毛泽东对下发萧华讲话不表态
8月24日、27日，总政治部两次召集驻京各大单位文化大革命汇报会。萧华在会上提出部队中不组织红卫兵，师以下部队统统搞正面教育。之后叶剑英在人民大会堂新疆厅主持军委常委会议，讨论军队如何开展文化大革命的问题。叶剑英说：“萧华同志最近在驻京各大单位政治部主任会议上讲话，对当前军内运动的形势做了估价与分析，对今后怎么办也提出了一些意见。讲话记录稿已经印发给大家。萧华同志建议军委常委议一下，如果得到同意，就以军委名义印发下去。不知大家看后有什么意见？请讲。”会场出现短暂沉默，与会者纷纷从皮包里拿出打印稿，各自翻看。贺龙首先说，他看了两遍，认为萧华讲的一些问题很重要，也讲得很好，同意转发。聂帅、徐帅也同意。叶剑英最后说：“大家都同意萧华同志的讲话，建议以军委名义转发全军。这件事，还需要向林副主席请示。如果他也同意，就早些把文件发下去。”散会后，萧华对代替叶群与会的张云生（林彪秘书）说：“你回去后，把大家讨论情况向林副主席和叶群同志报告。我的那份讲话稿，已送林办两份。你们看后，给林副主席详细讲讲。我的意思是，争取早一点发下去为好，因为各单位都在催促，军委应当有个态度。”叶群听后说：“萧华那个讲话稿，用不着你给首长讲，我去说说就行了。他们开会都表示同意，有人又评价那么高，首长还能再说什么？首长也不能独自做主，这样的事情应当报告主席。”随后叶群拿着萧华讲话稿去见林彪。很快叶群回来，林彪用红油笔在文件左上角批“送主席阅，林彪”。过了两天，萧华来电话问，叶群叫张云生给毛泽东机要秘书徐业夫打电话。徐业夫很快把萧华讲话稿退回林办，文件上多了“已送”两个字，毛泽东却没有划圈。叶群说：“如果萧华再问，就说等主席批示。”以后萧华没有再问。
9月1日上午，中央军委召开第56次常委会，决定军队除总部机关、各军区宣传文化部门继续搞文化大革命外，总参三部、军队工厂、师以下部队和边海防部队，都暂停文化大革命运动。 叶剑英说：“现在的形势，如脱了缰的野马。”“各地学生搞省委，要打第一书记的，都是北京去的学生串连的。”徐向前、聂荣臻、萧华、杨成武等人也在会上表示了对文化大革命的不满。
9月3日，经叶剑英批准，总政治部发出“不准军队院校师生来北京串连”的三条指示。此外，刘志坚主持全军文革陆续起草了一些文件、电报，如“关于部队文工团文化大革命的几条规定”，“军队院校文化大革命的补充指示”等，对军队文化大革命有若干规定和必要限制。因此，在文化大革命初期，军队基本上保持了稳定。
“紧急指示”后北京军事机关纷纷告急
1966年9月下旬，全军文革提出，军队院校师生想见毛主席，希望批准他们到北京参加国庆节，这是对毛主席革命路线的态度问题。中央军委讨论时，大多数人激烈反对，主持会议的叶剑英承担了很大的压力。9月底，他撑不下去了，与其“硬”顶下去，还不如放宽对军校的约束，把领导文化大革命的主动权握在自己手中。迫于毛泽东的态度和全国的实际情况，林彪也不得不点头同意全军文革对军队院校的文化大革命拿出具体意见。
国庆节当天，天安门广场举行庆祝建国17周年庆祝大会，也是毛泽东第三次接见红卫兵。上海二医大“红色造反纵队”负责人向毛泽东、林彪反映，军队院校镇压群众，与地方的做法不同，搞了许多条条框框，限制太多。林彪紧急约见叶剑英、杨成武、刘志坚等人，商议关于军队院校文化大革命的紧急指示。
10月4日上午，中央军委召开第58次常委会，讨论“紧急指示”稿，送林彪最后审定。10月5日，中共中央批准，转发全党。林彪在中央军委会议上解释：你们批评我们（军委）在这个问题上“失策”也可以，“让步”也可以。按我的想法，就准备这个院校不要了，乱了就乱了，牺牲小的换取大的。丢了院校，换取一个野战部队不受冲击就行。我们只要有了野战部队的稳定，就什么都不怕！10月7日，林彪在接见萧华、刘志坚、胡痴时，强调“师以下部队，要保持高度的戒备。”10月9日下午，毛泽东在人民大会堂主持中央工作会议，林彪在讲话中说：主席说，这次运动暂定搞到明年1月，还有4个月。为什么发动文化大革命？第一是为了反修防修，第二是为了战备。现在战备的任务很重，时间很紧。可能1968年前后发生战争。主席还说，三线不建起来，觉也睡不着。文化大革命就是最好的战备动员，这一点日本人、美国人都看出来了。打仗就得靠青年，把他们用毛泽东思想武装起来，什么都不怕。
