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为什么结论会有这么大的差异？
1. BLAST比较方法的缺陷
存在这么大差异的原因，是“DNA片段随机比较方法”的缺陷所造成的。使用BLAST软件，加上比较片段过短，使得到的数据已经不能反映两个物种之间基因组的真正差别了。我们来想一想，如果有两个区域分别有23和24栋建筑物，它们完全使用四种同样的砖块构筑，两区的建筑物都使用了31亿左右这样巨大数量的砖块。虽然这些建筑物完全不同，如果用电脑程式比较时，每次只选择四种砖中的一个砖块进行比较，两区的建筑物被测的结果一定是100%的符合。如果每次只选择300个砖块组合成的一个砌砖片段进行比较，由于砖块太多，大致符合（如确定误差在一块或两块之内视为符合）的比例仍然会很高，但是不能因此就判断这两个区域的建筑物就那么样的相似。
“随机挑选”、“检测相似”，以300到500个DNA字符片段到31亿人类DNA库中比较，不也只是比较人和其它动物构成的材料相似吗？但是，这仅仅是人和其它动物构成材料的近似度。
又如，电脑程式的最终执行码全都是由‘0’和‘1’组成，如果仅仅以两个字符为一“片段”，用随机扫描比较的方式，去比较两个分别由“微软”和“苹果”两个公司编制的很大的电脑程式，其结果一定是百分之百的相同。如果以300个字符为一“片段”，相似率也一定很高。如果以100万个字符为一“片段”，相似率也一定大大降低。可以看出，用很短的片段比较，得出的结果，只有非常局限的参考价值。
在上面佩奇的报告中[注释5]，采用BLAST得到的结果，人和黑猩猩的Y染色体DNA相似度是98.3%(98.3% nucleotide identity)。但是，进行基因的细致比较，却发现“只包含了人类MSY区域中三分之二的‘独特的基因或基因簇’，以及一半的‘蛋白质??编码转录单位’” 其相差是多么大啊！
因此，BLAST测试的结果，仅仅是染色体组成材料（DNA）的相似，决不是基因的相似。
2.带型比较所看到的
图 8-2 人的2号染色体与黑猩猩染色体带型的比较
图8-2是过去曾经用过的比较方法，这是为了说明人类2号染色体，是由黑猩猩的两条染色体融合成的。用带型比较染色体的方法是很近似和粗糙的，尽管如此，如果仔细地去看，图中对应区段的两者染色体条纹还是有很大的区别。因此，染色体带型的比较，并不支持人的2号染色体是由黑猩猩的两条染色体融合而成的理论。虽然是用近似目测的比较方法，还有如此大的差别，若按照分子人类学用编码进行比对，其差别就更大了。
另外，从图上还可以看到，两个黑猩猩的染色体，是亚中着丝粒染色体（submetacentric chromosome），这样的融合可能性更小，在目前人类的染色体融合疾病中，基本都是两个近端着丝粒染色体的融合（见第7节内容），从来没有发现两个“亚中着丝粒染色体”的罗伯逊染色体易位融合的病例。
四．DNA解码不支持人和黑猩猩共祖
1.BLAST 的研究方法不是“DNA解码”的方法
“DNA解码”方法的特点，是无论在染色体或者线粒体上，每一个标记DNA编码都有一个确定的位点，每一个DNA编码都会对应一个位点的编号。而BLAST方法比较的是一段DNA序列，完全不考虑比较的序列在染色体上的位置编号。因此，BLAST方法的结果，只是一个有关染色体“组成材料”状况的粗略参考数据。
