沿續上一季的劇情，我們的穆德當然戰勝了死神。但史卡利的姐姐–瑪莉莎卻被誤殺。目前為止，兩位主角各失去了一位至親的親人。而內容方面，X檔案的編劇似乎有用不完的點子。這季內容包括了湖中水怪、能控制人意識的精神病患、唐人街上的紛爭、二次大戰時日本的人體實驗等等。
英文名稱 單元編號 美國播出時間 中文名稱
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The Blessing Way 3X01 09/22/95 外星檔案（中）
Paper Clip 3X02 09/29/95 外星檔案（下）
D.P.O. 3X03 10/06/95 閃電人
Clyde Bruckman's
Final Repose 3X04 10/13/95 相士殺手
The List 3X05 10/20/95 回魂復仇者
2shy 3X06 11/03/95 網路情人
The Walk 3X07 11/10/95 幽靈士兵
Oubliette 3X08 11/17/95 解脫
Nisei 3X09 11/24/95 撲朔迷離（上）
731 3X10 12/01/95 撲朔迷離（下）
Revelations 3X11 12/15/95 天啟
War Of The Coprophages 3X12 01/05/96 糞蟲大戰
Syzygy 3X13 01/26/96 雙姝奇緣
Grotesque 3X14 02/02/96 惡魔圖像
Piper Maru 3X15 02/09/96 追凶記（上）
Apocrypha 3X16 02/16/96 追凶記（下）
Pusher 3X17 02/23/96 步步危機
Teso Dos Bichos 3X18 03/08/96 阿瑪魯
Hell Money 3X19 03/29/96 冥紙
Jose Chung's 'From
Outer Space' 3X20 04/12/96 科幻故事
Avatar 3X21 04/26/96 夢妖
Quagmire 3X22 05/03/96 湖怪
Wetwired 3X23 05/10/96 電視殺人事件
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