公元320年闰三月，晋元帝任命周顗为尚书左仆射，任命温峤为太子中庶子。温峤在东宫，深受太子的恩遇，太子和他成为布衣之交。温峤还多次规谏，又献上《侍臣箴》，对太子很有裨益。当时太子正在兴建西池楼观，花了不少劳工和费用。温峤上疏给太子，认为朝廷刚刚创立不久，巨寇尚未轸灭，应当勤俭作为下人的表率，鼓励农业，重视军事。太子全都接受他的建议。
八月，梁州刺史周访去世。去年，周访大破杜曾之后，曾跟他的僚佐们说：“当年城濮之战，晋文公因为成得臣并未战死而忧心忡忡。如今只要杜曾还在，祸难就还没结束。”于是出其不意，继续追击并大破杜曾的残兵败将，但还是被杜曾跑走了。周访部将苏温继续追击。杜曾部将马俊等人捉住杜曾投降了周访，周访于是杀了杜曾，并生擒荆州刺史第五猗，将他送到了武昌。周访因为第五猗本是晋朝任命的地方大员，加上很有名望，便劝王敦不宜杀他，但王敦不管，照样把第五猗杀了。当初，王敦担心杜曾难以制服，便跟周访说：“你如果能拿下杜曾，我会考虑让你当荆州刺史。”待到杜曾死了而王敦不肯兑现诺言，反而任命他弟弟王廙为荆州刺史。王廙在荆州，杀了不少陶侃原来的将佐；还居然因为皇甫方回被陶侃所敬重，责怪他没前来拜谒自己，居然也把他杀了。于是荆州的士大夫和平民一起怨恨愤怒，弄得上下不安。晋元帝听说后，便内征王廙为散骑常侍，让周访代领荆州刺史。王敦忌妒周访的威名，打算刁难他。从事中郎郭舒劝说王敦说：“鄙州虽然暂时荒弊，但却是用武的地方，不能将它拱手让人，明公应当自领，让周访任梁州刺史就够了。”王敦觉得有理，便请晋元帝下诏加周访为安南将军，其馀职位不变。周访大怒。王敦亲笔写信给周访，解释原因，还赠送他一只玉环和玉碗以表达他的厚意。周访把这两件玉器都摔到地上，说：“我难道只是个寻常的商贾，可以用这些东西打发走！”周访在襄阳，让部队屯田务农，同时训练士兵，暗中有对付王敦的打算。地方守宰的位置一有空缺，周访就马上自己补上，然后才报朝廷批准。
其中一人就是原武威将军魏该，因为帮助周访讨伐杜曾有功，所以周访任命他为顺阳太守。当年刘曜曾进攻李矩，被魏该打败。当李矩去接应郭默时，魏该也派兵去帮助。魏该后来又和河南尹任愔连结，但军势到底还是逐渐衰败，而刘曜的大军又很快要打过来。魏该便打算率众南迁，但部众都是北方人，不想到南方去，魏该只得自己带着少数随从骑马逃到南阳。晋元帝于是任命他为前锋都督、平北将军、雍州刺史。魏该到南边后，他的部将马瞻便率领剩余的部众投降了刘曜。刘曜给部队派的差使又多又苦，再加上马瞻又骄横暴虐，所以魏该原来的部曲暗中派人去联系魏该，魏该于是秘密前往。部众接着杀了马瞻而重新推举魏该为领袖。于是魏该带了部众从宜阳南迁来到新野，后来帮助周访讨平了杜曾。王敦虽然把周访当作心头大患，然而却不能制服他。
周访善于安抚接纳士兵，所以部众都愿意为他出死力。周访知道王敦有不臣的野心，私下经常切齿痛恨。王敦也害怕他，因此当周访在世时，王敦一直不敢公然叛逆。周访去世后，王敦派遣从事中郎郭舒到襄阳当监军，想兼并他的部队。但晋元帝任命湘州刺史甘卓为梁州刺史，负责沔北的军事，出镇襄阳。郭舒只好从襄阳回来。晋元帝内征他为右丞，然而王敦将郭舒留下不让他去。
这年十月，王敦杀了武陵内史向硕。晋元帝司马睿最初出镇江东时，王敦和堂弟王导同心拥戴他，司马睿也推心置腹地信任他们，让王敦总负责征讨的事务，让王导总负责朝政，他俩的子弟也都安排在显要的地位。当时人们有这种说法：“王与马，共天下。”后来王敦自恃有功，而且宗族十分强盛，便日益骄恣。晋元帝开始又怕又厌恶他，便将刘隗和刁协等人作为自己的心腹，想压抑王氏的权势，甚至对王导也逐渐疏远。中书郎孔愉陈述王导的忠诚和贤能，有辅佐王命的大功，应当得到重用。晋元帝很不高兴，便改任孔愉为司徒左长史。王导也不把这当回事，恬淡自如，有见识的人都称赞他能忍辱负重。但王敦却越来越心怀不平，便对王导也很有意见。
