公元363年春二月，东晋朝廷大赦并且改元。
三月，皇太妃周氏在琅邪府第去世。次日，晋哀帝到母亲府第治丧，同时下诏让司徒会稽王司马昱总负责朝廷内外的众多事务。晋哀帝想为太妃服丧三年，但仆射江虨启奏说：“从礼数上说，陛下只应服緦麻（细麻布，是古代五服中最轻的）。”晋哀帝只好穿緦麻服丧。
夏四月，前燕宁东将军慕容忠攻打晋荥阳太守刘远，刘远逃到鲁阳。
五月，朝廷加征西大将军桓温侍中兼大司马、负责朝廷内外的军事以及尚书事务，假黄钺。桓温认为既然他总督朝廷内外，就不应当居住在离京都太远的地方，同时又上疏陈诉七件大事：其一，因为当下结党营私，私下议论朝政的风气很盛，所以朝廷应当抑制杜绝虚浮的玄学，不让其蔓延泛滥。其二，现在户口凋零，还不如汉朝时的一个大郡，所以朝廷应当合并一些官府，实行简政。其三，重要的事务不能耽搁，所以常行的文案应当限日处理。其四，应当明确长幼的礼数，奖励忠于职守的官吏。其五，褒贬赏罚，应当公允并实事求是。其六，应当明确陈述并遵守从前的法典，同时明确学业。其七，应当选拔史官建立史学，修撰晋书。有司上奏认为各项都是可行的。不久朝廷又给桓温加了羽葆鼓吹，为他安置左右长史、司马、从事中郎共四人。桓温接受鼓吹，其余都坚辞不受。
桓温任命王述的儿子抚军司马王坦之为长史。他还任命征西将军助手郗超为参军，王珣为主簿，每有要事总要和他俩商量。府中因而有这样的说法：“髯参军，短主簿，能令公喜，能令公怒。”桓温气概豪迈，很少推崇什么其他人。他和郗超交谈，经常觉得对方深不能测，因而十分谦恭地对待他，郗超也和他情投意合。王珣是王导的孙子，和谢玄一道是桓温的助手，桓温对他俩都很看重。他曾说过：“谢助手四十岁时一定会拥有旄杖节（公卿才能持有），王助手应当成为黑发公（意即年轻的公卿），都是不可多得的人才。”谢玄是谢奕的儿子。
谢奕字无奕，是谢安的兄长。他少年时就很有名。当初担任剡县县令时，有位老人犯法，谢奕给他醇酒喝，老人醉了他还继续叫他喝。谢安那年七八岁，在谢奕的膝边，劝他不要这么做。谢奕十分感动，于是把老人放了。谢奕和桓温的关系密切。桓温聘他为安西司马，但跟他相处得就像跟朋友一样。谢奕在桓温座上，非常随便，谈笑风生，跟平常日子没有两样。桓温说：“他是我我编外的司马。”谢奕经常因为喝酒而忘了朝廷上下级的礼数。他曾经逼桓温暴饮，桓温跑进他妻子南康公主的房间里躲避他。公主说：“你要没有这位疯狂的司马，我就没有机会见到你了！”谢奕曾带着酒去办公，见到桓温的一位老兵，便请他喝酒，说：“失去一老兵，得到一老兵，又有什么奇怪。”桓温也不责怪他。他堂兄谢尚很有政绩，去世后，被西藩的百姓所思念。朝议因为谢奕德行都不错，一定能继承谢尚的事业，便提拔他负责豫司冀并四州的军事、安西将军、豫州刺史、假节。谢奕不久就死在任上。
朝廷接着任命西中郎将袁真负责司、冀、并三州的军事，任命北中郎将庾希负责青州的军事。
不久，前燕军队攻拔密城，刘远又逃到江陵。
冬十月，前燕镇南将军慕容尘到长平进攻东晋陈留太守袁披；东晋汝南太守朱斌乘虚袭击并占领了许昌。
朝廷任命征虏将军桓冲为江州刺史。桓冲字幼子，是桓温弟弟中间最有见识，也最有武才的。桓温非常器重他。桓冲后来历任鹰扬将军、镇蛮护军、西阳太守。他因为跟从桓温征伐有功，升迁为负责荆州的南阳、襄阳、新野、义阳、顺阳、雍州的京兆、扬州的义成等七郡的军事、宁朔将军、兼义成和新野二郡太守，出镇襄阳。桓冲后来又跟从桓温打败姚襄。比及俘虏了周成后，朝廷进号他为征虏将军，赐爵丰城公。
桓温打败姚襄时，俘获了姚襄的部将张骏和杨凝等人，把他们迁徙到寻阳。
这年十一月，桓冲还在江陵，尚未到襄阳就职，而张骏率领他的门徒五百人杀了江州督护赵毗，洗劫了武昌府库，带着妻儿往北叛逃。桓冲带兵追杀了他们，然后才赴任去。
