1989年，六四天安门事件发生后，马英九每年6月4日都会参加相关的纪念追悼会。他坚持：「六四不翻案，统一不能谈」。 2007年，他以前国民党主席的身份发表《自由民主 两岸对话基础》的文章。开头为：「今天（6月4日）是六四事件18周年，中共政权以武力血腥镇压了学生的民主运动，让它多年来试图建立的改革开放形像毁于一旦。」
2008年4月14日，他在记者会上明确表示，5月上任后，他会继续参加悼念「六四天安门事件」活动，但形式会有所变化。他对平反「六四」的立场不会改变，是至今未变的坚持。他还相信中共迟早会改变对「六四」的态度。
今天（2009年6月4日），马英九又发表了64事件20周年感言。马英九指出，这段伤痛的历史必须勇敢面对，不能回避。任何一个政府，面对不幸的历史要就事论事，面对沈痛的家属要将心比心。唯有如此，才能避免悲剧重演。
马英九「64事件20周年感言」全文如下：
20年前的今天，在北京天安门广场发生震惊全球的64事件。今年，世界各地的华人社会都有纪念活动，我们认为，这段伤痛的历史，必须勇敢面对，不能刻意回避。
政府与人民之间的流血冲突，史不绝书，中外皆然。过去半世纪，包括美国、东欧、韩国、东南亚等都曾出现，并在社会留下了长久的伤痕。政府是为人民而存在，流血冲突造成的怨恨与恐惧不会随时间消逝，握有公权力的政府永远有责任虚心检讨，设法愈合伤口。
我们认为：任何一个政府，面对不幸的历史，要「就事论事」，面对沈痛的家属，要「将心比心」。唯有如此，才能避免悲剧重演。
台湾也曾经历经类似不易化解的历史伤痛，不论民国36年228事件或民国40年代白色恐怖时期，都制造了不少冤魂，也让很多人失去自由与健康，许多家庭因而破碎，妻离子散，痛苦终生，人民与政府的关系蒙上怨恨与恐惧的阴影。
民国76年台湾删除戒严之后，政府花很长的时间，拿出很大的决心和诚意，经由调查、认错、道歉、建纪念碑、立法补偿、恢复名誉、设国定纪念日并降半旗等系列作为，期能抚平历史的伤痛，促进社会的和解。这一段努力实践转型正义与人权法治的历史，对台湾、对中华民族，乃至对其他国家，都具有正面意义与参考价值。
64之后20年间，海峡两岸都发生巨大变化，大陆经济改革成功，人民生活大幅改善。最近10年，大陆当局比过去更为注意人权议题，除参与1966年联合国「政治与公民权利国际公约（签署）」与「经济、社会、文化权利国际公约（批准）外」，并多次提出「人权白皮书」，今年4月也正式公布「国家人权行动计画」。尽管国际社会对此褒贬不一，但是这些作为显示，大陆当局已经愿意直接面对这个议题，展现与过去完全不同的开放与自信。
过去20年间，台湾则历经民主化的过程：解严之后，从开放组党、国会改选、终止动员戡乱时期、废止临时条款、省市长民选，到总统直选，台湾一步一步回归民主宪政常态。人民并以选票在8年内完成两次政党轮替，台湾逐渐迈向成熟的民主社会。上个月，台湾也批准了两项联合国人权公约，并转化为国内法，未来将以两年时间，彻底检讨相关国内法律，以符合国家人权的标准。
这1年来，两岸关系开始改善，双方敌意逐渐降低，经贸来往与文化交流日益密切。两岸在60年的军事冲突与政治对立之后，不约而同开始采取具体行动，关切人权议题，尤其令人感到欣慰。这种良性发展不该只是历史的偶然幸运，而应成为不可逆转的趋势，才能为两岸人民造福。
我们认为，历史是指引我们前进的明灯，记取历史教训不是为了深化仇恨，而是为了策励未来。如今两岸关系的缓和，已为台海和平带来曙光。
我们认为：两岸之间，最不需要的就是军备竞赛或外交恶斗。两岸之间最需要的是法治与人权的竞相提升，这些普世价值应该成为两岸人民永远共同的语言，来为中华民族下一代子孙开创一个自由、民主的未来。这是我们对「64」20周年的感言，也是对未来和平发展的期望。（据中央社）