最初，王敦聘请吴兴人沈充为参军。沈充字士居，少年时就喜好兵书，多少有点以雄豪闻名于乡里。沈充推荐同郡人钱凤给王敦，王敦便任命钱凤为铠曹参军。钱凤字世仪，和沈充都是奸巧谄谀，凶恶狡猾的小人，知道王敦有篡权的野心，便暗中为他出谋划策。王敦很宠信他俩，这二人因此权倾内外。当初，王敦参军熊甫见到王敦重用钱凤，可能会有不臣的阴谋，便趁酒醉跟王敦说：“明公是开国的功臣，千万不要重用小人。有佞幸小人在身边，很少不坏事的。”王敦动容道：“你指的小人是谁？”熊甫毫无惧容，干脆辞职告归。临走前他和王敦作别，趁机咏歌道：“徂风飙起盖山陵，氛雾蔽日玉石焚。往事既去可长叹，念别惆怅复会难。”王敦知道他在暗示自己，然而却不能采纳。
王敦上疏为王导鸣屈，语调充满了怨气和失望，还请王导代他上奏。疏上说：“王导昔日承蒙特殊恩宠，被委以万机，而他也虚心求贤，竭诚为国，于是凭藉自己得到的恩遇和能力，位居辅政的重任。帝王体察寒士，看问题的角度不同。虽然现在是皇纲初建，为政之道也刚刚阐明，但喜新厌旧这一点，毕竟还是陛下的缺点。臣总是为此而在远方慷慨，为自己的宗族门户感到愧愤，因此前后几次上表，何尝不谈到这些事情。然而陛下却不能稍微看在臣的面子上，让臣畅所欲言。臣说王导最近被陛下疏远，正像臣先前陈诉的那样。这事已经萌芽一段时间了，要讲究竟是谁的咎责，岂能是王导自身一人？群臣蒙受的恩典与否，应当同时根据他们的过失和才干。王导也许的确不能自量，但陛下过去也喜欢忽视他的短处。人的常情是，仗恃恩宠而冒昧进言，独自犯了龙鳞，有时还执迷不悟。臣私下担心忧虑的正是此事，但不知道具体详细的原因，因此惶恐惭愧，踌躇犹豫，情绪像灰土一般。天下事大，要做到尽情尽理实在也难。王导虽然才识平庸，但却从未有过秽浊的记录；而他既往的功勋，以前得到陛下的眷顾，以及和陛下亲密无间的情感，足以克服轻薄的习俗，明确君臣的大义，就像古代的贤人一般。往日臣亲自受到陛下的嘉命。记得陛下跟臣推心置腹地说：‘吾与爱卿以及茂弘（即王导）相当于和管仲鲍叔一般的交情。’臣有愧位居外任，至今将近十载。陛下其他的训诱教诲，有时偶尔也会忘了；但上头的话，却时时铭刻在心，私下里总是不能忘怀。臣以为如此深厚的恩典不会一下子就忘了的。
“臣当然希望陛下圣人的哲理日异月新，广泛延聘俊逸的人才，让他们辅政，给他们礼遇。不久前陛下还让王导在朝内总理机密，负责尚书事务，手持杖节，在京都统领六军。后来又任命他为（扬州）刺史，兼居重任和名号。他得到的待遇的确已超出人臣的范围。臣当时就觉得，流言和议论，必然会有对王导的讥谤，所以他应当不再负责尚书事务，同时交回杖节和都督的名号。不过为了辅佐帝王，必须得到宏达远识、高正明断、道德兼备的人才。而以臣的平庸见识，王导似乎还没达到这水准。然而我见识的其他大臣，却没一位胜过王导。加上他已经辅助陛下多年，实在是竭尽了心力。成为霸王的君主，何尝不任用贤能的辅佐，和他一同们有始有终！所以管仲有三归反坫（大意指不在乎生活奢侈的小节）的见识，子犯有临河要君（咎犯跟随公子重耳回晋国渡黄河时要挟重耳）的过失。萧何和周勃都因为得罪了汉高祖而身陷囹圄，然而终于还都成为良好的辅佐。以王导有限的才干，怎能毫无过失！陛下应当恰当任用他而不过分，发挥他的所长，让他以功补过，主要是着眼于将来。王导秉性慎密，尤其能够忍让，并善于斟酌，还有文章才义。希望陛下事情不论大小，照样让他顾问。也希望陛下出于圣怀，外面不用过于宠幸，这样就可以让公私得所。如今皇祚初建，四面八方都乘着东风；如果圣恩不能自始至终，那么将让远近的人们感到失望。天下荒弊的年代，人心容易浮动；要有什么大变动，将导致人们产生疑惑。臣不敢苟且地因为自己至亲的缘故而如此上奏，实在是出于忠于社稷的一片苦心。”