当初，桓彝死后，桓冲兄弟年龄都很小，家里又贫穷。母亲患病，必须吃羊来解救，又没地方弄到。桓温便用桓冲为人质，向羊主人要一只羊。羊主人很富，说不要人质，但有幸为桓温抚养买德郎。买德郎就是桓冲的小名。待到桓冲成为江州刺史时，又一次外出射击，羊主人在射堂边观看，桓冲认出他来，上前招呼道：“我是买德。”因此厚报羊主人。
公元364三月初一（庚戌日），东晋大举落实户口，命令所在地进行所谓土断，即按居住地注册户口交税，严格执行法制。这次土断史称《庚戌制》。
晋哀帝相信方士的话，断了谷粮，专门吃所谓仙药以求长生不老。侍中高崧劝谏道：“这并非圣上应当做的事。陛下这种做法，其实就像日食月食一样，大家都看在眼里的。”但晋哀帝不听。不久，晋哀帝药性发作，不能亲理万机，只好让褚太后再次临朝摄政。
夏四月，前燕大将李洪进攻许昌和汝南，在悬瓠打败晋兵，东晋颍川太守李福战死，汝南太守朱斌逃到寿春，陈郡太守朱辅退保彭城。大司马桓温派西中郎将袁真等人前去抵御，桓温亲自率领水军进驻合肥。前燕军队接着攻拔了许昌、汝南、陈郡，迁徙那里的一万馀户人家到幽冀二州，并派镇南将军慕容尘进驻许昌。
五月，朝廷加大司马桓温为扬州牧、负责尚书事务。不久，朝廷派侍中去召桓温入参朝政，桓温坚决推辞不肯前往，上疏说：“臣刚攘除群凶，扫平祸乱，本应当竭尽天下的智力，与大众同舟共济。然而朝廷大臣们都对臣怀疑，圣上的诏书尤其如此。既然事情变得和臣原来的意图背道而驰，臣岂敢继续坚持！至于入参朝政，臣从不敢这么想过。臣已经不在宫省内阁达二十多年，常年致心在军事方面。考虑到经历众多战役的辛苦程度，如果有机会宽解铠甲腰带，逍遥自在一下，到朝堂上走走，参赞一些无关紧要的事情，预先听到一些宫廷曲艺，虽然臣对这些东西实在不感兴趣，但却又有什么不好！只是考虑到长江汉水一带的艰难，不比往日；而益州梁州刚刚平定，宁州也刚开始臣服；同时我们又孤军深入汉川，因此卫戍防御的战线越来越广；再加上强大的南蛮盘根错节，势力又处在上游；国家的边境悠远，应当依靠镇边的公侯。除非既有名望又有权威，其他人是无法控制住局面的。臣知道臣之所以不顾这些艰危，敢于承担这些责任而无怨无悔，愿意奋臂投身于收复中原的大事，实在是以皇室陋居于东南一隅为耻，为神州的桑梓埋没于戎狄痛心疾首。如果凭着宗庙的神灵（暗指迁都），那么我们将席卷神州大地，荡清一切胡寇。如果觉得不肯惊扰先帝们的游魂，那么臣可以占据黄河洛水，亲临鲜卑氐贼二寇，广为宣扬皇灵，进而控制秦赵地区。估计用不到五年时间，大事必定。
“如今会稽王司马昱作为贤良的皇家至亲治理国家，已经辅助了二世君主，所以没有必要让臣这样既愚钝又疏远的人来和他共同执政。况且古人说：‘不有居者，谁守社稷？不有行者，谁捍牧圉？’臣和会稽王里外相济，互相依靠。但愿陛下明察臣所陈诉的这些话，同时了解朝廷内外的时局。臣乞求及时回到驻地，安抚自己负责的地区。”
朝廷任命扬州刺史王述为尚书令。王述每次接受新职时，都不作虚伪的谦让。如果他推辞就必定有原因，也就必定不会接受任命。比及他被任命为尚书令时，他儿子王坦之劝王述道：“依照历朝的常规，父亲应当谦让。”王述问道：“你觉得我不胜任这一职位吗？”王坦之说：“不是这个意思。但谦让听起来自然是好事！”王述说：“既然觉得胜任，干吗要谦让！人家都说你胜过我，我看你一定不如我。”王坦之担任桓温的长史时，桓温想为他儿子求婚于王坦之。比及王坦之回家探省父亲时，王述因为很爱王坦之，虽然长大成人了，还把他抱在膝上。王坦之趁机跟他说桓温的意思。王述大怒，马上推开他，说：“你竟然这么痴呆呀！岂能因为害怕桓温就把女儿嫁给他儿子？”王坦之只好找个其他借口谢绝了桓温。桓温说：“这一定是因为令尊不肯而已。”也就不勉强了。
