黄克诚主张不审讯黄吴李邱
1980年春节，原新四军3师的刘震（军事科学院副院长）、洪学智（总后勤部部长）、吴信泉（军委炮兵副司令员）去给老师长黄克诚拜年。鉴于始终没有发现黄吴李邱涉嫌“两谋”的罪证，黄克诚说：我负责审查与林彪有牵连的干部，黄吴李邱的问题虽然严重，但是没有牵涉什么阴谋，还是要按人民内部矛盾来办，可以降职降级处理，给予安置。问题轻、身体好的个别人，还要给工作。这么处理有很大阻力，但我们的党要讲公道，要向历史负责，一定要实事求是。黄克诚对工作人员说：“路线斗争就是路线斗争，它不同于罪行。没有必要大抓、重判，面越小越好……我们党的几十年，就是靠尊重事实，坚持真理才得以生存的。现在拨乱反正，正本清源更是要实事求是，万万不可感情用事！”
胡耀邦主持平反了大批的冤假错案，据说他也想为“九一三”事件平反，邓小平警告他不要插手军队。李作鹏听说胡耀邦主张“一风吹”，有人批判他右倾，他忍气吞声，不久就去世了。“两案”公审后不久，胡耀邦等人提出把黄吴李邱放出来，并关心具体的安置工作，要独门独院，要有可靠的安全保障等。中央召集承担此事的陕西、山东、山西等省市负责人到北京开会，布置安置黄吴李邱事宜，后来又派人到实地检查。邱会作保外就医被安置在西安，赵发生（中央粮食部副部长）来看望时告诉他：“有一次会后，耀邦同志把我和张永励（商业部副部长）留下说，你们有机会见到姓邱的，告诉他‘过去的事情就过去了，要向前看。我认为我们的党不应把圈子搞得很小，要把圈子搞这么大（两臂张开），多团结一些人总是好的。这个意思你可告诉他本人。’耀邦同志还说，‘有些人别人打他反革命，吃了苦，他委屈得很，可他上了台，打别人反革命又下手很重，搞冤冤相报。其实（我）很想发他们几个的财（即给黄吴李邱落实政策，在干部群众中赢得更好影响）。’今天，就把话当面向你转达了。”
黄克诚等人认为黄吴李邱是路线问题，且1971年9月即被收审，（文化大革命）六七年不存在，主张不审，集中力量审判“四人帮”。江青案预审组不同意，表示要审都审，要不审都不审。邓小平拍板都审，为区别王张江姚，黄吴李邱审后保外就医。李宜俊（特别检察厅助理检察员，总政检察院刑事检察处副处长）说：“两案”会议不知开了多少次，一次一次研究，不判的交党内处理。今天定这个准备判，明天反对，上边点头最后定下来。包括后面的免予起诉，都是上边定的，我们只是办手续。
按照司法程序，“两案”由公安部预审，检察院起诉，法院审判。1980年5月26日，公安部预审员开进秦城监狱，开始侦查预审，并在此基础上着手起草《起诉意见书》。7月，总政保卫部为黄吴李邱补办了逮捕手续。邱会作完全没有想到，他说：“可见上边斗争是激烈的，实事求是解决党内问题、路线问题是很艰难的。在文革这样一个特殊的、复杂的环境下发生的事，和毛主席指示、中央部署相关，为了顾全大局，我当成错误来认，结果法庭当罪来办。实事求是到底在哪里！？我坚信党而不是某些人，而某些人却能左右党，这就是悲哀。关押快十年了，才办逮捕手续，真是古今中外的大奇闻。毛主席、周总理只把我送进北京卫戍区，隔离反省。他们不在了，我又被关进了监狱，现在又进一步要公审了。这说明邓小平这些人不愿意实事求是地解决我们的问题。”
邓小平拍板公开审判“两案”
8月，中央正式决定将“两案”作为一案起诉。开庭日期一推再推。9月4日，中央书记处开会制定新的审判方案，5日上午又讨论一次。9月8日15点，人民大会堂福建厅召开中央政治局常委会，华国锋、邓小平、李先念、胡耀邦、赵紫阳出席。彭真汇报说：关于“两案”问题，现在主要情况弄清了，一边是黄吴李邱加江腾蛟，一边是“四人帮”加陈伯达，陈伯达同林彪、江青的罪行都分不开。送常委的起诉书，提出只判10个人。”彭真主张先审，“中央领导同志对外讲过多次要审。为什么总不审？人家无非认为是罪行不够，或内部意见不一致。何时审，请中央决定。我赞成尽快审判。”彭真认为这两个集团没法分开，一案好处理。主张一案起诉，分庭审理，一案判决。“黄吴李邱江由军人组成的第二审判庭审。这几个人一定要审，判刑可以轻一点，他们同江青不一样，历史上还做过一点好事，打过仗。”黄吴李邱和江腾蛟的情况又有所不同，彭真强调上次中央书记处会议后，一直比较犹豫，但在前不久研究了这一稿起诉书时突然下了决心。邓小平在会上说：审判方式，特别法庭好。一案起诉，“两案”审理，一案判决。一审就是终审，不准上诉。中央政治局常委会同意邓小平的意见，决定成立特别法庭，并要列出参加审判的人员名单。最后邓小平拍板：“起诉书可以用了。要扩大范围，征求党外人士的意见。”“还是一案起诉好，成立特别法庭，一审终审。”“黄永胜等人有功，判刑可以轻一些，不能减罪。”
9月22日，公安部预审结束。根据《刑事诉讼法》第93条第2款，公安部将起诉意见书以及案卷材料，一并移交最高人民检察院。400多人参加“两案”预审，其中地方200多人，军队方面150多人。最高人民检察院自始至终派人参加，提前介入整个侦查预审阶段，因为是一起建国以来所罕见的特大案件，为了慎重，为了对历史和人民负责。但是，它违反1979年《刑事诉讼法》第3条。张思之认为：公检法“联合办案”不符合司法程序，这是中国司法弊端之一，就是公检法像“一个工厂，三个车间”，只有“联合作战”，没有相互制约。
9月26日，中共中央发出《关于审判林彪、江青反革命集团的通知》。“两案”共有16名主犯，林彪、康生、谢富治、叶群、林立果、周宇驰已死，不再追究刑事责任。9月27日，黄火青在五届人大常委会建议，组成特别检察厅和特别法庭。9月29日，五届人大第16次会议同意，任命黄火青为特别检察厅厅长、江华为特别法庭庭长，决定公开审判“两案”，由各省、自治区、直辖市、各党派、各人民团体、国家机关、人民解放军派代表参加旁听。
1980年11月5日，特别检察厅以林彪、江青反革命集团推翻无产阶级专政的政权案，对被告人江青、张春桥、姚文元、王洪文、陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、江腾蛟，向特别法庭提起公诉。11月8日15点，江华主持特别法庭第二次会议，提议会议讨论三项议程：一、决定受理特别检察厅的起诉书；二、决定向被告人送达起诉书副本的时间；三、通过特别法庭开庭程序。江华讲了三点意见，全体审判人员要鼓足勇气，准备进行一场既严肃又尖锐的法制斗争。要严格依法办事，对该案一审起诉，分庭审理，一案判决；特别法庭的判决是终审判决；不设陪审员，不要回避等，只审判10名主犯的罪行，不审他们工作中的错误。……要尽最大的努力审好，力争创造历史上的一个好的案例，避免出现大的差错。
