根据陈云批示，判刑人数缩小到最低
中央“两案”领导小组受中央委托，先后召开四次全国“两案”审理工作座谈会。但仍有许多人想不通，强烈要求对查清楚有问题的人起诉判刑。胡耀邦认为：不能按特别法庭处理10名主犯的样子处理其他人，判刑不是解决问题的唯一办法。他找彭真、彭冲、黄火青等人研究，说“……过了头，容易带来长久后遗症。这个观点值得我们严重注意。这个问题说起来容易，化为具体实践，万分困难。根据几十年的经验，我认为成功的例子，简直微乎其微。”
1981年11月6 日至22 日，第五次全国“两案”审理工作座谈会在北京召开，讨论平衡拟判刑人员的名单。11 月17 日陈云听取王鹤寿汇报，11月19日陈云在谈话中说：“1966年开始的文化大革命是一场内乱。但这是一场政治斗争。这是在特定的历史条件下的政治斗争。这场政治斗争被若干个阴谋野心家所利用了。在这场斗争中，有许多干部、党员、非党人士受到了伤害。但文化大革命从全局来说，终究是一场政治斗争。因此，除了对于若干阴谋野心家必须另行处理以外，对于其他有牵连的人，必须以政治斗争的办法来处理。对于这场政治斗争，不能从局部角度、暂时的观点来处理，必须从全局观点、以党的最高利益、长远利益为出发点来处理。这种处理办法，既必须看到这场斗争的特定历史条件，更必须看到处理这场政治斗争应该使我们党今后若干代的所有共产党人，在党内斗争中取得教训，从而对于党内斗争采取正确的办法。这是处理这场政治斗争的前提。”
11 月21 日，胡耀邦在第五次全国“两案”审理工作座谈会上传达陈云批示，并指出：“……对于为数众多的其他牵连的人，必须以政治斗争的办法来处理。我们不能从局部角度、暂时观点来认识和处理他们，而要以党的最高利益和全局的长远利益来考虑和认识他们。重要的是实事求是。要从历史特定条件出发，做出具体的全面的分析。”
1982 年1 月31 日，中共中央批转这次座谈会纪要，并通知：“陈云同志的批示，对‘两案’审理工作的指导方针作了更为完整的概括，是中央处理 ‘两案’问题的总的指导思想。”中央“两案”领导小组要求“把判刑人数缩小到最低限度”，“从宽从缓处理”。
1982年春，总政治部签发一份自认为是“特赦令”一般的文件。
王秉璋等26人被免予起诉
此时，军事检察院已从总政保卫部接收了胡萍、顾同舟、王维国，正在交接陈励耘。总政“两案”领导小组指示：“对于犯有一般罪行甚至比较严重罪行的，只要认罪态度较好，在历史上为党为人民做过一定贡献的与林彪、江青反革命集团有关人员，应据情从宽处理，有的免于起诉……”总政“两案”领导小组重新研究，经中共中央批准，军事检察院决定起诉林彪案中的王维国、胡萍、顾同舟（广州军区空军参谋长）和“四人帮”案中李彬山（上海警备区第二副政委）。
顾同舟、胡萍承认犯罪事实，王维国承认部分犯罪事实，但他们均不承认有反革命目的和动机，不承认是故意犯罪。王维国拒不认罪，对起诉书指控他的每条犯罪事实和认定他的罪名、适用的法律，都提出了异议。并利用辩护的机会，提出了十几个问题，进行了长达5个多小时的辩解。对于让他带枪上火车杀害毛泽东的指控，王维国辩解：第一，我没有接到这种指令，有人下命令没有？第二，如果真接到这种指令，我参加革命这么多年，不可能干。第三，如果我接到这种指令，带枪上去了，后果不外两种，当时执行当时我就活不了；如果我带枪上去没执行，回去也活不了。王维国的分析有理有据，但他的“硬抗”让他比胡萍、顾同舟多了三年刑期，不过他还是“抗”掉了“杀毛”的大罪。
保卫部门宣布侦查终结时，胡萍在事实面前拒不认罪，并陈述了14条意见，主要是借助文化大革命这个特定的历史条件，把犯罪原因推向客观，极力否认主观上的反革命动机和目的。再就是强调搞专机工作的特殊性。这时胡萍女儿正准备高考，阚国富（军事检察院检察员）对图们说：“孩子是无辜的，不要株连。”同时对胡萍说：“你态度好，军事检察院可以为你女儿高考出证明。”胡萍不得不声明所写的14条作废，重新写了《被告人陈述意见》，“同意总政保卫部《预审终结》栏内所列各项”。他的女儿也如愿考上大学。
经上边批准，军事检察院决定对13位军以上干部免予起诉：王秉璋（[82]军检免字第1号）、周赤萍（福州军区政委、福建省委第二书记）、周建平（[82]军检免字第5号）、程世清（[82]军检免字第7号，福州军区副政委兼江西省军区第一政委、江西省革委会主任、省委第一书记）、张秀川（军政大学政委）、查全伦（福州空军副政委）、王希克（总后勤部副部长兼供应部长）、戴金川（总后勤部副政委）、陈励耘（[82]军检免字第10号）、刘丰、冼恒汉（兰州军区政委、甘肃省革委会主任）、张宜爱（上海警备区副司令员）、丁盛（[82]军检免字第13号，南京军区司令员）。并将一批准备免予起诉的王璞（广州军区空军司令员）、解耀宗（空12军军长）等改为不予起诉。最高人民检察院也有13人免予起诉，刘锦平（中国民航政委）、米家农（高检刑案字[1982]第5号，中国民航广州管理局政委）等。
1979年《刑事诉讼法》第101条赋予人民检察院“免予起诉”的权力。但免诉不是免罪，由此带来更大的问题。如果被告人无罪应该释放，有罪则应由法庭判决，而免诉未经审判却被检察院认定“有罪”，剥夺了被告人的知情权、质证权、辩护权等合法权力，是典型的“疑罪从有”的条款，很快受到法律界的强烈质疑。
崔敏（中国人民公安大学教授）指出：1、免诉造成了审判权的分割，它同审判权由法院统一行使的法制原则相违背；2、免诉是作为控方的人民检察院单方面的决定，它完全漠视和彻底剥夺了被告人的辩护权及在被定罪以后应当享有的上诉权；3、免诉使检察机关集侦查、起诉、审判三权于一身，违反了刑事诉讼中的制约原则；……1996年3月17日，八届人大四次会议通过《关于修改〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的决定》，撤销“免予起诉”这个不合理条款，收回检察院的“定罪权”。并增加第12条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”但是，已经判了的“免予起诉”却不予撤销。军事检察院13名被免予起诉的军职干部仍按师职退出现役，开除党籍（唯一王秉璋保留党籍），于是又引发新的“历史遗留问题”。