当初，王述家里贫穷，后来担任了宛陵令。他在任上不曾少受人家的赠与，因而有钱买了不少家具，结果被州里的司法部门所检举，有一千三百条。王导派人跟他说：“著名父亲的儿子不用担心没有俸禄。你不应当屈居一个小县。”王述答道：“家用足够时自然就不会这么做了。人们对我还不了解。”王述以后多次担任州郡大官，都非常清廉，经常将俸禄和朝廷的赏赐都散发给亲友故旧，也不添置新的宅宇和家具，从而开始被当时人们所叹服。但王述被自己的性急连累。有一次吃鸡子，他用筷子去插，但没插到，便怒气冲冲地把鸡子猛地摔在地上。鸡子在地上转个不停，王述便下床用鞋底踏它，结果还弄不到手。王述越发生气，后来总算把鸡子弄到手，塞进嘴里，咬了后猛吐出来以发泄怒火。王述后来担任重职，却总能以柔克刚解决问题。谢奕性格粗暴，曾因为什么事情怨恨王述，便用很难听的话骂他。王述没有回应，只是自己面对着墙壁而已。闹了半天，谢奕离去后，王述方才重新转回头来。人们以此称道他。王述在公元370年去世，终年六十六岁，那是后话。
公元364年七月，朝廷得到大司马桓温推辞入朝的奏章，马上下诏不准，再次征召桓温入朝。八月，桓温来到赭圻，朝廷却又下诏让尚书车灌去阻止他。桓温便在赭圻住下，同时再三辞让入朝任职，只肯遥领扬州牧。
同时，前燕太宰慕容恪打算攻取洛阳，先派人到那一带去招抚地方军民，远近很多民间堡垒都投降了前燕。前燕君主慕容暐派司马悦希进驻盟津，派豫州刺史孙兴进驻成皋，作为慕容恪的声援。
当初，沈充的儿子沈劲，因为父亲作为叛乱的逆贼而死，便立志要立功好洗雪旧耻。沈劲三十多岁了，因为家庭出身当不了官。吴兴太守王胡之升任为司州刺史时，上疏称赞沈劲的才干和品行，请求解除对他的禁锢，让他参与自己府里的政事。朝廷答应了。适逢王胡之生病，不能赴任。比及前燕军队紧逼洛阳时，东晋冠军将军陈祐守卫在那里，但部众不过二千人。沈劲自己上表请求去配合陈祐守卫洛阳，朝廷便下诏补任沈劲为冠军将军的长史，让他自己招募壮士。沈劲因而得到一千多人，带着他们一道北上。沈劲屡次以少胜多，出击并打败燕军。然而洛阳粮尽援绝，陈祐自己估计是守不住了，就以救许昌为名义，在九月，留下沈劲带着五百人守洛阳，自己率领部众东归。沈劲高兴地说：“我的志向就是要为国家牺牲，现在总算得到这一机会了。”陈祐听说许昌已经陷落，便逃到新城。前燕大将悦希接着带兵入侵河南的各个东晋城池，把它们都占领了。
公元365年春正月，皇后王氏去世。同时桓温移镇到姑孰。二月，桓温任命他弟弟右将军桓豁负责荆州、扬州的义城、雍州的京兆的军事，领荆州刺史；加江州刺史桓冲负责江州以及荆、豫八郡的军事，并假节。
司徒司马昱听说陈祐放弃了洛阳，便到荆州去见大司马桓温，共同商议征讨的事宜。不久，晋哀帝因为滥吃仙药，在西堂去世。朝廷因为司马昱不在，所以暂时把这事压下。晋哀帝没有子嗣。不久，皇太后下诏让晋哀帝的弟弟琅邪王司马奕继承大统。百官到琅邪府第迎接他登基。当天，司马奕即皇帝位，成为晋废帝（也称海西公）。大赦。
前燕太宰慕容恪和吴王慕容垂一道进攻洛阳。慕容恪跟部将们说：“你们常常担心我不肯猛攻。如今洛阳城高而兵弱，容易攻克，所以你们不要因为畏惧而怠惰！”于是猛攻洛阳。三月，燕军攻陷洛阳，生擒了东晋扬武将军沈劲。沈劲神气自若，不畏死亡。慕容恪打算宽宥他，但中军将军慕舆虔劝道：“沈劲虽然是个奇士，但观察他的志度，终究不会投诚我们。现在一旦赦免他，必定成为后患。”慕容恪于是杀了沈劲。
慕容恪回到邺都后，跟自己的僚属们叹息道：“我前次平定广固，不能聘用闾蔚。这次平定洛阳，却让沈劲就死。虽然都不是我的本意，然而身为元帅，实在有愧于四海。”
东晋嘉奖沈劲的忠诚，追赠他为东阳太守。不久，朝廷将晋哀帝以及静皇后安葬在安平陵。
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