但是，“紧急指示”被中央文革塞进“取消军队院校党委领导”的条文，改变了中央军委关于军队文化大革命的方针，迫使军队文革一百八十度的大转弯。邱会作认为这个紧急指示是军队文化大革命的一个重大错误，但这不是林彪搞的，是全军文革搞的，是刘志坚、李曼村、谢镗忠等人把军委往邪路上引的结果。虽然萧华、杨成武、叶帅、聂帅，甚至林彪都没有挡住极“左”的东西，但与“往邪路上引”在思想深处是不一样的。“紧急指示”允许军队院校像地方院校一样搞“四大”，成了军队大乱的突破口。
大约一个月内，111所军校领导班子，一个不剩全都垮台了。毛泽东高兴地说：“全军院校幺幺幺，的确有妖。”这无疑助长了军校造反派的气势和揪人风头。各地军校纷纷成立战斗队，踢开党委，涌进北京，冲到主管军校的上级机关，最高峰时北京聚集了十几万军校学生，军队机关大乱从此开始。原来按中央军委总方针进行文化大革命的各总部、各军兵种党委领导，都成了资产阶级反动路线的执行者，普遍被揪斗，军队工作全面陷入被动。邱会作认为，军队大乱的主要责任在江青，直接责任是全军文革的刘志坚、萧华、徐向前。江青和全军文革相勾结，把军队搞乱了，最后刘志坚、萧华自己也没有保住，反而先行下台了。
毛泽东明确表态保东躲西藏的吴法宪
军队院校造反派拿着“紧急指示”的“尚方宝剑”，大批涌入北京，冲击总参谋部、总政治部、总后勤部、空军、海军、工程兵、铁道兵、炮兵、装甲兵、通信兵、北京军区等。他们占领机关办公大楼，贴大字报、炮轰、火烧、北京的军事机关几乎都被搞得乱七八糟。
1966年10月下旬，哈尔滨军事工程学院的学生冲击国防部，要揪斗哈军工的工作组组长路阳（国防科委副主任）。到11月，滞留在北京的军队院校师生已逾10万人。其中少数人带头冲击中南海、国防部。
11月8日凌晨3点，林彪办公室值班秘书张云生被电话吵醒。刘志坚电话报告张家口外语学院等院校的600多名学生在中央文革小组支持下冲进国防部，吵吵嚷嚷要揪斗副总长李天佑，指责他前不久到张家口检查工作时执行了资产阶级反动路线。学生们殴打警卫战士，往一位副团长身上抹浆糊，贴大字报，甚至抬着长木板压在“人墙”上，从警卫战士头上跳进去，然后砸碎窗玻璃，从窗户爬进办公楼。警卫部队下令两个警卫抬一个学生，把他们“请”出去，但还是有一部分学生赖在国防部大院里闲逛。半个小时后，萧华也来电话报告，主张对冲进国防部的学生严肃处理。林彪得知有些惊讶，“啊？冲进国防部了？我没什么，就让他们处理吧。”叶群急了：“他们要抓人，你也默认吗？你不明确表态，别人就会认为你是他们的后台，别的事不表态可以， 这个事不表态可不行！”林彪对张云生说：“你告诉刘志坚，他早晨报的情况我知道了，要对学生做好思想政治工作，动员他们退出国防部大楼，但不要抓人。”
西安空军通信学校、空军技术学院、空军机务学院的造反派冲进空军大院，要揪出吴法宪、余立金、成钧。他们在吴法宪家门口的马路上，贴出“打倒吴法宪”的大标语，一个字足有几平方米。吴法宪不得不向杨成武求援。杨成武此时为避开造反派揪斗，躲在总参管理局第五招待所，他让吴法宪去西山找叶剑英。叶剑英让吴法宪住到他家里，周恩来也表示同意。可是，空军机关乱成这样，身为司令员的吴法宪放心不下。他在叶剑英家住了三天，刚回到空军大院，就被通知到营建大队礼堂参加批斗会。造反派准备了痰盂充当高帽，还准备了涂脸的墨汁，剃“阴阳头”的剃刀。很多人劝吴法宪不能去，万一局势失控，很可能回不来。叶剑英要吴法宪立即离开空军大院，以免被造反派揪住不放，并让军委办公厅在京西宾馆给吴法宪开一间房。于是，吴法宪带着一个秘书、一个警卫员开始“逃亡”，时而在空军指挥所，时而在西郊机场，时而在北京军区空军司令部，“流浪”持续了两个月，搞得他精疲力竭。造反派找不到吴法宪，晚上越墙闯到他家中，往往一夜要来几趟，每次都要把各个房间搜查一遍。吴法宪最小的女儿才6岁，被吓得哇哇大哭。有时一觉醒来，她就会吓得大喊：“妈妈，他们又来找爸爸了。”
林彪指派关锋四次到空军大院，徐向前也通知王新亭（副总参谋长）保吴法宪，效果都不大。空政文工团团员刘素媛、邵锦辉在与毛泽东跳舞时问：“对吴法宪究竟应该采取什么态度？”毛泽东说：“吴法宪可以炮轰、火烧，但是不要打倒。”林彪立即让叶群转告江青：“毛主席指示要保吴法宪。空军的飞机不能出问题，机关也不能乱，必须让他们有一个安定的工作环境。”江青表示：“吴法宪可以保，但是要写一个比较好的检讨。”叶群对吴法宪说：“检讨写了，就可以过关了。”
吴法宪很快写了一个检讨给江青，江青说“可以了，就这样吧”。吴法宪连续三次在空军大院检讨加批斗，实在支持不住，造反派才允许他坐在地上。因为有毛泽东保，吴法宪免遭牢狱之灾。当然，福祸还真说不准，如果吴法宪在文化大革命初期像杨成武一样深陷囹圄，他怎么可能成为“九一三”事件的重点人物呢？
