该军前身是川军刘湘集团一部。1935年,川军刘湘集团第4师师长范绍曾叛刘投蒋后,招集旧部编为新编第21师。1938年2月,国民党军将新编第21师扩编为第88军,范绍曾任军长。下辖新编第21师,范绍曾兼任师长。该军成立后,在涪陵担任后方守备任务。1939年初,该军奉命出川参加对日作战,由四川涪陵一带进行游击作战。同年秋,开赴江浙地区参加了1939年冬季攻势作战。
1941年1月,皖南事变发生后,该军奉命担任堵截新四军的任务。同年9月,该军改隶第32集团军,参加了第2次长沙会战。1942年3月,范绍曾升任第32集团军副总司令,何绍周继任军长,罗君彤任副军长。同时,暂编第9军第32师改隶该军。同年下半年,暂编第32师与第86军第79师对调隶属关系,第79师改隶该军。随后又从第10集团军直辖部队中抽调出暂编第33师改隶该军。此时,该军下辖:
第79师,段霖茂任师长;
新编第21师,罗君彤兼任师长;
暂编第33师,萧冀勉任师长。
在此期间,该军参加了浙赣路会战。1943年1月,何绍周调任第8军军长,刘嘉树继任军长,罗君彤、萧继勉任副军长。1945年春,国民党军军衔局部编制调整时,该军第79师调归第25集团军直辖后,由浙江丽水调至湖南常德,先后参加了湘西会战和闽浙追击作战。
1945年9月,抗日战争胜利后,该军由浙江白开徐州休整时将暂编第33师裁减,另将第28军第62师改隶该军。12月,刘嘉树升任第32集团军副总司令,方先觉继任军长,此时,该军下辖:
第62师,谭道平任师长;
新编第21师,罗君彤兼任师长。
1946年初国民党军队进行整编时,该军改编为整编第88师,隶属第6绥靖区。方先觉改任师长,周云繁任参谋长,原辖各师依次改编为整编第62旅,谭道平任旅长;整编第21旅,李万密任旅长。不久,整编第21旅改称整编第147旅。该师整编后主要担任豫皖苏地区的守备和冀鲁豫战场机动作战任务。1946年9月至1947年2月,先后参加了定陶战役、巨野战役、巨金鱼战役、豫皖边战役等作战。在巨金鱼战役中,该整编师整编第62旅被人民解放军歼灭了两个团。
1947年5月,该师整编第147旅归第7兵团区寿年指挥,另拨整编第72师整编第13旅及整编第9师预备第2旅归该师建制。此时,该整编师下辖整编第62旅、整编第13旅和预备第2旅。同年6月至10月,该整编师先后参加了鲁西南战役、阻止人民解放军挺进大别山的追击和堵截战役、张家店战役等作战。在张家店战役中,该整编师第62旅被人民解放军全歼。此次作战后,师长方先觉调走,马师恭接任师长。
1948年9月,整编第88师恢复第88军番号,隶属国民党军参谋本部。马师恭任军长,同时,预备第2旅改为第149师,杨宝敦任师长;新编第13旅改称第230师,许午言任师长。该军恢复番号后,调至湖南铜陵担任江防守备。1949年春,该军隶属第7绥靖区时进行编制调整。此时,军长马师恭被撤职,杨宝毂继任军长,原辖第230师被调出,另将第18军第49师调归该军,并新增第313师,此时,该军下辖:
第49师(师长姓名不详)(可能是黄徵师长);
第149师(师长姓名不详);副师长彭镜澄;
第313师,(师长姓名不详)(可能是苏维忠师长)。
在三山至铜陵地段担任防御任务。同年4月下旬,解放军发起渡江战役后,该军弃阵而逃,被解放军追歼于浙赣线以北地区,残部在军长杨宝毂的率领下逃抵福州后,该军番号被撤消。