分子人类学的研究从来不使用BLAST这个工具，因为它是进行近似比较、并且是盲目的。分子人类学是靠DNA中的遗传标记来确定人类相互之间的关系，标记是没有近似的。在你我身体中看见的三个标记：第一标记的789个字符、Y染色体的729个字符和线粒体夏娃的16569个原始DNA序列，是一个字符都不会差的。前面多次提到的M168标记就是在人类DNA序列上，一个固定地点的一个字符‘T’，就确定了全世界70亿人的划分。如果你身体中的密码是‘T’，你就是9万年前走出非洲的男子M168的子孙；如果你身体中的密码是‘C’，你就是留在非洲原居住地的子孙。这就像球场上的两支球队，一队的球衣上，背着一个大大的‘T’，另一队的球衣上，背着一个大大的‘C’，来自哪一个球队一目了然。由此可见，我们身体中的密码，完全能够显明我们的来源。
2.一切建立在人和黑猩猩共祖前提下的研究都是不可信的
使用BLAST去证明人和黑猩猩是否共祖，是一个错误的途径。这就像比较动物骨骼相似，去确定它们的进化关系一样，其结论完全不可信。BLAST 的研究结果仅仅只能是生物组成成分的比较。
五．对“上帝的语言”书中有关“人和黑猩猩真的共祖”的质疑
“上帝的语言”不是一本科学书籍，但却是一位著名的分子医学专家柯林斯先生写的。在第一节中我们已经介绍了分子医学和分子人类学的区别，一位分子医学专家不了解分子人类学是很正常的事。然而，正是在这本书中，作者明确地从4个方面论述了人类与黑猩猩共祖的依据。这些是我们所必须面对的问题。当然，本网的内容也应该是柯林斯先生必须面对的。
1.关于2号染色体上的融合痕迹
在该书中，一个非常值得关注的内容，就是柯林斯先生认定人是由猿进化而来的（虽然他的理论纯粹是骤变论）。他在书中说：“在人类中，这种序列通常不出现于其他地方，但恰好就位于进化所预计的地方，即已融合的2号染色体 的中间。可见当我们从猿进化而来时所发生的染色体融合，正是在此处的DNA上留下了印记。”（“上帝的语言”中文版第94页，英文版 P138）
在本书的第6节中，已经比较详细地讨论过了，可以看到，并不能证明那是融合的“痕迹”。但是柯林斯先生为了证实他的这个结论，在他的这本书中还有多个内容，试图在科学上给予支持。
对2号染色体的研究，最详细的是人类基因组研究项目中的一个报告：“Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4”[注释7]。在这个120多人署名的报告中，有关“染色体融合”的叙述，一个是“在2号染色体上，过去曾经描述过，在2q13–2q14.1位置上，有围绕着祖先染色体融合的区域。”
另一段是对一个像似退化的着丝粒部分的描述：
“在这里，我们鉴定出2q21.1-2q21.2内一段2.6-Mb区域内有着丰富的近着丝粒、重复和着丝粒卫星重复序列，包括α-卫星序列的伸展，可能（也许）此处可识别出祖先的着丝粒的位置。”、“也许是标志着祖先的端粒和着丝粒，可能代表着人类世系中的复发性染色体的重组。”
“Here we identified a 2.6-Mb regionwithin 2q21.1–2q21.2 that is enriched for pericentromeric duplications andcentromeric satellite repeat sequence motifs, including a stretch of alpha-satellite sequence that probablyidentifies the location of the ancestral centromere.”
“might be markers of ancestral telomeres and centromeres, perhaps representative of recurrent chromosome rearrangements in the human lineage.”
