1646年，清兵南下到达川北，张献忠率部从成都出发对抗清军，行前将自己的妻妾幼子杀掉，以免万一失败亲属被清军俘虏。1647年1月2日，张献忠在凤凰山多宝寺前太阳河畔侦查时被清军肃亲王豪格的前锋刘进忠（大西军叛将）部射杀。之后，大西军急速南撤，当时大西军后面是穷追而来的清军，前面又有南明军队凭借长江扼守，大西军几乎到了山穷水尽的绝境。然而，在孙可望，李定国，刘文秀，艾能奇的领导下，大西军余部一举击破据守重庆的南明总兵曾英部，曾英落水淹死，部众溃逃。大西军渡过长江天险，打开了南进的通途，为实现由黔如滇的战略转移奠定了基础。
张献忠死后，领导大西军的重任落在了他的义子孙可望的肩上。孙可望立即改变张献忠滥杀无辜的政策。1647年正月初一日，大西军余部集中于四川綦江，收集溃散，重整队伍，之后，孙可望等人率领经过整顿的队伍进入遵义，一路秋毫无犯。清肃亲王豪格派遣队伍追踪，大西军继续南撤，进入贵州，占领省会贵阳。清军前锋在占领遵义和川东部分地区后，因粮草接济不上，被迫回师，大西军由是摆脱了清军的追击，得以整顿内部和休养士卒。
大西军南下后出现的气象一新，与孙可望等人整肃内部有密切关系。张献忠死后，他的妻子和亲信宰相汪兆龄仍然高居诸将之上，照旧章行事，继续推行张献忠在世时的滥杀政策。孙可望等人意识到政策上的改弦易辙已经成为大西军生死存亡的关键，必须采取果断行动清除改革的障碍。于是，孙可望，李定国，刘文秀，艾能奇一致决定把“皇后”和宰相汪兆龄处死，四人之前被张献忠收为养子后均改姓张，从此各自恢复原姓。这样，形成了四将军领导的体制。四人中，孙可望原来的地位和 威信比较高，年纪稍大，又读书识字，自然成了大西军的主要领导人。
大西军进入贵州后，得到了沙定洲叛乱占据云南的消息，立即决策挥师南下，直取云南。
孙可望等人率部入滇时，为减少进军阻力，事先派出间谍前往云南，散布假情报说行将入滇的大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，来云南为沐氏复仇。这一策略收到明显效果，云贵人民深信不疑，一路传播，大西军所到之处，守军都开门投降，长驱直入，全无梗阻。大西军在曲靖歼灭沙定洲的守军五百名，之后又在蛇花口击败沙定洲援军一千名。沙定洲看到自己兵力不敌，又误认为大西军确系焦氏家族所召援兵，于是主动放弃昆明，逃回故里佴革龙。由是，大西军顺利进入昆明。
大西军进入昆明后，推举孙可望为帅，孙可望以盟主身份部署兵力平定云南各处叛（依附沙定洲的势力），顽（指效忠于明黔国公沐天波和杨畏知的势力）集团。李定国率领一支精兵攻陷沙定国重点防御的临安府，沙定国逃回老寨佴革龙。刘文秀统兵由昆明北上，收取武定州，和曲，禄劝等地，之后向西推进，占领鹤庆，丽江，剑川，平定了滇西北地区。孙可望本人亲自领兵经禄丰进攻杨畏知，沐天波据守的楚雄，大理等滇西地区。杨畏知军被击溃，杨畏知被活捉。孙可望劝降杨畏知，经过谈判，双方达成妥协：一，不用大西年号；二，不妄杀人；三，不焚庐舍，淫妇女。孙可望接受了杨畏知的意见，暂以干支纪年，为后来联明抗清铺平了道路。九月，刘文秀领兵进抵永昌府，以“共扶明后，恢复江山”为条件同沐天波谈判。沐天波亲身遭遇沙定洲叛乱，弄得家破人亡，自己兵力又很有限，决定借大西军复仇，双方很快达成合作协议。由于沐氏家族自明初以来世镇云南，佩征南将军印，在军卫，土司中享有崇高威信，孙可望等入滇后收缴了明朝颁发的文武各官印信，只有沐天波所佩世代相传的“征南将军印”仍予保留，让他行文招抚各土司。于是，迤西一带不战而下，各土司次第来归。到1647年十月，云南全省只剩下阿米州，蒙自地区仍在沙定洲控制之下，北面的东川府土司禄万亿，禄万兆心存观望，不肯按额纳饷。
1648年五月，孙可望派北将军艾能奇率兵征剿东川。艾军进至距东川府三十里处遭到禄氏伏击，艾能奇中毒箭身死。孙可望下令厚葬艾能奇，另派精兵取道壁谷坝，击败禄氏士兵，平定了东川及其附近州县土司，巩固了对昆明东北方面的统治。
1648年七八月间，李定国，刘文秀领兵南征阿迷，蒙自，以彻底铲除沙定洲的残余势力。李定国，刘文秀迅速击败沙定洲军，攻克阿迷，蒙自，将沙定洲团团围困在其老寨佴革龙。佴革龙地势险要，但缺乏水源，沙军每每乘夜间下山取水，李定国在水源处设兵把守伏击，沙定洲军饥渴难耐，被迫投降。李定国，刘文秀把沙定洲，万氏和少数为首者解往昆明，招抚附近地方，凡附逆者不追究，各安农事。于是，出降者络绎不绝。李定国抚慰赏劳之，出令不许掳掠，违者立斩。自是迤东半壁安堵。十月，沙定洲，万氏等在昆明被处死，标志着混战局面暂告结束。在孙可望的部署下，经过一年多时间的东征西讨，平定了云南全省，当地百姓自明末兵燹以来暌违已久地过上了安宁生活，清初人士记载“孙可望等倡议之名至今人犹称道焉。”（待续）