王导将他的上疏封缄起来还给王敦，但王敦又派使者直接向朝廷上奏。左将军谯王司马承，忠厚而有志行，晋元帝对他非常亲信。当夜，晋元帝召见司马承，把王敦的上疏示给他看，说：“王敦近年来虽然颇有功劳，朕给他的位置和责任也已经足够了。但他还不断索求，现在竟然把这些话都讲出来。爱卿看看该怎么办？”司马承说：“陛下没有及早防范，以至今日。王敦必然成为祸患。”
刘隗为晋元帝出谋划策，让他派出心腹去镇守重要藩镇。王敦听说后，心中更加不平，于是和朝廷的矛盾越来越深。王敦每次喝酒之后，总要咏诵曹操的乐府歌：“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。”还经常用铁如意敲打痰盂作为节拍，造成痰盂边上尽是缺口。适逢湘州刺史甘卓迁为梁州刺史，王敦便上表推荐宣城内史沈充取代甘卓出任湘州刺史。晋元帝不同意，问司马承道：“王敦奸逆的行迹已经很明显了，看来朕成为惠皇帝的日子也不远了。湘州占据长江上游的优势，控制着三个州的交会地。朕打算让叔父担任这一职务，你看如何？”司马承说：“臣奉领诏命，惟有尽力而已，哪敢推辞！然而湘州经过蜀寇（指李氏成汉）的残害，地方凋弊。如果臣到那里就任，至少要三年才能建立地方武装和王敦匹敌。如果等不到那时臣就粉身碎骨了，那么对陛下也没有好处。”
十二月，晋元帝还是下了诏：“晋室开基以来，方镇的任命，总是亲贤并用。现任命谯王司马承为湘州刺史。”长沙人邓骞听说后，长叹道：“湘州的灾祸，将从现在开始了！”司马承经过武昌时，王敦设宴招待他，跟司马承说：“大王的确是位优雅的好人，但就怕没有将帅的才干。”司马承说：“明公未必都知道。即使一把铅刀，也可以割割东西！”王敦跟钱凤说：“这人不知道害怕，却学着说这些豪言壮语，可见他没什么军事才能。”便听任他前往赴任。当时湘州一片荒芜残破，官府和民间一样贫困凋弊。司马承亲自推行勤俭节约的措施，倾心绥抚百姓，因此很有能干的名声。
公元321年三月，太阳中出现黑子。著作佐郎郭璞认为这是因为晋元帝用刑过度造成的，便上疏说：“阴阳错乱，都是因为刑法过分繁杂引起的。虽然古人说大赦不能太频繁，然而郑子产知道铸造刑书并不是因为政治清明，只是不得已而这样做，必须挽救时弊的缘故而已。如今则应当赦免，道理也是一样。”
五月大旱。晋元帝下诏说：“当年汉二祖以及魏武帝都曾经赦免沦为奴仆的良民。武帝时，凉州被戎狄攻陷，从那里逃来的难民都成了奴婢，后来也都恢复了民籍。这是历代的成规。现在朝廷决定赦免所有逃难来扬州诸郡成为大户人家奴仆的中州良民，以供征役使用。”这诏令都是尚书令刁协的主意，于是大多数失去这些奴婢的大臣们便越来越怨恨刁协。
刁协字玄亮，是渤海饶安人，父亲刁攸在晋武帝时曾任御史中丞。刁协少年时就喜好经籍，博闻强记，后来脱去平民衣服而成为濮阳王的文学，累次升迁后转任太常博士和本郡大中正。成都王司马颖聘请他为平北司马，后又历任赵王司马伦的相国参军，长沙王司马乂的骠骑司马。比及东嬴公司马腾出镇临漳时，聘请刁协为长史，后又转为颍川太守。永嘉初年被任命为河南尹，但没有就任而避难东渡。司马睿任命他为镇东军谘祭酒，后转长史。晋愍帝即位时，征刁协为御史中丞，但显然那时已经去不了了。司马睿为丞相时，任命刁协为左长史。司马睿称晋王后，拜刁协为尚书左仆射。当时朝廷初创，宪章未立，朝臣中几乎没有人熟悉朝廷以前的礼仪。而刁协久在洛阳，所以对这些非常谙熟，于是新建的所有制度，都必须禀告刁协，由他最后决定，所以很为当时人们所称许。司马睿即位后，升迁刁协为尚书令。
秋七月，江南发大水。
要想知道晋元帝在江东的发展，请看下篇文章。