而在“上帝的语言”一书中是这样描述的：“对大猩猩和猩猩的研究表明，它们都有24对染色体，看起来极像黑猩猩，这就进一步证明人类的染色体必定发生了融合”（中文版第93页）。
“（That the human must be a fusion is further suggested by studying the gorilla and orangutan — they each have twenty-four pairs of chromosomes, looking much like the chimp.）（英文版P138）
我们看到报告中的用语是“probably”，“might be”，“perhaps”。在“上帝的语言”书中，却变成了“must be a fusion”。这样肯定的用语，和原报告的用语有着很大的差别，这不是一个诚实的引用方式。
2.关于人和黑猩猩DNA片段相似率98%的问题
在该书表格Table 5.1上（中文版P87，英文版P127），给出在黑猩猩和人之间，随机DNA片段的比较结果是98%的相似。书中介绍是这样得到其数据的：“利用电脑，挑选一段人类DNA序列片段，然后检测在其他物种中是否有相似的序列。”（参考“上帝的语言”英文版P126，中文版P86）。从书中这段内容上，可以看到，这就是一个基于BLAST方法得出的结果。有关这个比较方法本节上面的内容中，已经很详细地介绍了。人和黑猩猩DNA有98.77%相似率，应该就是此表格中的98%相似率。这种高度的相似，只是表征着人和黑猩猩都是由类似的材料组成，并不能证明他们有着亲缘的关系。
图8-3 上帝的语言书中的附图：人和黑猩猩蛋白编码基因100%相似（海南出版社 第87页）
3. 关于人和黑猩猩蛋白质编码基因DNA相似率100%的问题
表格Table 5.1上列出了人和其他动物，在蛋白质编码基因DNA片段相似率的数据。其中，令人吃惊的大约是人和黑猩猩蛋白质编码基因DNA有100%相似率。
从书中的描述可以看到，这也是利用了类似BLAST方法的比较结果。所不同的仅仅是选取的DNA片段，是来自黑猩猩的蛋白质编码基因。作者没有介绍这个结果来自哪个报告，我们不知道所选取DNA片段的长度和相似精度的比较标准。如果片段很小、标准值订的很低，取得这样的结果是完全可能的。但其意义是很低的，也仅仅是构成材料的相似，绝不是基因的相似。
如果人和黑猩猩有关蛋白质编码的基因是100%的相同，那么人和黑猩猩的形象、行为也应该完全一样了。
请不要忘记，在DNA编码中，还承载着“非物质的遗传信息”。人类每一个孩子从父母那里，不仅得到了身体，也获得了不能从肉体上看见的“非物质的遗传信息”。无论你对一个黑猩猩进行如何的教育和培养，你绝不可能使它达到小学生的听、说、读、写能力，取得小学的毕业文凭。这对于普通的人来说，是轻而易举的事情。这是为什么？人类具有任何动物无法比拟的智慧，这些智慧虽然绝大多数来自于成长后的学习，但是学习和取得这些智慧的“能力”，绝对是在胚胎时期就已经具备了。因此，我们可以肯定地说：人和黑猩猩的DNA编码，有着极大的差异。
4.人和老鼠的基因相似度会是99%吗？
从一个受精的卵细胞发育出一个健康的人体，是细胞分裂和细胞分化的结果。不同细胞中的基因都是相同的。但是细胞核中存在着控制胚胎发育、细胞分化基因，指挥着细胞分化（cell differentiation）过程，才发育出许多不同的形态、结构和生理功能的各类细胞。进而，发育出眼睛、鼻子、耳朵等器官。
在人类细胞中的基因控制下，发育出了人的形态，人的眼睛、鼻子、耳朵等等。在黑猩猩、狗和老鼠细胞中的基因控制下，发育出了黑猩猩、狗和老鼠的形态，以及它们眼睛、鼻子、耳朵等等。
如果人和黑猩猩的蛋白质编码基因真有100%的相似度，和狗、老鼠真有99%的相似度，那么人的外形也应该和它们有这样的相似度。可以看到，“上帝的语言”一书中，有关蛋白质编码基因相似度的数据，给人很大的误导。其实，人和动物许多有关基因差异的比较报告很多，只是此书的作者片面地选取了这些BLAST的比较结果。
注释：
1. Asao Fujiyama，et al.,“Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map”,
SCIENCE VOL 295 4 JANUARY 2002.
2.Vincent M. Sarich, Allan C. Wilson，Immunological Time Scale for Hominid Evolution,
Science 1 December 1967.
3.Richard E. Green,et al. "Analysis of one million base pairs of Neanderthal DNA",Nature 444,16 November 2006.
4. H. Watanabe, A. Fujiyama, et al. “DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22”,NATURE ,VOL 429 ,27 MAY 2004.
5. 4. Hughes, Jennifer F. et al. “Chimpanzee and human Y chromosomes are remarkably divergent in structure and gene content.” Nature 463.7280 (2010): 536-539.
6. Tarjei S. Mikkelsen, et al., Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome,Nature 437, 69-87 ，1 September 2005.
7. LaDeana W. Hillier1, et. al, Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4,Nature Apr. 7 2005
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