富兰克林对当时的城市防御也做了很多努力。因为费城没有什么防御措施，也没有给年轻人提供完整的教育，没有民兵组织，没有大学，所以富兰克林提议建立一个学院。他本来想提议一个牧师来当院长，但是被拒绝了。第二年他的提议有了进展，他提议建立一个机构叫做哲学社会。
在防御上，当时西班牙和英国在打仗，后来法国加入了英国一边。当时的州长和议会想通过关于民兵的法律，还有其它一些安全措施，但是都失败了。富兰克林认为应该组织一个由人民自愿成立的组织，他印刷了一些小册子，讲述他们州没有任何防御措施，而一个统一的有纪律的防御组织是多么重要，他们会成立一个协会，让大家签名参加。
这个小册子马上受到了重视。富兰克林受命起草协会文书，他和几个朋友定稿以后，就在一个巨大的建筑物里举行了市民集会。房子里挤满了人，他们发下去了很多纸和笔让大家签名，集会结束后，有一千两百人签名。其它地方也依法炮制，结果他们有了一万人签名。这些人自动武装起来，分成小队和团，自己选举军官，每周进行军事训练。妇女们提供了五颜六色的的绸缎，写着由富兰克林提供的标语。
费城这个团的分队军官们推举富兰克林当上校，但是富兰克林知道自己不合适，推荐了另外一个有影响力的人成为上校。富兰克林提议他们在城下挖工程竖起加农大炮。他们先从波士顿买了几个旧的大炮，但是还不够，他们几个人去纽约，和纽约州长会谈。一开始纽约州长不同意，但是后来在一个气氛轻松的晚餐酒会上，松口给了他们十八架，很新，还有运载车。他们把这些大炮运回费城，每晚派人看守，包括富兰克林自己。
因为富兰克林的这些活动，他被州长和议会看好和信任，他们就这个协会的每项措施向富兰克林咨询。当富兰克林在宗教事务上被咨询的时候，他提出来让牧师们在宗教仪式上宣传这个自愿协会，他也因此受到了议会一些贵格宗教成员的抵制。他的一个朋友告诉他，他在下次选举的时候会被罢免，好意劝他自己辞掉议会的职务，总比被罢免好看。富兰克林拒绝了，他说他不会要求公众职位，但是被提名就一定会接受，也绝不会辞职。富兰克林在下一次选举中还是全票当选，他觉得虽然议会的一些人对他参与军事准备活动不满，但是除了这个也找不出别的理由来罢免他。
富兰克林相信这些成员是不反对防御的，只要他们不被要求参与。他们当中有比他想象的更多的的人虽然反对进攻，但是是支持防御的，这从他们的有些成员发表小册子讨论进攻和防御的优缺点，并且支持防御，就可以看出来，而且还让他们的大多数更年轻的成员深信不疑。
这个贵格组织是个矛盾体。他们的教义是反对战争的，但是他们要对关于战争的任何提议做决议的时候，如果他们想支持，就不能打着战争的名义。比如他们同意给富兰克林的防火公司六十英镑，以彩票的方式，来征集建大炮底座的钱。比如他们还同意资助纽约州长要求的三千英镑买军火，但是名义上是买面包，面粉等等。纽约州长也心知肚明。
富兰克林认为贵格之所以这么矛盾，就是因为他们把反对战争的教义发表了出来，这样他们就没办法修改了。另一个宗教当克就比较谨慎。当这个宗教的创始人向富兰克林抱怨，他们的教义受到了别人的诽谤的时候，富兰克林建议他把教义发表出来。他反对说，他们成立的目的就想更了解上帝想让他们理解的，因为他们看到有些教义以为是事实，后来被证明是错误的，有些被认为是错误的，后来又成为正确的了。因此他们不断地在改变，在进步，也不会发表出来，让后人以为他们所发表的就是神圣的。
贵格如此矛盾，因此他们为了维护他们的教义，逐渐放弃了他们的公职。
