首先声明，我本人不是这一行的，仅仅是业余爱好者，错误在所难免。虽然业余，但也不能像民科那样天马行空， 怎么也得尽量说一些有根有据的东西。
用人类DNA研究人类历史，最早是用mitochondrial DNA（线粒体DNA）分型这个工具的，因为线粒体DNA比较稳定比较短， 又好测又省钱， 在早期研究中比较常见。线粒体DNA是通过母系遗传，男性细胞中也有来自母亲的线粒体DNA， 但不能传到下一带，只有女性的线粒体DNA可以传给下一代。美国是最早研究美洲土著的线粒体DNA, 首先辨别出来4个分型，按字母表顺序就命名为A/B/C/D， 正好，这4个分型也是东北亚母系的主要分型，这也是证实美国土著是由西伯利亚东北部迁移到美洲的DNA研究的最早证据。
另外一个是技术是测男性Y-DNA类型，人类nuclearDNA(核DNA)是包含在23对染色体里的，其中第23对是决定性别的性染色体，女性是XX，男性是XY， 其中Y只来自父亲的遗传，所以Y-DNA只能在男性中可以测到，女性没有。除了法医，业余爱好者也对Y-DNA最感兴趣，只不过法医的对象是嫌疑犯，而业余爱好者的对象是历史上的人物或史前人群。
除了性别，人类其它表征，比如大家最关心的皮肤/毛发颜色等种族特征，基本上是由其它22对染色体（又叫常染色体，常染）决定的。 如果能把DNA全测，那当然是最准确的，但在早期是非常昂贵，第一个全序测定，据说是花了几百个亿美元。哺乳动物包括人类，有30亿个碱基对，可以辨别的基因近3万个，每个基因含有几十到几千个碱基对，其它没啥用的或一时不知道有啥用就称为Junk DNA。 早期因为测序贵，也只有西方国家，做一些值得做的工作，比如德国Max Planck Institute（中文简称马普所）Svante Paabo做的古尼安德特人测序。 现在随着技术进步，测序成本已经大幅降低。
做古DNA研究，按样本来源分有2个思路：用现代人DNA样本来倒推古人； 或直接拿古样本来测。 显然，后者是最准确的，但是，古DNA不是那么好测的， 因为DNA会被环境分解， 特别是在南方热湿环境中，另外，在酸性土壤中DNA也不容易保存下来。
在早期古DNA测序，外源DNA污染也是个大问题，因为古DNA可以采到的量很少，还包裹在一堆蛋白质/酶之类的东西之中，经过不同的经手人之手，所以早期测的古DNA结果， 后来才知道很多实际上是现代人的DNA。
所以现在古DNA研究的全基因分析有标准程序，需要超净室，样本表面需要清理干净， 尽量选择牙齿内部或人头骨里的一个叫petrous bone内的DNA，这2处DNA有可能保存得比较完整，用小钻机取样，取出的骨粉还需要用一个技术来富集DNA，像钓鱼一样把古DNA钓出来，然后再测序， 这个富集摄取技术最早是在2010年被哈佛的David Reich实验室应用在古DNA研究中， 就这样也不能保证测序成功，而且即使是能测出的，也还有个coverage, 即只能测出部分基因。 另外，结果还得经过外源DNA污染检查，如果污染率高于一定百分比，这个结果就得弃去。
中国目前做古DNA的组，首推中科院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹， 她是德国马普所Svante Paabo的学生，又在哈佛David Reich组做过博士后，2017年发表了中国第一个古DNA的全基因分析， 即4万年前的田园洞人。其它机构是2019年以后才开始与西方接轨， 其中有吉林大学崔银秋（与马普所和付巧妹合作）, 大概以后会有厦门大学的王传超（哈佛David Reich组的博士后）。 至于复旦，以前他们主要是用现代人DNA样本来倒推古人， 不出问题才怪呢，不知道复旦现在或以后会不会跟上，但至少到目前为止，还没在重量级学术杂志看到他们发表的关于中国古DNA的论文。
就拿吉林大学为例吧，以前他们也测了中国古代样本的Y-DNA，发在李红杰博士论文上，比如新疆小河的古DNA，Y-DNA是一水的R1a。中亚的R1a，是与Andronovo 文化（来自哈萨克草原的proto-印度-伊朗人，或雅利安人）东进有关。 可是， 吉大今年发的文章（https://www.nature.com/articles/d41586-021-02948-y），小河的Y-DNA又变成R1b了，而根据基因分析，与西伯利亚冰河时期的老土著ANE（Ancient North Eurasian）最接近, 而与proto-印度-伊朗人没啥关系。
总之，这行目前还在高速发展之中，10年前做的东西，可能现在就过时了，甚至是错误的，5年前做的工作，可能当时是影响巨大，但现在看可能也有瑕疵，甚至是重大缺陷。
ps.
付巧妹的工作，她的学生Melinda Yang有篇科普文章作了总结，里面能点击的都是文献出处。现在论文在正文里一般不提Y-DNA，但在supplementary material里面会说的，但付巧妹似乎对Y-DNA不感兴趣，在她的去年7月Science杂志上发的中国南北方的古DNA论文里， 连补充材料里都找不到Y-DNA数据。
https://urnow.richmond.edu/features/article/-/19013/-ancient-dna-is-revealing-the-genetic-landscape-of-people-who-first-settled-in-east-asia.html?utm_source=www&utm_medium=referral&utm_campaign=features-story
吉林大学最近除了在Nature上发的新疆古DNA文章，还发了Ancient genomes from northern China suggest links between subsistence changes and human migration, 这篇不错，值得细看。
https://www.nature.com/articles/s41467-020-16557-2
王传超和他的哈佛老板一起在今年发了一篇关于东亚古DNA文章，其中蒙古和西伯利亚的数据比较多，那里考古历来发达，其样本和数据西方比较容易得到。
