码就可以免费下载全文。

三、

迈克尔·C·莱科（Michael C Letko）二人的“谱系B的β冠状病毒包括2019-nCoV的细胞进入和受体使用的功能评估”，DOI: 10.1101/2020.01.22.915660

文章说：β冠状病毒中分为四个谱系：谱系B（包括SARS-CoV）和新兴的2019-nCoV，具有大约200种已发布的病毒序列，而谱系C（包括MERS-CoV）具有500多个病毒序列。冠状病毒的结构研究表明，刺突RBD能够独立于其余刺突蛋白折叠，并包含与宿主受体结合的所有结构信息。

这篇也是根据已发表的RNA序列研究新病毒与人体ACE2受体结合的理论文章。说明此次事件与17年不同的是中国最短的时间里公开发布了大量的全基因序列，无声的与世界各国科学家合作攻关。

四、

中国科学院武汉病毒所石正丽等29人有关新型冠状病毒及其潜在的蝙蝠起源的文章，DOI: 10.1101/2020.01.22.914952。

本城博友已有介绍，这里就省略了。

五、

北大等五个单位的研究人员在《医学病毒学杂志》（Journal of Medical Virology）上在线发表了关于蛇可能是中间宿主的论文（10.1002/jmv.25682）。

各大媒体如CNN、CBS的都报道了该论文的观点，科技媒体如《科学美国人》等也有报道。

尽管文章的内容也引起了争议，但立题是对的：“谁吃了蝙蝠染上了病毒，后又与人有接触”。就像17年前SARS时：果子狸猎杀蝙蝠带了毒、然后被抓、带到市场又传染给人。只是不知道武汉的那个市场里是不是卖那两种蛇和其他几种动物，是否已取样。

该文对比了（见下图）舟山蝙蝠病毒、武汉新病毒、银环蛇、眼镜蛇、旱獭属、刺猬、穿山甲、中华菊头蝠、原鸡、智人的基因。得出了蛇最可能是中间宿主。虽然很受争议，但已被西方媒体广泛报道。下图取自该论文，版权：《医学病毒学》杂志。

该期刊是小开本，表格的排版很难阅读。

复旦大学卢洪洲等三人的文章“中国武汉市病因不明的肺炎暴发：神秘与奇迹”（/jmv.25678）中有句话：“上个月，大多数患者去了武汉的鱼类和野生动物市场。 这个鱼类和野生动物市场也出售活体动物，例如家禽，蝙蝠，土拨鼠和蛇”。只知道关岛人吃蝙蝠，难道国人也吃蝙蝠？

《自然》、《科学》等要经过同行评审的期刊还没有见到关于新病毒的研究文章。

六、

许多人关心新病毒的基因突变，可以到这个网站看看：https://nextstrain.org/ncov?m=num_date。这是使用来自GISAID（截止到写稿时）的数据绘制的的新型冠状病毒（nCoV）的基因组流行病学树。将鼠标移到一个端点上，就可以看到这个基因序列中哪里发生了突变。只可惜两个相邻的端点是不是有亲属关系？不知道。